I SA/Rz 760/09 - Wyrok

Data orzeczenia	2009-12-17	
Data wpływu	2009-08-19	
Sąd	Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie	
Sędziowie	Jacek Surmacz /przewodniczący sprawozdawca/	
Symbol z opisem	6110 Podatek od towarów i usług	
Hasła tematyczne	Podatkowe postępowanie	
Skarżony organ	Dyrektor Izby Skarbowej	
Treść wyniku	Uchylono decyzję I i II instancji	
Powołane przepisy	Dz.U. 1997 nr 137 poz 926; art. 121; Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa.	
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie w składzie następującym: Przewodniczący S. NSA Maria Serafin-Kosowska Sędziowie NSA Jacek Surmacz /spr./ WSA Małgorzata Niedobylska Protokolant st.sek.sąd. Teresa Tochowicz po rozpoznaniu w Wydziale I Finansowym na rozprawie w dniu 3 grudnia 2009r. sprawy ze skargi "A" Spółka z o.o. w S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] lipca 2009r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia [...] kwietnia 2009r.nr [...] , 2) określa, że decyzje wymienione w pkt. 1) nie podlegają wykonaniu do chwili uprawomocnienia się wyroku, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej na rzecz skarżącej "A" Spółki z o.o. w S.kwotę 726 (słownie: siedemset dwadzieścia sześć) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.	
Uzasadnienie
I SA/Rz 760/09

UZASADNIENIE

Dyrektor Izby Skarbowej, decyzją z dnia (...) lipca 2009r. Nr (...), na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2005r., Nr 8, poz. 60 ze zm.; powoływanej dalej jako: Ordynacja podatkowa), po rozpatrzeniu odwołania wniesionego przez "A" Spółka z o.o. w S. (powoływana dalej jako: Spółka) od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia (...) kwietnia 2009r. Nr (...), odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r., w wysokości 24.200zł, utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.

W uzasadnieniu swojej decyzji Dyrektor Izby Skarbowej wskazał, że Spółka w dniu 5 sierpnia 2003r. złożyła korektę deklaracji dla podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r., wykazując nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 196.170zł, w tym do zwrotu na rachunek bankowy 11.170zł oraz do przeniesienia na następny miesiąc 185.000zł. W kolejnej korekcie, złożonej w dniu 12 listopada 2008r., Spółka wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 220.370zł, w tym do zwrotu na rachunek bankowy - 11.170zł, a do przeniesienia na następny miesiąc 209.200zł. W uzasadnieniu drugiej korekty Spółka wyjaśniła, że ta korekta oraz korekty dotyczące pozostałych miesięcy 2003r. związane są z treścią protokołu kontroli podatkowej, przeprowadzonej w Spółce przez Urząd Kontroli Skarbowej.

Naczelnik Urzędu Skarbowego, pismem z dnia 21 listopada 2008r., zawiadomił Spółkę, że deklaracje korygujące za okres od lipca 2003r. do czerwca 2006r. nie wywołują skutków prawnych, bowiem "za okresy rozliczeniowe od lipca do października 2003r. Naczelnik Urzędu Skarbowego wydał decyzję w przedmiocie podatku od towarów i usług, w zakresie zmiany kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy".

Spółka, powołując się na art. 75 Ordynacji podatkowej, pismem z dnia 5 grudnia 2008r., złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty za czerwiec 2003r. w wysokości 24.200zł i w uzasadnieniu wniosku podniosła, że "w wyniku korekt za okres od stycznia 2003r. do czerwca 2003r. zwiększeniu uległa kwota do przeniesienia na następny miesiąc - zatem Spółka powinna skorygować również deklaracje za następne okresy rozliczeniowe, przenosząc kwotę nadwyżki podatku na następny miesiąc, do momentu do kiedy powstało zobowiązanie i Spółka zapłaciła podatek VAT w wyższej wysokości".

Naczelnik Urzędu Skarbowego, decyzją z dnia (...) grudnia 2008r. Nr (...), odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r.

Spółka wniosła odwołanie od decyzji organu I instancji, a Dyrektor Izby Skarbowej, decyzją z dnia (...) marca 2009r. Nr (...), uchylił zaskarżoną decyzję i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji.

Naczelnik Urzędu Skarbowego, opisaną powyżej decyzją z dnia (...) kwietnia 2009r., odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r.

Spółka wniosła odwołanie od decyzji z dnia [...] kwietnia 2009r.

W ocenie Dyrektora Izby Skarbowej odwołanie nie zasługuje na uwzględnienie.

Organ odwoławczy wyjaśnił, że stosownie do art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Kwotą nadpłaconego podatku jest kwota nadwyżki dokonanej przez podatnika wpłaty nad wynikającą z ustawy (lub decyzji) kwotą podatku. Podatek nadpłacony to podatek zapłacony w kwocie wyższej niż należny. Z kolei podatek zapłacony nienależnie to kwota uiszczona przez podatnika w sytuacji, gdy nie było ustawowego obowiązku jej zapłacenia albo obowiązek ten istniał, ale wygasł.

Spółka w korekcie deklaracji złożonej w dniu 12 listopada 2008r. dokonała zwiększenia kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, przy jednoczesnym braku wpłat za wymieniony okres, a taka sytuacja nie stanowi podstawy do stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług. Oznacza to, że rozstrzygnięcie dokonane przez organ I instancji jest zasadne.

Odnosząc się do zarzutów sformułowanych w odwołaniu Dyrektor Izby Skarbowej stwierdził, że organ I instancji nie naruszył zasad ogólnych postępowania podatkowego, określonych w art. art. 121 i 122 Ordynacji podatkowej, gdyż działał w ramach zakreślonych przez przepisy prawa, a rozstrzygnięcie zawarte w zaskarżonej decyzji nie narusza przepisów prawa materialnego. W trakcie postępowania organ podatkowy I instancji nie naruszył przepisów postępowania.

Za niezasadny organ odwoławczy uznał również zarzut dotyczący naruszenia art. 86 ust. 19 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535 ze zm.; powoływanej dalej jako: ustawa z 2004r.), gdyż stan faktyczny występujący w przedmiotowej sprawie nie jest objęty dyspozycją tego przepisu. Nie naruszono również art. 87 ust. ust. 1, 2, 3 i 7 ustawy z 2004r., gdyż w wyniku złożonej korekty deklaracji za czerwiec 2003r. kwota podatku wykazana do zwrotu na rachunek bankowy pozostała bez zmian, zaś zwrot podatku nastąpił w dniu 2 września 2003r. - zgodnie z normą zawartą w art. 21 ust. 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11, poz. 50 ze zm.; powoływanej dalej jako: ustawa z 1993r.), która to ustawa wówczas obowiązywała.

Nie doszło również do naruszenia art. 2 Pierwszej Dyrektywy Rady 67/227/EWG z dnia 11 kwietnia 1967r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich dotyczących podatków obrotowych (Dz.Urz. UE L z 1967r., Nr 71, poz. 1301 ze zm.) i wyrażonej w nim zasady neutralności VAT. Decyzja organu I instancji nie ogranicza bowiem możliwości odliczenia przez stronę podatku naliczonego, wynikającego z nabyć związanych z działalnością opodatkowaną.

Powołany przez Spółkę wyrok NSA z 22 listopada 2006r. I FSK 111/06 (system informacji prawnej Lex Nr 197487) zapadł w odmiennym, niż w przedmiotowej sprawie, stanie faktycznym i w związku z tym wyrażony w nim pogląd nie może mieć wypływu na wynik przedmiotowej sprawy.

Skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia (...) lipca 2009r. Nr (...) wniosła Spółka, domagając się uchylenia tej decyzji w całości oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia (...) kwietnia 2009r. Nr (...), przy zasądzeniu kosztów postępowania według norm prawem przepisanych.

Spółka zarzuciła:

1) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, poprzez:

a) rażące naruszenie art. art. 72, 73, 75 Ordynacji podatkowej przez błędne uznanie, że kwota 24.200 zł, wynikająca z korekty deklaracji VAT-7 za czerwiec 2003r., wykazana w pozycji do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy nie stanowi nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r.,

b) rażące naruszenie art. 87 ustawy z 2004r. poprzez odmówienie Spółce prawa do obniżenia należnego podatku o różnicę, stanowiącą kwotę 24.200zł, pomiędzy podatkiem należnym a naliczonym, obejmującym przedstawiony okres podatkowy,

c) naruszenie dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, a w szczególności art. 168 lit. a Dyrektywy, ustanawiającego prawo do odliczenia podatku,

d) naruszenie art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej poprzez nieurzeczywistnianie zasady sprawiedliwości społecznej,

e) naruszenie art. 32 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej poprzez uznaniowe, nierówne pozbawienie skarżącej uprawnienia przysługującego jej na mocy obowiązującego prawa,

2) Naruszenie przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy poprzez:

a) naruszenie art. 120 Ordynacji podatkowej, nakazującego organom podatkowym działanie na podstawie przepisów prawa,

b) naruszenie art. 121 Ordynacji podatkowej, nakazującego prowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych,

c) naruszenie art. 122 Ordynacji podatkowej poprzez niedokładne wyjaśnienie stanu faktycznego oraz załatwienie sprawy w postępowaniu podatkowym.

W obszernych motywach skargi, między innymi, podkreślono że podatek będzie nadpłacony, jeśli nie ma wątpliwości co do istnienia obowiązku podatkowego, ale kwota wpłacona do budżetu przewyższa kwotę zobowiązania podatkowego. O istnieniu nadpłaty przesądzać będą zawsze przesłanki materialne. Odmówienie Spółce stwierdzenia nadpłaty narusza fundamentalne prawo podatnika wynikające z podstawowej cechy podatku od towarów i usług, mianowicie neutralności tego podatku. To fundamentalne prawo podatnika nie stanowi dla niego przywileju. W demokratycznym państwie prawnym nie może dochodzić do zaakceptowania sytuacji, że z powodów formalnych dochodzi do uszczuplenia mienia podatnika, wbrew istocie podatku od towarów i usług, która to istota została uregulowania w przepisach ustaw krajowych i w prawie wspólnotowym.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej wniósł o jej oddalenie, podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko i zaakcentował, że zaskarżone rozstrzygnięcie nie ogranicza możliwości odliczenia przez Spółkę podatku naliczonego, wynikającego z nabycia towarów i usług związanych z działalnością opodatkowaną. O zadysponowaniu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za dany okres rozliczeniowy przesądziły okoliczności sprawy, a w ich ramach, wola podatnika.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie zważył, co następuje:

Skarga jest uzasadniona.

W trakcie postępowania administracyjnego doszło do naruszenia zasady ogólnej postępowania podatkowego, a mianowicie zasady statuującej sposób prowadzenia tego postępowania, a określonej w art. 121 § § 1 i 2 Ordynacji podatkowej. Z mocy tego przepisu postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. Organy podatkowe w postępowaniu podatkowym obowiązane są udzielać niezbędnych informacji i wyjaśnień o przepisach prawa podatkowego pozostających w związku z przedmiotem tego postępowania.

Poza sporem pozostaje, że organ kontroli podatkowej - Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w protokole kontroli podatkowej z dnia (...) października 2008r. Nr (...), sporządzonym na podstawie art. 290 Ordynacji podatkowej, w zw. z art. 31 ustawy z dnia 28 czerwca 1991r. o kontroli skarbowej (Dz.U. z 2004r., nr 8, poz. 65 ze zm.) - przez inspektorów kontroli skarbowej, wskazał że w czerwcu 2003r. Spółka była uprawniona do odliczenia podatku naliczonego w wysokości 24.200,00 zł od opłaty czynszowej za czerwiec 2003r. (karta 9 protokołu), co znalazło odzwierciedlenie w sporządzonym tabelarycznym rozliczeniu VAT za czerwiec 2003r. (karta 10 i karta 11 protokołu). W tabeli wykazano kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy wyższą o 24.200,00 zł w stosunku do wykazanej przez Spółkę. Tabela została uzupełniona o informację, że Naczelnik Urzędu Skarbowego decyzją z dnia (...) października 2004r. Nr (...) określił za lipiec 2003r. kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 215.157,00zł. Spółka dokonała korekty deklaracji VAT-7 za lipiec 2003r. i wykazała kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc w wysokości wykazanej w tej decyzji. Zaznaczono dalej, że decyzja ta nie uwzględnia nieprawidłowości w zakresie wysokości zadeklarowanych przez podatnika kwot do przeniesienia za miesiące: od stycznia do czerwca 2003r. W związku z tym prawidłowa kwota nadwyżki podatku naliczonego z poprzedniego miesiąca tj. z czerwca 2003r. wynika z przedstawionego rozliczenia podatku za czerwiec 2003r.

Protokół, który doręczono Spółce, zawiera pouczenie że kontrolowany ma prawo, na podstawie art. 14c ust. 2 ustawy o kontroli skarbowej, w terminie 14 dni od doręczenia protokołu kontroli skorygować w zakresie objętym postępowaniem kontrolnym uprzednio złożone deklaracje podatkowe (informacje). Kontrolowany ma obowiązek, na podstawie art. 14c ust. 6 ustawy o kontroli skarbowej, nie później niż w terminie 3 dni, zawiadomić organ kontroli skarbowej o złożeniu do właściwego organu podatkowego deklaracji korygujących (informacji korygujących), w zakresie wskazanym powyżej, wraz z pisemnym uzasadnieniem przyczyn korekty, wskazać w szczególności że korekta deklaracji (informacji) jest związana z postępowaniem kontrolnym, prowadzonym przez ten organ.

Stosownie do treści tego protokołu Spółka, przy piśmie z dnia 31 października 2008r., złożyła w Urzędzie Skarbowym korekty deklaracji VAT-7 za okres: od stycznia do grudnia 2003r., przy czym we wspomnianym piśmie podała, że korekty zostały sporządzone w związku z otrzymanym protokołem kontroli podatkowej, wyżej opisanym.

W kolejnym piśmie Spółki do Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia 5 grudnia 2008r. (karta 3 akt administracyjnych) wniosła ona o stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług wynikającego z korekty deklaracji VAT-7 za czerwiec 2003r. w wysokości 24.200zł. W uzasadnieniu wniosku powołała się na pouczenie zawarte w opisanym wyżej protokole z kontroli podatkowej, przy czym podała, że po złożeniu korekt deklaracji między innymi za czerwiec 2003r. Naczelnik Urzędu Skarbowego zawiadomił, że złożone korekty od lipca 2003 do czerwca 2006r. nie wywołują skutków prawnych wobec istniejących prawomocnych decyzji dotyczących ostatnio wspomnianego okresu.

Okoliczności przytoczone w uzasadnieniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty znajdują potwierdzenie w piśmie Naczelnika Urzędu Skarbowego z (...) listopada 2008r. Nr (...), z którego wynika że organ ten poinformował Spółkę, że wobec wiedzy, że Naczelnik Podkarpackiego Urzędu Skarbowego wydał decyzje w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od lipca 2003r. do października 2003r., w zakresie zmiany kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, określona prawomocną decyzją nadwyżka podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy nie może być zmieniona przez podatnika deklaracją podatkową (korektą), ze względu na art. 81b § 3 Ordynacji podatkowej, który wyłącza prawo do złożenia deklaracji korygującej po kontroli podatkowej w zakresie podatku od towarów i usług.

Decyzją z dnia (...) grudnia 2008r. nr (...) Naczelnik Urzędu Skarbowego odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r. w wysokości 24.200zł, gdyż w zaistniałym stanie faktycznym nie doszło do nadpłaty podatku, gdyż za taką uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku (art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej). Kwota zwiększenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym nie stanowi nadpłaty w podatku od towarów i usług.

Dyrektor Izby Skarbowej, decyzją z dnia (...) marca 2009r. Nr (...), uchylił decyzję organu I instancji w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez Naczelnika Urzędu Skarbowego.

Naczelnik Urzędu Skarbowego, decyzją z dnia (...) kwietnia 2009r. Nr (...), odmówił stwierdzenia Spółce nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r. w wysokości 24.200zł, a Dyrektor Izby Skarbowej, decyzją z dnia (...) lipca 2009r. Nr (...), utrzymał w mocy tę decyzję. Dyrektor Izby Skarbowej w motywach swojej decyzji zauważył, że o zadysponowaniu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za dany okres rozliczeniowy do zwrotu na rachunek bankowy czy do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy przesądziły okoliczności sprawy - a w ich ramach - wola podatnika. Organ odwoławczy podkreślił, że odmowa stwierdzenia nadpłaty nie ogranicza możliwości odliczenia podatku naliczonego, a wynikła tylko z okoliczności sprawy, tym samym nie naruszono zasady neutralności VAT, a w konsekwencji nie naruszono postanowień art. 2 Pierwszej Dyrektywy Rady 67/227/EWG z dnia 11 kwietnia 1967r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich dotyczących podatków obrotowych (Dz.Urz. U.E. L. z 1967r. Nr 71 poz. 1301 ze zm.).

W tym miejscu należy podkreślić, że z mocy art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.; powoływanej dalej jako: p.p.s.a.) sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Użyte sformułowanie: "danej sprawy" należy rozumieć jako sprawę w pojęciu materialnym, a więc w pojęciu stosunku publiczno-prawnego pomiędzy Państwem a podatnikiem. W okolicznościach niniejszej sprawy chodzi o "rozliczenie" podatku od towarów i usług za czerwiec 2003r. W znaczeniu procesowym przedmiotem decyzji zaskarżonej do sądu jest odmowa stwierdzenia nadpłaty Spółce za czerwiec 2003r.

Co do zasady organy prawidłowo wskazują, że z mocy art. 72 § 1 definicja nadpłaty jest taka, że za nadpłatę uważa się m.in. kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Z kolei zasada neutralności, będąca immanentną cechą podatku od towarów i usług, również na gruncie ustawy z 1993r., stanowi że - najogólniej rzecz biorąc - podatnik ma prawo do uwzględnienia w rozliczeniu podatku od towarów i usług podatku naliczonego, który pomniejsza podatek należny. W określonych sytuacjach różnica (nadwyżka) podatku naliczonego podlega zwrotowi albo przeniesieniu na następny okres rozliczeniowy. Prawo do uwzględnienia podatku naliczonego - co podkreśla się w doktrynie - nie jest przywilejem podatnika, ani ulgą, ale stanowi jeden z podstawowych elementów konstrukcyjnych podatku od towarów i usług i ograniczenie tej zasady może nastąpić wyjątkowo, w ściśle określonych sytuacjach (wynikających z ustawy). Tymczasem w przedmiotowej sprawie doszło do zakłócenia tej zasady z przyczyn, które należy określić jako "procesowe".

Mianowicie organ kontroli skarbowej dokonując kontroli podatkowej stwierdził, że Spółka nie uwzględniła całego podatku naliczonego i w związku z tym dokonał symulacji tabularycznej prawidłowego rozliczenia i wskazał na możliwość dokonania korekty. Organ podatkowy, któremu Spółka złożyła korekty deklaracji, pismem poinformował o prawnej bezskuteczności tych korekt, a następnie po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty za czerwiec 2003r. właściwe organy odmówiły stwierdzenia nadpłaty, powołując się definicję nadpłaty oraz prawomocne decyzje Naczelnika Urzędu Skarbowego, między innymi na decyzję z dnia (...) października 2004r. Nr (...), określającą Spółce za lipiec 2003r. kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 215.157zł. Organy wskazały, że określenie w sposób prawomocny kwoty podatku do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy uniemożliwia korektę za poprzedni miesiąc, gdyż uwzględnienie tej korekty musiałoby mieć wpływ na rozliczenie VAT za lipiec 2003r., a co do tego miesiąca funkcjonuje w obrocie prawnym ostateczna i prawomocna decyzja.

Należy zauważyć, że wspomniana decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia [...] października 2004r. została wydana z rażącym naruszeniem prawa, gdyż włączenie podatników wymienionych w art. 5 ust. 9b pkt 7 lit.a ustawy z dnia 21 czerwca 1996r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz.U. Nr 106, poz. 489 ze zm.) w brzmieniu ustalonym przez art. 15 ustawy z dnia 27 czerwca 2003r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302), do danej kategorii podatników, o których mowa w art. 5a ust. 1 pkt 1 wspomnianej ustawy o urzędach i izbach skarbowych, nastąpiło z chwilą zaistnienia okoliczności wskazanych w art. 5 ust. 9 pkt 7 lit.a, nie wcześniej jednak niż dnia 1 stycznia 2004r. Oznacza to, że zmiana właściwości Naczelnika Urzędu Skarbowego dla tych podatników nastąpiła zatem najwcześniej z dniem 1 stycznia 2005r. (wyrok WSA w Rzeszowie z dnia 30 czerwca 2005r. sygn. I SA/Rz 329/04, wyrok WSA w Warszawie z dnia 13 maja 2005r. - sygn. akt III SA/Wa 2307/04, a także uchwała NSA z 30 marca 2009r. sygn. akt II FPS 8/08).

Oczywiście zasada trwałości decyzji administracyjnych uniemożliwiała organom zignorowanie decyzji z dnia 14 października 2004r., z tym że organy dostrzegając kwalifikowaną wadliwość tej decyzji miały możliwość zainicjowania postępowania nadzwyczajnego w przedmiocie stwierdzenia nieważności tej decyzji (art. 247 § 1 pkt 2 albo pkt 3 Ordynacji podatkowej). Sąd oczywiście nie jest uprawniony do rozstrzygnięcia sprawy podatkowej i nie wypowiada się tym bardziej o skuteczności takiego postępowania, chociażby z uwagi na ewentualny upływ terminów przedawnienia, z tym jednak że nawet w takiej sytuacji organ podatkowy, rozstrzygający sprawę o stwierdzenie nieważności decyzji w rozstrzygnięciu stwierdza, że decyzja zawiera wady określone w art. 247 § 1 Ordynacji, oraz wskazuje okoliczności uniemożliwiające stwierdzenie nieważności decyzji (art. 247 § 3 Ordynacji podatkowej). Gdyby się okazało, że w potencjalnym postępowaniu o stwierdzenie nieważności decyzji zapadło takie rozstrzygnięcie albo rozstrzygnięcie, o którym mowa w art. 249 Ordynacji podatkowej to stanowiłoby to podstawę do rozważenia czy w tej konkretnej sytuacji faktyczno-prawnej nie nastąpiła nadpłata podatku, mając na względzie definicję nadpłaty z art. 72 Ordynacji podatkowej. Skoro bowiem organ administracji publicznej swoim działaniem doprowadził do zakłócenia zasady neutralności to kwota podatku naliczonego, która nie mogła być uwzględniona przez podatnika, może być uznana za kwotę nadpłaty.

Poprzestanie natomiast przez organ, do którego Spółka wystąpiła z korektą deklaracji, zgodnie z treścią protokołu z kontroli podatkowej przeprowadzonej przez organ kontroli skarbowej, a następnie wskutek sugestii tego organu o bezskuteczności złożonej korekty deklaracji, wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty, na odmowie uwzględnienia wniosku Spółki w tym przedmiocie uznać należy za naruszające w sposób oczywisty zasadę wyrażoną w art. 121 Ordynacji podatkowej.

Takie rozstrzygnięcie narusza zaufanie do organów podatkowych. W doktrynie przyjmuje się jednolicie, że naruszenie jednej z podstawowych zasad postępowania stanowi samodzielną podstawę do wyeliminowania zaskarżonej decyzji z obrotu prawnego.

Przy przyjęciu konieczności zainicjowania postępowania o stwierdzenie nieważności niezbędnym okaże się rozważenie kwestii zawieszenia postępowania, zakończonego zaskarżoną do Sądu decyzją.

Mając na uwadze powyższe Sąd stwierdził, że w trakcie postępowania podatkowego doszło do naruszenia przepisów postępowania i naruszenie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit.c p.p.s.a.). Ponieważ do naruszenia tych przepisów doszło również przed organem I instancji, Sąd wyeliminował z obrotu prawnego decyzją wydaną przez ten organ. W obrocie pozostała decyzja organu odwoławczego z dnia [...] marca 2009r., którą organ ten uchylił decyzję organu I instancji z dnia [...] grudnia 2008r. Tak więc sprawa będzie przedmiotem postępowania przed organami I instancji.

Sąd orzekł również po myśli art. 152 p.p.s.a. i o kosztach postępowania sądowego, które sprowadzają się do wysokości uiszczonego wpisu od skargi.