Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Anna Sokołowska Sędziowie Sędzia WSA Wiesława Achrymowicz (spr.), Sędzia WSA Jolanta Kwiecińska Protokolant starszy inspektor sądowy Anna Kalisiak po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 15 lipca 2026 r. sprawy ze skargi P. P. na decyzję Inne z dnia [...] lutego 2026 r. nr [...] w przedmiocie podatku od nieruchomości za 2017 r. oraz nadpłaty w tym podatku I. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Burmistrza N. W. z dnia 16 grudnia 2025 r., nr [...]; II. zasądza od Inne na rzecz strony skarżącej P. P. kwotę [...]([...]) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Zaskarżoną decyzją Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Szczecinie (organ) utrzymało w mocy decyzję Burmistrza N. W. (organ I instancji) z 16 grudnia 2025 r. wydaną po rozpatrzeniu wniosku P. S.A. w P. (spółka) o stwierdzenie nadpłaty. W tej decyzji organ I instancji:

- określił spółce zobowiązanie z tytułu podatku od nieruchomości za 2017 r. w wysokości [...] zł;

- stwierdził nadpłatę spółki podatku od nieruchomości za 2017 r. w kwocie [...]zł;

- odmówił spółce stwierdzenia nadpłaty podatku od nieruchomości za 2017 r. co do kwoty [...]zł.

W uzasadnieniu tej treści rozstrzygnięcia organ wyjaśnił, że postępowanie podatkowe zostało zainicjowane wnioskiem spółki złożonym organowi I instancji 20 grudnia 2021 r., w którym spółka domagała się stwierdzenia nadpłaty podatku od nieruchomości za lata 2017-2021 r. w kwocie [...]zł. Do wniosku spółka dołączyła korekty deklaracji podatku od nieruchomości.

Spółka argumentowała, że posiada infrastrukturę kolejową, wchodzącą w skład bocznicy kolejowej w T. , która podlega zwolnieniu z podatku od nieruchomości.

Według organu I instancji, zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych (Dz.U.2016.716 ze zm. w brzmieniu dla rozpatrywanego roku podatkowego - u.p.o.l.) objęło:

- budowle bocznicy kolejowej o wartości [...] zł z oświetleniem o wartości [...] zł;

- część działki nr [...] w obrębie B. o powierzchni [...] m2 zajętą na infrastrukturę kolejową.

Zgodnie z wyjaśnieniami spółki organ I instancji przyjął, że tory na działce nr [...] zajmują powierzchnię [...].

W rezultacie organ I instancji stwierdził, że nadpłata wyniosła [...] zł. Spółka wpłaciła tytułem podatku od nieruchomości za 2017 r. [...] zł. Po odliczeniu nadpłaty wysokość zobowiązania spółki z tytułu podatku od nieruchomości za 2017 r. stanowiła wielkość [...] zł.

Spółka nie zgodziła się ze stanowiskiem organu I instancji. Argumentowała, że na całej działce nr [...] znajdują się elementy infrastruktury kolejowej.

Są to: place, hale rozładunkowe, zbiorniki paliwa, do których paliwo jest dostarczane koleją i odbierane. W związku z tym, zdaniem spółki, zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. powinno objąć powierzchnię bazy paliw w wymiarze [...] ha, w tym teren ogrodzony [...] ha. Na tym obszarze znajdują się zbiorniki i rurociągi wykorzystywane do podstawowej działalności gospodarczej spółki w zakresie magazynowania i wydawania paliw ciekłych.

Rozpatrując sprawę w instancji odwoławczej, organ podzielił zapatrywanie organu I instancji.

Nawiązał do art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., art. 4 pkt 10 ustawy o transporcie kolejowym (Dz.U.2016.1727 ze zm. w brzmieniu dla rozpatrywanego roku podatkowego - u.t.k.) i motywował, że grunt także może podlegać omawianemu zwolnieniu podatkowemu o ile jest zajęty na infrastrukturę kolejową, a konkretnie znajduje się pod torami bocznicy kolejowej. Warunek ten spełnia część działki nr [...] o powierzchni [...] m2, zgodnie z twierdzeniami spółki.

Natomiast okoliczność, że na pozostałej powierzchni działki nr [...] znajduje się baza paliw (zbiorniki paliwa, rurociągi dla paliwa, place i hale rozładunkowe dostarczanego i odbieranego paliwa oraz zieleń) nie ma znaczenia dla sprawy. Wymienione składniki majątkowe nie stanowią infrastruktury kolejowej, lecz obiekty, czy budowle służące podstawowej działalności spółki.

Następnie organ odnotował uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. III FPS 3/25. Tłumaczył, że zgodnie z treścią tej uchwały sporne zwolnienie podatkowe dotyczy poza gruntami i obiektami stanowiącymi infrastrukturę kolejową, tych gruntów, które są przeznaczone do zarządzania infrastrukturą, obsługi przewożonych rzeczy czy osób, utrzymania infrastruktury kolejowej oraz są niezbędne do obsługi infrastruktury kolejowej, a nie innych elementów niż infrastruktura kolejowa, jak: baza paliw, rurociągi, place, hale związane z bazą paliw, które służą dostarczaniu i odbieraniu ze zbiorników paliwa.

W ocenie organu, podobnie jak organu I instancji, przedstawiane przez spółkę: regulamin bocznicy kolejowej, statut sieci kolejowej, a także umowy o współpracy i wzajemnym przekazywaniu przesyłek kolejowych dowodzą udostępniania infrastruktury kolejowej, to jest korzystania z tej infrastruktury przez licencjonowanych przewoźników kolejowych.

Z tym uzasadnieniem organ utrzymał w mocy decyzję organu I instancji z 16 grudnia 2025 r.

Spółka złożyła skargę na powyższą decyzję organu.

Zarzuciła naruszenie:

- art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., załącznika nr 1 do u.t.k. przez stwierdzenie, że zwolnieniu z opodatkowania podatkiem od nieruchomości podlega wyłącznie powierzchnia gruntu bezpośrednio zajęta pod tory kolejowe z pominięciem obszaru koniecznego do obsługi obiektów wymienionych w załączniku nr 1 do u.t.k. oraz wyłączonego przez infrastrukturę kolejową z możliwości wykorzystywania do innych celów;

- art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., art. 4 pkt 9, art. 51, art. 53 u.t.k. w wyniku zawężenia zakresu spornego zwolnienia podatkowego wyłącznie do gruntów bezpośrednio zajętych pod tory kolejowe;

- art. 122 § 1, art. 187 § 1, § 3, art. 191 ustawy Ordynacja podatkowa (Dz.U.2026.622 ze zm. - O.p.) z powodu nieuwzględnienia materiału dowodowego zgromadzonego w sprawie, w szczególności: - dokumentacji technicznej i planistycznej dotyczącej działki nr [...] pozwalającej na ustalenie, jaka część tej działki stanowi obszar koniecznej obsługi infrastruktury kolejowej oraz jakie części gruntu, z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową, nie mogą być wykorzystane do realizacji innych celów; - powszechnie znanego faktu, że infrastruktura kolejowa zlokalizowana na działce nr [...] stanowi funkcjonalnie powiązany zespół obiektów i urządzeń (tory, place, drogi wewnętrzne, urządzenia techniczne, strefy bezpieczeństwa);

- art. 120, art. 121 O.p., art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., art. 2, art. 84, art. 217 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej (Dz.U.1997.78.483 ze zm.) w rezultacie odstąpienia od wykładni literalnej przepisu ustawy podatkowej i rozstrzygnięcia sprawy na niekorzyść podatnika.

W następstwie formułowanych zarzutów spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji organu w całości oraz o zasądzenie kosztów postępowania sądowego.

W uzasadnieniu zarzutów i wniosków zawartych w skardze spółka akcentowała, że organy - co do zasady - przyznały jej prawo do skorzystania ze zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l.

Wobec tego w świetle uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. III FPS 3/25 spornemu zwolnieniu podatkowemu powinny podlegać grunty, które:

- są zajęte przez obiekty budowlane, wchodzące w skład infrastruktury kolejowej;

- obejmują obszar koniecznej obsługi tych obiektów;

- z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową nie mogą być wykorzystane ze względów prawnych do realizacji innych celów.

W konsekwencji, zdaniem spółki, istotne znaczenie miał art. 53 u.t.k., który wyznacza odległości, w jakich mogą być sytuowane nasadzenia, budowle i budynki od granicy obszaru kolejowego, między innymi od torów, a tym samym powierzchnię gruntu objętą zwolnieniem z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l.

Ponadto, jeżeli na działce znajdują się takie obiekty jak: place, hale rozładunkowe, zbiorniki paliwa, do których paliwo dostarczane i odbierane jest drogą kolejową, to powierzchnia pod placami, halami, zbiornikami paliwa również powinna zostać zwolniona z podatku od nieruchomości. Obszar ten służy bowiem realizacji celu omawianego zwolnienia podatkowego w postaci wspierania towarowego transportu kolejowego.

Takie stanowisko i okoliczności spółka przedstawiła organom już w toku postępowania podatkowego. Wskazując powierzchnię [...] m2, spółka wyraźnie zaznaczyła, że jest to jedynie obszar bezpośrednio zajęty pod tory kolejowe, bo została wezwana do podania konkretnie takiej informacji.

W ocenie spółki, organy pominęły, że cała działalność prowadzona na działce nr [...] jest funkcjonalnie podporządkowana obsłudze bocznicy kolejowej i organizacji ruchu towarowego przesyłek kolejowych. Paliwa są dostarczane na teren bazy wyłącznie transportem kolejowym. Prowadzona na tej działce działalność odbywa się w pełnym zakresie z wykorzystaniem bocznicy kolejowej. Oznacza to, że:

- drogi technologiczne, place manewrowe, obszary bezpośrednio przyległe do torów, strefy bezpieczeństwa są w praktyce "obszarem koniecznej obsługi" infrastruktury kolejowej;

- są to grunty, które z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową i związane z nią ograniczenia prawne, nie mogą być zagospodarowane w sposób sprzeczny z funkcją kolejową (np. przez zabudowę niezwiązaną z ruchem kolejowym).

W podsumowaniu spółka stwierdziła, że zwolnieniu z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. powinna podlegać cała powierzchnia działki nr [...], bowiem w całości służy obsłudze kolejowego transportu paliwa.

Natomiast przy przyjęciu ostrożniejszej wykładni omawiane zwolnienie podatkowe powinno objąć - według wyliczeń spółki - przynajmniej [...] m˛.

Organ, odpowiadając na skargę, wniósł o jej oddalenie. W całości podtrzymał stanowisko i argumenty przedstawione w zaskarżonej decyzji.

Akcentował, że przy rozpatrywaniu wniosku spółki o stwierdzenie nadpłaty nie miał obowiązku prowadzenia dowodów ponad te przedstawione przez spółkę oraz dostępne z urzędu ani wyjaśniania, jaka powierzchnia gruntu została zajęta pod infrastrukturę kolejową i w konsekwencji, w jakiej wysokości spółce przysługuje zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. Z twierdzeń spółki wynikało, że działka nr [...] służyła jej działalności gospodarczej poza powierzchnią zajętą pod bocznicę kolejową.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie zważył, co następuje:

Skarga spółki zasługuje na uwzględnienie, gdyż kontrolowana decyzja organu i decyzja organu I instancji z 16 grudnia 2025 r. nie są zgodne z prawem.

Spór spółki z organem koncentrował się na kwestii zakresu zwolnienia z podatku od nieruchomości gruntu, wchodzącego w skład infrastruktury kolejowej.

Organ przyjął bowiem, że zwolnieniu z podatku od nieruchomości podlegała jedynie powierzchnia działki nr [...], która została zajęta pod tory. Stwierdził, że nie miał przy tym obowiązku ustalania żadnych dodatkowych okoliczności, skoro rozpatrywał i rozstrzygał wniosek spółki o stwierdzenie nadpłaty.

Natomiast spółka argumentowała, że w świetle uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. III FPS 3/25 omawiane zwolnienie podatkowe obejmowało nie tylko powierzchnię pod torami, ale również:

- zajętą przez obiekty budowlane, wchodzące w skład infrastruktury kolejowej;

- związaną z konieczną obsługą tych obiektów;

- wyłączoną z mocy prawa z wykorzystywania do innych celów z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową.

W ocenie sądu, w tak zarysowanym sporze zapatrywanie spółki należało zaaprobować z punktu widzenia prawa.

W myśl art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która:

a) jest udostępniana przewoźnikom kolejowym lub

b) jest wykorzystywana do przewozu osób, lub

c) tworzy linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1435 mm.

W pierwszej kolejności należy zatrzymać się na orzeczeniu C-453/23 (por. system elektroniczny LEX), w którym TSUE odpowiedział na pytania prejudycjalne postawione przez Naczelny Sąd Administracyjny w sprawie sygn. III FSK 3/22 w brzmieniu:

1) Czy w świetle art. 107 ust. 1 Rozporządzenia Rady Nr 659/1999 ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 (Dz.U.UE.L.1999.83.1 ze zm. - TFUE) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym?

2) Czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie pierwsze przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 TFUE w związku z art. 2 rozporządzenia 2015/1589, jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?

TSUE przyjął, że art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści.

Przypomniał, że zgodnie z utrwalonym orzecznictwem TSUE dany środek można uznać za pomoc państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE tylko wówczas, gdy spełnione są wszystkie następujące przesłanki. Po pierwsze, musi mieć miejsce interwencja państwa lub interwencja przy użyciu zasobów państwowych. Po drugie, interwencja ta musi być w stanie wpłynąć na wymianę handlową między państwami członkowskimi. Po trzecie, musi ona przyznawać beneficjentowi selektywną korzyść. Po czwarte, musi zakłócać konkurencję lub grozić jej zakłóceniem.

Państwa członkowskie powinny powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym.

Poza tym art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. określa w sposób ogólny i abstrakcyjny beneficjentów rozpatrywanego w postępowaniu głównym zwolnienia, które może zostać im przyznane wyłącznie na podstawie tego przepisu ustawowego. W tych okolicznościach do sądu odsyłającego należy ustalenie, czy zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego - ze względu na zasady, jakie przewiduje - zapewnia swym beneficjentom w porównaniu z ich konkurentami znaczną korzyść i prowadzi w istocie do uprzywilejowania przedsiębiorstw uczestniczących w wymianie handlowej pomiędzy państwami członkowskimi.

W celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne.

W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za selektywny należy:

- po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli normalny system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim;

- po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej;

- po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują.

Istnienie korzyści ekonomicznej w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE może zostać stwierdzone tylko w porównaniu z tak zwanym normalnym opodatkowaniem. W tym względzie należy podkreślić, po pierwsze, że określenie ram odniesienia powinno wynikać z obiektywnej analizy treści, systematyki i konkretnych skutków norm mających zastosowanie na mocy prawa tego państwa. Selektywności środka podatkowego nie można oceniać w świetle ram odniesienia obejmujących kilka przepisów prawa danego państwa członkowskiego, które sztucznie wyodrębniono z szerszych ram prawnych. W konsekwencji jeżeli dany środek podatkowy jest nierozerwalnie związany z ogólnym systemem podatkowym danego państwa członkowskiego, należy odwołać się do tego systemu. Natomiast jeżeli okazuje się, że taki środek daje się wyraźnie oddzielić od wspomnianego systemu ogólnego, nie można wykluczyć, że ramy odniesienia, które należy wziąć pod uwagę, są węższe niż ten ogólny system, a nawet że są one tożsame z samym środkiem, gdy jawi się on jako norma z własną samodzielną logiką prawną i gdy niemożliwe jest wskazanie spójnej całości normatywnej poza tym środkiem.

Poza dziedzinami, w których prawo podatkowe Unii jest przedmiotem harmonizacji, to dane państwo członkowskie, wykonując swoje własne kompetencje w dziedzinie podatków bezpośrednich i w poszanowaniu swojej autonomii podatkowej, określa cechy konstytutywne podatku, które definiują co do zasady ramy odniesienia lub normalny system podatkowy, na podstawie których należy analizować przesłankę dotyczącą selektywności.

Określenie cech konstytutywnych podatku obejmuje podstawę opodatkowania, zdarzenie powodujące powstanie obowiązku podatkowego, ale również ewentualne zwolnienia z tego podatku. Ponieważ co do zasady konstytutywne cechy podatku definiują ramy odniesienia, w świetle których należy przeprowadzić badanie przesłanki selektywności, ogólne i abstrakcyjne zwolnienie z podatku bezpośredniego, takie jak zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego, zwykle nie jest kwalifikowane jako pomoc państwa. W zakresie, w jakim uznaje się, że zwolnienie to jest nierozerwalnie związane z normalnym systemem podatkowym, nie może ono bowiem co do zasady przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. Takie stwierdzenie wynika z autonomii przyznanej państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich, która oznacza, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie. Państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia.

Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TFUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową.

Jednakże, po pierwsze, zawarty w pkt 50 niniejszego wyroku wniosek pozostaje bez uszczerbku dla możliwości stwierdzenia, że same ramy odniesienia wynikające z prawa krajowego są niezgodne z prawem Unii w dziedzinie pomocy państwa, ponieważ przedmiotowy system podatkowy został ukształtowany zgodnie z ewidentnie dyskryminującymi parametrami mającymi na celu obejście tego prawa. Po drugie, w drodze odstępstwa od tego, co wskazano w pkt 50 niniejszego wyroku, należy zauważyć, że ogólnego i abstrakcyjnego zwolnienia z podatku bezpośredniego nie można uznać za należące do normalnego systemu podatkowego, jeżeli określone we właściwych uregulowaniach przesłanki skorzystania z tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności. W ten sposób powstaje spójna kategoria przedsiębiorstw. Tymczasem okoliczność, że jedynie taka spójna kategoria przedsiębiorstw może korzystać ze zwolnienia podatkowego, może potwierdzać potencjalnie dyskryminujący i antykonkurencyjny charakter tego zwolnienia, mimo że same ramy odniesienia nie zostały ukształtowane zgodnie z ewidentnie dyskryminującymi parametrami w rozumieniu orzecznictwa przypomnianego w pkt 53 niniejszego wyroku. Jest tak w szczególności w przypadku ogólnych i abstrakcyjnych zwolnień podatkowych zastrzeżonych pod względem prawnym lub faktycznym dla przedsiębiorstw, które posiadają określoną strukturę kapitałową, działają w określonym sektorze geograficznym lub gospodarczym i mają niewielkie rozmiary lub - przeciwnie - dysponują znacznymi środkami finansowymi, lub też nie zatrudniają żadnego pracownika na terytorium kraju.

Natomiast w przypadku gdy przewidziane przez system zwolnienia podatkowego przesłanki nie odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, nierozerwalnie związanych z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności, system ten podlega normalnemu systemowi podatkowemu. Przesłanki przyznania takiego zwolnienia podatkowego wydają się bowiem neutralne z punktu widzenia konkurencji, a fakt, że niektóre przedsiębiorstwa spełniają te przesłanki, podczas gdy inne ich nie spełniają, stanowi okoliczność niemającą znaczenia w świetle przepisów w dziedzinie pomocy państwa.

TSUE uściślił, że prawdą jest, iż fakt uzależnienia zwolnienia podatkowego od spełnienia pewnych przesłanek musi oznaczać, że ze zwolnienia tego korzysta jedynie grupa przedsiębiorstw, które są w stanie spełnić owe przesłanki. Jednakże TSUE miał już okazję orzec, że okoliczność, iż tylko przedsiębiorstwa, które spełniają przesłanki danego środka, mogą z niego skorzystać, nie może sama w sobie nadawać temu środkowi selektywnego charakteru.

Oznacza to w szczególności, że zwolnienie podatkowe, którego stosowanie zależy od wyników przedsiębiorstw, nie wydaje się jako takie selektywne. O ile spełnione są przesłanki wymienione w pkt 56 niniejszego wyroku, to samo dotyczy co do zasady zwolnień podatkowych, których stosowanie jest uzależnione na przykład od określonej polityki rekrutacyjnej lub od określonych działań w dziedzinie ochrony środowiska.

Ponadto okoliczność, że zwolnienie podatkowe jest przyznawane niezależnie od tego, czy podatnicy podatku, do którego się ono odnosi, prowadzą działalność gospodarczą, stanowi wskazówkę co do tego, że zwolnienie to wchodzi w zakres ram odniesienia.

Nawet jeśli powinno się uznać, że ogólne i abstrakcyjne zwolnienie z podatku bezpośredniego nie wchodzi w zakres ram odniesienia, nie staje się ono automatycznie selektywne. W takim przypadku należy bowiem zbadać, czy przedsiębiorstwa będące beneficjentami tego zwolnienia znajdują się, w świetle celu realizowanego przez te ramy odniesienia, w sytuacji faktycznej i prawnej porównywalnej z sytuacją przedsiębiorstw, które nie korzystają z tego zwolnienia. Jeśli tak jest, zwolnienie to zostanie uznane za selektywne, chyba że można wykazać, iż wynikające z niego zróżnicowanie pomiędzy przedsiębiorstwami wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który wpisuje się owo zwolnienie.

Zdaniem TSUE, w świetle powyższych rozważań sąd odsyłający powinien zbadać, czy art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. może przyznawać selektywną korzyść przedsiębiorstwom korzystającym z tego zwolnienia w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. W tym względzie z akt sprawy, którymi dysponuje TSUE, wynika, że system prawny podatku od nieruchomości wynikający z tej ustawy stanowi normalny system podatkowy, a w konsekwencji ramy odniesienia, mające zastosowanie w niniejszej sprawie. Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów, będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. Przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii.

Zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego przyznaje się osobom podlegającym opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości, pod warunkiem że posiadają one grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.

Tymczasem - z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający - przesłanka ta nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 niniejszego wyroku. Przeciwnie, wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. Wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego, będącego przedmiotem postępowania głównego, odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności. Zwolnienie to wydaje się zatem opierać na neutralnym kryterium, które ma zastosowanie niezależnie między innymi od sektorów lub rodzajów działalności gospodarczej przedsiębiorstw, będących beneficjentami lub od ich formy prawnej. Wynika z tego, że - z zastrzeżeniem weryfikacji przez ten sąd - wspomniane zwolnienie należy uznać za stanowiące część ram odniesienia mających zastosowanie w niniejszej sprawie. Wydaje się, że te ramy odniesienia mają autonomiczną logikę prawną z własnymi celami i że owych ram nie można powiązać ze spójną całością normatywną, która ma wobec nich zewnętrzny charakter.

Poza tym z wniosku o wydanie orzeczenia w trybie prejudycjalnym wynika, że system podatku od nieruchomości realizuje nie tylko cel budżetowy, zasadniczy dla samej funkcji podatku, lecz również - za pomocą zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowaniu głównego - cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu odnośnych przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy. Tymczasem państwo członkowskie w ramach przysługującej mu autonomii podatkowej może w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia.

Z akt sprawy, którymi dysponuje TSUE, nie wynika w żaden sposób, że te ramy odniesienia ukształtowano zgodnie z ewidentnie dyskryminującymi parametrami, mającymi na celu obejście prawa Unii w dziedzinie pomocy państwa.

Według TSUE - z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający - z całości powyższych rozważań wynika, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom, będącym beneficjentami tego zwolnienia.

Jednocześnie TSUE zaznaczył, że gdyby sąd odsyłający doszedł do wniosku, zgodnie z którym zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego przysparza selektywnej korzyści, nasunie się wówczas pytanie, czy zwolnienie to spełnia przesłankę wspomnianą w pkt 36 niniejszego wyroku, zgodnie z którą rozpatrywany środek musi zakłócać konkurencję lub grozić jej zakłóceniem. W tym względzie należy przypomnieć, że nie trzeba wykazać rzeczywistego zakłócenia konkurencji, lecz jedynie zbadać, czy środek ten może zakłócać konkurencję. Taka przesłanka jest spełniona, jeżeli w chwili wejścia w życie rzeczonego środka na danym rynku istnieje skuteczna konkurencja, ponieważ okoliczność, że dany sektor gospodarki został zliberalizowany na szczeblu Unii, może oznaczać rzeczywisty lub potencjalny wpływ pomocy na konkurencję. Ponadto TSUE orzekł już, że środki, które - tak jak zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego - mają na celu zwolnienie przedsiębiorstwa z kosztów, jakie w normalnych warunkach musiałoby ono ponosić w związku z codziennym zarządzaniem lub zwykłą działalnością, zakłócają co do zasady warunki konkurencji. Do sądu odsyłającego należy dokonanie oceny, czy zwolnienie to w świetle jego ogólnych cech zakłóca konkurencję lub grozi jej zakłóceniem, bez konieczności badania przez ten sąd indywidualnej sytuacji każdego przedsiębiorstwa.

Kierując się przytoczonymi wyżej argumentami TSUE, sąd ocenił, że - co do zasady - unijny reżim prawny przewidziany dla pomocy państwa nie wyklucza stosowania art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. (por. prawomocnie zakończona sprawa sygn. I SA/Sz 143/23).

Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale sygn. III FPS 3/25 (por. strona internetowa orzeczenia.nsa.gov.pl) przyjął, że sformułowanie zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia jedynie tych części gruntu, które zostały zajęte pod budynki i budowle tworzące infrastrukturę kolejową (usytuowane na obszarze kolejowym).

W motywach przytoczonej uchwały Naczelny Sąd Administracyjny - z nawiązaniem do wyroku TSUE C-453/23 i do kryterium selektywnej korzyści - wyjaśnił, że objęcie całej działki ewidencyjnej zwolnieniem podatkowym, nawet wówczas, gdy na pozostałych jej częściach usytuowane były budynki i budowle o innych niż kolejowe celach gospodarczych (one same nie korzystały ze zwolnienia, lecz objęte nim były grunty), może zakłócać konkurencję, różnicując sytuację prawnopodatkową tych podatników w stosunku do przedsiębiorców, którzy z przywilejów takich nie korzystali, w odniesieniu do gruntów z identyczną zabudową, lecz pozbawionych elementów infrastruktury kolejowej.

Naczelny Sąd Administracyjny zaznaczył, że ulga podatkowa, stanowiąc wyłom od zasady powszechności opodatkowania, nie może wykraczać poza cel, dla którego została ustanowiona. Taka nieograniczona ulga podatkowa - w świetle orzecznictwa TSUE - ma charakter selektywny, zwalnia bowiem z podatku również tę część aktywności i majątku podatnika, która nie pozostaje w związku z celem zwolnienia (por. sprawa C-522/13).

W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, podobna sytuacja może dotyczyć zwolnienia z podatku od nieruchomości od całej działki ewidencyjnej części przedsiębiorców tylko dlatego, że na jej części znajdują się elementy infrastruktury kolejowej. Dzięki temu zyskują przewagę na rynku nie płacąc podatku od nieruchomości od tej części gruntu, na której prowadzą inną działalność niezwiązaną z ustanowioną preferencją (lub która pozostaje w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l.) względem takich przedsiębiorców, na działkach których infrastruktura kolejowe nie występuje.

W efekcie Naczelny Sąd Administracyjny podzielił pogląd, że objęcie całej działki ewidencyjnej gruntu zwolnieniem podatkowym, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., oznacza przyznanie beneficjentom zwolnienia od podatku selektywnej korzyści, mogącej zakłócać konkurencję, w sytuacji gdy tylko na fragmencie tego gruntu zlokalizowane (posadowione) zostały budynki lub budowle zaliczane do infrastruktury kolejowej udostępnianej przewoźnikom kolejowym, jest ona w całości zaliczana do gruntów przedsiębiorcy związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej, w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l., a inni przedsiębiorcy dysponujący, jako podatnicy podatku od nieruchomości, podobnymi gruntami, lecz pozbawionymi infrastruktury kolejowej, obowiązani są uiszczać podatek od całego gruntu wg najwyższych stawek.

Następnie Naczelny Sąd Administracyjny zaznaczył, że w analizowanym kontekście istotne jest pojęcie drogi kolejowej, która obejmuje zasadniczo budowle (tor lub tory), a inne elementy (budynki, grunty) o tyle, o ile są one z nimi funkcjonalnie połączone. Element funkcjonalny odnieść należy także do gruntów wskazanych w pkt 12 załącznika nr 1 do u.t.k. "Grunty, oznaczone jako działki ewidencyjne, na których znajdują się elementy wymienione w pkt 1-11" stanowią zatem infrastrukturę kolejową wtedy, gdy zgodnie z wprowadzeniem do załącznika nr 1 do u.t.k. "tworzą część linii kolejowej, bocznicy kolejowej lub innej drogi kolejowej, lub są przeznaczone do zarządzania nimi, obsługi przewozu osób lub rzeczy, lub ich utrzymania" oraz te części gruntu, które są niezbędne do obsługi wskazanej infrastruktury kolejowej. Zasadny zatem jest wniosek, że uznanie w ustawie o transporcie kolejowym za element infrastruktury kolejowej całej działki ewidencyjnej gruntu, ze względu na to, że chociaż na ich części znajduje się infrastruktura kolejowa, bez względu na to, do jakich celów jest wykorzystywana pozostała ich część, nie przesądza o tym, czy faktycznie cała działka ewidencyjna będzie korzystała ze zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.

Naczelny Sąd Administracyjny ocenił, że jeżeli części gruntu, na których zlokalizowana jest infrastruktura kolejowa nie pokrywają się z granicami działek określonymi w ewidencji gruntów i budynków, z ulgi podatkowej, o której mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., może korzystać ta część działki, która wiąże się z realizacją preferowanego celu podatkowego. W razie wątpliwości, o zakresie zwolnienia przesądza stan faktyczny. Za powierzchnię, która związana jest z preferowaną przez prawodawcę funkcją/przeznaczeniem (jest zajęta na obiekty budowlane wchodzące w skład infrastruktury kolejowej) uznać należy grunty, na których zlokalizowane zostały obiekty wymienione w pkt 1-11 załącznika nr 1 do u.t.k., powiększone o obszar koniecznej obsługi tychże obiektów, jak też części gruntu, które z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową nie mogą być wykorzystane ze względów prawnych do realizacji innych celów. Powierzchnia ta niekoniecznie zatem odpowiadać musi faktycznym granicom geodezyjnym działki gruntu. Kluczowe znaczenie dla ustalenia obszaru gruntów zajętych na infrastrukturę kolejową w powyżej przedstawionym znaczeniu, mogą mieć takie dowody, jak mapy sporządzone przez uprawnionego geodetę z wyraźnym wskazaniem linii odgraniczających te części działki, które wykorzystywane są na preferowany cel podatkowy (por. wyrok sygn. III FSK 1111/22 - strona internetowa orzeczenia.nsa.gov.pl).

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, kwestia ta zresztą będzie musiała być w analogiczny sposób rozwiązana w ramach obecnego stanu prawnego, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2022 r.

Sąd w składzie orzekającym, podzielając przytoczone stanowisko i argumenty prawne, ocenia, że organy dowolnie ograniczyły zakres analizowanego zwolnienia podatkowego wyłącznie do powierzchni zajętej pod tory bez przeprowadzenia wyczerpującego postępowania wyjaśniającego wymaganego przez uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. III FPS 3/25. Dodatkowo organy arbitralnie pominęły istotne fragmenty wyjaśnień spółki, składanych na potrzeby rozpatrzenia i rozstrzygnięcia jej wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Trzeba zauważyć, że te same ustawowe przesłanki omawianego zwolnienia podatkowego i ta sama ich interpretacja obowiązują zarówno przy określeniu wysokości zobowiązania podatkowego, jak również przy rozpatrywaniu i rozstrzyganiu wniosku podatnika o stwierdzenie nadpłaty. Zatem organy podatkowe, prowadząc postępowanie zainicjowane wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, nie są uprawnione do niedokonywania ustaleń faktycznych, które okazują się kluczowe dla prawidłowego zastosowania zwolnienia podatkowego wymienionego we wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a tym samym dla rozstrzygnięcia tego wniosku zgodnie z faktami i prawem.

Nie odpowiada prawu przekonanie organów, że nie miały obowiązku prowadzenia dowodów ponad te przedstawione przez spółkę oraz dostępne z urzędu ani wyjaśniania, jaka powierzchnia gruntu została zajęta pod infrastrukturę kolejową i w konsekwencji, w jakiej wysokości spółce przysługiwało zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. Wymaga podkreślenia, że spór o zakres zwolnienia z podatku od nieruchomości, przewidzianego dla infrastruktury kolejowej, był istotą wniosku spółki o stwierdzenie nadpłaty. W związku z tym organy miały obowiązek ten wniosek rozpatrzeć i rozstrzygnąć zgodnie z ustawowymi standardami, przy uwzględnieniu stanowiska i argumentów, które zostały przedstawione w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. III FPS 3/25.

Ponadto należy również zgodzić się ze spółką co do tego, że na etapie postępowania prowadzonego z wniosku o stwierdzenie nadpłaty prezentowała organom stanowisko, zgodnie z którym wszystkie obiekty i urządzenia na działce nr [...] i cała działka nr [...] służyły czynnościom związanym z obsługą bocznicy oraz z organizacją ruchu przesyłek kolejowych (por. pisma spółki z 28 lutego 2022 r., 12 listopada 2025 r.). Organy całkowicie pominęły te argumenty spółki wbrew uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. III FPS 3/25. Co więcej, twierdzenie organów, że spółka sama zawęziła powierzchnię objętą zwolnieniem z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. wyłącznie do zajętej pod tory pozostaje w sprzeczności z pełną treścią jej pism składanych organom

W świetle powyższego organy w istocie rzeczy nie przeprowadziły dotychczas rzetelnego i wyczerpującego postępowania wyjaśniającego, naruszając w ten sposób art. 120, art. 121 § 1, art. 122 § 1, art. 180 § 1, art. 181, art. 187 § 1, art. 191, art. 210 § 4 O.p. Skala zaniechań organów w realizacji powyższych ustawowych obowiązków niewątpliwie może mieć istotny wpływ na wynik sprawy, na zakres nadpłaty spółki z tytułu podatku od nieruchomości.

W dalszym postępowaniu podatkowym organy uwzględnią stanowisko prawne sądu. Rzetelnie i wyczerpująco wyjaśnią podstawową okoliczność, w jakim zakresie działka nr [...] podlegała zwolnieniu z podatku od nieruchomości przewidzianemu dla infrastruktury kolejowej. Wykorzystają przy tym wszelkie dostępne źródła dowodowe, do których nawiązał w swojej argumentacji Naczelny Sąd Administracyjny. Podejmując kolejne decyzje, organy wszechstronnie omówią w ich uzasadnieniu, jakie konkretne przesłanki faktyczne i prawne przesądziły o przyjętym rozstrzygnięciu wniosku spółki o stwierdzenie nadpłaty.

Z powodów omówionych wyżej sąd uchylił zaskarżoną decyzję organu i decyzję organu I instancji z 16 grudnia 2025 r. na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c, art. 135 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U.2026.143 ze zm. - P.p.s.a.).

Orzeczenie o kosztach postępowania sądowego [...] zł) uzasadnia art. 200, art. 205 § 2, art. 209 P.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a, § 2 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U.2026.118).

Obejmują one wpis od skargi ([...] zł), wynagrodzenie pełnomocnika ([...] zł) oraz opłatę od pełnomocnictwa ([...] zł).