Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Janusz Zajda Sędzia NSA Barbara Mleczko-Jabłońska Sędzia NSA Elżbieta Kowalik-Grzanka (spr.) Protokolant Piotr Mikucki po rozpoznaniu w dniu 20 marca 2019 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej Narodowego Centrum Badań i Rozwoju od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 28 sierpnia 2018 r. sygn. akt V SAB/Wa 6/18 w sprawie ze skargi A. Sp. z o.o. w K. na bezczynność Narodowego Centrum Badań i Rozwoju w przedmiocie rozpatrzenia wniosku o określenie kwoty nadpłaty oddala skargę kasacyjną

Wyrokiem z dnia 28 sierpnia 2018 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej: WSA w Warszawie lub Sąd I instancji) uwzględnił skargę A (dalej: skarżący) na bezczynność Narodowego Centrum Badań i Rozwoju (dalej: NCBR) w przedmiocie rozpatrzenia wniosku o określenie kwoty nadpłaty niepodatkowych należności budżetowych o charakterze publicznoprawnym.

Ze stanu faktycznego sprawy przyjętego przez Sąd I instancji wynika, że w dniu [...] r. pomiędzy NCBR a skarżącym zawarta została umowa o wykonanie i finansowanie projektu realizowanego w ramach Programu Innotech w ścieżce programowej In-Tech pt. [...]. Pismem z [...] r. Skarżący został poinformowany przez organ, że stopień realizacji poszczególnych zadań i osiągnięcia celów projektu realizowanego w ramach Umowy poddany został ocenie Zespołu Ekspertów, który uznał Umowę za niewykonaną w części. Skarżącego poinformowano o konieczności zwrotu środków wykorzystanych w zadaniach uznanych przez Zespół Ekspertów za niewykonane w całości.

Pismem z [...] r. skarżący został wezwany do zwrotu środków w kwocie 372 409,96 zł wraz z odsetkami ustawowymi liczonymi od dnia ich przekazania ([...] r.) do dnia dokonania zwrotu - z tytułu uznania zadania nr 2 za wykonane jedynie w 75%.

Skarżący przedstawił swoje stanowisko w sprawie w piśmie z [...] r., nie uznając zasadności zwrotu ww. kwoty.

Pismem z [...] r. NCBR podtrzymała dotychczasowe stanowisko w sprawie uznając, że argumentacja Skarżącego nie może stanowić podstawy do zmiany decyzji organu w sprawie.

W dniu [...] r. Skarżący zwrócił na rachunek bankowy organu kwotę 441 752,28 zł, w tytule wpisując "Nr umowy: [...] zwrot środków przekazanych w [...] r. z zastrzeżeniem zwrotu".

Pismem z [...] r. Skarżący został wezwany do zwrotu środków w kwocie 45 000,00 zł wraz z odsetkami ustawowymi liczonymi od dnia ich przekazania ([...] r.) do dnia dokonania zwrotu.

W dniu [...] r. Skarżący zwrócił na rachunek bankowy NCBR kwotę 60 715,48 zł, w tytule wpisując "Nr umowy: [...] zwrot środków przekazanych w [...] r. z zastrzeżeniem zwrotu".

Pismem z [...] r. Skarżący złożył wniosek o określenie kwoty nadpłaty niepodatkowych należności budżetowych o charakterze publicznoprawnym stanowiących dochód budżetu państwa.

W odpowiedzi na wniosek, pismem z [...] r., NCBR wyjaśniło, że brak jest podstaw do określenia przez organ kwoty nadpłaty niepodatkowych należności budżetowych o charakterze publicznoprawnym stanowiących dochód budżetu państwa w stosunku do należności, o których mowa we wniosku, bowiem zastosowania w sprawie nie znajdują przepisy ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (tekst jednolity: Dz.U. z 2009 r., Nr 157, poz.1240), dalej: u.f.p. i ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz.U. z 2012 r., poz. 749 ze zm.), dalej: o.p.

W dniu [...] r. do NCBR wpłynęło ponaglenie, złożone przez Skarżącego w trybie przepisów k.p.a.

W dniu [...] r. ponaglenie zostało przekazane do rozpatrzenia przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego,

W dniu [...] r. ponaglenie zwrócone zostało do NCBR z uwagi na fakt, iż Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego nie uznał się za organ wyższego stopnia w rozumieniu art. 37 § 3 pkt 1 k.p.a. W piśmie przekazującym ponaglenie wskazano, że (...) w odniesieniu do załatwianej sprawy - przepisy k.p.a. w ogóle nie miały zastosowania. Zatem spółka niewłaściwie zastosowała środek prawny w postaci ponaglenia.

W postanowieniu NCBR z [...] r. stwierdzono, że Dyrektor NCBiR nie dopuścił się bezczynności lub przewlekłego prowadzenia postępowania w sprawie wniosku Skarżącego.

A złożyła do WSA w Warszawie skargę na bezczynność wnosząc o: zobowiązanie Dyrektora NCBR, na podstawie art. 149 § 1 pkt 1 p.p.s.a., do merytorycznego zakończenia przedmiotowej sprawy poprzez wydanie decyzji w terminie 14 dni liczonych od daty doręczenia akt organowi, stwierdzenie, na podstawie art. 149 § 1a p.p.s.a., że bezczynność ww. organu miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa, wymierzenie Dyrektorowi NCBiR, na podstawie art. 149 § 2 p.p.s.a., grzywny lub przyznania od organu na rzecz Skarżącej sumy pieniężnej w wysokości połowy kwoty określonej w art. 154 § 6 p.p.s.a.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uwzględniając skargę zobowiązał NCBR do rozpoznania wniosku skarżącej w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty – w terminie 14 dni od zwrotu akt wraz z odpisem prawomocnego wyroku. Sąd stwierdził, że NCBR dopuściło się bezczynności, ale nie miała ona miejsca z rażącym naruszeniem prawa. W pozostałym zakresie skarga została oddalona.

WSA przypomniał, że zakres sądowej kontroli skargi na bezczynność sprowadza się do ustalenia, czy organ był zobowiązany do wydania aktu lub podjęcia czynności oraz czy w zakreślonym przepisami procesowymi terminie, dokonał powyższych działań.

Podstawowym argumentem NCBR za brakiem podstaw do wydania decyzji jest twierdzenie, że środki nie były przyznane na podstawie decyzji, a umowy, a nadto nie była też wydana decyzja w przedmiocie zwrotu środków, zaś wezwanie do zwrotu środków nie było wezwaniem w rozumieniu art. 207 ust. 8 u.f.p.

Sąd I instancji przypomniał, że zgodnie z art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR w brzmieniu obowiązującym w dacie przyznania środków, przyznawanie przez Centrum środków finansowych na wykonanie projektów następuje w drodze decyzji Dyrektora wydawanej na podstawie listy rankingowej pozytywnie zaopiniowanych wniosków. Ustawą z dnia 20.07.2017 r. o zmianie ustawy o zasadach finansowania nauki oraz niektórych innych ustaw ( Dz.U. 2017.1556) w art. 40 został zmieniony ust. 4 poprzez doprecyzowanie, że do postępowań w sprawach przyznania środków finansowych na wykonanie projektów stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. - Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2017 r. poz. 1257 oraz z 2018 r. poz. 149 i 650), z wyłączeniem art. 10, art. 13, art. 14, art. 28, art. 31, art. 56, art. 61 § 4, art. 63, art. 64, art. 75-103, art. 107, art. 114-122 oraz art. 123. Zmiana ta uwzględniła stanowisko sądów administracyjnych, że użyte w art. 40 ust. 1 ustawy o NCBiR pojęcie "decyzja" oznacza decyzję w rozumieniu art. 104 k.p.a., zaś postępowania w sprawie przyznania środków toczą się w myśl uregulowań kodeksu postępowania administracyjnego.

Narodowe Centrum Badań i Rozwoju jest agencją wykonawczą w rozumieniu u.f.p., powołaną do realizacji zadań z zakresu polityki naukowej, naukowo-technicznej i innowacyjnej państwa, wchodzi więc w skład sektora finansów publicznych.

Zgodnie z art. 7 ustawy z dnia 30.04.2010 r. o zasadach finansowania nauki ( t.j. Dz.U. 2018.87 ) Minister przekazuje Centrum Rozwoju środki finansowe w formie:

1) dotacji celowej na realizację strategicznych programów badań naukowych i prac rozwojowych oraz innych zadań Centrum Rozwoju, o których mowa w art. 5 pkt 1, oraz na realizację badań naukowych lub prac rozwojowych na rzecz obronności i bezpieczeństwa państwa, określonych w art. 5 pkt 2, na wniosek Dyrektora Centrum Rozwoju;

2) dotacji podmiotowej na pokrycie bieżących kosztów zarządzania realizowanymi przez Centrum Rozwoju zadaniami, określonymi w art. 5 pkt 1 i 2;

3) dotacji celowej na finansowanie lub dofinansowanie kosztów inwestycji dotyczących obsługi realizacji zadań, określonych w art. 5 pkt 1 i 2.

Podobny zapis znajduje się w art. 46 ust. 1 pkt 1 ustawy o NCBiR, zgodnie z którym przychodami Centrum są środki finansowe otrzymywane w formie dotacji celowej na realizację strategicznych programów badań naukowych i prac rozwojowych, innych zadań Centrum oraz na realizację badań naukowych i prac rozwojowych na rzecz obronności i bezpieczeństwa państwa, przekazywanej na wniosek Dyrektora.

Sąd I instancji stanął na stanowisku, że środki finansowe przekazywane przez NCBiR na finansowanie projektów winny być przekazywane w formie decyzji administracyjnej, projekty te są finansowane z dotacji celowej przekazywanej z budżetu państwa.

WSA uznał, że środki przekazywane przez NCBiR na podstawie art. 40 ust. 1 ustawy o NCBiR są dotacjami celowymi, gdyż agencja wykonawcza, powołana do realizacji zadań państwa w obszarze nauki, finansuje te zadania z otrzymanej na ten cel dotacji celowej, którą wydatkuje - w tym przypadku - w formie decyzji administracyjnej. Agencja działa więc jak organ administracji państwowej- jest dysponentem środków publicznych, które w dalszym ciągu mają charakter dotacji celowej. Ma więc do niej w pełni zastosowanie tryb zwrotu określony w art. 169 u.f.p. Środki przekazane w trybie art. 40 ust. 1 ustawy o NCBiR , w przypadku gdy NCBiR stwierdzi , że zachodzi obowiązek ich zwrotu są "środkami publicznymi stanowiącymi niepodatkowe należności budżetowe o charakterze publicznoprawnym" na podstawie art. 60 pkt 1 u.f.p. I oczywiście ma do nich zastosowanie Dział III Ordynacji podatkowej, w tym przepisy o nadpłacie – na podstawie art. 67 ust. 1 u.f.p.

Fakt, że środki zostały wypłacone na podstawie umowy nie zmienia ich charakteru – nadal pozostają dotacjami celowymi. Należy też zwrócić uwagę, iż ustawa o NCBiR przewiduje, że po wydaniu decyzji przez Dyrektora Centrum jest zawierana z wykonawcą projektu umowa. Jest to typowy sposób przekazywania dotacji celowej, przewidziany np. w art. 150 u.f.p. Zawarcie umowy, regulującej m.in. cel przekazania środków publicznych, sposób i termin ich wydatkowania nie wywołuje tego skutku, iż środki te tracą swój publicznoprawny charakter i do ich zwrotu właściwa jest droga postępowania cywilnego.

Strona zwróciła pobrane środki dobrowolnie, z zastrzeżeniem zwrotu. Zgodnie z art. 75 § 1 ordynacji podatkowej jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku. I z taką właśnie sytuacją mamy do czynienia w sprawie niniejszej.

WSA stwierdził, że Narodowe Centrum Badań i Rozwoju ma obowiązek rozpoznać wniosek i wydać decyzję.

Narodowe Centrum Badań i Rozwoju zaskarżyło wyrok w całości domagając się jego uchylenia i przekazania sprawy Sądowi I instancji do ponownego rozpoznania, ewentualnie uchylenia zaskarżonego wyroku i rozpoznania skargi, a także zasądzenia kosztów postępowania kasacyjnego. Zaskarżonemu wyrokowi strona zarzuciła:

Na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jednolity: Dz. U. z 2018 r., poz. 1302), dalej: p.p.s.a., naruszenie:

1) art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR poprzez błędną jego wykładnię polegającą na przyjęciu, że środki finansowe, o których mowa w tym przepisie, są dotacjami celowymi i ma do nich zastosowanie - na podstawie art. 67 ust. 1 ustawy o finansach publicznych, Dział III Ordynacji podatkowej , w tym przepisy o nadpłacie, podczas gdy prawidłowa jego wykładnia nakazuje twierdzić, że środki finansowe, o których mowa w art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR nie stanowią dotacji celowej, a tym samym nie ma do nich zastosowania Dział III Ordynacji podatkowej, w tym przepisy o nadpłacie;

2) art. 41 ust. 1 ustawy o NCBR poprzez błędną jego wykładnię polegającą na przyjęciu, że zawarcie z wykonawcą projektu, wybranym w drodze konkursu, umowy o wykonanie i finansowanie projektu przez Dyrektora NCBR, o której mowa w tym przepisie, jest typowym sposobem przekazywania dotacji celowej, przewidzianym w art. 150 ustawy o finansach publicznych, podczas gdy prawidłowa jego wykładnia nakazuje twierdzić, że zawierana z wykonawcą projektu, wybranym w drodze konkursu, umowa o wykonanie finansowanie projektu, o której mowa w art. 41 ust. 1 ustawy o NCBR ma charakter umowy cywilnoprawnej, nie zaś umowy dotacji celowej, o której mowa w art. 150 ustawy o finansach publicznych;

3) art. 41 ust. 1 ustawy o NCBR poprzez błędną jego wykładnię polegającą na przyjęciu, że umowa o wykonanie i finansowanie projektu, o której mowa w tym przepisie jest umową dotacji celowej, o której mowa w art. 150 ustawy o finansach publicznych, podczas gdy prawidłowa jego wykładnia nakazuje twierdzić, że umowa o wykonanie i finansowanie projektu, o której mowa w art. 41 ust. 1 ustawy o NCBR nie może zostać uznana za umowę dotacji celowej, o której mowa w art. 150 ustawy o finansach publicznych bowiem przepis ten jako stronę umowy dotacji celowej wskazuje dysponenta części budżetowej, którym NCBR nie jest.

Na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie:

4) naruszenie art. 149 § 1 pkt 1 p.p.s.a. poprzez nieuzasadnione uwzględnienie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie skargi Spółki na bezczynność NCBR i zobowiązanie NCBR do rozpoznania wniosku Spółki o określenie nadpłaty co miało istotny wpływ na wynik sprawy bowiem NCBR nie dopuściło się bezczynności w rozpoznaniu wniosku Spółki o określenie nadpłaty, a dotyczącego środków finansowych, które nie stanowią dotacji celowej i do których zastosowania nie ma Dział III Ordynacji podatkowej, w tym przepisy o nadpłacie.

W piśmie procesowym z dnia 12 marca 2019 r. A wniosła o oddalenie skargi kasacyjnej oraz zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Zgodnie z art. 183 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, bierze jednak z urzędu pod rozwagę nieważność postępowania. Jeżeli nie wystąpiły przesłanki nieważności postępowania wymienione w art. 183 § 2 p.p.s.a., a w rozpoznawanej sprawie nie wystąpiły, to Sąd związany jest granicami skargi kasacyjnej.

Odnosząc się do zarzucanego na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a. naruszenia art. 40 ust.1 ustawy o NCBR poprzez błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że środki finansowe, o których mowa w tym przepisie, są dotacjami celowymi do których zastosowanie ma na podstawie art. 67 ust. 1 ustawy o finansach publicznych, Dział III Ordynacji podatkowej , w tym przepisy o nadpłacie, podczas gdy prawidłowa jego wykładnia nakazuje twierdzić, że środki finansowe, o których mowa w art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR nie stanowią dotacji celowej, a tym samym nie ma do nich zastosowania Dział III Ordynacji podatkowej, w tym przepisy o nadpłacie nie zasługuje na uwzględnienie. Sąd I instancji dokonał prawidłowej wykładni wskazanego przepisu.

Przypomnieć należy, że w myśl art. 40 ust. 1 ustawy o Centrum, w brzmieniu obowiązującym w dacie przyznania środków, przyznawanie przez Centrum środków finansowych na wykonywanie projektów następuje w drodze decyzji Dyrektora wydawanej na podstawie listy rankingowej pozytywnie zaopiniowanych wniosków. Zatem wbrew stanowisku kasatora, podstawą przyznania środków na finansowanie projektu realizowanego w ramach Programu "INNOTECH" w ścieżce programowej IN-TECH pt: [...], nie była umowa ale decyzja nr [...] z dnia [...] roku w sprawie przyznania środków finansowych na podstawie art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR (po rozpatrzeniu wniosku Spółki w ramach konkursu). Kolejnym etapem było podpisanie w dniu [...] roku umowy o wykonanie i finansowanie projektu. Podkreślenia wymaga, na co słusznie uwagę zwrócił Sąd I instancji, że ustawą z dnia 20.07.2017 r. o zmianie ustawy o zasadach finansowania nauki oraz niektórych innych ustaw ( Dz.U. 2017.1556) w art. 40 został zmieniony ust. 4 poprzez doprecyzowanie, że do postępowań w sprawach przyznania środków finansowych na wykonanie projektów stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. - Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2017 r. poz. 1257 oraz z 2018 r. poz. 149 i 650), z wyłączeniem art. 10, art. 13, art. 14, art. 28, art. 31, art. 56, art. 61 § 4, art. 63, art. 64, art. 75-103, art. 107, art. 114-122 oraz art. 123. Zmiana ta uwzględniła bowiem stanowisko sądów administracyjnych, iż użyte w art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR pojęcie "decyzja" oznacza decyzję w rozumieniu art. 104 k.p.a., zaś postępowania w sprawie przyznania środków toczą się w myśl uregulowań kodeksu postępowania administracyjnego( por. wyroki w sprawach II GSK 1075/13, II GSK 402/15, II GSK 479/15). Oznacza to, że - jakkolwiek, zgodnie z twierdzeniem skarżącego kasacyjnie, istnieją dwa etapy procedowania tj. przyznanie środków finansowych decyzją administracyjną a następnie zawarcie umowy cywilnoprawnej na podstawie art. 41 ww. ustawy, która określa zasady wykonywania projektu oraz skutki nienależytego wykonania lub niewykonania projektu – to zaznaczyć należy, że zawarcie umowy nie zmienia zasad finansowania projektu (rozliczenia środków finansowych uzyskanych na jego realizację) i nie wyłącza procedury administracyjnej właściwej dla tych zasad, które wynikają z faktu dysponowania przez NCBR środkami publicznymi.

Przede wszystkim w powyższym kontekście wskazać trzeba na charakter środków, którymi dysponuje Centrum a których przyznanie następuje decyzją administracyjną. Zwrócenia uwagi wymaga, że Centrum jest agencją wykonawczą w rozumieniu ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych, powołaną do realizacji zadań z zakresu polityki naukowej, naukowo-technicznej i innowacyjnej państwa (ust. 2 art. 1 ustawy o Centrum). Minister właściwy do spraw nauki, w drodze rozporządzenia, nadaje Centrum statut, w którym określa m.in. szczegółowy zakres zadań i tryb pracy organów Centrum - mając na uwadze sprawne i efektywne zarządzanie środkami finansowymi na badania naukowe i prace rozwojowe (ust. 5 art.1). Projekty o których mowa w ustawie o Centrum to przedsięwzięcia realizowane w ramach strategicznego programu badań naukowych i prac rozwojowych albo innych zadań Centrum, o których mowa w art. 29 i art. 30 ust. 1 i 2, zwanych dalej "innymi zadaniami Centrum", o określonej wartości finansowej, prowadzone w ustalonych ramach czasowych, na podstawie umowy o wykonanie i finansowanie w całości lub w części działań nim objętych, zawieranej między wykonawcą projektu a Centrum. Jak dalej wynika z art. 2 pkt 3 ustawy strategiczny program badań naukowych i prac rozwojowych to program określony w ramach jednego ze strategicznych kierunków badań naukowych lub prac rozwojowych, określony w Krajowym Programie Badań, o którym mowa w art. 4 ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki.

Stosownie do art. 5 pkt 1 ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 roku o zasadach finansowania nauki w brzmieniu właściwym dla sprawy, środki finansowe na naukę przeznacza się na strategiczne programy badań naukowych i prac rozwojowych oraz inne zadania finansowane przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju. Z art. 6 tej ustawy wynika, że Minister planuje wysokość środków finansowych na naukę w projekcie budżetu państwa, a po uchwaleniu ustawy budżetowej - w planie finansowym dotyczącym części budżetu państwa przeznaczonej na naukę na zadania, o których mowa w art. 5.

Zgodnie z art. 7 ustawy o zasadach finansowania nauki Minister przekazuje Centrum Rozwoju środki finansowe w formie:

1) dotacji celowej na realizację strategicznych programów badań naukowych i prac rozwojowych oraz innych zadań Centrum Rozwoju, o których mowa w art. 5 pkt 1, oraz na realizację badań naukowych lub prac rozwojowych na rzecz obronności i bezpieczeństwa państwa, określonych w art. 5 pkt 2, na wniosek Dyrektora Centrum Rozwoju;

2) dotacji podmiotowej na pokrycie bieżących kosztów zarządzania realizowanymi przez Centrum Rozwoju zadaniami, określonymi w art. 5 pkt 1 i 2;

3) dotacji celowej na finansowanie lub dofinansowanie kosztów inwestycji dotyczących obsługi realizacji zadań, określonych w art. 5 pkt 1 i 2.

Z powyższych regulacji wynika, że środki finansowe na wykonanie projektów, przyznawanych przez Centrum w drodze decyzji o której mowa w art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR przekazywane są przez Ministra w formie dotacji celowej i są przeznaczone m.in. na strategiczne programy badań naukowych i prac rozwojowych oraz inne zadania finansowane przez Centrum. Słuszne jest stanowisko Sądu I instancji, że środki przekazywane przez NCBR na podstawie art. 40 ust. 1 ustawy o NCBR są dotacjami celowymi, gdyż agencja wykonawcza, powołana do realizacji zadań państwa w obszarze nauki, finansuje te zadania z otrzymanej na ten cel dotacji celowej, którą wydatkuje - w tym przypadku - w formie decyzji administracyjnej. Agencja jest dysponentem środków publicznych, które w dalszym ciągu mają charakter dotacji celowej. Ma więc do niej zastosowanie tryb zwrotu określony w art. 169 u.f.p.

W dalszej części rozważań, wobec stanowiska skarżącego kasacyjnie odmawiającego środkom finansowym, którymi dysponuje charakteru dotacji celowej, otrzymywanej ze środków budżetowych na realizację projektów, odwołać należy się do art. 46 i 47 ustawy o Centrum. Zgodnie z tym ostatnim przepisem, wszystkie środki określone w art. 46 podlegają regulacji ustawy o finansach publicznych i ustawy o NCBR. Co istotne, skarżący kasacyjnie prezentując pogląd, że środki na realizację projektu nie stanowią dotacji celowej, nie podał jaki jego zdaniem jest status tych środków natomiast koncentrował się na twierdzeniu, że Centrum nie jest dysponentem środków budżetowych. Zdaniem NSA takie stanowisko nie znajduje podstaw w obowiązujących przepisach. Zauważyć trzeba, że art. 46 ust. 1 ustawy o Centrum stanowi, że przychodami Centrum są środki finansowe otrzymywane w formie dotacji celowej na zadania Centrum, w tym na badania naukowe. Jednocześnie Centrum, jak wyżej wskazano, jest agencją wykonawczą, zobowiązaną na mocy art. 22 ust. 1 ustawy o finansach publicznych corocznie wpłacać do budżetu państwa, na rachunek bieżący dochodów państwowej jednostki budżetowej obsługującej ministra sprawującego nadzór nad tą agencją, nadwyżkę środków finansowych ustaloną na koniec roku, pozostającą po uregulowaniu zobowiązań podatkowych, z zastrzeżeniem ust. 3. Jednocześnie NCBR jest organem administracji publicznej w znaczeniu funkcjonalnym. Nadto NCBR zobowiązane jest do stosowania zasad gospodarki finansowej określonych ustawą z dnia 27 sierpnia 2009 roku o finansach publicznych, co wynika z art. 10 ust.1 tej ustawy. W konsekwencji środki finansowe przekazywane Centrum na jego ustawową działalność są środkami publicznymi, które pochodzą m.in. z budżetu państwa (skarżący kasacyjnie bowiem nie wskazywał, że są to środki o których mowa w art. 46 ust. 2 ustawy o Centrum), co skutkuje koniecznością sporządzania przez NCBR rocznego planu finansowego a w sytuacji, gdy wydatki Centrum są niższe od zaplanowanych, Centrum zobligowane jest do dokonania zwrotu nadwyżki do budżetu państwa. Zgodnie z art. 60 pkt 4 u.f.p. wpłaty nadwyżek środków finansowych agencji wykonawczych zakwalifikowane zostały jako środki publiczne stanowiące niepodatkowe należności budżetowe o charakterze publicznoprawnym, do których na mocy odesłania z art. 67 ust. u.f.p. odpowiednie zastosowanie znajdują przepisy Działu III O.p., a więc także jak prawidłowo stwierdził Sąd I instancji przepisy o nadpłacie.

Odnosząc się do pozostałych zarzutów określonych w pkt 2 i 3 petitum skargi kasacyjnej, wskazać trzeba, że ich komplementarny charakter wymaga łącznego ich rozpoznania. W skardze kasacyjnej zarzucono naruszenie art. 41 ust. 1 ustawy o NCBR poprzez błędną jego wykładnię polegającą na przyjęciu, że umowa o wykonanie i finansowanie projektu, o której mowa w tym przepisie jest umową dotacji celowej, o której mowa w art. 150 ustawy o finansach publicznych, podczas gdy prawidłowa jego wykładnia nakazuje twierdzić, że umowa o wykonanie i finansowanie projektu, o której mowa w art. 41 ust. 1 ustawy o NCBR nie może zostać uznana za umowę dotacji celowej, o której mowa w art. 150 ustawy o finansach publicznych bowiem przepis ten jako stronę umowy dotacji celowej wskazuje dysponenta części budżetowej, którym NCBR nie jest.

Przede wszystkim, wbrew stanowisku kasatora Sąd I instancji nie dokonał wykładni przepisu art. 41 ustawy o Centrum w sposób wskazany w zarzutach. Zauważyć należy, że Sąd I instancji dokonując wykładni przepisu art. 40 tej ustawy, doszedł do wniosku, który zdaniem NSA zasługuje na aprobatę, że środki finansowe jakimi dysponowało Centrum, stanowiły w ramach realizacji jego ustawowych zadań dotację celową, otrzymywanych ze środków budżetu państwa zaś przy takiej konstrukcji prawnej przekazywania środków, NCBR była ich dysponentem. Sąd podkreślił, że środki o takim charakterze (dotacji celowej) zostały następnie przyznane w formie decyzji administracyjnej A. Zawarcie umowy cywilnoprawnej, o jakiej mowa w art. 41 ustawy o Centrum, nie zmieniło charakteru tych środków, z czym należy się zgodzić. Sąd I instancji niejako na marginesie odnosząc się do uznawanego sposobu przekazywania dotacji celowej wskazał niefortunnie jako przykład art. 150 u.f.p., który w niniejszej sprawie nie był przykładem właściwym. Nie zmienia to prawidłowego stanowiska Sądu, że w omawianej sprawie NCBR jako dysponent środków budżetowych zawarł umowę, do czego obligował art. 41 ustawy. Zwrócić uwagę należy, że przepis ten w sposób niemal identyczny określa warunki jakie powinna zawierać umowa, jak te wskazane w art. 150 u.f.p. Przepis ten stanowi podstawę dla dysponenta środków budżetowych, czyli Centrum - do zawarcia umowy, w sytuacji braku trybu i zasad udzielania lub rozliczania dotacji. Powyższe uregulowanie jest koherentne z art. 169 ust. 2 u.f.p., który wskazuje, że dotacjami udzielonymi z budżetu państwa podlegającymi zwrotowi są dotacje otrzymane z budżetu państwa w wysokości wyższej niż określona w odrębnych przepisach, umowie lub wyższej niż niezbędna na dofinansowanie lub finansowanie dotowanego zadania.

Z przedstawionych przyczyn Naczelny Sąd Administracyjny uznał za chybione podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa materialnego.

Zaprezentowane wyżej stanowisko skutkuje uznaniem, że zarzut naruszenia przepisu art. 149 1 pkt 1 p.p.s.a. w ramach podstawy z art. 174 pkt 2 p.p.s.a. nie jest usprawiedliwiony.

Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny wszystkie zarzuty kasacyjne uznał za nieusprawiedliwione i działając na podstawie art. 184 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji wyroku.