I SA/Po 616/25 - Wyrok

Data orzeczenia	2026-01-27	
Data wpływu	2025-08-19	
Sąd	Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu	
Sędziowie	Barbara Rennert /przewodniczący sprawozdawca/
Izabela Kucznerowicz
Małgorzata Bejgerowska	
Symbol z opisem	6110 Podatek od towarów i usług	
Hasła tematyczne	Podatek od towarów i usług	
Skarżony organ	Dyrektor Izby Administracji Skarbowej	
Treść wyniku	Uchylono zaskarżoną decyzję	
Powołane przepisy	Dz.U. 2024 nr 0 poz 935; art. 269 § 1,art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c,art. 205 § 2; Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j.)
Dz.U. 2023 nr 0 poz 1935; § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c; rozporządzenie Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych
Dz.U. 2023 nr 0 poz 2383; art. 70 § 1 -6 ,art. 70c ,art. 33 § 2 w zw. z art. 33 § 1 ,art. 122, art. 187 § 1 i art. 191,art. 233 § 1 pkt 2 lit. b; Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t. j.)
Dz.U. 1997 nr 88 poz 553; art. 271 § 1 i art. 299 § 1; Ustawa z dnia 6 czerwca 1997 r. - Kodeks karny.
Dz.U. 2013 nr 0 poz 186; art. 76 § 1 w zw. z art. 37 § 1 pkt 1, 2 i 5 w zw. z art. 6 § 2 w zw. z art. 9 § 1 i 3 w zw. z art. 38 § 2 oraz w zw. z art. 7 § 1; Ustawa z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy - tekst jednolity.	
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Barbara Rennert (spr.) Sędziowie Sędzia WSA Izabela Kucznerowicz Sędzia WSA Małgorzata Bejgerowska Protokolant: st. sekretarz sądowy Marta Ziewińska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 stycznia 2026 r. sprawy ze skargi I. S.A. w likwidacji w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 25 czerwca 2025 r. nr [...], [...] w przedmiocie uchylenia decyzji dotyczącej podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r. i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia I. uchyla zaskarżoną decyzję; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz skarżącej kwotę 997,- zł (słownie: dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.	
Uzasadnienie
W dniu 23 lipca 2025 r. I. S.A. [...] w W. wniosła skargę na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 25 czerwca 2025 r. nr [...], [...], uchylającą w całości decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. z 30 października 2024 r. nr [...], [...] wydaną w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r.

Powyższa skarga została wniesiona na tle stanu faktycznego, w którym Naczelnik w wyniku przeprowadzonej kontroli celno-skarbowej stwierdził nieprawidłowości w rozliczeniu podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2016 r. do marca 2017 r. Brak złożenia przez skarżącą korekt deklaracji podatkowych w zakresie objętym kontrolą skutkował przekształceniem jej w postępowanie podatkowe, zakończone wydaniem powołanej na wstępie decyzji. W uzasadnieniu, mając na uwadze ustawowe terminy przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych postępowaniem, Naczelnik podkreślił, że 15 września 2016 r. zostało wszczęte śledztwo o przestępstwo skarbowe przez Prokuraturę Regionalną w W. (ponad 4 lata przed upływem ustawowego terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego i prawie 3 lata przed wszczęciem kontroli celno-skarbowej). Podstawą wszczęcia śledztwa było zawiadomienie Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B., co było poprzedzone informacją otrzymaną od Generalnego Inspektora Informacji Finansowej o wzbudzających wątpliwości przepływach finansowych mogących mieć związek z przestępstwami karno-skarbowymi. W toku prowadzonego śledztwa członkom Zarządu I. S.A. w likwidacji (nazwy B. S.A, I. S.A., I. S.A. w likwidacji odnoszą się do skarżącej), tj. P. P., T. P. i J. P. przedstawiono zarzuty m.in. z kodeksu karnego skarbowego. Ponadto w toku śledztwa prowadzonego przez Prokuraturę Regionalną w W. wykonano szereg czynności dowodowych, z czego cześć materiałów pozyskano do akt niniejszej sprawy. Zawiadomienia o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z 15 października 2021 r. i z 20 czerwca 2022 r. doręczono pełnomocnikowi strony odpowiednio: 29 października 2021 r. i 6 września 2022 r. Tym samym spełnione zostały ustawowe przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia spornych zobowiązań. Wszczęcie postępowania przygotowawczego nie miało też charakteru instrumentalnego, ponieważ zostało wszczęte kilka lat przed upływem ustawowego terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Przechodząc do motywów rozstrzygnięcia Naczelnik wskazał, że w toku przeprowadzonej kontroli celno-skarbowej oraz postępowania podatkowego ustalił, iż skarżąca w ewidencjach zakupu prowadzonych dla potrzeb podatku od towarów i usług ujęła faktury VAT dokumentujące według ich treści nabycie wyrobów ze złota, od B. S. sp. z o.o. sp.k. oraz U. D. sp. z o.o. W oparciu o zebrany w sprawie materiał dowodowy stwierdził, że ww. podmioty nie dokonywały dostaw towarów wymienionych w wystawionych na rzecz skarżącej fakturach VAT. Okoliczności związane z przeprowadzeniem transakcji w ustalonych łańcuchach dostaw, w których uczestniczyła kontrolowana spółka wskazują, że nie zostały one przeprowadzone, lecz upozorowane w celu osiągnięcia korzyści podatkowych. Organ podatkowy nie kwestionował, że strona nabyła towar/surowiec (lub jego część) lecz uznał, że pochodził on z nieznanego źródła. Tym samym nie zakwestionował, że skarżąca w ramach prowadzonej działalności mogła dokonać zakupu pewnej ilości wyrobów/surowca od innych podmiotów niż wskazane na fakturach. Dokonał analizy sposobu prowadzenia działalności gospodarczej przez spółki występujące w łańcuchach dostaw, co dało obraz wzajemnych powiązań, zależności i miejsca oraz funkcji tych podmiotów w strukturze łańcucha dostaw. Przedmiotem oceny nie była tylko czynność nabycia i sprzedaży ww. towarów, ale ciąg transakcji poprzedzających i następujących po tych czynnościach oraz okoliczności z nimi związane. Z zebranego materiału dowodowego wynika, że spółka uczestniczyła w łańcuchu dostaw z udziałem nierzetelnych podmiotów oraz wiedziała lub powinna była wiedzieć, iż obrót złotem dotyczył transakcji nieodzwierciedlających stanu rzeczywistego. Zatem, mając na uwadze ustalony stan faktyczny, Naczelnik stwierdził, że zakwestionowane faktury VAT, wystawione przez ww. kontrahentów na rzecz skarżącej, ujęte w rejestrach zakupów za badany okres nie odzwierciedlały rzeczywistego obrotu gospodarczego pomiędzy wskazanymi na nich podmiotami. W związku z powyższym uznał, że zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz.1054 ze zm.; dalej: "u.p.t.u.") podatnikowi nie przysługiwało prawo obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wykazany w tych fakturach wystawionych przez ww. firmy. Wobec stwierdzonych nieprawidłowościami księgi podatkowe, tj. ewidencje zakupu (w tym pliki [...]) za miesiące od stycznia 2016 r. do marca 2017 r. w zakresie zapisów dotyczących transakcji z ww. kontrahentami Naczelnik uznał za nierzetelne i tym samym nie uznał za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów [art. 193 § 4 i 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm.; dalej: "Ordynacja podatkowa")].

Mając zatem na uwadze powołane przepisy oraz ustalony w trakcie przeprowadzonego postępowania podatkowego stan faktyczny, Naczelnik stwierdził, że skarżąca bezpodstawnie obniżyła podatek VAT należny o podatek VAT naliczony zawarty w fakturach VAT, w treści których jako dostawcy widnieją B. S. sp. z o.o. sp.k. oraz U. D. sp. z o.o. łącznie o kwotę 65.804.835 zł. Odstąpił od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania na podstawie art. 23 § 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej, ponieważ dane wynikające z przedłożonych przez spółkę ksiąg podatkowych, uzupełnione o dowody uzyskane w toku postępowania kontrolnego pozwoliły na określenie podstawy opodatkowania w prawidłowej wysokości. Uwzględniając stan faktyczny i prawny określił spółce w podatku od towarów i usług za grudzień 2016 r. i czerwiec 2017 r. zobowiązania podatkowe oraz za miesiące od stycznia 2016 r. do listopada 2016 r. i od stycznia 2017 r. do maja 2017 r. nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu lub przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za luty i marzec 2017 r. Nie ustalił dodatkowego zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 112b u.p.t.u. z uwagi na treść art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej.

W odwołaniu od powyższej decyzji, wnosząc o jej uchylenie w całości oraz przekazanie sprawy Naczelnikowi do ponownego rozpatrzenia, zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie art. 5, art. 59 § 1 pkt 9, art. 70 § 1 i § 6 pkt 1 i 4, art. 70c, art. 121 § 1, art. 122, art. 123 § 1, art. 130 § 3, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 188, art. 191, art. 193 § 1, art. 194 § 1 i 2, art. 195, art. 198 § 1, art. 208 § 1, art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej oraz art. 86 ust. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a u.p.t.u. Ponadto, powołując się na art. 237 Ordynacji podatkowej, skarżąca wniosła zażalenie na postanowienie z 28 maja 2024 r., odmawiające przeprowadzenia żądanych przez nią dowodów oraz postanowienie z 26 września 2024 r., odmawiające wyłączenia od udziału w postępowaniu pracowników organu pierwszej instancji. Wniosła także o przeprowadzenie szeregu dowodów, o które wnioskowała w toku postępowania prowadzonego przez organ pierwszej instancji.

Dyrektor IAS decyzją z 25 czerwca 2025 r. uchylił w całości rozstrzygniecie organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ. Na wstępie podkreślił, że w sprawie zaistniała wskazana w art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej przesłanka zawieszająca bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych określonych zaskarżoną decyzją. Zaznaczył, że z akt sprawy wynika, iż 15 września 2016 r. zostało wszczęte przez Prokuraturę Regionalną w W. śledztwo o sygn. RP [...] m.in. o przestępstwo skarbowe. Podstawą jego wszczęcia było zawiadomienie Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B., co było poprzedzone informacją otrzymaną od Generalnego Inspektora Informacji Finansowej o wzbudzających wątpliwości przepływach finansowych mogących mieć związek z przestępstwami karno-skarbowymi. Śledztwo jest wielowątkowe, wielopodmiotowe i wieloprzedmiotowe; dołączane są do niego sprawy z różnych urzędów skarbowych oraz innych jednostek prokuratury, co powoduje, że w toku tego śledztwa czynione są ustalenia dotyczące odpowiedzialności różnych osób, za różne czyny. Spółka pojawiła się już w zeznaniach z 10 października 2016 r. niemniej można stwierdzić, że od początku śledztwa, tj. od 15 września 2016 r. była w jego zainteresowaniu, zarówno w związku z podejrzeniem popełnienia przestępstwa z ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. Kodeks karny (Dz. U. z 1997 r. nr 88 poz. 553 ze zm.; dalej: "K.k."), jak i przestępstwa z ustawy z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy (Dz. U. z 2013 r. poz. 186 ze zm.; dalej: "K.k.s."). Zakresem śledztwa objęto okres od 1 stycznia 2016 r. Następnie Prokuratura Regionalna w W. poinformowała, że śledztwo obejmuje okres od listopada 2015 r. do listopada 2016 r.

W związku z powyższym, Naczelnik pismem z 15 października 2021 r. zawiadomił skarżącą na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej, że 15 września 2016 r. na skutek wystąpienia przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej został zawieszony bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2016 r. do lipca 2016 r. oraz nie rozpoczął się bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za miesiące od sierpnia 2016 r. do listopada 2016 r. Powyższe zawiadomienie zostało doręczone pełnomocnikowi skarżącej 29 października 2021 r.

Pismem z 1 czerwca 2022 r. Prokuratura poinformowała Naczelnika, że śledztwo o sygn. RP [...] r. swoim zakresem obejmuje aktualnie okres od listopada 2015 r. do czerwca 2017 r., wskazując jednocześnie, że członkom zarządu skarżącej przedstawiono zarzuty m.in. z K.k.s. za okres od stycznia 2016 r. do listopada 2016 r., które po zebraniu materiału dowodowego mogą zostać uzupełnione o kolejne okresy. Zawnioskowała również o poinformowaniu podatnika na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej o przerwaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za ww. miesiące. Następnie pismem z 9 czerwca 2022 r., odpowiadając na pytanie organu, kiedy śledztwo zostało rozszerzone o miesiące od grudnia 2016 r. do czerwca 2017 r., Prokuratura poinformowała, że działalność skarżącej od początku śledztwa, tj. od 15 września 2016 r. była w zainteresowaniu prowadzonego śledztwa, zarówno w związku z podejrzeniem popełnienia przestępstw z K.k. i K.k.s. Na podstawie § 106 i § 107 Rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 7 kwietnia 2016 r. Regulamin wewnętrznego urzędowania powszechnych jednostek organizacyjnych prokuratury (Dz. U. z 2016 r. poz. 508 ze zm.; dalej: "Regulamin") śledztwo wszczęte w sprawie prowadzi się w stosunku do wszystkich czynów ujawnionych w jego toku. Jednym postępowaniem przygotowawczym obejmuje się wszystkie czyny pozostające w związku podmiotowym lub przedmiotowym z czynem stanowiącym podstawę jego wszczęcia, chyba że zachodzą okoliczności utrudniające łączne rozpoznanie sprawy. Rozszerzenie śledztwa następuje na mocy przepisów Regulaminu wraz z ujawnieniem kolejnych czynów pozostających w związku podmiotowym lub przedmiotowym. Rozszerzenie zakresu śledztwa poza okoliczności wskazane w jego wszczęciu nie wymaga wydania odrębnej decyzji. Istotna jest łączność podmiotowo-przedmiotowa. W tym przypadku granice śledztwa RP [...] wyznaczyły zakresy śledztw prowadzonych przez inne jednostki prokuratury, w tym m.in. Prokuratury Regionalnej w S. czy Prokuratury Regionalnej w G., stąd przyjęto okres od listopada 2015 r. Osoby zarządzające spółką są świadome prowadzonego śledztwa związanego z jej działalnością, gdyż w tym zakresie przedstawiono im zarzuty i występują w charakterze podejrzanych.

Mając powyższe na względzie, pismem z 20 czerwca 2022 r. Naczelnik skierował w trybie art. 70c Ordynacji podatkowej zawiadomienie, w którym poinformował skarżącą, że 15 września 2016 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której stanowi art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej, tj. wszczęcia przez Prokuraturę Regionalną w W. śledztwa w sprawie o przestępstwo skarbowe z K.k.s.,nie rozpoczął się bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych z tytułu podatku od towarów i usług za okres od grudnia 2016 r. do czerwca 2017 r. Zawiadomienie zostało doręczone pełnomocnikowi skarżącej w dniu 6 lipca 2022 r.

Dyrektora IAS zgodził się ze skarżącą, że w dacie wszczęcia śledztwo nie mogło dotyczyć jej przyszłych zobowiązań podatkowych za okres od sierpnia 2016 r. do czerwca 2017 r., jednak nie podzielił stanowiska, że wszczęte przez Prokuraturę śledztwo pozostawało bez wpływu na bieg terminu przedawnienia zobowiązań spółki w podatku VAT za ww. miesiące. Z przywołanych pism Prokuratury jednoznacznie wynika, że skarżąca była od początku w zainteresowaniu ww. śledztwa, zarówno w związku z podejrzeniem popełnienia przestępstw z K.k., jak i K.k.s. Prokuratura informowała, że śledztwo jest wielowątkowe, wielopodmiotowe i wieloprzedmiotowe, a czynności wobec kolejnych podmiotów podejmowane są z urzędu. Rozszerzenie śledztwa następuje na mocy Regulaminu wraz z ujawnieniem kolejnych czynów, rozszerzenie zakresu śledztwa poza okoliczności wskazane w jego wszczęciu nie wymaga odrębnej decyzji, istotna jest łączność podmiotowo-przedmiotowa. Osoby zarządzające skarżącą są świadome prowadzonego śledztwa związanego z działalnością spółki, gdyż w tym zakresie postawiono im zarzuty i występują w charakterze podejrzanych. W aktach sprawy znajduje się kopia postanowienia o przedstawieniu zarzutów P. P. - P. Zarządu z 24 września 2020 r. Nadto Prokuratura poinformowała, że śledztwo w sprawie RP [...] obejmuje okres od listopada 2015 r. do czerwca 2017 r. Biorąc powyższe pod uwagę, Dyrektora IAS ocenił, że nie ulega wątpliwości, iż prowadzone śledztwo pozostaje w ścisłym związku z podejrzeniem popełnienia przestępstwa wiążącego się z niewykonaniem przez spółkę zobowiązań podatkowych w podatku VAT za wszystkie miesiące objęte niniejszym postępowaniem, tj. za miesiące od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r. Pełnomocnikowi skarżącej doręczono przed upływem ustawowego 5 letniego okresu przedawnienia, zawiadomienia w trybie art. 70c Ordynacji podatkowej o wszczęciu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe (pismo z 15 października 2021 r. doręczone 29 października 2021 r. i pismo z 20 czerwca 2022 r. doręczone 6 lipca 2022 r.). Została zatem spełniona przesłanka z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Tym samym przedstawiona w tym zakresie argumentacja odwołania, odnosząca się wyłącznie do okoliczności istniejących na dzień wszczęcia śledztwa o przestępstwo skarbowe, nie może zostać uwzględniona. W ocenie Dyrektora IAS art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej nie został również zastosowany instrumentalnie. Podstawą wszczęcia śledztwa było zawiadomienie Dyrektora UKS w B., co było poprzedzone informacją otrzymaną od GIIF o wzbudzających wątpliwości przepływach finansowych mogących mieć związek z przestępstwami karno-skarbowymi. Śledztwo wszczęto 15 września 2016 r., tj. ponad 4 lata przed upływem ustawowego terminu przedawnienia (najwcześniejszy upływał z dniem 31 grudnia 2021 r.) i prawie 3 lata przed wszczęciem kontroli celno-skarbowej wobec spółki. W toku śledztwa wykonano szereg czynności dowodowych, z czego część jako materiał dowodowy Naczelnik pozyskał i włączył do akt niniejszej sprawy. Ponadto w toku prowadzonego śledztwa członkom Zarządu przedstawiono zarzuty min. z K.k.s. Powyższe stanowi, że zebrano materiał dowodowy zwiększający prawdopodobieństwo popełnienia czyny zabronionego, co wyklucza możliwość uznania, że postępowanie karne zostało wszczęte wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Organ odwoławczy również podkreślił, że śledztwo prowadzone jest przez instytucję niezależną i odrębną od finansowych organów dochodzenia, tj. przez Prokuraturę Regionalną w W., więc trudno w tej sytuacji mówić o instrumentalnym wykorzystaniu przez organy podatkowe instytucji wszczęcia postępowania karnego skarbowego.

Zdaniem Dyrektora IAS zobowiązania podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r. nie uległy przedawnieniu z uwagi na wystąpienie przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Ostateczny termin przedawnienia będzie można określić, zgodnie z art. 70 § 7 pkt 1 Ordynacji podatkowej, po prawomocnym zakończeniu postępowania karnego skarbowego.

Dodatkowo organ odwoławczy wskazał, że Naczelnik [...] Urzędu Celno – Skarbowego w P. 26 października 2021 r. wydał wobec skarżącej decyzję o zabezpieczeniu zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do września 2016 r., za listopad 2016 r. i czerwiec 2017 r., utrzymaną w mocy decyzją Dyrektora IAS w W. z 29 czerwca 2022 r. Prawomocnym wyrokiem z 9 stycznia 2023 r. o sygn. akt III SA/Wa 2163/22 WSA w Warszawie oddalił skargę spółki na ww. decyzję organu odwoławczego. Odwołując się do treści art. 70 § 6 pkt 4 Ordynacji podatkowej, organ odwoławczy wskazał również, że Naczelnik Urzędu Skarbowego W. przesłał kserokopie zarządzeń zabezpieczenia i potwierdzenia doręczenia ich stronie. Z dokumentów tych wynika, że 22 listopada 2021 r. wystawiono zarządzenie zabezpieczenia, które doręczono skarżącej 10 grudnia 2021 r. Natomiast 2 grudnia 2021 r. wystawiono zarządzenia zabezpieczenia, które zostały uznane za doręczone 27 grudnia 2021 r. Powyższe okoliczności wystąpiły po zaistnieniu przesłanki zawieszenie biegu terminu przedawnienia z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.

Po stwierdzeniu, że objęte decyzją zobowiązania podatkowe/nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu lub przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za miesiące od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r., nie uległy przedawnieniu, Dyrektor IAS stwierdził, że Naczelnik nie ustalił jednoznacznie stanu faktycznego sprawy, bowiem analiza uzasadnienia zaskarżonej decyzji nie pozwala precyzyjnie ustalić, jakie stanowisko prezentuje organ pierwszej instancji w zakresie stwierdzonych nieprawidłowości dotyczących rozliczenia przez skarżącą podatku od towarów i usług. W treści uzasadnienia pojawiają się bardzo różne tezy i oceny na temat charakteru i szczegółów oszustw podatkowych ustalonych przez różne organy podatkowe prowadzące postępowania wobec podmiotów występujących w poszczególnych łańcuchach dostaw. Pojawiają się zarówno stwierdzenia o dokonaniu oszustw podatkowych, stwierdzenia o łańcuchowych transakcjach typowych dla karuzeli podatkowej czy o procederze realizowanym w celu nadużycia prawa na gruncie podatku od towarów i usług. W orzecznictwie sądów administracyjnych podkreśla się, że należy oddzielnie rozpatrywać kwestię oszustwa podatkowego i nadużycia prawa, z uwagi na fakt, iż są to dwie odrębne instytucje prawne, których zakresy nie pokrywają się. Organ winien zatem w wydanej decyzji w sposób jednoznaczny wskazać z jakiego rodzaju nieprawidłowościami mamy do czynienia w zakresie rozliczenia przez spółkę podatku od towarów i usług. Zawarte w zaskarżonej decyzji stwierdzenia o świadomym udziale spółki w fikcyjnych transakcjach zakupu wyrobów ze złota, przy jednoczesnym badaniu i ocenie poziomu należytej staranności spółki, budzą wątpliwości odnośnie rzeczywistych ustaleń i oceny organu. Uznanie świadomości podatnika co do udziału w oszustwach wyklucza potrzebę i zasadność badania aktów należytej staranności. Z kolei ocena, że podatnik nie podjął wszystkich dostępnych aktów staranności wyklucza twierdzenie, że miał pełną świadomość co do podatkowych nieprawidłowości. Brak jednoznacznego stanowiska, czy skarżąca brała świadomy udział w transakcjach o charakterze oszustwa podatkowego, czy jedynie nie dochowała należytej staranności w kontraktach z ww. podmiotami.

Ponadto z treści uzasadnienia decyzji wynika, że Naczelnik nie kwestionuje, że spółka w ramach prowadzonej działalności mogła dokonać zakupu pewnej ilości wyrobów/surowców od innych podmiotów niż wskazane na fakturach. Organ ten nie zakwestionował również sprzedaży dokonywanej przez skarżącą. Wywiódł, że dostawcami towarów nie były podmioty, które wystawiły faktury z wykazanymi kwotami podatku od towarów i usług, odliczonymi następnie w ramach rozliczenia tego podatku przez stronę. Jednocześnie wypowiedzi zawarte w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, że spółka nie dochowała należytej staranności w kontaktach z kontrahentami, po czym, że była podmiotem świadomym uczestnictwa w fikcyjnych transakcjach, świadczą o niejednoznacznej ocenie ustalonego stanu faktycznego. Nie jest bowiem jasne, czy Naczelnik uznał skarżącą za w pełni świadomego uczestnika nierzetelnych transakcji, przyjmującego świadomie faktury wystawione przez inne podmioty aniżeli faktyczni dostawcy, czy też nieświadomego uczestnika transakcji, który przy zachowaniu należytej staranności wymaganej w obrocie danego rodzaju towarami co najmniej powinien wiedzieć, że otrzymane faktury jedynie firmują sprzedaż towarów, a nie dokumentują faktyczną sprzedaż dokonaną przez formalnych ich wystawców. Tym samym uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie spełnia wymogów i standardów, wynikających z art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej, co w konsekwencji uniemożliwia kontrolę instancyjną zaskarżonego orzeczenia.

Dyrektor IAS wskazał, że w toku ponownego rozpatrywania sprawy, podejmując decyzję o zakwestionowaniu skarżącej prawa do odliczenia podatku naliczonego - po wcześniejszym jednoznacznym określeniu rodzaju nieprawidłowości – Naczelnik powinien w sposób jednoznaczny wskazać czy w jego ocenie strona świadomie uczestniczyła w oszustwie podatkowym, czy też nie dochowała należytej staranności w kontaktach z kontrahentami. W przypadku ustalenia świadomego uczestnictwa skarżącej w oszustwie podatkowym, w sprawie wymagane będzie szczegółowe i wyczerpujące opisanie przebiegu tego procederu oraz roli, jaką w nim spółka pełniła i korzyści, jakie osiągnęła oraz wskazanie na konkretne okoliczności, na podstawie których przyjmuje się, że spółka wiedziała, iż brała udział w oszustwie podatkowym (miała tego świadomość). Natomiast w sytuacji braku udowodnienia świadomego udziału, Naczelnik musi ocenić, czy podatnik spełnił kryteria należytej staranności w kontaktach z kontrahentami. Ponadto, organ pierwszej instancji powinien również dokonać analizy dowodów przedłożonych przez stronę wraz z pismem z 17 marca 2025 r., złożonym w toku postępowania odwoławczego, w kontekście dotychczas ustalonych w sprawie okoliczności i dokonać ich oceny pod kątem wpływu i znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy, a w wydanej decyzji odnieść się do argumentów podnoszonych w ww. piśmie. Powinien również dokonać analizy zgłoszonych w odwołaniu i jego uzupełnieniu (pisma z 27 listopada 2024 r. i z 17 marca 2025 r.) wniosków dowodowych, mając na uwadze treść art. 188 Ordynacji podatkowej. Podejmując decyzję o ewentualnej odmowie przeprowadzenia poszczególnych dowodów organ powinien uzasadnić swoje stanowisko.

W skardze na opisaną wyżej decyzję, wnosząc o jej uchylenie w całości oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych, spółka zarzuciła naruszenie:

1. art. 233 § 2 w zw. z art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 i w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej przez wydanie decyzji kasatoryjnej, mimo że sporne zobowiązania podatkowe uległy przedawnieniu, a próba zawieszenia biegu przedawnienia nie okazała się być skuteczna, gdyż:

- wszczęcie postępowania karnego skarbowego na wiele lat przed wydaniem decyzji podatkowej, a nawet przed wszczęciem kontroli celno-skarbowej nie było merytorycznie uzasadnione, lecz instrumentalne, co powinno skutkować umorzeniem postępowania podatkowego przez organ odwoławczy, a nie przekazaniem sprawy do ponownego rozpatrzenia,

- wszczęte w dniu 15 września 2016 r. postępowanie karne skarbowe nie wykazywało jeszcze na dzień wszczęcia wystarczającego związku z niewykonaniem przez skarżącą spornych zobowiązań, zaś związek taki powstał dopiero w trakcie trwania postępowania karnego skarbowego w wyniku rozszerzenia jego podmiotowego i czasowego zakresu, co powinno skutkować umorzeniem postępowania podatkowego przez organ odwoławczy, a nie przekazaniem sprawy do ponownego rozpatrzenia;

2. art. 233 § 2 w zw. z art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 i w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej przez wydanie decyzji kasatoryjnej, obejmującej zobowiązania podatkowe za okres od sierpnia 2016 r. do czerwca 2017 r., mimo że zobowiązania za ten okres uległy przedawnieniu, a nie wystąpiły zdarzenia wydłużające skutecznie bieg przedawnienia do momentu wydania zaskarżonej decyzji, gdyż śledztwo wszczęte w dniu 15 września 2016 r. nie mogło i nie obejmowało ww. zobowiązań, które wówczas jeszcze w ogóle nie powstały i nie mogły skutkować żadnym uszczupleniem, zaśsSpółka nie wystąpiła jeszcze i nie otrzymała zwrotu VAT, a więc nie mogła uzyskać go nienależnie, co powinno skutkować częściowym umorzeniem postępowania podatkowego przez organ odwoławczy, a nie przekazaniem sprawy w całości do ponownego rozpatrzenia;

3. art. 233 § 1 pkt 2 lit. a Ordynacji podatkowej przez jego niezastosowanie w sprawie, choć istnieją przesłanki do umorzenia przez organ odwoławczy postępowania podatkowego w całości, ewentualnie w części, z uwagi na przedawnienie zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją.

W uzasadnieniu skargi, odnosząc się do przedawnienia zobowiązań podatkowych, skarżąca wskazała na brak podmiotowego związku na moment wszczęcia w dniu 15 września 2016 r. postępowania karnego skarbowego z zobowiązaniami podatkowymi skarżącej za okres od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r., jak i za okres od sierpnia 2016 r. do czerwca 2017 r. (które wówczas jeszcze nie powstały oraz instrumentalny charakter wszczęcia postępowania karnego skarbowego, które zostało wszczęte na wiele lat przed zainicjowaniem sporu podatkowego. Spółka, zgadzając się co do zasady z oceną organu odwoławczego w zakresie naruszenia przepisów proceduralnych i niedostatecznego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, podtrzymała zarzut przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych w całości lub w części, co w jej ocenie, powinno skutkować uchyleniem decyzji Naczelnika i umorzeniem postępowania w całości lub w części objętej przedawnieniem, a nie - jak to uczynił organ odwoławczy - przekazaniem sprawy do ponownego rozpatrzenia. Jak wskazała, upływ okresu przedawnienia zobowiązań podatkowych oznacza bowiem bezprzedmiotowość dalszego postępowania i brak możliwości ponownego rozpatrywania sprawy merytorycznie. W konsekwencji, organ odwoławczy powinien uchylić zaskarżoną decyzję i umorzyć postępowanie, zamiast przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia. Zdaniem skarżącej Dyrektor IAS nie powinien wydawać tylko decyzji kasatoryjnej, ale rozstrzygnąć sprawę przez jej umorzenie.

W odpowiedzi na skargę, wnosząc o jej oddalenie, Dyrektor IAS podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Sąd zważył, co następuje:

Oceniając zaskarżoną decyzję z punktu widzenia jej zgodności z prawem, Sąd stwierdza, że decyzja ta narusza prawo w stopniu uzasadniającym jej uchylenie.

Kontroli Sądu poddano decyzję organu odwoławczego uchylającą decyzję organu pierwszej instancji i przekazującą sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, z uwagi na konieczność przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części. Należy też zaznaczyć, że żaden z zarzutów skargi nie kwestionuje wskazanej przez Dyrektora IAS konieczności dokonania przez organ pierwszej instancji jednoznacznych ustaleń stanu faktycznego. Natomiast wszystkie zarzuty koncentrują się na fundamentalnej dla kontrolowanego postępowania podatkowego okoliczności, a mianowicie upływie terminu przedawnienia zobowiązań objętych tym postępowaniem.

W kontekście powyższego wskazać należy, że zgodnie z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Istotą przedawnienia zobowiązania podatkowego jest to, że na skutek upływu czasu zobowiązanie podatkowe wygasa z mocy prawa i organ podatkowy nie może skutecznie domagać się od podatnika jego zapłaty, bowiem przestaje ono istnieć. Po upływie okresu przedawnienia organ podatkowy nie może również orzekać w sprawie wysokości takiego zobowiązania, ponieważ nie ma już przedmiotu postępowania. Przedawnienie zobowiązania podatkowego skutkuje wygaśnięciem tego zobowiązania, niezależnie od fazy, w jakiej znajduje się postępowanie. W art. 70 § 2-6 Ordynacji podatkowej ustawodawca określił, w jakich przypadkach powyższa zasada doznaje ograniczeń. I tak przepis art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej stanowi, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Organ podatkowy właściwy w sprawie zobowiązania podatkowego, z którego niewykonaniem wiąże się podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, zawiadamia podatnika o nierozpoczęciu lub zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w przypadku, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1, najpóźniej z upływem terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 1, oraz o rozpoczęciu lub dalszym biegu terminu przedawnienia po upływie okresu zawieszenia (art. 70c Ordynacji podatkowej). Stosownie zaś do treści art. 70 § 6 pkt 4 Ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem doręczenia postanowienia o przyjęciu zabezpieczenia, o którym mowa w art. 33d § 2, lub doręczenia zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.

Wobec treści powołanych wyżej regulacji, bezsporne jest, że przedawnienie zobowiązania w podatku od towarów i usług w niniejszej sprawie, w przypadku braku okoliczności powodujących zawieszenie lub przerwę biegu terminu przedawnienia, nastąpiłoby za miesiące od stycznia 2016 r. do listopada 2016 r. z upływem 31 grudnia 2021 r., natomiast za miesiące od grudnia 2016 r. do czerwca 2017 r. z upływem 31 grudnia 2022 r. Organ powołał się m.in. na instytucję zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z przyczyny określonej w art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej i tym uzasadnił możliwość merytorycznego orzekania w sprawie. Stwierdził bowiem, że zawiadomieniami z 15 października 2021 r. oraz z 20 czerwca 2022 r. organ pierwszej instancji poinformował stronę, że z dniem 15 września 2016 r. uległ zawieszeniu bieg terminu przedawnienia w związku z wszczęciem przez Prokuraturę śledztwa w sprawie o przestępstwo skarbowe z K.k.s. - za miesiące od stycznia 2016 r. do lipca 2016 r. oraz nie rozpoczął się bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za miesiące od sierpnia 2016 r. do czerwca 2017 r. Ponadto zaznaczył, że prezesowi zarządu spółki zostały w dniu 24 września 2020 r. ogłoszone zarzuty. Wobec wydania w dniu 22 listopada 2021 r. i 2 grudnia 2021 r. zarządzeń o zabezpieczeniu w sprawie zaistniała również przesłanka z art. art. 70 § 6 pkt 4 Ordynacji podatkowej.

Sąd zwraca na wstępie uwagę na utrwalony w orzecznictwie pogląd, że wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo albo wykroczenie skarbowe, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej musi być związane z popełnieniem czynu zabronionego, do którego znamion należy narażenie podatku na uszczuplenie. Zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego powoduje jedynie wszczęcie postępowania o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe związane bezpośrednio z danym zobowiązaniem podatkowym, czyli takie, które odnosi się do wywiązywania się podatnika z obowiązków podatkowych (por. wyroki NSA z: 24 kwietnia 2014 r., I FSK 772/13; 30 listopada 2012 r., I FSK 1303/09 – wszystkie przytaczane w niniejszej sprawie orzeczenia sądów administracyjnych dostępne w bazie: publ. CBOSA). Nie wywołuje zatem zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jeżeli nie jest możliwe stwierdzenie, że podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Zdarzenia procesowe zawieszające bieg terminu przedawnienia w oparciu o art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej powinny dotyczyć podatnika, który ma zaległość podatkową w postaci niewykonania zobowiązania objętego instytucją przedawnienia. Nie można natomiast akceptować sytuacji, w której wszczęcie i prowadzenie postępowania w sprawie karnej albo w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, których podejrzenie popełnienia nie zasadza się na istnieniu bezpośredniego związku z niewykonaniem konkretnego zobowiązania podatkowego i nie odnosi się do strony podmiotowej tego zobowiązania, tj. konkretnego podatnika, miałaby być postrzegana jako okoliczność powodująca zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, które nie zostało wykonane (por. wyrok NSA z 2 sierpnia 2017 r., II FSK 1285/17 – wraz z powołanym tam orzecznictwem).

Mając to na uwadze, dzień wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, w rozumieniu art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej, oznacza dzień, od którego istnieje związek między podejrzeniem popełnienia przestępstwa lub wykroczenia a niewykonaniem zobowiązania przez podatnika, niezależnie od tego, że postępowanie w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe zostało wszczęte wcześniej, lecz w dniu wszczęcia postępowanie to nie miało związku z niewykonaniem zobowiązania przez podatnika, a dopiero na skutek rozszerzania zakresu tego postępowania związek ten został ujawniony (zob. NSA z 25 maja 2025 r., I FSK 2079/24).

Jak wynika z uzasadnień decyzji organów obu instancji, w dniu 15 września 2016 r. zostało wszczęte przez Prokuraturę Regionalną w W. śledztwo m.in. o przestępstwo skarbowe. Podstawą wszczęcia śledztwa było zawiadomienie, poprzedzone informacją o wzbudzających wątpliwości przepływach finansowych mogących mieć związek z przestępstwami karno-skarbowymi. Śledztwo jest wielowątkowe, wielopodmiotowe i wieloprzedmiotowe, a spółka pojawiła się już w zeznaniach z 10 października 2016 r., niemniej od początku śledztwa, tj. od 15 września 2016 r. była w jego zainteresowaniu. Zakresem śledztwa objęto okres od 1 stycznia 2016 r. Następnie Prokuratura poinformowała, że śledztwo obejmuje okres od listopada 2015 r. do listopada 2016 r., kolejnym zaś pismem wskazała, że obejmuje okres od listopada 2015 r. do czerwca 2017 r., wnioskując o poinformowanie podatnika na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej o przerwaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za ww. miesiące.

Dokonując analizy powyższych wyjaśnień organów obu instancji, nie można stwierdzić, że wszczęte 15 września 2016 r. przez Prokuraturę Regionalną w W. śledztwo odnosiło się do strony podmiotowej i przedmiotowej zobowiązania objętego zaskarżoną decyzją, tj. do skarżącej i dotyczyło jej zobowiązań podatkowych, które nie zostały wykonane. Należy przede wszystkim podkreślić, że w aktach administracyjnych przedłożonych Sądowi brak ww. postanowienia o wszczęciu śledztwa. Nie można zatem zweryfikować czy śledztwo, które stanowiło podstawę – według organów - zawieszenia biegu terminu przedawnienia wiąże się z niewykonaniem zobowiązania skarżącej objętego kontrolowanym postępowaniem podatkowym. Bra również dokumentów, z których wynikałoby na jakiej podstawie organ podatkowy przyjął, że śledztwo zostało wszczęte m.in. o przestępstwo karne skarbowe. Materialnoprawny skutek w postaci zwieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania musi wynikać z dokumentów a nie z dowodów w postaci korespondencji z Prokuraturą. Ustalenie, czy bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego został zawieszony musi być bowiem pewne i nie może opierać się na interpretacji pism innych organów. Tymczasem z pisma Prokuratora Prokuratury Regionalnej w W. z 7 maja 2021 r. wynika, że wszczęte postanowieniem z 15 września 2016 r. śledztwo dotyczyło podmiotów: L. sp. z o.o. sp. k w B. oraz J. sp. z o.o. sp.k. w W. i ich dostawców oraz czynów z art. 271 § 1 i art. 299 § 1 K.k. Prokurator wyjaśnił, że skarżąca "pojawiła się już w zeznaniach z dnia 10 października 2016 r.", ale można stwierdzić, że od początku śledztwa, tj. 15 września 2016 r. była w jego zainteresowaniu, zarówno w związku z podejrzeniem popełnienia przestępstw z K.k., jak i K.k.s. To właśnie pismo Prokuratora dało podstawę do zawiadomienia skarżącej pismem z 15 października 2021 r. w trybie art. 70c Ordynacji podatkowej o zawieszeniu z dniem 15 września 2016 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w ww. podatku za miesiące od stycznia do lipca 2016 r. i nierozpoczęciu biegu terminu przedawnienia za miesiące od sierpnia do listopada 2016 r. Należy zgodzić się ze skarżącą, że ogólnikowa informacja, iż od początku śledztwa spółka była w kręgu zainteresowania, a 10 października 2016 r. pojawiła się w zeznaniach, absolutnie nie jest równoznaczna z istnieniem jednoznacznych i obiektywnych przesłanek, że z dniem 15 września 2016 r. mogło dojść skutecznie do zawieszenia zobowiązań podatkowych skarżącej w VAT za badany okres.

Zapewne również i sam organ pierwszej instancji miał wątpliwości co do związku wszczętego śledztwa z kontrolowanymi zobowiązaniami skarżącej, skoro w trakcie prowadzonego postępowania występował do Prokuratora o udzielenie informacji o toczącym się postępowaniu przygotowawczym. W piśmie z 1 czerwca 2022 r. Prokurator wskazał, że śledztwo obejmuje aktualnie okres od listopada 2015 r. do czerwca 2017 r., a członkom zarządu skarżącej postawiono zarzuty dotyczące czynów m. in. z K.k.s. za okres od stycznia do listopada 2016 r., zaś w piśmie z 9 czerwca 2022 r., że działalność skarżącej procesowo pojawiła się w materiałach śledztwa od 10 października 2016 r. Z przesłanych przez Prokuratora informacji nadal jednak nie wynika, że wszczęte 15 września 2016 r. śledztwo dotyczyło podejrzenia popełnienia przestępstwa wiążącego się z niewykonaniem konkretnych zobowiązań podatkowych skarżącej w VAT za okres od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r. Jednakże po otrzymaniu ww. pism organ ponownie (pismem z 20 czerwca 2022 r.) zawiadomił skarżącą w trybie art. 70c Ordynacji podatkowej, że w dniu 15 września 2016 r. na skutek wszczęcia śledztwa w sprawie o przestępstwo skarbowe nie rozpoczął się bieg przedawnienia zobowiązań w VAT za okres od grudnia 2016 r. do czerwca 2017 r.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 28 maja 2025 r. o sygn. akt I FSK 2079/24 wskazał, że wykładnia art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej prowadzi do wniosku, że zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego powoduje jedynie wszczęcie postępowania o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe związane bezpośrednio z danym zobowiązaniem podatkowym, czyli takie, które odnosi się do wywiązywania się podatnika z obowiązków podatkowych. Dzień wszczęcia postępowania o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, w rozumieniu art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej oznacza dzień, od którego istnieje związek pomiędzy podejrzeniem popełnienia przestępstwa lub wykroczenia a niewykonaniem zobowiązania przez podatnika, niezależnie od tego, że postępowanie w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie zostało wszczęte wcześniej, lecz w dniu wszczęcia postępowanie to nie miało związku z niewykonaniem zobowiązania przez podatnika, a dopiero na skutek rozszerzenia zakresu tego postępowania związek ten został ujawniony. Tymczasem z uzasadnień decyzji organów obu instancji nie wynika jaki związek miało wszczęcie śledztwa 15 września 2016 r. z zobowiązaniami skarżącej, które wówczas jeszcze w ogóle nie istniały, tj. z zobowiązaniami od września 2016 r. do czerwca 2017 r., jak również z zobowiązaniami już istniejącymi.

Z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej jasno wynika, że na dzień wszczęcia postępowania w sprawie należy dokonać oceny podatkowego skutku wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Data, z jaką skutek ten występuje jest jedną z najważniejszych informacji, które powinno zawierać zawiadomienie wystosowane na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej, co oznacza, że nie może to być data przypadkowa, czy dowolna. Podkreślenia też wymaga, że znaczenie wskazania precyzyjnej daty dla skuteczności zawiadomienia z art. 70c Ordynacji podatkowej potwierdził NSA w uchwale z 18 czerwca 2018 r., I FPS 1/18, uznając, że zawiadomienie podatnika, informujące o zawieszeniu biegu przedawnienia z określonym co do daty dniem na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej jest wystarczające, ale zarazem niezbędne do stwierdzenia skutecznego zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego za wskazany okres. Jeżeli zatem na moment wszczęcia postępowania karnego skarbowego nie został wykazany obiektywny związek tego postepowania z zobowiązaniami podatkowymi skarżącej, to nie można uznać, że od 15 września 2016 r. śledztwo mogło skutecznie powstrzymać bieg terminu przedawniania zobowiązań w VAT za badanych okres. Jeżeli nawet pierwotny zakres śledztwa został rozszerzony, to zdarzenia takie nie może rozciągać z datą wsteczną daleko idących konsekwencji dla pewności sytuacji podatkowoprawnej spółki. Dopiero rozszerzenie zakresu postępowania karnego skarbowego, które wykazuje związek z konkretnym podatnikiem i konkretnym zobowiązaniem podatkowym, może rodzić skutek w zakresie zawieszenia biegu przedawnienia tego zobowiązania. Sąd stwierdza, że organy podatkowe nie wykazały, iż okoliczność wszczęcia w dniu 15 września 2016 r. przez Prokuraturę śledztwa mogła stanowić okoliczność zawieszającą bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych skarżącej w badanym okresie, czy stanowić podstawę do jej zawiadomienia w trybie art. 70c Ordynacji podatkowej o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia spornych zobowiązań z dniem 15 września 2016 r.

Odnosząc się do kwestii przedstawienia w dniu 29 września 2020 r. członkowi zarządu P. P. zarzutów (postanowienie z 24 września 2020 r. o przedstawieniu zarzutów znajduje się w aktach sprawy), zaznaczenia wymaga, że w orzecznictwie sądów administracyjnych przyjmuje się, iż postawienie zarzutów, jak i postanowienie poszerzające te zarzuty, pełni rolę wszczęcia postępowania karnego skarbowego w rozumieniu art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej (zob. wyrok NSA z 4 kwietnia 2018 r., I GSK 222/16). W sytuacji, w której w toku wszczętego postępowania karnego przedstawiono podatnikowi zarzuty w zakresie przestępstwa określonego w K.k.s., okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia liczyć należy od dnia zapoznania podatnika z zarzutami dotyczącymi przestępstwa karnoskarbowego (por. wyrok NSA z 29 listopada 2018 r., I FSK 2069/16). Jednocześnie podkreślenia wymaga, że dla zaistnienia skutków materialnoprawnych wskazanych w art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej konieczne jest dokonanie zawiadomienia w sposób i trybie przewidzianym w art. 70c Ordynacji podatkowej. Tym samym wymagane jest wykazanie, że z określonym co do daty dniem, na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy.

Ww. postanowienie o przedstawieniu zarzutów dotyczy m.in. popełnienia czynów z art. 76 § 1 w zw. z art. 37 § 1 pkt 1, 2 i 5 w zw. z art. 6 § 2 w zw. z art. 9 § 1 i 3 w zw. z art. 38 § 2 oraz w zw. z art. 7 § 1 K.k.s. w okresie od stycznia do listopada 2016 r., a więc nie obejmuje pozostałego okresu, którego dotyczy kontrolowane postępowanie, tj. brak okresu od grudnia 2016 r. do czerwca 2017 r. Postawienie zarzutów jednemu lub kilku członkom zarządu spółki może pełnić rolę wszczęcia postępowania karnego skarbowego w rozumieniu art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Jednakże w aktach administracyjnych brak zawiadomienia spółki o tym fakcie jako zawieszającym bieg terminu przedawnienia zobowiązań objętych zarzutami okresów, wydanego w trybie art. 70c Ordynacji podatkowej o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia spornego zobowiązania podatkowego z dniem 29 września 2020 r. Należy jeszcze raz przypomnieć, że obydwa skierowane do podatnika zawiadomienia w trybie powołanego wyżej przepisu (z 2021 r. i 2022 r.) wskazują datę 15 września 2016 r.

Przechodząc natomiast do zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 Ordynacji podatkowej wskazać należy, że zgodnie z tym przepisem bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem m.in. doręczenia zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji. Na podstawie decyzji z 26 października 2021 r. o zabezpieczeniu zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do września oraz za listopad 2016 r. i czerwiec 2017 r. wydano 22 listopada 2021 r. zarządzenie zabezpieczenia, które - zdaniem organu - zostało doręczone skarżącej 10 grudnia 2021 r. Natomiast 2 grudnia 2021 r. wystawione zostały zarządzenia zabezpieczenia, które zostały uznane za doręczone spółce 27 grudnia 2021 r. W konsekwencji powyższego, w ocenie organu, zawieszenie biegu terminu przedawnienia nastąpiło z chwilą doręczenia zarządzenia zabezpieczenia. Jednakże dokonując oceny wystąpienia w sprawie ww. przesłanki, Sąd w myśl art. 269 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej: "P.p.s.a.") zobligowany do uwzględnienia uchwały składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 16 czerwca 2025 r. o sygn. akt III FPS 1/25, zgodnie z którą doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w trybie art. 155b § 1 ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2025 poz. 132) w wykonaniu decyzji o zabezpieczeniu, o której mowa w art. 33 § 2 w zw. z art. 33 § 1 Ordynacji podatkowej, powinno nastąpić do rąk pełnomocnika ustanowionego i zgłoszonego przez podatnika w postępowaniu podatkowym (kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej). W świetle powyższej uchwały konieczne jest zatem odniesienie się do okoliczności prawidłowości doręczenia zarządzeń zabezpieczenia, na które powołuje się organ odwoławczy. Z zaskarżonej decyzji wynika, że zostały one doręczone stronie, brak jest jednak jakiekolwiek wywodu, czy w tej dacie strona skarżąca była reprezentowana przez pełnomocnika, i jaki był zakres pełnomocnictwa. Natomiast, aby możliwe było dokonanie oceny przesłanki z art. 70 § 6 pkt 4 Ordynacji podatkowej w sposób niebudzący wątpliwości, należy wyjaśnić komu należało prawidłowo doręczyć zarządzenia zabezpieczenia. W przypadku bowiem, gdy takie zarządzenia zostały doręczone tylko skarżącej, a nie jej pełnomocnikowi ustanowionemu wcześniej przez nią w toku postępowania, to należy uznać, że nie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 Ordynacji podatkowej.

Podsumowując powyższe, Sąd stwierdza, że wobec orzekania przez organy podatkowe po upływie terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, ich obowiązkiem było zbadanie czy objęte postępowaniem zobowiązania uległy przedawnieniu. Niezbędne do tego będzie zgromadzenie dowodów w tym zakresie i włączenie ich do akt sprawy. Lektura akt administracyjnych przedłożonych sądowi wraz ze skargą nie pozwala na jednoznaczne stwierdzenie, że bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w podatku VAT za miesiące od stycznia 2016 r. do czerwca 2017 r. uległ wydłużeniu ponad 5-letni okres. Mając również na uwadze, że okoliczności te nie zostały w zaskarżonej decyzji w sposób wyczerpujący wyjaśnione podniesione w powyższym zakresie zarzuty należało uznać za zasadne.

Niezrozumiały jest natomiast zarzut instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego z tego względu, że wszczęcie to nastąpiło na wiele lat przed wydaniem decyzji podatkowej, a nawet wszczęciem kontroli celno-skarbowej. Przede wszystkim należy podkreślić, że w świetle treści uchwały, jak i szerokiego orzecznictwa sądów administracyjnych w tym przedmiocie, trudno uznać, że wszczęte 15 września 2016 r. przez Prokuraturę Regionalną w W. śledztwo, w którego kręgu zainteresowania znalazła się również skarżąca i w którego trakcie postawiono zarzuty członkom jej zarządu popełnienia przestępstw karnych i karnoskarbowych, zostało zainicjowane celem zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych spółki objętych kontrolowanym postępowaniem. Z informacji udzielonych organowi pierwszej instancji przez Prokuratora wynika, że ww. śledztwo zainicjowane zostało zawiadomieniem dokonanym przez Dyrektora UKS w B. o podejrzeniu popełnienia przestępstw z polegających na wystawianiu dokumentów poświadczających nieprawdę i podejmowaniu czynności mających udaremnić lub znacznie utrudnić stwierdzenie przestępczego pochodzenia środków płatniczych lub miejsca ich umieszczenia, tj. przestępstw z art. 271 § 1 i art. 299 § 1 K.k. Natomiast Dyrektor UKS został zawiadomiony przez GIIF o wzbudzających wątpliwości przepływach finansowych mogących mieć związek z przestępstwami karnoskarbowymi różnych podmiotów, w tym kontrahentów skarżącej. Wielowątkowość, wielopodmiotowość i wieloprzedmiotowość tego śledztwa (do sprawy dołączane są sprawy z różnych urzędów skarbowych i innych jednostek prokuratury) wyklucza jego instrumentalne wszczęcie, którego głównym celem miałoby być zawieszenie biegu terminu spornych zobowiązań podatkowych skarżącej. Co też istotne, śledztwo zostało wszczęte i jest prowadzone przez Prokuratora - podmiot zewnętrzny względem organów podatkowych, którego zadaniem jest ściganie przestępstw. Trudno zatem w tym przypadku mówić o instrumentalnym wykorzystaniu przez organ podatkowy postępowania karnego, gdy czynności w tym postępowaniu dokonuje Prokurator (por. wyroki NSA z: 24 maja 2022 r., II FSK 280/22; 6 kwietnia 2023 r., I FSK 319/23). Prowadzenie zatem śledztwa przez niezależny od organu podatkowego organ, tj. prokuratura, wyklucza tezę o działaniu organu podatkowego dla pozoru (zob. wyroki NSA z: 17 kwietnia 2024 r., I FSK 195/24; 26 marca 2024 r., I FSK 275/20). W rezultacie powyższych rozważań należy zgodzić się z organem odwoławczym, że brak jest podstaw do uznania, iż śledztwo zostało wszczęte w tej sprawie instrumentalnie tylko w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Nie zmienia to jednak wcześniejszej konstatacji Sądu o braku wykazania przez organy podatkowe, że wszczęcie tego śledztwa miało wpływ na zawieszenie biegu terminu przedawnienia objętych kontrolowaną sprawą zobowiązań podatkowych skarżącej.

Stwierdzając jednak, że materiał dowodowy zgromadzony w aktach sprawy nie pozwala na jednoznaczne ustalenie czy w sprawie miały miejsce zdarzenia, które miałyby wpływ na bieg terminu przedawnienia, Sąd zobligowany był do uchylenia zaskarżonej decyzji. Nieprzeprowadzenie postępowania celem rzetelnego wyjaśnienia zagadnienia przedawnienia zobowiązań objętych postępowaniem, stanowi o istotnym naruszeniu przepisów art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z wynikającą z art. 122 tej ustawy zasadą prawdy obiektywnej, w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym. Została ona skonkretyzowana w art. 187 § 1, który nakłada na organ podatkowy obowiązek zebrania i w sposób wyczerpujący rozpatrzenia całego materiału dowodowego. Tym samym organ prowadzący postępowanie jest obowiązany zebrać materiał dowodowy dotyczący wszystkich okoliczności, z którymi – na podstawie obowiązujących przepisów – wiążą się skutki prawne (por. S. Babiarz i in., Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. X, WKP 2017).

Stwierdzone przez Sąd braki w zakresie niezbędnych ustaleń dotyczących zawieszenia bądź przerwania biegu terminu przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych spowodowały, że zbędne okazało się badanie zasadności wydania zaskarżonej decyzji kasacyjnej w trybie art. 233 § 1 pkt 2 lit. b Ordynacji podatkowej. W pierwszej kolejności niezbędne jest bowiem ustalenie, czy po upływie 5-letniego terminu przedawnienia orzekanie co do objętego postępowaniem zobowiązania jest możliwe. W tym zakresie niezbędnych ustaleń zabrakło, a organy obu instancji z naruszeniem art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej przyjęły, że bieg ww. terminu został zawieszony.

W ponownie prowadzonym postępowaniu organ podatkowy będzie zobowiązany ustalić, czy ww. zobowiązania skarżącej w podatku od towarów i usług istotnie uległy przedawnieniu, czy też zaszły okoliczności skutkujące przerwaniem lub zawieszeniem biegu terminu ich przedawnienia. W przypadku stwierdzenia braku zaistnienia takich okoliczności, organ podatkowy uwzględni w sprawie art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej.

W tym stanie rzeczy Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c P.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję, orzekając o kosztach postępowania w oparciu o art. 200 w zw. z art. 205 § 2 P.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1935).