I SA/Kr 807/25 - Wyrok

Data orzeczenia	2026-02-23	
Data wpływu	2025-12-15	
Sąd	Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie	
Sędziowie	Borys Marasek /sprawozdawca/
Grzegorz Klimek
Inga Gołowska /przewodniczący/	
Symbol z opisem	6110 Podatek od towarów i usług	
Skarżony organ	Dyrektor Izby Skarbowej	
Treść wyniku	uchylono zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji	
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący: Sędzia WSA Inga Gołowska Sędziowie: WSA Grzegorz Klimek WSA Borys Marasek (spr.) Protokolant: Specjalista Katarzyna Zbylut po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 lutego 2026 r. sprawy ze skargi Gminy [...] na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z dnia 29 października 2025 r., nr 1201-IOP2-2.4103.33.2025 w przedmiocie odmowy wypłaty oprocentowania od nadpłaty w podatku od towarów i usług oraz od zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2017 r., marzec-kwiecień 2017 r., listopad 2018 r., styczeń, kwiecień, lipiec, wrzesień 2019 r. oraz luty 2020 r. I. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie na rzecz strony skarżącej kwotę 980 zł (dziewięćset osiemdziesiąt złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania.	
Uzasadnienie
Decyzją z dnia 29 października 2025 r., nr 1201-IOP2-2.4103.33.2025 Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie (dalej: DIAS) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie (dalej: organ I instancji) z dnia 14 sierpnia 2025 r., nr 1271-SPP.4103.35.2025, którą odmówiono Gminie Ł. (dalej "strona skarżąca") wypłaty oprocentowania od nadpłaty w podatku od towarów i usług za okresy: marzec 2017 r. oraz kwiecień 2017 r. oraz od zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za okresy: styczeń 2017 r., listopad 2018 r., styczeń 2019 r., kwiecień 2019 r., lipiec 2019 r., wrzesień 2019 r. oraz luty 2020 r.

Decyzja została wydana w następującym stanie faktycznym i prawnym.

Pismem z dnia 16 czerwca 2025 r. strona skarżąca zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Nowym Sączu o wypłatę oprocentowania nadpłaty wynoszącej 2 369 987,00 zł powstałej na skutek zastosowania się przez nią do błędnej interpretacji indywidualnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej nr 0112-KDIL2-1.4012.239.2019.2.AP, za okres od 5 września 2019 r., tj. daty wydania błędnej interpretacji indywidualnej, do dnia zwrotu nadpłaty oraz zwrotu nadwyżki podatku naliczanego nad należnym, tj. 30 października 2020 r.

W uzasadnieniu swojego wniosku strona skarżąca podała, że dniu 25 czerwca 2019 r. wystąpiła do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: "DKIS") z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w przedmiocie prawa Gminy do odliczenia podatku VAT od wydatków inwestycyjnych i bieżących związanych z działalnością w zakresie zbiorowego dostarczania wody i odbioru ścieków oraz realizowaną inwestycją, przy zastosowaniu tzw. indywidualnego prewspółczynnika VAT, opartego o kryterium ilościowe, tj. udział rocznej ilości dostarczonej wody i odprowadzonych ścieków na rzecz zewnętrznych odbiorców w całkowitej rocznej ilości dostarczanej wody i odprowadzonych ścieków na rzecz wszystkich podmiotów (zarówno zewnętrznych, jak i na rzecz własnych jednostek, budynków i budowli).

W dniu 5 września 2019 r. DKIS wydał dla wnioskodawcy indywidualną interpretację nr 0112-KDIL2-1.4012.239.2019.2.AP, w której uznał stanowisko wnioskodawcy za nieprawidłowe stwierdzając, że "Gmina nie może odliczyć podatku naliczonego od ponoszonych wydatków (zarówno inwestycyjnych, jak i bieżących) związanych z prowadzoną działalnością gospodarczą w zakresie zbiorowego zaopatrzenia w wodę i odbioru ścieków i realizowaną inwestycją za pomocą sposobu określenia proporcji opartego na kryterium ilościowym, tj. udziale rocznej ilości dostarczonej wody i odprowadzonych ścieków na rzecz zewnętrznych odbiorców (udokumentowanej fakturami VAT) w całkowitej rocznej ilości dostarczonej wody i odprowadzonych ścieków na rzecz wszystkich podmiotów (zarówno zewnętrznych, jak i na rzecz własnych jednostek, budynków i budowli), ponieważ nie wykazała, że przedstawiona przez nią metoda stanowi bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji, niż wskazany w rozporządzeniu".

Po uzyskaniu ww. interpretacji strona skarżąca nie dokonała odliczenia podatku naliczonego przy użyciu opisanego powyżej indywidualnego prewspołczynnika VAT, a stosując się do interpretacji DKIS, ograniczyła się jedynie do odliczenia tego podatku stosując wzór prewspołczynnika określony w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników. Tym samym istotnie zaniżyła wysokość odliczenia podatku VAT.

Jednocześnie, nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem, złożyła skargę do Wojewódzkiego Sąd Administracyjnego w Krakowie, po rozpatrzeniu, której ww. Sąd wyrokiem z dnia 11 grudnia 2019 r., sygn. akt I SA/Kr 1205/19, uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną.

Nieprawomocny wyrok WSA w Krakowie wpłynął do organu podatkowego w dniu 24 stycznia 2020 r. Od ww. wyroku DKIS nie wniósł skargi kasacyjnej do Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie.

Prawomocny wyrok WSA w Krakowie z dnia 11 grudnia 2019 r., uchylający ww. interpretację indywidualną, wraz z aktami sprawy wpłynął do Krajowej Informacji Skarbowej w dniu 4 czerwca 2020 r.

DKIS ponownie rozpatrując sprawę po wyroku dnia 28 sierpnia 2020 r. wydał interpretację nr 0112-KDIL2-1.4012.239.2019.7.AP, w której uznał stanowisko strony skarżącej w zakresie prawa do odliczenia podatku VAT od wydatków inwestycyjnych i bieżących związanych z działalnością polegającą na odbiorze ścieków przy zastosowaniu tzw. indywidualnego prewspółczynnika opartego na kryterium zużycia ścieków za prawidłowe.

Mając powyższe na uwadze skarżąca chcąc odzyskać nieodliczony pierwotnie podatek VAT, działając na podstawie art. 75 § 2 w związku z art. 72 § 1 i art. 73 § 1 Ordynacji podatkowej oraz art. 87 ust. 1 i 2 ustawy o VAT wystąpiła z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty i zwrot podatku w związku z odliczeniem podatku naliczonego od wydatków związanych z infrastrukturą wodnokanalizacyjną w drodze korekty wstecznej rozliczeń VAT za poszczególne okresy rozliczeniowe.

W ramach Wniosku Gmina wnioskowała o stwierdzenie nadpłaty za okresy: marzec 2017 r. oraz kwiecień 2017 r. i jednocześnie o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w wysokości za okresy: styczeń 2017 r., listopad 2018 r., styczeń 2019 r., kwiecień 2019 r., lipiec 2019 r., wrzesień 2019 r. i luty 2020 r.

Łączna kwota do zwrotu z tytułu stwierdzenia nadpłaty i nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wyniosła: 2 369 987 zł.

Urząd Skarbowy dokonał zwrotu w dniu 30 października 2020 r. kwoty 2 369 976 zł. Zwrot ten nie został jednak powiększony o oprocentowanie wynikające z art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej.

W opinii skarżące, w analizowanej sytuacji od kwoty nadpłaty przysługuje oprocentowanie, stosownie do treści art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej.

Z przytoczonego przepisu wynika, że oprocentowanie należne jest za okres od dnia powstania nadpłaty, a jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata nie została zwrócona w terminie - od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji. Jednocześnie zgodnie z art. 78 § 4 Ordynacji podatkowej oprocentowanie z tytułu nadpłaty przysługuje do dnia zwrotu nadpłaty, zaliczenia jej na poczet zaległych lub bieżących zobowiązań podatkowych lub dnia złożenia wniosku o zaliczenie nadpłaty na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, z zastrzeżeniem § 5 pkt 2.

Skarżąca podkreśliła, że przez przytoczoną w treści art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej "decyzję" należy rozumieć również interpretację indywidualną. Znajduje to odzwierciedlenie w prezentowanym od dłuższego czasu stanowisku sądów administracyjnych w przedmiotowym zakresie.

Skarżąca podkreśliła, że doznała uszczuplenia majątkowego na skutek nieprawidłowego stanowiska DKIS zawartego w interpretacji z dnia 5 września 2019 r. i poniosła ciężar ekonomiczny podatku naliczonego od nabytych towarów i usług co, w ocenie Gminy, naruszało zasadę neutralności VAT.

Skarżąca podkreśliła, że z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej wprost wynika, że zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą, stwierdzeniem jej wygaśnięcia lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej.

Nie powinna być ona zatem obarczana ekonomicznie nieprawidłowym działaniem organu skutkującym wydaniem wadliwej interpretacji indywidualnej, która to z kolei doprowadziła do ww. uszczuplenia majątkowego.

Pismo skarżącej zostało przekazane zgodnie z właściwością do Naczelnika Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie w dniu 18 czerwca 2026 r.

Decyzją z dnia 14 sierpnia 2025 r., nr 1271-SPP.4103.35.2025 organ I instancji odmówił stronie skarżącej wypłaty oprocentowania od nadpłaty w podatku od towarów i usług za okresy: marzec 2017 r. oraz kwiecień 2017 r. oraz od zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za okresy: styczeń 2017 r., listopad 2018 r., styczeń 2019 r., kwiecień 2019 r., lipiec 2019 r., wrzesień 2019 r. oraz luty 2020 r.

W uzasadnieniu decyzji organ opisał dotychczasowy przebieg postepowania, a następnie ustosunkowując się do wniosku strony skarżącej podał, że zgodnie z definicją zawartą w art. 72 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r., poz. 111), za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Ponadto, na podstawie art. 87 ust. 7 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r., poz. 775), różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach, o których mowa w ust. 2 zdanie pierwsze i ust. 5a, traktuje się jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej. W konsekwencji, zarówno kwotę stwierdzonej nadpłaty, jak i nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, należy traktować jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu, o którym mowa w przepisach Ordynacji podatkowej. Nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej zgodnie z art. 73 § 1 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa). W myśl art. 76 § 1 tej ustawy, nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.

Organ wyjaśnił, że niniejsza decyzja, odnosi się wyłącznie do kwestii oprocentowania nadpłaty, rozumianej jako kwoty nadpłaconego podatku oraz zwróconej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.

Łączna kwota podlegająca zwrotowi z tytułu stwierdzonej nadpłaty oraz nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wyniosła 2 369 976,00 zł. W dniu 30 października 2020 r. Urząd Skarbowy w Nowym Sączu dokonał na rzecz Gminy zwrotu:

– nadpłaty za okres marzec 2017 r. w kwocie 6 072,00,

– nadpłaty za okres kwiecień 2017 r. w kwocie 6 762,00,

oraz zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za okres:

– styczeń 2017 r. w kwocie 2 525,00 zł,

– listopad 2018 r. w kwocie 255 003,00 zł,

– styczeń 2019 r. w kwocie 360 809,00 zł,

– kwiecień 2019 r. w kwocie 304 364,00 zł,

– lipiec 2019 r. w kwocie 1 193 288,00 zł,

– wrzesień 2019 r. w kwocie 5 299,00 zł,

– luty 2020 r. w kwocie 235 854,00 zł.

Zwrot ten nie został powiększony o oprocentowanie, o którym mowa w art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej. W treści obecnie złożonego wniosku Strona nie neguje, iż zwrot nadpłaty oraz różnicy podatku naliczonego nad należnym został dokonany w ustawowym terminie, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6 ustawy - Ordynacja podatkowa oraz art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług.

Odnosząc się do spornej kwestii dotyczącej oprocentowania nadpłaty powstałej w związku z uchyleniem przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej, do której wnioskodawca się zastosował, organ wskazał na treść art. 78 § 1, § 3 i § 4 oraz art. 77 § i § 2Ordynacji podatkowej. Następnie organ przytoczył treść art. 87 pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług.

Zdaniem organu, przypadki w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty wymienione zostały w przepisie art. 78 § 3 Ordynacji podatkowej. Zatem zaistniała w niniejszej sprawie sytuacja nie została wymieniona w treści przepisów art. 77 i art. 78 Ordynacji podatkowej, które przewidują zwrot nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Przepis art. 78 § 3 Ordynacji podatkowej zawiera zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty. Przepisu art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej nie można odczytywać w oderwaniu od pozostałych unormowań dotyczących oprocentowania nadpłat, które przez wyliczenie przypadków naliczania oprocentowania, przesądzają w istocie, czy w danym stanie faktycznym oprocentowanie nadpłaty będzie należne, czy też nie. W szczególności przepisu art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej nie można postrzegać jako zawierającego bezwzględny obowiązek (faktycznego) naliczenia oprocentowania od nadpłaty podatku w każdym przypadku jej powstania. Przepisy ustawy Ordynacja podatkowa dotyczące nadpłaty i jej oprocentowania należy stosować ściśle, a wykładnia rozszerzająca tych przepisów nie jest dopuszczalna. Oprocentowanie nadpłaty na podstawie przepisów tej ustawy niewątpliwie ma charakter kompensacyjny, odszkodowawczy, jednakże tylko w przypadkach przewidzianych w jej przepisach. Oprocentowanie nadpłaty nie jest zasadą, tylko wyjątkiem, a przepisy w tej kwestii są bardzo rygorystyczne (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23.01.2020 r., sygn. akt II FSK 896/19).

Organ wskazał, że przepisy ustawy Ordynacja podatkowa przewidują określoną ochronę podatnika, który zastosuje się do interpretacji, która została uchylona lub zmieniona. Zasady te zostały uregulowane w przepisach art. 14k i art. 14m Ordynacji podatkowej. Zakres ochrony sprowadza się do ochrony przed konsekwencjami karno-skarbowymi oraz zwolnienia z obowiązku zapłaty podatku w zakresie wynikającym ze zdarzenia będącego przedmiotem interpretacji. W art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej ustawodawca przewiduje, że zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Użyty w tym przepisie zwrot "nie może szkodzić" oznacza w świetle art. 14k § 3 Ordynacji podatkowej, że w stosunku do podmiotu, który zastosował się do indywidualnej interpretacji przed jej zmianą, w określonych w dalszych przepisach sytuacjach następuje wyłączenie odpowiedzialności karnej, naliczania odsetek, jak też zwolnienie z obowiązku zapłaty podatku w zakresie wynikającym ze zdarzenia będącego przedmiotem interpretacji (14 m § 1 Ordynacji podatkowej). Zasada ta nie odnosi się natomiast do skutków zastosowania się przez podatnika do nieprawidłowej interpretacji indywidualnej, jakie mogą mieć miejsce w przypadku powstania z tego tytułu nadpłaty podatku (por. wyroki wojewódzkich sądów administracyjnych: WSA w Gdańsku z 27 maja 2008 r., sygn. akt I SA/Gd 197/08, WSA w Olsztynie z 5 marca 2009 r., sygn. akt I SA/Ol 558/08, WSA w Łodzi z 4 marca 2010 r., sygn. akt I SA/Łd 865/09; wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 kwietnia 2012 r., II FSK 2063/10).

Tym samym, w ocenie organu I instancji, przepisy przewidujące ochronę podatnika przed konsekwencjami zastosowania się do interpretacji indywidualnych (art. 14a-14s Ordynacji podatkowej) nie obejmują przypadku powstania nadpłaty podatku w następstwie zastosowania się przez podatnika do nieprawidłowej interpretacji indywidualnej, ani też nie przewidują szczególnego sposobu jej oprocentowania. Zasada nieszkodzenia, o której stanowi art. 14k i art. 14 m ww. ustawy nie nakłada na organ podatkowy obowiązku naliczania odsetek od dnia nienależnej zapłaty podatku w przypadku zmiany, wygaśnięcia lub uchylenia interpretacji podatkowej. Ustawodawca w przepisach dotyczących interpretacji podatkowych nie wskazał, że skutkiem zastosowania się podatnika do interpretacji, która następnie została uchylona/zmieniona, będzie możliwość otrzymania przez podatnika nadpłaty podatku wraz z oprocentowaniem.

W ocenie organu, ukształtowana w ustawie Ordynacja podatkowa konstrukcja oprocentowania nadpłaty, co podkreśla się w orzecznictwie sądowym, nie jest wynikiem i nie jest warunkowana samą okolicznością nienależności spełnionego przez podatnika świadczenia. Oprocentowanie nadpłaty jest rodzajem rekompensaty za niezgodne z prawem przetrzymywanie pieniędzy podatnika, powiązane jest przy tym z terminem realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu nadpłaty.

Organ podał, że w rozpatrywanej sprawie zwrot nadpłaty dokonany został w terminie dwóch miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, tj. dochowany został termin wynikający z ustawy Ordynacja podatkowa. Zwrot różnicy podatku naliczonego nad należnym został dokonany w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika, zgodnie z art. 87 ustawy o podatku od towarów i usług. W konsekwencji brak jest również podstaw prawnych do kwalifikowania zwrotu jako nadpłaty oraz do naliczania i wypłaty oprocentowania.

W ocenie organu, w omawianej kwestii nie ma zastosowania przepis art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej, gdyż interpretacje indywidualne - odmiennie niż decyzje, nie stanowią rozstrzygnięcia władczego, nie precyzują obowiązku podatkowego w indywidualnej sprawie podatkowej przez dokonanie właściwego wymiaru wysokości zobowiązania podatkowego. Interpretacja indywidualna służy jedynie wyjaśnieniu regulacji z zakresu prawa podatkowego. Podatnik może, ale nie musi zastosować się do wydanej interpretacji indywidualnej. Powstała w niniejszej sprawie nadpłata nie wynikała z samego faktu uchylenia interpretacji indywidualnej, lecz ze złożonej przez Spółkę deklaracji podatkowej oraz jej korekty. Jeżeli organ podatkowy zwróci podatnikowi nadpłatę oraz różnicę podatku naliczonego nad należnym w ustawowym terminie, to stronie nie przysługują odsetki od nienależnie zapłaconego podatku w związku ze zmianą interpretacji indywidualnej.

Organ powołał się na wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11.01.2024 r. sygn. III SA/Wa 2311/23.

Podkreślił nadto, że rozstrzygając sprawę należy mieć także na uwadze, że w myśl art. 120 ustawy Ordynacja podatkowa organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Oznacza to, że organ podatkowy nie może rozstrzygać w zakresie nieuregulowanym w ustawie, a jak wskazano powyżej przepisy ustawy Ordynacja podatkowa nie przewidują oprocentowania zwróconej w terminie nadpłaty lub zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym powstałego w wyniku złożenia korekt deklaracji podatkowej po uchyleniu indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego.

W odwołaniu strona skarżąca zarzuciła naruszenie:

1. przepisów prawa materialnego

art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i 3 Ordynacji podatkowej przez ich błędną wykładnię, polegającą na nieuwzględnieniu przez organ I instancji, że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania również w przypadku uchylenia przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej, do której wnioskodawca się zastosował uiszczając zgodnie z zawartą w niej oceną prawną w istocie nienależny podatek, pomimo że stanowi to niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach;

art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i 3 oraz art. 78a, art. 14k § 1 oraz 2a Ordynacji podatkowej przez niezastosowanie, które skutkowało odmową zwrotu wnioskowanego oprocentowania nadpłaty;

2. przepisów postępowania

- art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, przez działania naruszające zasadę pogłębiania zaufania do organu, ze względu na brak merytorycznej poprawności i staranności działania przez wydanie decyzji sprzecznej z zaprezentowaną przez stronę skarżącą linią orzeczniczą sądów administracyjnych w podobnych sprawach.

Wskazaną na wstępie decyzją z dnia 29 października 2025 r., nr 1201-IOP2-2. 4103.33.2025 DIAS utrzymał w mocy decyzję organu i instancji.

Po przeprowadzonej analizie materiału dowodowego przedmiotowej sprawy oraz przepisów prawa, DIAS podał, że zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej (art. 73 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej). Na podstawie art. 87 ust. 7 ustawy o podatku od towarów i usług, różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach, o których mowa w ust. 2 zdanie pierwsze i ust. 5a, traktuje się jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej. W konsekwencji, zarówno kwotę stwierdzonej nadpłaty, jak i nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, należy traktować jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu, o którym mowa w przepisach Ordynacji podatkowej.

Odnosząc się do spornej kwestii dotyczącej oprocentowania nadpłaty powstałej w związku z uchyleniem przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej, do której wnioskodawca się zastosował, DIAS zwrócił uwagę na art. 78 § 3 i § 4 Ordynacji podatkowej, a następnie przywołał treść art. 77 § 1 Ordynacji podatkowej.

DIAS podał, że przypadki w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty wymienione zostały w przepisie art. 78 § 3 Ordynacji podatkowej. Zatem zaistniała w niniejszej sprawie sytuacja nie została wymieniona w treści przepisów art. 77 i art. 78 Ordynacji podatkowej, które przewidują zwrot nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Przepis art. 78 § 3 Ordynacji podatkowej zawiera zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty. Przepisu art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej nie można odczytywać w oderwaniu od pozostałych unormowań dotyczących oprocentowania nadpłat, które poprzez wyliczenie przypadków naliczania oprocentowania, przesądzają w istocie, czy w danym stanie faktycznym oprocentowanie nadpłaty będzie należne, czy też nie. W szczególności przepisu art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej nie można postrzegać jako zawierającego bezwzględny obowiązek (faktycznego) naliczenia oprocentowania od nadpłaty podatku w każdym przypadku jej powstania. Przepisy ustawy - Ordynacja podatkowa dotyczące nadpłaty i jej oprocentowania należy stosować ściśle, a wykładnia rozszerzająca tych przepisów nie jest dopuszczalna. Oprocentowanie nadpłaty na podstawie przepisów tej ustawy niewątpliwie ma charakter kompensacyjny, odszkodowawczy, jednakże tylko w przypadkach przewidzianych w jej przepisach. Oprocentowanie nadpłaty nie jest zasadą, tylko wyjątkiem, a przepisy w tej kwestii są bardzo rygorystyczne (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23.01.2020 r., sygn. akt II FSK 896/19).

Przepisy ustawy Ordynacja podatkowa przewidują określoną ochronę podatnika, który zastosuje się do interpretacji, która została uchylona lub zmieniona. Zasady te zostały uregulowane w przepisach art. 14k i art. 14m Ordynacji podatkowej. Zakres ochrony sprowadza się ochrony przed konsekwencjami karnymi skarbowymi oraz zwolnienia z obowiązku zapłaty podatku w zakresie wynikającym ze zdarzenia będącego przedmiotem interpretacji. W art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej ustawodawca przewiduje, że zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Użyty w tym przepisie zwrot "nie może szkodzić" oznacza w świetle art. 14k § 3 Ordynacji podatkowej, że w stosunku do podmiotu, który zastosował się do indywidualnej interpretacji przed jej zmianą, w określonych w dalszych przepisach sytuacjach następuje wyłączenie odpowiedzialności karnej, naliczania odsetek, jak też zwolnienie z obowiązku zapłaty podatku w zakresie wynikającym ze zdarzenia będącego przedmiotem interpretacji (art. 14 m § 1 Ordynacji podatkowej). Zasada ta nie odnosi się natomiast do skutków zastosowania się przez podatnika do nieprawidłowej interpretacji indywidualnej, jakie mogą mieć miejsce w przypadku powstania z tego tytułu nadpłaty podatku (por. wyroki wojewódzkich sądów administracyjnych: WSA w Gdańsku z 27.05.2008 r., sygn. akt I SA/Gd 197/08, WSA w Olsztynie z 5.03.2009 r., sygn. akt I SA/Ol 558/08, WSA w Łodzi z 4.03.2010 r., sygn. akt I SA/Łd 865/09; wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13.04.2012 r., II FSK 2063/10). Zatem przepisy przewidujące ochronę podatnika przed konsekwencjami zastosowania się do interpretacji indywidualnych (art. 14a-14s Ordynacji podatkowej) nie obejmują przypadku powstania nadpłaty podatku w następstwie zastosowania się przez podatnika do nieprawidłowej interpretacji indywidualnej, ani też nie przewidują szczególnego sposobu jej oprocentowania. Zasada nieszkodzenia, o której stanowi art. 14k i art. 14m ww. ustawy nie nakłada na organ podatkowy obowiązku naliczania odsetek od dnia nienależnej zapłaty podatku w przypadku zmiany, wygaśnięcia lub uchylenia interpretacji podatkowej. Ustawodawca w przepisach dotyczących interpretacji podatkowych nie wskazał, że skutkiem zastosowanie się podatnika do interpretacji, która następnie została uchylona/zmieniona, będzie możliwość otrzymania przez podatnika nadpłaty podatku wraz z oprocentowaniem.

Zdaniem DIAS, w rozpatrywanej sprawie prawidłowo zastosowano art. 78 § 3 pkt 3 lit. c Ordynacji podatkowej. W przedmiotowej sprawie nadpłata została zwrócona w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku, tak więc oprocentowanie od tej nadpłaty nie przysługuje.

Nadpłata będąca efektem samoobliczenia podatku podlega oprocentowaniu tylko wtedy, gdy nie zostanie zwrócona w terminie wskazanym w tym przepisie. Regułę tę należy odpowiednio odnieść do oprocentowania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Oprocentowanie zgodnie z art. 87 ust. 7 ustawy o VAT przysługuje w przypadku niezwrócenia różnicy podatku w terminie. Natomiast w niniejszej sprawie zwrot nastąpił w terminie, bowiem w korektach deklaracji VAT-7 (złożonych 18.09.2020 r.) strona skarżąca wykazała zwrot podatku w terminie 60 dni. Zwrot nastąpił 30.10.2020 r., tj. w terminie 52 dni.

W niniejszej sprawie nie ma natomiast zastosowania przepis art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej, gdyż interpretacje indywidualne - odmiennie niż decyzje, nie stanowią rozstrzygnięcia władczego, nie precyzują obowiązku podatkowego w indywidualnej sprawie podatkowej poprzez dokonanie właściwego wymiaru wysokości zobowiązania podatkowego. Interpretacja indywidualna służy jedynie wyjaśnieniu regulacji z zakresu prawa podatkowego. Podatnik może, ale nie musi zastosować się do wydanej interpretacji indywidualnej. Powstała w niniejszej sprawie nadpłata nie wynikała z samego faktu uchylenia interpretacji indywidualnej, lecz ze złożonej przez Spółkę deklaracji podatkowej oraz jej korekty. Jeżeli organ podatkowy zwróci podatnikowi nadpłatę w ustawowym terminie, to stronie nie przysługują odsetki od nienależnie zapłaconego podatku w związku ze zmianą interpretacji indywidualnej.

Rozstrzygając sprawę organy podatkowe muszą mieć na uwadze art. 120 Ordynacji podatkowej zgodnie z którym organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Oznacza to, że organ podatkowy nie może rozstrzygać w zakresie nieuregulowanym w ustawie.

DIAS podkreślił należy, że postępowanie toczyło się na podstawie obowiązujących przepisów ustawowych. W ramach tego postępowania organ I instancji słusznie uznał, przedstawiając stosowne uzasadnienie prawne, że w stanie faktycznym sprawy przepisy podatkowe nie stwarzają podstawy prawnej do wypłaty oprocentowania od powstałej nadpłaty. Wskazywane przez Spółkę orzecznictwo sądów administracyjnych nie może stanowić niezależnej od przepisów podatkowych i samoistnej podstawy prawnej do wypłaty takiego oprocentowania.

W ocenie DIAS wnioskowanie per analogiam w tej sytuacji byłoby tworzeniem, a nie stosowaniem prawa. Organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Oznacza to, że dozwolone jest tylko takie działanie organu, które znajduje oparcie w przepisach prawa.

Końcowo, DIAS wskazał, że skarżąca podniosła zarzut naruszenia również art. 2a Ordynacji podatkowej. Przy czym wyrażona w art. 2a Ordynacji podatkowej zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika jest konsekwencją zasad konstytucyjnych: demokratycznego państwa prawa (art. 2 Konstytucji RP) i wolności gospodarczej oraz ochrony własności, lecz także ustawowej regulacji opodatkowania (art. 84 Konstytucji). Niemniej jednak w doktrynie ugruntował się pogląd, że do zasady in dubio pro tributario należy sięgnąć dopiero wtedy, gdy w wyniku wykładni przepisu nie można jednoznacznie ustalić znaczenia tej normy. Jednakże, jeżeli kontekst językowy jest jednoznaczny, to nie ma potrzeby sięgania po inne rodzaje wykładni i nie jest konieczne rozstrzyganie na podstawie zasady in dubio pro tributario. W przedmiotowej sprawie zastosowanie mają przepisy art. 77 i 78 Ordynacji podatkowej, określające przypadki oprocentowania nadpłaty. Mają one charakter jasny i precyzyjny. Z ich treści wprost wynika, że oprocentowanie przysługuje wyłącznie w przypadkach enumeratywnie wymienionych przez ustawodawcę, a katalog tych przypadków ma charakter zamknięty. Nie można zatem stosować zasady in dubio pro tributario jako instrumentu pozwalającego na pominięcie jednoznacznego brzmienia przepisu.

Mając na uwadze powyższe, DIAS stwierdził, że zarzut naruszenia art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i art. 14k oraz art. 2a i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej uznać należy za bezzasadny.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, strona skarżąca wniosła o uchylenie decyzji organów obu instancji oraz o zasądzenie od strony przeciwnej na jej rzecz kosztów postępowania sądowego wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

Zaskarżonej DlAS skarżąca zarzuciła naruszenie:

I. przepisów prawa materialnego ti.:

– art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i 3 ustawy Ordynacja podatkowa przez ich błędną wykładnię, polegającą na nieuwzględnieniu przez DIAS, że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania również w przypadku uchylenia przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej, do której skarżącą zastosowała się uiszczając zgodnie z zawartą w niej oceną prawną w istocie nienależny podatek;

– art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i 3, art. 78a i art. 14k § 1 oraz art. 2a Ordynacji podatkowej przez ich niezastosowanie w sprawie, które skutkowało odmową zwrotu wnioskowanego oprocentowania nadpłaty;

II. przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tl.:

– art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, przez działania naruszające zasadę pogłębiania zaufania do organu, ze względu na brak merytorycznej poprawności i staranności działania, przez wydanie decyzji sprzecznej z zaprezentowaną przez Gminę linią orzeczniczą sądów administracyjnych w zbliżonych sprawach.

W uzasadnieniu skargi strona skarżącą podniosła, że przepis art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej odczytywany łącznie z treścią art. 77 § 1 pkt 1 i 3 Ordynacji podatkowej, ustanawia regułę, że nadpłaty podlegają oprocentowaniu od dnia powstania. Dla wystąpienia obowiązku oprocentowania nadpłaty podatku w ww. trybie oraz dnia, od którego należy je naliczać, kluczowe znaczenie ma ustalenie czy organ podatkowy przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji. W sytuacji przyczynienia się organu do powstania wspomnianej przesłanki powstaje obowiązek oprocentowania nadpłaty od dnia jej powstania. Jeżeli zaś organ nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata została zwrócona podatnikowi w terminie - oprocentowanie nadpłaty nie jest należne. Natomiast kiedy organ nie dokonał zwrotu w terminie - oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia wydania decyzji o zmianie tub uchyleniu decyzji.

W ocenie skarżącej taki sposób ustalenia oprocentowania nadpłaty ma za zadanie zryczałtowane zrekompensowanie podatnikowi utraconych korzyści z tytułu braku możliwości korzystania z kwoty podatku nadpłaconego. Ustawodawca kierując się zasadą słuszności ustanowił odpowiedzialność finansową Skarbu Państwa w wysokości odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej. Odpowiedzialność Skarbu Państwa i podatników jest zatem analogiczna - ustawodawca wprowadził jednolitą zasadę odpłatności zarówno za korzystnie przez podatnika ze środków, które powinny być przekazane na rzecz Skarbu Państwa, (odsetki za zwłokę), jak i za dysponowanie przez Skarb Państwa nienależnym świadczeniem (oprocentowanie nadpłaty).

Oprocentowanie powinno zostać przyzna skarżącej w ww. trybie, gdyż nadpłata powstała na podstawie wadliwego działania organu podatkowego, tj. błędnej interpretacji indywidualnej wydanej wbrew obowiązującym przepisom, uchylonej w wyniku kontroli sądowej. Doszło zatem do przyczynienia się organu (w tym przypadku Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej) do przesłanki uchylenia aktu prawa jakim jest interpretacja indywidualna.

Odmawiając prawa do oprocentowania nadpłaty organ przyznaje sobie de facto prawo do błędu, który nie jest obarczony żadnymi konsekwencjami. Tymczasem skutki błędu popełnianego przez organ i ewentualnego błędu popełnianego przez podatnika powinny być określone symetrycznie.

Nie przewidując wprost i wyraźnie prawa do oprocentowania nadpłaty powstałej na skutek zastosowania się do błędnej (uchylonej przez sąd) interpretacji, Ordynacja podatkowa zawiera lukę aksjologiczną, którą zdaniem Gminy należy wypełnić w drodze analogii. DlAS nie uwzględniając tego rodzaju wykładni naruszył przepisy art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i 3 Ordynacji podatkowej. Stwierdzenie bowiem braku jakiejkolwiek regulacji dotyczącej oprocentowania tego rodzaju nadpłat, prowadzi do naruszenia konstytucyjnego porządku wartości.

Powyższy wniosek wynika również z prawidłowej wykładni art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej, jak i z orzecznictwa sądowego przytoczonego przez Gminę w trakcie Trwania postępowania.

W ocenie strony skarżącej, wbrew twierdzeniom DlAS zestawienie analizowanych przepisów tj.: o zakresie ochrony podatnika, czyli tzw. zasady nieszkodzenia podatnikowi (art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej) z trybem naliczania oprocentowania nadpłaty (art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i 3 Ordynacji podatkowej), powinno doprowadzić organ do powstania wątpliwości co do zakresu normy prawnej z nich wynikającej. Wątpliwości, których nie sposób usunąć w drodze wykładni literalnej przepisów. W konsekwencji, DlAS przy wydawaniu swojej decyzji powinien był zastosować również art. 2a Ordynacji podatkowej. Zatem oprócz wykładni przez analogię, należało także wątpliwości rozstrzygnąć na korzyść podatnika w drodze wykładni przewidzianej w tym przepisie. Konsekwencją powyższego stwierdzenia i przyznania oprocentowania skarżącej jest to, że dla rozliczenia dotychczas wypłaconej kwoty i kwoty należnej organ winien zastosować reguły wynikające z art. 78a Ordynacji podatkowej.

Organy nie uwzględniając w swoich rozstrzygnięciach ukształtowanej w podobnych sprawach linii orzeczniczej, naruszyły zasadę zaufania podatnika do organu. Nie odniosły się do argumentów skarżącej w tym zakresie, która w pełni aprobując tezy z przywołanych orzeczeń przedstawiała je jako swoje argumenty w sprawie. Zignorowanie tak istotnych wskazówek interpretacyjnych, jakie dostarcza orzecznictwo sądowe przywołane przez stronę skarżącą w niniejszej sprawie, stanowi naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organu, wyrażoną wart. 121 § 1 Ordynacji podatkowej.

W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując zajęte w sprawie stanowisko.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje:

Stosownie do art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) w zw. z art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143; dalej: p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, co oznacza, że sąd zobowiązany jest zbadać, czy organy administracji w toku postępowania nie naruszyły przepisów prawa materialnego w sposób, który miał wpływ na wynik sprawy, bądź przepisów postępowania w stopniu, który mógł mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a także stosują środki określone w ustawie. Sąd administracyjny, zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a.

Skarga zasługiwała na uwzględnienie.

W kontrolowanej przez Sąd sprawie spornym jest, czy Stronie skarżącej, która zastosowała się do niekorzystnej dla niej interpretacji indywidualnej, uchylonej następnie prawomocnym wyrokiem sądu administracyjnego, przysługuje oprocentowanie powstałej w taki sposób nadpłaty podatku. W tym sporze rację należy przyznać Stronie skarżącej.

W dominującej linii orzeczniczej (m.in. wyroki z dnia: 13 grudnia 2017 r. sygn. akt I FSK 128/16, 5 października 2021 r. sygn. akt II FSK 408/19 i II FSK 409/19, 1 czerwca 2022 r. sygn. akt II FSK 2683/19, 20 kwietnia 2023 r. sygn. akt II FSK 2587/20, 5 czerwca 2024 r. sygn. akt II FSK 1135/21, 4 września 2024 r. sygn. akt II FSK 1441/20, 7 marca 2025 r., sygn. akt II FSK 904/22; wszystkie wyroki sądów administracyjnych powołane w uzasadnieniu dostępne są w internecie w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, na stronie: www.orzeczenia.nsa.gov.pl). przyjęte zostało stanowisko korzystne dla podatników ubiegających się o oprocentowanie, powstałych w analogicznych okolicznościach, nadpłat.

Sąd w pełni podziela argumentację zawartą w powołanych judykatach i w dalszej części uzasadnienia się nią posłuży, zwłaszcza motywami rozstrzygnięcia w sprawie o sygn. II FSK 904/22.

Zgodnie z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą, stwierdzeniem jej wygaśnięcia lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Skutkiem wadliwej interpretacji indywidualnej jest, m.in. obowiązek odstąpienia przez organ podatkowy od naliczania odsetek za zwłokę, o czym stanowi art. 14k § 3 Ordynacji podatkowej. Natomiast brzmienie art. 78 § 3 w związku z art. 77 § 1 tej ustawy wskazuje na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania w zależności od konkretnych przyczyn ich powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Wykładnia językowa tych przepisów nie wskazuje wprost na obowiązek oprocentowania nadpłaty powstałej w konsekwencji zastosowania się podatnika do interpretacji indywidualnej, wyeliminowanej z obrotu prawnego przez sąd administracyjny z powodu naruszenia prawa. Niemniej jednak art. 78 § 3 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 pkt 1 i pkt 3 Ordynacji podatkowej przewiduje oprocentowanie nadpłaty od dnia jej powstania w przypadku zaistniałym w związku ze zmianą, uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji. Podkreślenia wymaga okoliczność, że dokonując zapłaty (rozliczenia) podatku (nienależnego, jak się później okazało) Strona skarżąca działała w zaufaniu do organu wydającego interpretację. Poniosła przy tym ekonomiczny ciężar nieistniejącego zobowiązania podatkowego. Skoro zatem została pozbawiona - bez stosownej podstawy prawnej - możliwości dysponowania swoimi środkami pieniężnymi (poniosła z tego tytułu szkodę ekonomiczną), to na tę okoliczność ustawodawca wprowadził wzmiankowaną zasadę oprocentowania nadpłaty, którą podatnik uzyskuje bez względu na wysokość poniesionej szkody. W istocie zatem powinna ona znaleźć zastosowanie również do nadpłaty powstałej w efekcie czynności mających swoje źródło w zastosowaniu się do interpretacji, następnie jako wadliwej uchylonej, a nie tylko do decyzji obarczonej takim przymiotem. W obu sytuacjach, tej mającej miejsce w realiach sprawy, jak i przewidzianej wprost w art. 78 § 3 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 pkt 1 i pkt 1 i pkt 3 Ordynacji podatkowej Skarb Państwa dysponował bowiem w sposób nieuprawniony środkami finansowymi podatnika. Przewidziane w art. 14k (i nast.) Ordynacji podatkowej gwarancje ochronne dla stosującego się do wydanej interpretacji indywidualnej w zestawieniu z ryzykiem wystąpienia negatywnych skutków w przypadku niezastosowania się do niej, mogą wpływać na faktyczne stosowanie się do interpretacji indywidualnej. Podatnik może zakładać na tle art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej, zgodnie z generalnym wskazaniem zawartym w tym przepisie, że w przypadku, gdy zastosował się do interpretacji indywidualnej zanim doszło do jej następczego prawomocnego uchylenia przez sąd administracyjny, to owo zastosowanie się nie może mu zaszkodzić.

Brak jest przy tym racjonalnych podstaw do różnicowania podatników w zakresie ich prawa do jednakowego sposobu liczenia oprocentowania nadpłaty, wyłącznie w zależności od tego w oparciu, o jaki wadliwie wydany przez organ podatkowy akt dokonali nienależnej wpłaty podatku (interpretacja indywidualna, czy też decyzja). Tym samym, brak wskazania wprost w art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej, że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania, również w przypadku uchylenia przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej, do której wnioskodawca się zastosował uiszczając zgodnie z zawartą w niej oceną prawną w istocie nienależny podatek, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach. W celu realizacji, tzw. zasady nieszkodzenia wyrażonej w art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej, lukę tą należy zatem wypełnić w drodze wykładni. Luka ta, zważywszy na jej wyraźny związek z preferowanym przez ustawodawcę systemem wartości, ma charakter luki aksjologicznej (szerzej o lukach w prawie zob. np. Z. Ziembiński, Podstawy sporów o "luki w prawie", PiP 1966, z. 2) i jako taka podlega usunięciu w procesie stosowania prawa przez wnioskowanie a simili (w szczególności per analogiam legis). Z uwagi bowiem na zakładaną w sądowym stosowaniu prawa racjonalność prawodawcy nie należy przypisywać mu intencji stworzenia regulacji nieracjonalnych, zbędnych, niekompletnych, czy też niezgodnych, zwłaszcza z Konstytucją RP. Założenie to implikuje niesprzeczność i systemowość wiedzy ustawodawcy o prawie, a także asymetryczność i przechodniość jego preferencji (zob. L. Nowak, Interpretacja prawnicza. Studium z metodologii prawoznawstwa, Warszawa 1973, s. 172). Z założenia tego wynika zatem "dążenie do utworzenia zbioru norm prawnych zupełnego i niesprzecznego" (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 10 grudnia 2007 r. sygn. akt II FPS 3/07). Przyjmowany w polskiej kulturze prawnej zakaz "tworzenia przez analogię" prawnopodatkowych stanów faktycznych dotyczy zaś przede wszystkim rozszerzania zakresu opodatkowania (zob. uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 czerwca 2001 r. sygn. akt FPK 6/01) i w tym sensie ma ścisły związek z uregulowaną w art. 217 Konstytucji RP zasadą wyłączności ustawy przy określaniu istotnych elementów stosunku daninowego (nullum tributum sine lege). Nie obejmuje natomiast sytuacji, gdy w grę wchodzą gwarancje podatnika znajdujące umocowanie w zakładanej przez system podatkowy aksjologii wynikającej z unormowań Konstytucji RP (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 20 grudnia 2011 r. sygn. akt I FSK 481/11).

Przyjęta przez Sąd wykładnia art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 i pkt 3 Ordynacji podatkowej była ukierunkowana treścią art. 14k § 1 tej ustawy. Ujęty w tym przepisie zwrot "nie szkodzić" należało zaś w realiach rozpoznanej sprawy rozumieć przez pryzmat wyrównania Stronie skarżącej strat wynikających z braku możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi, na skutek wydanej dla niej wadliwej interpretacji indywidualnej, przez zastosowanie instytucji oprocentowania nadpłat jako właściwej dla tego rodzaju sytuacji. Dzięki temu Strona skarżąca jest traktowana porównywalnie do podatnika, który uiszczając nienależny podatek, w wykonaniu decyzji następnie uchylonej, ma zapewnione ex lege oprocentowanie od dnia powstania nadpłaty. Sąd w swojej ocenie miał na uwadze to, że art. 14k Ordynacji podatkowej obowiązuje od dnia 1 lipca 2007 r., a dodany został przez art. 1 pkt 7 ustawy z 16 listopada 2006 r. (Dz. U. Nr 217, poz. 1590). Z treści uzasadnienia projektu tej ustawy (druk nr 731, Sejm V kadencji) wynika, że ustawodawca zasadę nieszkodzenia (art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej) nie chciał ograniczać tylko do możliwości uniknięcia sankcji karnych skarbowych oraz obowiązku zapłaty odsetek i podatku. Wskazuje się bowiem w nim, że podatnik stosując się do interpretacji indywidualnej jest chroniony przed negatywnymi skutkami jej ewentualnej zmiany (art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej) i tam gdzie jest możliwe wyrównanie szkód powstałych w wyniku zastosowania się do interpretacji, które nie zostaną wyrównane zastosowaniem przepisów Ordynacji podatkowej, będą zaspokajane w trybie odszkodowawczym na podstawie przepisów prawa cywilnego. W okolicznościach tej sprawy Naczelny Sąd Administracyjny dokonując wykładni prawa uznał, że wyrównanie szkody - trafnie utożsamianej przez Stronę skarżącą pozbawieniem jej możliwości dysponowania przez określony czas jej środkami finansowymi - było możliwe z zastosowaniem przepisów Ordynacji podatkowej.

Wobec powyższego Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. orzekł jak w sentencji. Działając na podstawie art. 135 p.p.s.a. Sąd uchylił także decyzję Organu I instancji, gdyż było to niezbędne do końcowego załatwienia sprawy.

Ponownie rozpatrując sprawę Organ uwzględni zaprezentowaną wyżej ocenę prawną i przyjmie dopuszczalność oprocentowania nadpłaty podatku powstałej w wyniku zastosowania się do interpretacji podatkowej, która została uchylona, na takich samych zasadach, jak w sytuacji gdy źródłem powstania nadpłaty byłoby uchylenie decyzji (art. 78 § 3 pkt 1 o.p.).

Sąd orzekł o kosztach, na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 i § 4 p.p.s.a., zasądzając od Organu odwoławczego na rzecz Strony skarżącej koszty postępowania w kwocie 980 zł, na które składają się: wpis sądowy w wysokości 500 zł oraz wynagrodzenie pełnomocnika, będącego doradcą podatkowym - 480 zł.