Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Dnia 26 lutego 2026 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Katarzyna Nikodem (sprawozdawca) Sędzia WSA Izabela Kucznerowicz Asesor sąd. WSA Michał Ilski po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 26 lutego 2026 roku sprawy ze skargi I. Sp. z o. o. w R. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 5 lutego 2021 r. nr [...] w przedmiocie zaliczenia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec 2019 roku na poczet zaległości podatkowych oddala skargę.

Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. postanowieniem z 9 września 2020 r., nr [...] (sprostowanym postanowieniem z 17 września 2020 r., nr [...]) zaliczył I. Sp. z o.o. w R. zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 686.755 zł z zadeklarowanej do zwrotu kwoty 2.960.265 zł wykazanej

w korekcie deklaracji VAT-7 za lipiec 2019 r. złożonej 23 sierpnia 2019 r. na poczet: podatku od towarów i usług za miesiące: od stycznia do marca i grudzień 2018 r., za styczeń i marzec 2019 r. oraz odsetek za opóźnienie za ww. miesiące, a także podatek od towarów i usług za lipiec 2019 r. zwrócony na rachunek bankowy spółki w dniu

18 października 2019 r.

W motywach rozstrzygnięcia organ I instancji wskazał, że spółka 23 sierpnia 2019 r. złożyła deklarację VAT-7 za lipiec 2019 r., w której wykazała kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy oraz korektę deklaracji VAT-7 za lipiec 2019 r. z wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za lipiec 2019 r. w wysokości 2.960.265 zł.

Ponadto organ wskazał, że spółka złożyła pierwotne deklaracje VAT-7

z wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym do zwrotu oraz korekty tych deklaracji VAT-7, umniejszające kwoty pierwotnie dokonanych zwrotów podatku za następujące okresy rozliczeniowe:

- deklarację VAT-7 za styczeń 2018 r. w dniu 26 lutego 2018 r. w wysokości 2.482.391,00 zł (zwrot dokonany w dniu 25 kwietnia 2018 r.) oraz korektę deklaracji w dniu 23 września 2019 r. w wysokości 2.469.015 zł, umniejszającą kwotę dokonanego zwrotu o 13.376 zł, w związku z czym powstała zaległość w wysokości 13.376 zł,

- deklarację VAT-7 za luty 2018 r. w dniu 26 marca 2018 r. w wysokości 2.798.854 zł (zwrot dokonany w dniu 22 maja 2018 r.) oraz korektę deklaracji w dniu 23 września 2019 r. w wysokości 2.785.098 zł, umniejszającą kwotę dokonanego zwrotu

o 13.756 zł, w związku z czym powstała zaległość w wysokości 13.756 zł,

- deklarację VAT-7 za marzec 2018 r. w dniu 24 kwietnia 2018 r. w wysokości 2.727.592 zł (zwrot dokonany w dniu 21 czerwca 2018 r.) oraz korektę deklaracji

w dniu 24 września 2019 r. w wysokości 2.587.040 zł, umniejszającą kwotę dokonanego zwrotu o 140.552 zł, w związku z czym powstała zaległość

w wysokości 140.552 zł,

- deklarację VAT-7 za grudzień 2018 r. w dniu 25 stycznia 2019 r. w wysokości 2.746.558 zł (zwrot dokonany w dniu 22 marca 2019 r.) oraz korektę deklaracji

w dniu 23 września 2019 r. w wysokości 2.427.536 zł, umniejszającą kwotę dokonanego zwrotu o 319.022 zł, w związku z czym powstała zaległość

w wysokości 319.022 zł,

- deklarację VAT-7 za styczeń 2019 r. w dniu 25 lutego 2019 r. w wysokości 2.924.463 zł (zwrot dokonany w dniu 24 kwietnia 2019 r.) oraz korektę deklaracji

w dniu 23 września 2019 r. w wysokości 2.844.175 zł, umniejszającą kwotę dokonanego zwrotu o 80.288 zł, w związku z czym powstała zaległość w wysokości 80.288 zł,

- deklarację VAT-7 za marzec 2019 r. w dniu 25 kwietnia 2019 r. w wysokości 3.069.678 zł (zwrot dokonany w dniu 19 czerwca 2019 r.) oraz korektę deklaracji

w dniu 23 września 2019 r. w wysokości 2.978.512 zł, umniejszającą kwotę dokonanego zwrotu o 91.166 zł, w związku z czym powstała zaległość w wysokości 91.166 zł.

W związku z powyższym Naczelnik Urzędu Skarbowego zaliczył nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu po korekcie z dnia 23 sierpnia 2019 r. za lipiec 2019 r. w kwocie 2.960.265 zł odpowiednio na następujące zaległości:

- zaległość w podatku VAT za styczeń 2018 r.: na należność główną kwotę 13.376 zł oraz na odsetki za zwłokę kwotę 1.425,00 zł,

- zaległość w podatku VAT za luty 2018 r.: na należność główną kwotę 13.756 zł oraz na odsetki za zwłokę kwotę 1.384 zł,

- zaległość w podatku VAT za marzec 2018 r.: na należność główną kwotę 140.552 zł oraz na odsetki za zwłokę kwotę 13.216 zł,

- zaległość w podatku VAT za grudzień 2018 r.: na należność główną kwotę

319.022 zł oraz na odsetki za zwłokę kwotę 10.838 zł,

- zaległość w podatku VAT za styczeń 2019 r.: na należność główną kwotę 80.288 zł oraz na odsetki za zwłokę kwotę 2.146 zł, po ponownym prawidłowym rozliczeniu.

- zaległość w podatku VAT za marzec 2019 r.: po uwzględnieniu powyższych zaliczeń do rozliczenia ze zwrotu VAT za lipiec 2019 r. pozostała kwota 90.752 zł. Proporcjonalne rozliczenie przedstawia się następująco: na należność główną zaliczono kwotę 89.458 zł oraz na odsetki za zwłokę kwotę 1.294 zł. Z uwagi na figurującą zaległość za marzec 2019 r. w wysokości 91.166 zł, po ww. zaliczeniu do uregulowania pozostała do kwota w wysokości 1.708 zł.

W zażaleniu z 17 września 2020 r. spółka wniosła o uchylenie powyższego postanowienia w zakresie, w jakim organ zaliczył z urzędu zwrot podatku na pokrycie odsetek od zaległości podatkowej w kwocie 30.303 zł oraz zażądała dokonania zwrotu kwoty 30.303 zł bezpośrednio na jej rachunek bankowy.

W argumentacji zażalenia spółka wskazała, że w związku z obowiązującymi regulacjami - które uznaje za niezgodne z zasadą neutralności i proporcjonalności systemu VAT - została zmuszona do zastosowania mechanizmu korekty opisanego

w art. 86 ust. 10b pkt 2 i 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2020 r., poz. 106 z późn. zm.; w skrócie: "u.p.t.u.").

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej postanowieniem z 5 lutego 2021 r., nr [...] utrzymał w mocy postanowienie organu

I instancji. W motywach rozstrzygnięcia wskazał, że spółka 23 sierpnia 2019 r. złożyła korektę deklaracji VAT, w której wykazała kwotę do zwrotu w terminie 60 dni w wysokości 2.960.265 zł. Na ten dzień spółka posiadała zaległości w podatku VAT wymienione przez organ. Organ wskazał również wysokość odsetek od tych zaległości na dzień dokonania zaliczenia, czyli na dzień 23 sierpnia 2019 r.

W korekcie deklaracji VAT-7 za lipiec 2019 r. zadeklarowano zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w wysokości 686.755 zł, który zaliczono na istniejące zaległości.

Organ uznał, że w niniejszej sprawie nie znajdzie zastosowania art. 56a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa

(Dz. U. z 2020 r., poz. 1325 z późn. zm.; w skrócie: "o.p."). Organ podkreślił, że zaliczenie zwrotu podatku odbywa się w trybie czynności materialno-technicznej. Organ zaliczył zwrot podatku VAT na zaległości podatków zgodnie z obowiązującymi przepisami.

W skardze z 22 marca 2021 r. skierowanej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu spółka wniosła o uchylenie postanowienia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, nakazanie organowi I instancji, aby dokonał zwrotu nadpłaty w kwocie 30.303 zł wraz należnymi odsetkami od zaległości podatkowych, które winny być liczone od dnia złożenia wniosku o zwrot nadpłaty, a także

o zasądzenie na rzecz spółki kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego.

Zaskarżonemu rozstrzygnięciu zarzuciła naruszenie:

1) art. 86 ust. 10b pkt 2 u.p.t.u. poprzez ich niezastosowanie,

2) art. 52 § 2 w zw. z § 1 pkt 1 o.p. poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie,

3) art. 53 § 5 w zw. z art. 52 § 1 o.p. poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie,

4) art. 76b § 1 w zw. z art. 76 w zw. z art. 76a o.p. poprzez ich błędną wykładnię

i niewłaściwe zastosowanie.

W argumentacji skargi skarżąca podniosła, że pomimo, że musiała dokonać stosownych korekt deklaracji VAT, to konieczność ta nie mogła oznaczać, że doszło do powstania zaległości podatkowej. Skarżąca powołała się na wyrok TSUE w sprawie

C-895/19, w którym Trybunał orzekł, że art. 86 ust. 10b pkt 2 u.p.t.u. jest niezgodny

z zasadą neutralności i proporcjonalności opodatkowania. Z powyższego skarżąca wywiodła, że regulacja krajowa narusza m.in. art. 167 w zw. z art. 178 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE z 2006 r., Nr 347, str. 1; w skrócie: "Dyrektywa 112").

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu wyrokiem z 29 września 2021 r.

I SA/Po 360/21 w pkt I uchylił zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego 9 września 2020 r., a w pkt II zasądził zwrot kosztów postępowania sądowego.

Sąd w uzasadnienie wskazał, że kluczową w sprawie kwestią była ocena, czy organy podatkowe prawidłowo zastosowały w sprawie art. 52 § 1 pkt 1 o.p. i naliczyły skarżącej odsetki w pełnej wysokości od zaległości w podatku od towarów i usług, które powstały z uwagi na konieczność zastosowania przez spółkę mechanizmu korekty przewidzianego w art. 86 ust 10b pkt 2 i 3 u.p.t.u. w kontekście wyroku TSUE

z 18 marca 2021 r w sprawie C-895/19. Sąd stwierdził, że ponownie rozpoznając sprawę, organ zobowiązany będzie ocenić przedstawiony przez skarżącą stan faktyczny z uwzględnieniem zasad wynikających z przepisów unijnych i orzecznictwa TSUE, w tym w szczególności orzeczenia TSUE z 18 marca 2021 r. w sprawie C-895/19.

W efekcie wniesionej przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej skargi kasacyjnej, w której podniósł, że nie stosował w spornym rozstrzygnięciu przepisów prawa materialnego, których naruszenie zarzucił mu Sąd pierwszej instancji, Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 maja 2025 r. I FSK 54/22 w pkt 1 uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę WSA w Poznaniu do ponownego rozpoznania, a w pkt 2 zasądził zwrot kosztów postępowania kasacyjnego.

NSA wskazał, że ocena stanu faktycznego musi odbywać się w ramach podstawy prawnej rozstrzygnięcia, Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku obszernie powołał się na wyrok TSUE w sprawie C-895/19, który potwierdzał zasadność stanowiska spółki, co do niezgodności z prawem unii mechanizmu korekty przewidzianego w art. 86 ust. 10b pkt 2 i 3 u.p.t.u.

Zdaniem NSA uzasadnienie zaskarżonego wyroku nie spełnia jednak wymogów określonych w art. 141 § 4 p.p.s.a., albowiem nie odnosi się do najważniejszej kwestii, w jakim trybie i w jaki sposób organ ma uwzględnić stanowisko wyrażone w powołanym wyroku TSUE w sprawie C-895/19, mając na uwadze, że kwestionowane postanowienie zapadło w specyficznym trybie, jakim jest postępowanie o zaliczenie na podstawie art. 76 § 1 o.p. i nast.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu po ponownym rozpoznaniu sprawy zważył, co następuje:

Ponownie rozpoznając skargę, Sąd stwierdza, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Na wstępie zwrócić należy uwagę na postanowienia art. 190 p.p.s.a. Zgodnie

z tym przepisem, sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez NSA. W konsekwencji powtórnie rozpoznając sprawę, kierowano się oceną prawną wyrażoną przez NSA w wyroku z 29 maja 2025 r., I FSK 54/22.

Jak wskazał NSA, ocena stanowiska skarżącej musi uwzględniać tryb, w jakim zaskarżone postanowienie zapadło. Niniejsza sprawa dotyczy oceny, czy postanowienie dotyczące zaliczenia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na poczet zaległości podatkowej odpowiada obowiązującemu prawu.

Zgodnie bowiem z art. 76 § 1 o.p. nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.

Zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowych następuje z dniem:

1) powstania nadpłaty - w przypadkach, o których mowa w art. 73 § 1 pkt 1-3 i 5 oraz

§ 2; 2) złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty (art. 76a § 2 o.p.).

W myśl art. 76b § 1 o.p., przepisy art. 76, art. 76a, art. 77b, art. 79 i art. 80 stosuje się odpowiednio do zwrotu podatku. Zaliczenie, o którym mowa w art. 76a § 2 pkt 1, następuje odpowiednio z dniem złożenia deklaracji wykazującej zwrot podatku lub korekty takiej deklaracji.

Natomiast stosownie do art. 52 § 1 pkt 1 o.p. zwrotowi bez wezwania organu podatkowego podlega uprzednio zwrócona przez organ podatkowy lub zaliczona na poczet zaległości podatkowych oraz odsetek za zwłokę albo bieżących zobowiązań podatkowych, wraz z oprocentowaniem nadpłata lub zwrot podatku wykazane nienależnie lub w wysokości większej od należnej, ujęte w deklaracji lub we wniosku

o zwrot podatku w rozumieniu przepisów rozdziału 7b ustawy z dnia 26 lipca 1991 r.

o podatku dochodowym od osób fizycznych lub rozdziału 6a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych. W przypadku, o którym mowa

w § 1 pkt 1, kwoty podlegające zwrotowi traktuje się jako zaległości podatkowe (art. 52 § 2 o.p.).

Postanowienie będące przedmiotem oceny Sądu dotyczyło zaliczenia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 686.755,00 zł z zadeklarowanej do zwrotu kwoty 2.960.265,00 zł wykazanej w korekcie deklaracji VAT-7 za lipiec

2019 r. złożonej 23 sierpnia 2019 r., na poczet: podatku od towarów i usług za miesiące: od stycznia do marca i grudzień 2018 r., za styczeń i marzec 2019 r. oraz odsetek za opóźnienie za ww. miesiące, a także podatek od towarów i usług za lipiec 2019 r. zwrócony na rachunek bankowy spółki w dniu 18 października 2019 r.

Jak wskazano wyżej była to czynność materialno-techniczna, dokonana z urzędu, w toku której nie dokonuje się weryfikacji wysokości zobowiązania podatkowego, zaległości, nadpłaty, zwrotu czy odsetek. Kwoty te powinny być ustalone lub określone w trybie właściwym dla każdej z wymienionych kategorii (por. wyroki NSA z: 16 grudnia 2004 r., FSK 847/04; 4 lutego 2020 r., II FSK 2227/19, CBOSA). Stanowisko to poza ugruntowanym orzecznictwem sądów administracyjnych aprobatę znajduje również w doktrynie. Postanowienie w sprawie zaliczenia nadpłaty (zwrotu podatku) na poczet zobowiązań podatkowych (zaległych, bieżących, przyszłych) odzwierciedla i potwierdza wykonanie czynności rachunkowo-technicznej, o której mowa w art. 76a § 1 o.p. Ma ono charakter formalny i samo w sobie nie przesądza ani o istnieniu zwrotu podatku ani o istnieniu zaległości podatkowej, jednakże – skoro jego istotą jest zaliczenie nadpłat (zwrotu podatku) na poczet zaległości podatkowej, to – w momencie jego wydania te dwa elementy muszą istnieć. Postanowienie to ma doprowadzić do kompensaty wzajemnych wierzytelności[tak: J. Rudowski [w:] S. Babiarz, B. Dauter, W. Gurba, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, A. Olesińska, J. Rudowski, Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XII, Warszawa 2024, uw. 8 do art. 76(a), LEX/el].

Organ podatkowy ma obowiązek wydania postanowienia, które stwierdza (tylko) powstałe - zaistniałe - dokonanie ex lege zaliczenie na poczet zaległości podatkowych. Postanowienie o zaliczeniu nadpłaty nie kreuje więc nowego stanu faktycznego i prawnego, a jedynie potwierdza wykonanie czynności o charakterze technicznym (rachunkowym). Nadanie postanowieniu o zarachowaniu takiego wyłącznie formalnego charakteru jak dotychczas stanowi ugruntowaną linię orzeczniczą sądów administracyjnych (por. wyroki NSA z: 4 marca 2021 r., III FSK 2475/21; 28 listopada 2019 r., I FSK1463/17; 5 lipca 2018r., I FSK 1278/16, CBOSA).

Zaskarżone postanowienie w sprawie zaliczenia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należny za lipiec 2019 r. na poczet zaległości podatkowej odpowiada prawu. Podnoszone przez pełnomocnika skarżącej spółki okoliczności naruszenia art. 86 ust. 10b pkt 2 i 3 u.p.t.u. nie zasługuje na uwzględnienie. Przepis powyższy nie miał zastosowania. Przedmiotem tego postępowania nie może być bowiem weryfikacja prawidłowości rozliczenia podatku, czy to przez podatnika w złożonej deklaracji, czy to przez organ podatkowy w wydanych decyzjach.

W niniejszej sprawie istotne było, że w dacie powstania zwrotu podatku od towarów i usług za dany okres, istniała zaległość podatkowa z tytułu tego podatku za inny czas, co między stronami nie było sporne. Informacje wykazane w deklaracji złożonej przez spółkę tracą moc prawną dopiero w przypadku ich zakwestionowania

w przewidzianej prawem trybie. W myśl art. 99 ust. 12 u.p.t.u. zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku,

o której mowa w art. 87 ust. 1 u.p.t.u., przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości. Następstwem wystąpienia zaległości podatkowej było, stosownie do art. 53 § 1 o.p., naliczenie odsetek za zwłokę. W tych warunkach wykonując ustawowy obowiązek wynikający

z art. 76 § 1, art. 76a § 1 w zw. z art. 76b § 1 o.p., organ podatkowy zobligowany był zaliczyć zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należny za lipiec 2019 r. na istniejącą zaległość.

W tym stanie rzeczy Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. skargę oddalił.