Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Sędzia NSA Izabela Najda-Ossowska, Sędzia WSA del. Elżbieta Olechniewicz (spr.), po rozpoznaniu w dniu 24 lutego 2026 r na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 5 sierpnia 2025 r. sygn. akt I SA/Sz 222/25 w sprawie ze skargi E. sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie z dnia 13 lutego 2025 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lipca do września 2021 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie na rzecz E. sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. kwotę 5.417 (słownie: pięć tysięcy czterysta siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.

1.1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 5 sierpnia 2025 r., sygn. akt I SA/Sz 222/25, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie po rozpoznaniu skargi E. sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. (dalej: Skarżąca, Spółka, Strona) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie (dalej: DIAS, organ odwoławczy) z dnia 13 lutego 2025 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lipca do września 2021 r., działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy z ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 2935 ze zm., dalej p.p.s.a.), uchylił zaskarżoną decyzję (opisany wyrok i powołane w uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są na: www.orzeczenia.nsa.gov.pl).

2. Skarga kasacyjna.

2.1. Skargę kasacyjną od powyższego wyroku złożył DIAS, zaskarżając wyrok w całości. Na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. zarzucono naruszenie przepisów postępowania, mających istotny wpływ na wynik sprawy, to jest:

1. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 127, art. 121 § 1, art. 123 § 1, art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) i § 2 oraz art. 229 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111; dalej: Ordynacja podatkowa) poprzez nieuzasadnione uchylenie zaskarżonej decyzji DlAS (w czym wyraża się istotny wpływ na wynik sprawy) na skutek błędnego przyjęcia, że w badanej sprawie doszło do naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego, ponieważ organ drugiej instancji wydał zaskarżoną decyzję na podstawie całkowicie odmiennej kwalifikacji prawnej ustalonego stanu faktycznego, czym zaskoczył Skarżącą i tym samym ograniczył jej także prawo do czynnego udziału w postępowaniu oraz naruszył zasadę zaufania, podczas gdy prawidłowo rozumiana zasada dwuinstancyjności wyrażona w przepisach art. 127 w zw. z art. 233 § 1 pkt 2 lit. a), art. 233 § 2 i art. 229 Ordynacji podatkowej oraz prawo do odwołania zagwarantowane w art. 78 Konstytucji RP, nie oznaczają, że organ drugiej instancji ma ograniczać się wyłącznie do oceny decyzji organu pierwszej instancji, lecz ma prawo i obowiązek na nowo rozpoznać sprawę w jej całokształcie i orzec merytorycznie również z uwzględnieniem konieczności zmiany kwalifikacji prawnej stanu faktycznego, a uchylenie decyzji do ponownego rozpoznania przez organ pierwszej instancji zostało wyraźnie ograniczone do sytuacji wymienionej w art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej;

2. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 127, art. 121 § 1 i art. 123 § 1 oraz art. 21 § 1 pkt 1 i § 3-3a Ordynacji podatkowej poprzez nieuzasadnione uchylenie zaskarżonej decyzji DlAS (w czym wyraża się istotny wpływa na wynik sprawy) na skutek błędnego przyjęcia, że w badanej sprawie doszło do naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania, ponieważ organ drugiej instancji wydał zaskarżoną decyzję na podstawie całkowicie odmiennej kwalifikacji prawnej ustalonego stanu faktycznego czym spowodował brak tożsamości sprawy rozpatrywanej w postępowaniu odwoławczym w porównaniu do postępowania pierwszoinstancyjnego, podczas gdy zmiana kwalifikacji prawnej ustalonego stanu faktycznego i w konsekwencji zmiana podstawy prawnej decyzji organu drugiej instancji nie powoduje braku tożsamości sprawy w obu instancjach, gdyż ta wyraża się zobowiązaniu podatkowym, które objęte danym postępowaniem.

3. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c), art. 134 § 1 w zw. z art. 3 § 1 i § 2 pkt 1 p.p.s.a. w zw. z art. 127 Ordynacji podatkowej poprzez nierozpoznanie istoty sprawy na skutek nieuzasadnionego ograniczenia zakresu swojego orzeczenia wyłącznie do kwestii przestrzegania zasady dwuinstancyjności.

Powołując się na powyższe podstawy kasacyjne organ drugiej instancji wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi, ewentualnie o przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Szczecinie, a także zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. Ponadto DIAS wniósł o rozpoznanie sprawy na posiedzeniu niejawnym.

2.2. Strona w odpowiedzi na skargę kasacyjną wniosła o jej oddalenie oraz o zasądzenie kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych, w tym dwukrotnej stawki podstawowej kosztów zastępstwa procesowego.

2.3. Przedmiotowa skarga kasacyjna została rozpoznana na posiedzeniu niejawnym na podstawie art. 182 § 2 p.p.s.a., z którego wynika, że Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje skargę kasacyjną na posiedzeniu niejawnym, gdy strona, która ją wniosła, zrzekła się rozprawy, a pozostałe strony, w terminie czternastu dni od dnia doręczenia skargi kasacyjnej, nie zażądały przeprowadzenia rozprawy. W niniejszej sprawie DIAS wniósł o rozpoznanie sporu na posiedzeniu niejawnym, zaś Strona pismem z dnia 13 listopada 2025 r. wycofała wniosek o rozpoznanie sprawy na rozprawie.

3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył co następuje.

3.1. Skarga kasacyjna nie zasługiwała na uwzględnienie.

3.2. Istota sporu na obecnym etapie postępowania sprowadza się do oceny prawidłowości stanowiska Sądu pierwszej instancji co do naruszenia przez organ odwoławczy zasady dwuinstancyjności postępowania poprzez zmianę podstawy materialnoprawnej rozstrzygnięcia sprawy.

3.3. Zasada dwuinstancyjności postępowania ma swoje podstawy normatywne w Konstytucji. Zgodnie z art. 78 ustawy zasadniczej każda ze stron ma prawo do zaskarżenia orzeczeń i decyzji wydanych w pierwszej instancji. Wyjątki od tej zasady oraz tryb zaskarżania określa ustawa. W postępowaniu podatkowym zasada ta została wyrażona w art. 127 Ordynacji podatkowej, który stanowi, że postępowanie podatkowe jest dwuinstancyjne. Pomimo bardzo skrótowej zawartości normatywnej tego przepisu, zasada dwuinstancyjności w postępowaniu podatkowym ma bardzo szeroki zakres. Jest on znacznie szerszy niż w innym procedurach, czy to w postępowaniu sądowoadministracyjnym, czy też w postępowaniu cywilnym lub w postępowaniu karnym. Jest to konsekwencja specyfiki postępowania podatkowego. W tym postępowaniu bowiem, podobnie jak w postępowaniu administracyjnym, rola i znaczenie organu prowadzącego postępowanie jest bardzo duża. Na tym organie spoczywa ciężar dowodowy. Organ prowadzący postępowanie dysponuje całym aparatem administracyjnym, który umożliwia w sposób władczy i jednostronny na określenie stronom postępowania praw i obowiązków. Strona postępowania zaś dysponuje niewielką ilością środków prawnych, umożliwiających wpływ na bieg postępowania. Do najważniejszych z nich należą środki zaskarżenia.

Z powyższych względów istotnego znaczenia w postępowaniu podatkowym nabiera zasada dwuinstancyjności postępowania. W orzecznictwie sądowoadministracyjnym jednolicie przyjmuje się, że z tej zasady wynika obowiązek dwukrotnego rozpoznania i rozstrzygnięcia tej samej sprawy. Istotna jest przy tym tożsamość sprawy. Ta sama sprawa co do tożsamości winna być przedmiotem rozpoznania zarówno przed organem pierwszej, jak i drugiej instancji. O tożsamości sprawy decydują cztery elementy: podmiot, przedmiot, podstawa prawna i stan faktyczny, w którym występują te same fakty mające znaczenie prawotwórcze. Zmiana jednego z nich skutkuje nową sprawą (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 lutego 2024 r., sygn. akt I FSK 534/20 i przytoczone tam orzecznictwo).

Organ odwoławczy jest zatem zobowiązany do rozpoznania sprawy w pełnym zakresie, do ponownego jej załatwienia, a nie jedynie kontroli ustaleń zawartych w zaskarżonej decyzji. Jak trafnie wskazał Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Naczelny Sąd Administracyjny już w wyroku z dnia 11 lutego 1999 r., sygn. akt SA/Bk 1629/97 (POP 1999, z. 6, s. 160), stwierdził, że nie da się pogodzić z podstawowymi zasadami praworządności sytuacja, w której organ państwowy nakłada decyzjami na obywateli obowiązki podatkowe z założeniem, iż decyzje te nie mogą być przez nich zaskarżone do organu odwoławczego. Gdy organ odwoławczy w zasadniczy sposób zmienia ustalenia organu pierwszej instancji (utrzymując przy tym decyzję pierwszoinstancyjną w mocy), dochodzi nie tylko do naruszenia zasady dwuinstancyjności, wyrażającej prawo podatnika do obrony swoich praw na gruncie postępowania podatkowego, ale także do naruszenia zasady zaufania do organu podatkowego, wyrażonej w art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej oraz czynnego udziału stron w postępowaniu, wskazanego w art. 123 § 1 tej ustawy (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia: 13 maja 2009 r., sygn. akt II FSK 139/08; 3 listopada 2021 r., sygn. akt I FSK 855/19).

3.4. W niniejszej sprawie Naczelnik Zachodniopomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Szczecinie (dalej: organ pierwszej instancji, NUCS) stwierdził, że Skarżąca brała udział w łańcuchu transakcji, których celem było oszustwo we wspólnym systemie podatku od wartości dodanej. Zdaniem NUCS Strona nie zachowała należytej staranności w transakcjach z kontrahentem – A. UG. Organ pierwszej instancji zakwestionował też Stronie prawo do odliczenia podatku naliczonego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia oleju słonecznikowego od UAB B. (wraz z usługą transportu) i z tytułu nabycia usług pośrednictwa (importu usług) od J.B., gdyż – w ocenie tego organu - zakupy towarów i usług były związane z nierzetelnymi transakcjami z A. UG i nie służyły wykonywaniu czynności opodatkowanych.

Uzasadniając swoje rozstrzygnięcie organ pierwszej instancji wskazał, że przeprowadził wobec Spółki kontrolę celno-skarbową, która została przekształcona w postępowanie podatkowe postanowieniem z dnia 27 kwietnia 2023 r. Zgodnie z ustaleniami NUCS Skarżąca prowadziła działalność jako pośrednik w handlu olejami roślinnymi. Strona nabyła od litewskiego podmiotu UAB B. olej słonecznikowy nierafinowany wraz z usługą transportu na teren Niemiec oraz nabyła usługi konsultingowe dotyczące pośrednictwa w nabyciu oleju, a następnie sprzedała towar na rzecz niemieckiego podmiotu A. AG. Powyższe transakcje zostały zadeklarowane w plikach JPK_VAT7M odpowiednio jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów (podlegające oprocentowaniu stawką 23%) i wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (podlegające oprocentowaniu stawką 0%).

Organ pierwszej instancji w toku postępowania ustalił, że niemiecka spółka A. pełniła rolę znikającego podatnika. Kontrahent Strony nie składał deklaracji VAT, nie zatrudniał pracowników ani nie posiadał zaplecza magazynowego do przechowywania towarów. Co więcej z zeznań prezesa spółki wynikało, że pełnił on jedynie formalnie swoją funkcję i nie miał żadnej wiedzy o przedmiotowych transakcjach. Następnie NUCS ustalił, w oparciu o zeznania przewoźników towaru, że olej roślinny transportowany był bezpośrednio z terytorium Litwy do miejscowości P. w Niemczech, do podmiotu G. GmbH. Organ pierwszej instancji powołując się na orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego i Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej wskazał, że jeśli przedmiotowa transakcja wiązała się z oszustwem podatkowym, o którym podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, to taka transakcja nie podlega opodatkowaniu wg stawki krajowej. W takiej sytuacji NUCS uznał, że taka transakcja nie stanowi WDT (eksportu towarów) i nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT. Jednocześnie taka transakcja nie uprawnia do odliczenia podatku naliczonego. W związku z powyższym NUCS decyzją z dnia 8 lipca 2024 r. określił Spółce kwoty zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za okres od lipca do września 2021 r. oraz ustalił kwoty dodatkowych zobowiązań podatkowych.

3.5. Skarżąca w odwołaniu zakwestionowała stanowisko organu podatkowego. W ramach zarzutów procesowych podważyła przeprowadzone postępowanie dowodowe, jak i naruszenie zasad postępowania podatkowego. W zarzutach prawa materialnego Strona zakwestionowała zasadność zastosowania dodatkowego zobowiązania podatkowego.

3.6. Organ drugiej instancji, po rozpoznaniu odwołania, decyzją z dnia 13 lutego 2025 r. zmienił decyzję NUCS w części dotyczącej określenia zobowiązania podatkowego za okres od lipca do września 2021 r., a także uchylił decyzję NUCS w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za lipiec, sierpień i wrzesień 2021 r. i w tym zakresie umorzył postępowanie.

DIAS, odmiennie od organu pierwszej instancji uznał, że przedmiotowe transakcje należało traktować jak wewnątrzwspólnotowe transakcje trójstronne. Zgodnie z art. 25 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. 2024 r. poz. 361, ze zm.; dalej: ustawa o VAT) ww. transakcje są opodatkowane na terytorium państwa członkowskiego, na którym towary znajdują się w momencie zakończenia ich wysyłki lub transportu (w niniejszej sprawie na terenie Niemiec). Zdaniem organu NUCS nieprawidłowo przyjął, że sporne transakcje były opodatkowane w Polsce i wobec tego niesłusznie badał kwestię dobrej wiary dla ustalenia czy Skarżąca mogła zastosować stawkę 0% przewidzianą przy wewnątrzwspólnotowej dostawie towarów.

W ocenie organu drugiej instancji, Spółka w złożonych deklaracjach podatkowych (plikach JPK_V7M) błędnie wykazała jako wewnątrzwspólnotową dostawę towarów transakcje z niemieckim kontrahentem A. UG. W związku z faktem, że transport towarów nie został dokonany z terytorium Polski, lecz bezpośrednio z terytorium Litwy na terytorium Niemiec, to nie został spełniony warunek wynikający z art. 13 ust. 1 ustawy o VAT. W konsekwencji sporne transakcje nie mogły być wykazane przez Stronę jako WDT. Transakcje te stanowiły sprzedaż krajową opodatkowaną w Niemczech według stawki obowiązującej w tym państwie.

Ponadto DIAS uznał, że Spółce przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z tytułu importu usług (zakwestionowane przez organ pierwszej instancji), gdyż nabyte usługi były bezpośrednio związane z dokonanym WNT, które podlegało opodatkowaniu w kraju na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 4 w zw. z art. 25 ust. 2 ustawy o VAT.

3.7. Analizując przebieg postępowania podatkowego należy stwierdzić, że wbrew twierdzeniom skargi kasacyjnej w niniejszej sprawie została naruszona zasada dwuinstancyjności. Skarżąca w istocie została zaskoczona przez organ podatkowy. Słusznie zauważył Sąd wojewódzki w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, że dopiero bowiem z decyzji organu odwoławczego Strona dowiedziała się o odmiennej kwalifikacji kwestionowanych transakcji na gruncie podatku od towarów i usług. Z aktu administracyjnego, kończącego całe postępowanie Spółka po raz pierwszy dowiedziała się, że jej działania uznano nie za oszustwo podatkowe – jak pierwotnie - lecz że: wadliwie rozliczyła transakcje o charakterze trójstronnym, które powinny zostać opodatkowane w Niemczech, co jednak nie nastąpiło, nie dokonała tamże rejestracji dla celów podatku VAT oraz nie zadeklarowała WNT od litewskiego kontrahenta, ani sprzedaży na rzecz niemieckiego kontrahenta, a także, że nie spełniła warunków formalnych do skorzystania z procedury uproszczonej uregulowanej w art. 135 – 138 ustawy o VAT oraz że faktury miały braki formalne. W prowadzonym w niniejszej sprawie postępowaniu, począwszy od ustaleń kontroli celno - skarbowej aż do czasu wydania decyzji przez organ odwoławczy, taki sposób kwalifikacji spornych transakcji nie był wskazywany przez organy podatkowe. W konsekwencji spór pomiędzy Stroną a organem został przeniesiony na etap postępowania sądowoadministracyjnego. Tymczasem zadaniem sądów administracyjnych jest ocena legalności działań administracji publicznej, a nie ich zastępowanie w administrowaniu.

Nie ulega wątpliwości, że okoliczności faktyczne, wymagające ustalenia w toku prowadzonego przez organy podatkowe postępowania, a w konsekwencji zakres postępowania wyjaśniającego w toku postępowania podatkowego są determinowane normami prawa materialnego, które mają zastosowanie w danej sprawie. To konieczność wyjaśnienia przesłanek norm prawa materialnego, ukierunkowuje postępowanie dowodowe. Zupełnie inne są okoliczności faktyczne niezbędne dla oceny, czy w sprawie doszło do oszustwa podatkowego, a inne w zakresie naruszenia prawa w sposób określony w decyzji organu pierwszej instancji. Zastosowanie nowej kwalifikacji prawnej może też wiązać się z koniecznością przeprowadzenia dodatkowych, nowych dowodów, także tych, która Strona w dotychczas obranym kierunku prowadzonego wobec niej postępowania nie zgłaszała. Zgodzić się należy z Sądem wojewódzkim, że Strona w postępowaniu odwoławczym pozostawała w przekonaniu, że zebrane dowody służą kwalifikacji stanu faktycznego jako oszustwa podatkowego i w tym kierunku prowadziła postępowanie dowodowe i przedstawiała stosowną argumentację. Natomiast stanowisko DIAS, że stan faktyczny w sprawie był ustalony w sposób zupełny, słusznie nie zyskało aprobaty WSA. Jest to stanowisko arbitralne, z góry wykluczające argumentację i dowody Strony. Brak jest podstaw do twierdzenia, że zmiana oceny prawnej dokonana w zaskarżonej decyzji ma jedynie charakter korekty, niewymagającej zebrania dodatkowych dowodów.

W związku z powyższym Sąd pierwszej instancji prawidłowo uznał, że zaskarżona decyzja DIAS narusza zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego, wyrażoną w art. 127 Ordynacji podatkowej. Słusznie Sąd ten wskazał, że co do zasady organ odwoławczy ma prawo korygowania stanowiska przyjętego w rozstrzygnięciu organu pierwszej instancji, ma również prawo uzupełniania materiału dowodowego (art. 229 Ordynacji podatkowej), ale prawo to nie może wykraczać poza regułę określoną w art. 127 Ordynacji podatkowej, a taka sytuacja miała miejsce w niniejszej sprawie. W związku z tym, że organ odwoławczy doszedł do całkowicie odmiennych wniosków i zastosował inną podstawę prawną rozstrzygnięcia niż organ pierwszej instancji, Strona de facto została pozbawiona możliwości odwołania się od decyzji NUCS, a więc została naruszona zasada, zgodnie z którą sprawa powinna być rozstrzygnięta dwukrotnie.

Powyższe swoiste "zaskakiwanie" Skarżącej przez organ drugiej instancji niewątpliwie narusza także zasadę zaufania do organów prowadzących postępowanie, określoną w art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. Również trafnie WSA podkreślił naruszenie zasady czynnego udziału stron wyrażoną w art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej. Strona bowiem została pozbawiona możliwości aktywnego udziału w postępowaniu dowodowym w zakresie wykazywania okoliczności faktycznych istotnych dla przyjęcia kwalifikacji spornych transakcji przyjętej przez DIAS.

3.8. Powyższe zaś oznacza, że sformułowane w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa procesowego, jako niezasadne, nie mogły zostać uwzględnione.

3.9. W tym stanie rzeczy, wobec braku usprawiedliwionych podstaw, skarga kasacyjna podlegała oddaleniu na podstawie art. 184 p.p.s.a.

O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 i art. 205 § 2 p.p.s.a.

Elżbieta Olechniewicz Janusz Zubrzycki Izabela Najda-Ossowska sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA