Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Monika Krywow-Milczarek (spr.), Sędziowie Asesor WSA Mikołaj Darmosz, Sędzia WSA Katarzyna Stuła-Marcela, , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 18 lutego 2026 r. sprawy ze skargi M. K. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 22 maja 2025 r. nr 0113-KDIPT2-3.4011.584.2023.6.AK UNP: 2617347 w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej wydanej w kwestii podatku dochodowego od osób fizycznych 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 19 marca 2025 r. nr 0113-KDIPT2-3.4011.584.2023.4.PR UNP: 2555912; 2) zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 697 (sześćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.

Postanowieniem z 22 maja 2025 r., nr 0113-KDIPT2-3.4011.584.2023.6.AK UNP; 2617347, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dalej jako organ interpretacyjny), po rozpatrzeniu zażalenia M.K. (dalej jako podatnik, skarżący), działając na podstawie art. 221, art. 233 § 1 pkt 1 i art. 239 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm., dalej jako O.p.), utrzymał w mocy postanowienie własne z 19 marca 2025 r. znak 0113-KDIPT2-3.4011.584.2023.4.PR o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej.

Powyższe postanowienie zapadło w następującym stanie faktycznym i prawnym:

Skarżący, 2 sierpnia 2023 r., wystąpił o wydanie interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych w zakresie ulgi badawczo-rozwojowej.

W interpretacji indywidulanej z 13 listopada 2023 r. organ interpretacyjny uznał za prawidłowe stanowisko wnioskodawcy uznając, że:

- czynności wskazane przez podatnika w opisie wykonywane w ramach działalności gospodarczej można uznać jako prace stanowiące działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 5a pkt 38 ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych ( t.j. Dz. U. z 2022 r. poz. 2647 ze zm., dalej jako u.p.d.o.f.);

- koszty osobowe członków działu badawczo-rozwojowego zatrudnionych na umowy zlecenia 1 o dzieło (a w przyszłości umowy o pracę), oraz osób zatrudnionych na podstawie umowy o pracę, umowy zlecenia i o dzieło wspomagających prace wyżej wymienionego działu - w części odpowiadającej pracy związanej z działalnością badawczo-rozwojową, mogą stanowić koszt kwalifikowany na podstawie art. 26e ust. 2 pkt 1 i 1a u.p.d.o.f.;

- także koszty osobowe pracowników sprawujących funkcje nadzorcze i kierownicze nad pracami badawczo-rozwojowymi, w zakresie w jakim wykonywane przez nich czynności, w tym nadzorcze, związane są bezpośrednio z działalnością B+R, mogą stanowić koszt kwalifikowany na podstawie art. 26e ust. 2 pkt 1 i 1a ww. ustawy;

- na podstawie art. 26e ust. 3 u.p.d.o.f., podatnik ma prawo do uznania za koszty kwalifikowane dokonywane w danym roku podatkowym i zaliczane do kosztów uzyskania przychodów odpisy amortyzacyjne od urządzeń i oprogramowania, stanowiących środki trwałe, bądź wartości niematerialne i prawne;

- poniesione przez podatnika wydatki na koszty materiałów/surowców, które są bezpośrednio związane z pracami badawczo-rozwojowymi, stanowią wydatki kwalifikowane mieszczące się w przepisie art. 26e ust. 2 pkt 2 powołanej ustawy, a w przypadku materiałów lub surowców wykorzystywanych nie tylko do działalności badawczo-rozwojowej, podatnik ma możliwość rozliczenia wyłącznie tej części kosztów, która jest związana z działaniami badawczo-rozwojowymi.

- w przypadku nabycia niebędącego środkami trwałymi sprzętu specjalistycznego wykorzystywanego bezpośrednio w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, w szczególności oprogramowania pomiarowego, podatnik będzie mógł zaliczyć je do kosztów kwalifikowanych zgodnie z art. 26e ust. 2 pkt 2a u.p.d.o.f.

13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną nrDD8.8203.1.2021. Została ona opublikowana w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z 21 lutego 2024 r. poz. 16. Interpretacja ta dotyczy - na u.p.d.o.f. - możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika.

19 marca 2025 r. organ interpretacyjny wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej wydanej wobec podatnika, ponieważ była niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r. nr DD8.8203.1.2021, wydaną w takim samym stanie prawnym.

W zażaleniu na powyższe postanowienie podatnik zarzucił naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:

1) art. 14e § la pkt 2 w zw. z art. 120 i 124 O.p. poprzez błędne przyjęcie, że uchylona interpretacja indywidualna z 13 listopada 2023 r. jest w całości niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów Nr DD8.8203.1.2021 z 13 lutego 2024 r. wydaną w tym samym stanie prawnym - w zakresie w jakim bezzasadnie uchyla całość interpretacji indywidualnej zamiast ewentualnie uchylić jedyne jej część (pytania 2 i 3) dotyczącą kwestii możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika, co w konsekwencji doprowadziło do uchylenia ww. interpretacji indywidualnej w pozostałej część prawidłowo zinterpretowanych zagadnień oraz pozbawienia podatnika fundamentalnej ochrony praw nabytych;

2) art. 14b § 5a w zw. z art. 121 § 1 O.p. poprzez błędne przyjęcie, że przedstawiony we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej stan faktyczny/zdarzenie przyszłe w całości pokrywa się z problematyką będącą przedmiotem interpretacji ogólnej (tj. akty te dotyczą tożsamych zdarzeń prawno-podatkowych), co w konsekwencji doprowadziło do bezpodstawnego wydania postanowienia w przedmiocie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej skutkującej niekorzystnym dla podatnika rozstrzygnięciem pozbawiającym ochrony prawnej w zakresie wyłączenia możliwości kwalifikowania do kosztów określanych na potrzeby ulgi badawczo-rozwojowej składników wynagrodzenia dotyczących usprawiedliwionej nieobecności pracownika np. z powodu urlopu czy choroby, a nadto niekorzystne rozumienie pojęcia ogólnego czasu pracy pracownika, który jest potrzebny do wyliczenia proporcji;

3) art. 14k § 1 w zw. z art. 120,121 § 1 i 122 O.p. poprzez naruszenie przy wydawaniu postanowienia przez organ interpretacyjny zasad ogólnych postępowania 3/11 podatkowego, tj. naruszenia zasady działania na podstawie przepisów prawa, naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych oraz niedostateczne uzasadnienie zasadności przesłanek, którymi organ interpretacyjny kierował się przy wydawaniu skarżonego postanowienia.

Podatnik wniósł o:

- uchylenie w całości postanowienia Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 19 marca 2025 roku w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej nr 0113-KDIPT2-3.4011.584.2023.2.IR jako całkowicie bezzasadnego i rozstrzygnięcie sprawy co do jej istoty poprzez wydanie postanowienia w przedmiocie wygaśnięcia jedynie części interpretacji indywidualnej, odnoszącej się do wydanej przez Ministra Finansów interpretacji ogólnej nr DD8.8203.1.2021, tj. interpretacji w zakresie częściowo pytań 2 i 3.

2) zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

Organ interpretacyjny, po ponownej analizie sprawy podtrzymał stanowisko, że należało wydać postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w całości. Zdaniem organu interpretacyjnego, zakres przedmiotowy wniosku dotyczy zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. nr DD8.8203.1.2021, oraz stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano tę interpretację ogólną. Jednocześnie organ interpretacyjny stwierdził, że stanowisko przedstawione w 13 listopada 2023 r., jest niezgodne z interpretacją ogólną Ministra Finansów, dlatego stwierdzono, że interpretacja wygasła.

Organ interpretacyjny wskazał na treść art. 14e § 1a pkt 2, art. 14e § 3, art. 14b § 5a O.p. i wyjaśnił, że przepisy O.p. nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części i w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, należy ją wygasić w całości w trybie art. 14e § 1a pkt 2 tej ustawy. Dotyczy to wygaszania wszystkich interpretacji indywidualnych.

Zatem, w sytuacji gdy:

- stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym,

- rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne (nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną),

to zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w tym trybie, a obowiązujące przepisy nie dają podstaw do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Podobnie Szef KAS może zmienić interpretację jeśli stwierdzi jej nieprawidłowość (w domyśle nieprawidłowa jest cała interpretacja, choćby nawet w części organ interpretacyjny miał rację), a jego decyzja poprzedzona jest analizą wniosku wnioskodawcy oraz analizą i weryfikacją interpretacji wydanej przez organ interpretacyjny. Niewątpliwie przesłanka warunkująca stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej, o której mowa w art. 14e § 1a pkt 2 O.p., tj. interpretacja indywidualna jest niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym, jest spełniona również w przypadku, gdy interpretacja indywidualna dotyczy także innych zagadnień podatkowych (pozostających poza zakresem interpretacji ogólnej). Stąd, skoro akty te - chociażby w części - zostały podjęte w tożsamym stanie prawnym oraz fakt, że przepisy O.p. nie przewidują możliwości wygaszania interpretacji w części, to organowi I instancji przysługiwało prawo do stwierdzenia wygaśnięcia takiej interpretacji indywidualnej. Wobec tego - w sytuacji, gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej - interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. Stwierdzenie jakiejkolwiek niezgodności pomiędzy interpretacją indywidualną a interpretacją ogólną musi prowadzić do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości. Zatem postanowienie I instancji nie zostało wydane z naruszeniem art. 14e § 1a pkt 2 ani z naruszeniem art. 14b § 5a O.p. Zatem zasadnie organ interpretacyjny wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej. Do takiego postępowania zobligowany był przepisami prawa.

Dalej wskazano, że art. 120 O.p. rozwija zasadę legalizmu i praworządności, w myśl której organy podatkowe działają na podstawie i w granicach obowiązującego prawa. Tym samym są one zobowiązane do przestrzegania obowiązującego prawa (materialnego, przepisów postępowania i przepisów kompetencyjnych). Obowiązek ten wynika z zasady demokratycznego państwa prawa uregulowanej w art. 2 Konstytucji RP (Rzeczpospolita Polska jest demokratycznym państwem prawnym, urzeczywistniającym zasady sprawiedliwości społecznej) i art. 7 Konstytucji RP (organy władzy publicznej działają na podstawie i w granicach prawa), który swój wyraz znajduje w art. 120 O.p. (organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa). Działanie na podstawie przepisów prawa, to z jednej strony podejmowanie czynności przez organ właściwy dla tej czynności, a z drugiej przestrzeganie, zarówno przepisów prawa materialnego, jak i prawa procesowego. Każde zagadnienie prawne wniesione przed organy stosujące prawo, organy te muszą rozstrzygać na podstawie norm należących do systemu prawnego. Organ interpretacyjny wydając postanowienie o wygaśnięciu interpretacji, działając na podstawie przepisów O.p., wyjaśnił dlaczego tak postąpił. W związku z ww. art. 14h O.p. zwrócono uwagę, że powołany przez podatnika art. 124 te ustawy, nie ma zastosowania w sprawach dotyczących wydawania interpretacji indywidualnych. Organ interpretacyjny nie zgodził się z podatnikiem, że naruszył przepisy prawa materialnego, tj. art. 14e § 1a pkt 2 oraz art. 120 i 124 O.p.. Brzmienie art. 14e § la pkt 2 O.p. jednoznacznie wskazuje na to, że stwierdzenie jakiejkolwiek niezgodności interpretacji indywidualnej oraz ogólnej musi prowadzić do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości. Zatem postanowienie Organu I instancji zostało wydane zgodnie z dyspozycją tego przepisu, jak również nie zostało wydane z naruszeniem zasady zaufania podatnika do organu podatkowego. Podatnik ma prawo do wystąpienia z ponownym wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie, w którym kwestionuje stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej (tj. nieodnoszącym się do kwestii zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową należności pracowniczych z tytułu urlopów, chorób i innej usprawiedliwionej nieobecności). Złożenie ponownego wniosku daje możliwość ponownego uzyskania potwierdzenia zasadności swojego stanowiska w zakresie skutków podatkowych i/lub jego obowiązków. Organ interpretacyjny nie zgodził się także ze stwierdzeniem, że na skutek stwierdzenia zgodnego z przepisami prawa wygaśnięcia "pierwotnej" interpretacji indywidualnej, podatnik pozostaje bez możliwości zapewnienia sobie ochrony prawnej w zakresie korzystania z ulgi badawczo-rozwojowej.

Reasumując organ interpretacyjny stwierdził, że organ I instancji zasadnie wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej. Do takiego postępowania zobligowany był bowiem przepisami prawa. Zgodnie z ugruntowanym stanowiskiem doktryny i judykatury postępowanie budzące zaufanie, to postępowanie staranne i merytorycznie poprawne. Odnośnie zarzutu naruszenia art. 14b § 5a w zw. z art. 121 § 1 O.p., organ interpretacyjny uznał, że przy wydaniu przedmiotowego postanowienia nie została naruszona zasada ogólna postępowania określona w art. 121 § 1 O.p., tj. zasada zaufania do organów podatkowych, bowiem działanie organu w przedmiotowej sprawie było niewątpliwie, jak wykazano powyżej, działaniem na podstawie i w granicach prawa. Wbrew zarzutowi, wydając zaskarżone postanowienie, na żadnym etapie postępowania organ I instancji nie uchybił procedurom wynikającym z przepisów O.p. Ściśle trzymał się przepisów O.p., obowiązujących w postępowaniu dotyczącym wygaszania interpretacji indywidualnych. Przestrzeganie w postępowaniu przepisów prawa jest zarazem realizacją przesłanki prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie. Ponieważ działanie na podstawie przepisów prawa składa się na realizację zasady ogólnej pogłębiania zaufania obywateli do organów podatkowych, stwierdzić należy, że zaskarżone postanowienie I instancji nie zostało wydane z naruszeniem art. 14b § 5a w zw. z art 121 § 1 O.p. Zatem zarzuty podatnika uznano za chybione. Organ interpretacyjny wskazał także na brzmienie art. 14k § 1 i nie zgodził się z podatnikiem, że pozbawienie podatnika praw nabytych, w postaci prawidłowej ochrony przewidzianej w art. 14k O.p. jest działaniem sprzecznym z art. 120 i 121 § 1 O.p., które to przepis obliguje organy podatkowe do podejmowania czynności w sposób zgodny z prawem i budzący zaufanie do organów podatkowych. Co więcej, stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej wydanej w jego sprawie w całości stanowi realizację zasady legalizmu, określonej w art. 120 O.p., a przez to winno wzmacniać zaufanie podatnika do organu podatkowego, który dba o to, aby w obrocie prawnym nie funkcjonowały rozstrzygnięcia wadliwe oraz sprzeczne z interpretacją ogólną. Jednocześnie, powołany zarzut naruszenia art. 122 O.p. również nie ma zastosowania w sprawach o wydanie interpretacji indywidualnej. Prowadzone na podstawie art. 14b O.p., postępowanie w sprawie wydawania interpretacji indywidualnych prawa podatkowego, z uwagi na przedmiot i charakter wydawanych w jego toku rozstrzygnięć, jest postępowaniem szczególnym, odrębnym, do którego nie mają bezpośredniego zastosowania inne (poza wskazanymi w ustawie) przepisy O.p., w szczególności nie jest postępowaniem dowodowym, które może być prowadzone w toku kontroli podatkowej czy postępowania podatkowego lub czynności sprawdzających. Organ wydający interpretację indywidualną może jedynie, pozytywnie lub negatywnie, ocenić - z przytoczeniem przepisów prawa podatkowego - czy stanowisko pytającego zawarte we wniosku odnoszące się do regulacji przepisów prawa podatkowego jest prawidłowe i znajduje oparcie w okolicznościach przedstawionego zdarzenia. Organ wydający interpretację przepisów prawa podatkowego nie może bowiem prowadzić postępowania ani podejmować rozstrzygnięć zastrzeżonych dla innego trybu orzekania Natomiast co do zarzutu, że przepis art. 14e § 1a pkt 2 O.p. nie może być stosowany przez organ interpretacyjny w sposób dowolny, a przy tym niekorzystny dla podatnika, bez wykazania przez organ działający z urzędu w ramach uznania administracyjnego, że zaistniały wszystkie przesłanki wymienione w jego treści, zwrócono uwagę, że organ interpretacyjny nie ma swobody w zakresie wygaszenia interpretacji niezgodnej z interpretacją ogólną. Organ działa tylko i wyłącznie na podstawie przepisów O.p.. Zatem art. 14e § 1a pkt 2 O.p. podatkowa daje organowi I instancji prawo do wygaszenia interpretacji, jeżeli organ ten stwierdzi, że wydanie interpretacji jest niezgodne z interpretacją ogólną. W sprawie taka niezgodność wystąpiła. Stąd organ I instancji zasadnie wygasił wydaną dla podatnika interpretację indywidualną z 13 listopada 2023 r. Odnosząc się do powołanych wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego, podkreślono, że powołane wyroki są rozstrzygnięciami w indywidualnych sprawach, osadzonych w określonych stanach faktycznych i tylko do nich się zawężają. Zatem wskazane wyroki nie mają wpływu na podjęte rozstrzygnięcie. Również z art. 153 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, wynika, że ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia. Końcowo zaznaczam, że żądanie zasądzenia kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych, w procedurze rozpatrywania przez Organ II instancji zażalenia na wydane postanowienie jest bezzasadne, gdyż żadne przepisy prawa nie przewidują takiego działania organu interpretacyjnego jako organu odwoławczego.

W skardze na powyższe postanowienie, podatnik reprezentowany przez pełnomocnika w osobie doradcy podatkowego zarzucił naruszenie:

1) art. 14e § 1a pkt 2 w zw. z art. 120 O.p. poprzez błędne przyjęcie, że uchylona interpretacja indywidualna z 13 listopada 2023 r. jest w całości niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów Nr DD8.8203.1.2021 z 13 lutego 2024 r. wydaną w tym samym stanie prawnym w zakresie w jakim bezzasadnie uchyla całość interpretacji indywidualnej zamiast ewentualnie uchylić jedyne jej część (pytania 2 i 3) dotyczącą kwestii możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika, co w konsekwencji doprowadziło do uchylenia ww. interpretacji indywidualnej w pozostałej części prawidłowo zinterpretowanych zagadnień oraz pozbawiło podatnika fundamentalnej ochrony praw nabytych;

2) 2) art. 14b § 5a w zw. z art. 121 § 1 O.p. poprzez błędne przyjęcie, że przedstawiony we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej stan faktyczny/zdarzenie przyszłe w całości pokrywa się z problematyką będącą przedmiotem interpretacji ogólnej (tj. akty te dotyczą tożsamych zdarzeń prawno-podatkowych), co w konsekwencji doprowadziło do bezpodstawnego wydania postanowienia w przedmiocie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej skutkującej niekorzystnym dla podatnika rozstrzygnięciem pozbawiającym go fundamentalnej ochrony praw nabytych w zakresie pytań numer 1, 4-6 będących przedmiotem interpretacji indywidualnej znak: 0113-KDIPT2- 3.4011.584.2023.2.IR., mimo iż rozstrzygnięcie w zakresie pytań numer 1, 4-6 będących przedmiotem interpretacji indywidualnej nie jest niezgodne z ww. interpretacją ogólną:

3) 3) art. 14k § 1 w zw. z art. 120, 121 § 1 O.p. poprzez naruszenie przy wydawaniu postanowienia przez organ interpretacyjny zasad ogólnych postępowania podatkowego tj. naruszenia zasady działania na podstawie przepisów prawa, naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych oraz niedostateczne uzasadnienie zasadności przesłanek, którymi Organ podatkowy kierował się przy wydawaniu skarżonego postanowienia.

Podatnik wniósł zatem o uchylenie zaskarżonego postanowienia, jako całkowicie bezzasadnego i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, a także o zasądzenie kosztów postępowania.

Uzasadniając podniesione zarzuty skarżący wskazał na wyrok NSA z 13 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 224/21, stwierdzając, że w niniejszej sprawie organ interpretacyjny w sposób dowolny przyjął (bez stosownego uzasadnienia), że w przypadku stwierdzenia niezgodności interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną w takim samym stanie prawnym, jest on zobowiązany jest stwierdzić z urzędu jej wygaśnięcie. Natomiast z treści art. 14e § 1a pkt 2 O.p. wynika wprost, że w sytuacjach określonych w tym przepisie organ ten "może" a nie "musi" stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej. Zatem stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej ma charakter fakultatywny, a nie obligatoryjny. Ustawodawca w przepisach art. 14e O.p. przewidział dla właściwych organów stosowny luz decyzyjny, który należy również powiązać z użyciem nieostrych sfomułowań typu "nieprawidłowość" (w § 1 pkt 1) bądź też "niezgodna" (w § 1a pkt 2). Innymi słowy, brak Jest podstaw do wniosku, że Jakakolwiek (każda) niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną, nawet nieistotna z punktu widzenia racjonalnego ustawodawcy - dotycząca innych sfomułowań użytych w tych aktach, które to różnice same w sobie nie wskazują na sprzeczność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - stanowi podstawę do zastosowania art. 14e § 1a pkt 2 O.p. w przedmiotowej sprawie niezgodność interpretacji indywidualnej wydanej dla Skarżącego dotyczyła fragmentu pytania 2 i 3, a nie całej interpretacji. W zakresie pytań nr 2 i 3 interpretacja indywidualna jest nadal prawidłowa z wyjątkiem fragmentów odpowiedzi na pytania nr 2 i 3 dotyczących wynagrodzeń za czas choroby, za czas urlopu, za czas opieki nad dzieckiem, itp tj. usprawiedliwionej nieobecności pracownika. Zatem stwierdzenie wygaśnięcia tej interpretacji w całości było bezpodstawne. Prawidłowa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. stanowi punkt wyjścia przy dokonywaniu oceny zasadności zastosowania tego przepisu w realiach niniejszej sprawy. Dodać warto, że ustawodawca z jednej strony nie wprowadził jednoznacznej regulacji umożliwiającej stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej "w części", ale z drugiej strony nie wprowadził zakazu częściowego stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej. Wskazał zaś w art. 14e § 1a pkt 2 O.p. okoliczności, których wystąpienie umożliwia z urzędu zastosowanie tego przepisu w granicach uznania administracyjnego (tj. fakultatywnie, a nie obligatoryjnie). Pozbawienie podatnika praw nabytych w powyższym trybie winno być poprzedzone stosowną analizą, w pierwszej kolejności dotyczącą przesłanek, których wystąpienie (łącznie) umożliwia organowi interpretacyjnemu stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej i należyte uzasadnienie niekorzystnego dla podatnika rozstrzygnięcia.

Dalej podniesiono, że w przedmiotowej sprawie organ błędnie przyjął, że przedstawiony we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej stan faktyczny/zdarzenie przyszłe w całości pokrywa się z problematyką będącą przedmiotem interpretacji ogólnej (tj. akty te dotyczą tożsamych zdarzeń prawno-podatkowych), co w konsekwencji doprowadziło do bezpodstawnego wydania postanowienia w przedmiocie wygaśnięcia w całości interpretacji indywidualnej. Podkreślono, że orzecznictwo sądów potwierdza, że możliwe jest uchylenie interpretacji podatkowej w części.

Zdaniem skarżącego, kluczowy jest fakt, iż istotą funkcji gwarancyjnej interpretacji jest tzw. "nieszkodzenie" podmiotowi, który zastosował się do uzyskanej interpretacji (tak wyrok NSA z dnia 10 września 2021 r., i FSK407/19). Skarżący doznaje jednak szkodliwych skutków wydania postanowienia Organu, ponieważ uchylona została cała interpretacja indywidualna, co całkowicie pozbawia Skarżącego nabytej ochrony prawnej. Przedmiotowa interpretacja ogólna Ministra Finansów dotyczy jedynie wąskiego zakresu prawnego, do którego odnosiły się zaledwie fragmenty dwóch pytań Skarżącego wskazanych we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej.

Reasumując podatnik uznał, że organ interpretacyjny błędne przyjął, że przedstawiony we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej znak: 0113-KDIPT2-3.4011.584.2023.2.IR stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) w całości odpowiadają zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej w zakresie wyłączenia możliwości kwalifikowania do kosztów określanych na potrzeby ulgi badawczo-rozwojowej składników wynagrodzenia dotyczących usprawiedliwionej nieobecności pracownika (wynagrodzeń za czas choroby, za czas urlopu, za czas opieki nad dzieckiem, itp.), czego konsekwencją było wygaszenie całości interpretacji indywidualnej znak: 0113-KDIPT2-3.4011.584.2023.2.IR, podczas gdy istniały podstawy do jej częściowego wygaszenia wyłącznie w zakresie jakim interpretacja indywidualna znak: 0113-KD1PT2-3.4011.584.2023.2.IR jest niezgodna z treścią interpretacji ogólnej nr DD8.8203.1.2021.

W odpowiedzi na skargę organ interpretacyjny wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje:

Przedmiotem skargi jest kwestia dopuszczalności uchylenia interpretacji w części.

Zgodnie z art. 14k § 1a pkt 2 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym.

Treść wyżej wskazanego przepisu wyraźnie wskazuje, że do wygaśnięcia interpretacji koniecznym jest zaistnienie tożsamości pomiędzy stanem prawnym w wydanej interpretacji indywidualnej oraz interpretacją ogólną. Nie budzi przy tym wątpliwości, że interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień.

Stąd też przyjęcie, że gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości jest zdaniem Sądu nieuzasadnione w świetle powyższego przepisu. Zakres wygaśnięcia interpretacji indywidualnej wyznacza bowiem interpretacja ogólna.

W wyroku z 8 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 1158/21, Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że "Interpretując art. 14e § 1a pkt 6 O.p. należy mieć na uwagę, że dotyczy on zarówno interpretacji indywidualnych, jak i interpretacji ogólnych, stąd też nie można go wykładać z pominięciem chociażby art. 14c § 1 oraz art. 14a § 1a O.p. - czyli przepisów mających zasadnicze znaczenie dla zrozumienia obu rodzajów interpretacji. W świetle art. 14a § 1a O.p. interpretacja ogólna wydawana jest na tle abstrakcyjnie ujętego zdarzenia (zagadnienia) w powiązaniu z konkretnym problemem prawnym powstałym w związku z interpretacją przepisów prawa podatkowego. Natomiast treść art. 14a § 2 pkt 2 O.p. wyraźnie wskazuje, że instytucja ta ma służyć zachowaniu jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe. Tego rodzaju interpretacja nie ma jednak sama z siebie żadnej mocy wiążącej, zarówno dla organów, jak i podatników. Tym niemniej można w sposób pośredni przypisać jej funkcje ochronne. Przede wszystkim w art. 14k § 2 O.p. przewidziano, że zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Ponadto podatnik może wywodzić ją z ogólnych zasad Ordynacji podatkowej, chociażby z zasady zaufania do organów (art. 121 § 1 O.p.). Powyższe oznacza jednak, że tak długo, jak w obrocie prawnym pozostaje interpretacja indywidualna odnosząca się do stanu faktycznego bądź zdarzenia przyszłego, jak również stanowiska prawnego strony, które odpowiadają zagadnieniu, o którym jest mowa w art. 14a § 1a pkt 1 O.p. - jej adresat korzysta z ochrony przewidzianej w art. 14k § 1 O.p. Ustaje ona dopiero wraz ze stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e § 1a pkt 6 O.p. Powyższe oznacza, że art. 14e § 1a pkt 6 O.p. pozostaje w takiej relacji względem interpretacji indywidualnych i ogólnych, że w pełni zasadnym jest posłużenie się jedną z podstawowych reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowania a fortiori w postaci argumentum a maiori ad minus. Dla tego rodzaju rozumowania podstawą są przepisy uprawniające, a przebiega ono w ten sposób, że skoro komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. W rozpoznawanej sprawie oznacza to tyle, że skoro organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do części z niej.". Sąd w składzie rozpoznającym sprawę w pełni podziela powyższy pogląd i uznaje za własny.

W niniejszej sprawie interpretacja ogólna Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r. Nr DD8.8203.1.2021, dotyczy możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika.

Natomiast z interpretacji indywidualnej z 13 listopada 2023 r. wydanej wobec podatnika wynika, że dotyczyła ona odpowiedzi na pytania:

1. Czy prowadzone przez Wnioskodawcę prace w zakresie opracowywania i wytworzenia innowacyjnej, autorskiej platformy do produkcji (wydawania) gier i wdrażanie ulepszeń do tego oprogramowania w celu stworzenia nowych produktów/usług/i ulepszenia istniejących produktów/usług opisane w stanie faktycznym, stanowią działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 5a pkt 38 UPDOF, co uprawnia Wnioskodawcę do skorzystania z odliczenia, o którym mowa w art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f.?

2. Czy w kosztach kwalifikowanych Wnioskodawca może uwzględnić, a następnie rozliczyć w ramach ulgi badawczo-rozwojowej, koszty osobowe (wskazane w art. 26e ust. 2 pkt 1 i 1a u.p.d.o.f.) członków Działu B+R zatrudnionych na umowy zlecenia i o dzieło (a w przyszłości na umowy o pracę), oraz osób zatrudnionych na podstawie umowy o pracę, umów zlecenia i o dzieło, wspomagających prace wyżej wymienionego Działu B+R - w części odpowiadającej pracy związanej z działalnością badawczo-rozwojową opisaną w stanie faktycznym?

3. Czy w kosztach kwalifikowanych Wnioskodawca może uwzględnić, a następnie rozliczyć w ramach ulgi badawczo-rozwojowej, koszty osobowe pracowników sprawujących funkcje nadzorcze i kierownicze nad pracami badawczo-rozwojowymi, w zakresie w jakim wykonywane przez nich czynności, w tym nadzorcze, związane są bezpośrednio z działalnością B+R opisaną w stanie faktycznym, a nieobjętej dofinansowaniem ze środków unijnych?

4. Czy w kosztach kwalifikowanych wskazanych w art. 26e ust. 3 u.p.d.o.f. - Wnioskodawca może uwzględnić, a następnie rozliczyć w ramach ulgi badawczo-rozwojowej, koszty odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (z wyłączeniem samochodów osobowych oraz budowli, budynków i lokali będących odrębną własnością) opisanych w stanie faktycznym i wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej opisanej w stanie faktycznym?

5. Czy Wnioskodawca może uwzględnić, a następnie rozliczyć w ramach ulgi badawczo-rozwojowej, koszty (wskazane w art. 26e ust. 2 pkt 2 u.p.d.o.f.) nabycia materiałów i surowców zużytych na wytworzenie i testowanie nowych produktów w ramach działalności badawczo-rozwojowej opisanej w stanie faktycznym?

6. Czy Wnioskodawca może uwzględnić, a następnie rozliczyć w ramach ulgi badawczo-rozwojowej (zgodnie z art. 26e ust. 2 pkt 2a u.p.d.o.f.) nabycie niebędącego środkami 20/48 trwałymi sprzętu specjalistycznego wykorzystywanego bezpośrednio w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej opisanej w stanie faktycznym, w szczególności urządzeń pomiarowych oraz naczyń i przyborów laboratoryjnych?

W wyniku jej wydania organ interpretacyjny stwierdził, że stanowisko podatnika jest w odniesieniu do powyższych pytań prawidłowe.

Zatem już tylko proste porównanie zakresu interpretacji ogólnej i interpretacji indywidulanej prowadzi do wniosku, że stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej (w całości) było nieuprawnione. Interpretacja indywidualna nie dotyczyła bowiem takich kwestii jak rozumienia art. art. 4a pkt 26 w zw. z pkt 28 u.p.d.o.p., czy też kwestii rozliczenia kosztów odpisów amortyzacyjnych, nabycia materiałów i surowców oraz niebędącymi środkami trwałymi sprzętów.

Interpretacja ogólna dotyczy bowiem jedynie możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika.

Zatem w świetle powyższego powodu należało stwierdzić, że organ interpretacyjny naruszył art. 14e § 1 pkt 2 O.p.

Stąd też Sąd działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935) uchylił zaskarżone postanowienie, a także na podstawie art. 134 tej ustawy poprzedzające je postanowienie.

O kosztach orzeczono na podstawie art. 200 i 205 p.p.s.a.