Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Agata Ćwik-Bury (spr.), Sędzia WSA Monika Krywow, Sędzia WSA Katarzyna Stuła-Marcela, Protokolant Ewelina Cyroń, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 15 października 2025 r. sprawy ze skargi M. KFT. w B. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Katowicach z dnia 11 sierpnia 2022 r. nr SKO.FP/41.4/253/2022/7645 w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2017 – 2021 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Katowicach na rzecz strony skarżącej kwotę 6.917 (sześć tysięcy dziewięćset siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.

1. Przedmiotem skargi M. KFT Sp. z o.o. z siedzibą w R. (dalej: Skarżący, Spółka) jest decyzja Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Katowicach (dalej: Kolegium) z dnia 11 sierpnia 2022 r. SKO.FP/41.4/ 253 /2022/7645 utrzymującą w mocy decyzję Prezydenta Miasta R. (dalej: Prezydent) z dnia 13 kwietnia 2022 r. Nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2017 - 2021.

2. Dotychczasowy przebieg postępowania.

2.1. Spółka w piśmie z dnia 2 czerwca 2021 r. zwróciła się do Prezydenta z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w zakresie podatku od nieruchomości za 2017-2021 r. w kwocie 68 400 zł, z czego za 2017 r. w kwocie 13 148 zł, za 2018 r. w kwocie 13 461 zł, za 2019 r. w kwocie 13 618 zł, za 2020 r. w kwocie 13 930 zł, za 2021 w kwocie 14 243 zł. Skarżąca podniosła, że zwolnieniem z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. (tj. Dz.U. z 2025 r., poz. 707, w brzmieniu obowiązującym w niniejszej sprawie, dalej: u.p.o.l.) objęta jest działka gruntu oznaczona nr ewidencyjnym [...], która udostępniania jest przewoźnikom kolejowym. Spółka wskazała, że na terenie tej działki prowadzi działalność gospodarczą w zakresie napraw i modernizacji taboru kolejowego w zw. z czym udostępnia infrastrukturę kolejową (bocznica kolejowa) na rzecz przewoźników kolejowych takich jak P S.A., P1 S.A., T. S.A., P2 S.A., co jest potwierdzone umowami. Spółka załączyła korekty deklaracji podatkowych za okres objęty wnioskiem.

2.2. Prezydent decyzją z dnia 23 lipca 2021 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty z tytułu podatku od nieruchomości za lata 2017 do 2021. Organ podatkowy I instancji wskazał, że zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. nie może zastosować, gdyż stanowiłoby to nienotyfikowaną pomoc publiczną udzieloną z naruszeniem art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz.Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47, dalej: TFUE).

2.3. Po rozpoznaniu odwołania Spółki Kolegium decyzją z dnia 21 lutego 2022 r. SKO.FP/41.4/483/2021/12548 uchyliło zaskarżoną decyzję i przekazało sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, wskazując, że decyzja jest oparta na błędnym założeniu, że organ podatkowy mógł odmówić zastosowania zwolnienia podatkowego kwalifikując to zwolnienie jako pomoc publiczna, która nie została notyfikowana Komisji Europejskiej. Kolegium wskazało także, że materiał dowodowy okazał się niewystarczający dla weryfikacji prawidłowości zaskarżonej decyzji. W aktach sprawy brak jest pierwotnych deklaracji podatkowych, dokumentacji dotyczącej spornej działki gruntu.

Ponadto Prezydent odmówił stwierdzenia nadpłaty za 2021 r. w kwocie odpowiadającej wysokości zobowiązania za cały ten okres, podczas gdy wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony i rozpoznany przed końcem roku podatkowego, a zatem przed zapadalnością kolejnych miesięcznych rat podatku od nieruchomości (art. 6 ust. 9 lit. c u.p.o.l.). Jeżeli zatem nie doszło do uiszczenia podatku od nieruchomości w pełnej kwocie za cały rok, to nie można było odmówić stwierdzenia nadpłaty obejmującej pełną kwotą zobowiązania.

2.4. Prezydent decyzją z dnia 13 kwietnia 2022 r. ponownie odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty z tytułu podatku od nieruchomości za okres od 2017 do 2021. Organ podatkowy wskazał, że na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. zwolnieniu podlega infrastruktura wraz z całością gruntu, na którym się znajduje. Równocześnie jednak Prezydent powołując się na pismo Prezesa UOKiK z dnia 30 grudnia 2021 r. Nr [...] wyjaśnił, że z uwagi na regulacje dotyczące pomocy publicznej nie można podatnikowi udzielić ulgi podatkowej.

2.5. W odwołaniu od ww. decyzji Skarżący, wnosząc o uchylenie decyzji Prezydenta i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia względnie o wydanie decyzji uwzględniającej w całości wniosek strony, zarzucił naruszenie:

1. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 75 § 4a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tj. Dz.U. z 2025 r., poz. 111, dalej: O.p.) poprzez ich niezastosowanie polegające na odmowie zastosowania zwolnienia z podatku od nieruchomości wobec gruntu działka [...] stanowiącego nieruchomość, dla której urządzono księgę wieczystą [...] pomimo, że zostały spełnione warunki do zastosowania, wobec czego wniosek o stwierdzenie nadpłaty powinien zostać uwzględniony;

2. art. 108 ust. 3 w zw. art. 107 ust. 1 TFUE w zw. z art. 6 Konstytucji RP poprzez ich błędną wykładnię co polegało na odmowie stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości w wyniku uznania, że brak notyfikacji Komisji Europejskiej domniemanego środka pomocowego stanowi przesłankę odmowy stwierdzenia nadpłaty podczas gdy nie może to wpływać na prawa i obowiązki podatnika wynikające z obowiązujących norm prawa krajowego;

3. art. 122 O.p., art. 187 § 1 i art. 191 O.p. w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE poprzez dochowanie obowiązkowi zebrania i rozpatrzenia całości materiału dowodowego, co sprowadzało się do wydania decyzji przy braku ustaleń faktycznych bezpośrednio odnoszących się do sytuacji strony i niewykazaniu selektywności zwolnienia podatkowego,

4. art. 120 O.p. zobowiązującego organ podatkowy do działania na podstawie i w granicach przepisów prawa oraz przyjęcie za podstawę wydania zaskarżonej decyzji Zawiadomienia Komisji w sprawie pojęcia pomocy państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, pisma Dyrektora Urzędu Konkurencji i Konsumentów z dnia 9 kwietnia 2021 r. [...].

2.6. Zaskarżoną decyzją Kolegium utrzymało w mocy decyzję Prezydenta. Kolegium wskazało, że spór w sprawie sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy możliwym jest zastosowanie wobec podatnika będącego przedsiębiorcą zwolnienia przewidzianego w ustawie podatkowej, w sytuacji, gdy zwolnienie to zostało wprowadzone do krajowego porządku prawnego bez uprzedniej notyfikacji pomocy publicznej wymaganej na mocy przepisów wspólnotowych. Okoliczności faktyczne sprawy dotyczące podmiotu (w tym statusu wnioskodawcy jako przedsiębiorcy), przedmiotu oraz stawki podatku od nieruchomości pozostają niesporne. Zastosowanie zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. przez Spółkę nie może być zrealizowane. Stwierdzenie nadpłaty w rozpoznawanej sprawie oznaczałoby naruszenie unijnych przepisów o pomocy publicznej, poprzez zastosowanie przepisów realizujących taką pomoc, które nie zostały notyfikowane Komisji Europejskiej.

2.7. W skardze na ww. decyzję pełnomocnik Spółki zarzucił, że decyzja ta została wydana z naruszeniem:

1. art. 7 pkt ust. 1 u.p.o.l. w zw. z art. 75 § 4a O.p. poprzez ich niezastosowanie, podczas gdy stan faktyczny i zgromadzona w toku postępowania dowodowego dokumentacja wprost wskazuje, iż nieruchomość będącą działką ewidencyjną oznaczoną nr [...] objęta wpisem do księgi wieczystej nr [...] nosi cechy, o których mowa w wymienionym przepisie ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, w konsekwencji czego wniosek Spółki w zakresie stwierdzenia nadpłaty podatku od nieruchomości powinien zostać w całości uwzględniony.

2. art. 108 ust. 3 w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE w zw. z art. 108 ust. 3 TFUE i art. 216 w zw. z art. 6 Konstytucji RP poprzez ich błędną wykładnię i w konsekwencji odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości w wyniku uznania, że brak notyfikacji Komisji Europejskiej domniemanego środka pomocowego jest przesłanką do odmowy stwierdzenia takiej nadpłaty pomimo wystąpienia ustawowych przesłanek zwolnienia podatkowego, podczas gdy niedochowanie obowiązku notyfikacji nie może wpływać na prawa i obowiązki podatnika wynikające z obowiązujących norm prawa krajowego.

3. art. 122 O.p., art. 187 § 1 O.p. i art. 191 O.p., w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE, to jest nie dochowanie obowiązku zebrania i rozpatrzenia dowodów oraz dostatecznego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, w rezultacie czego wydano decyzję podatkową przy błędnej ocenie w zakresie sprzyjania zwolnienia podatkowego niektórym przedsiębiorstwom łub produkcji niektórych towarów w porównaniu z innymi, które w świetle celu tego systemu znajdują się w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej (selektywność zwolnienia podatkowego).

W skardze przedstawiono argumentację nawiązującą do wcześniej przedstawionej w odwołaniu od decyzji.

Strona wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji administracyjnej oraz poprzedzającej ją decyzję Prezydenta, zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego wg norm przepisanych.

2.8. W odpowiedzi na skargę Kolegium, wnosząc o jej oddalenie, podtrzymało dotychczasową argumentację.

2.9. Postanowieniem z dnia 6 lipca 2023 r. Sąd zawiesił postępowanie sądowe z uwagi na wniesione przez Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 19 kwietnia 2023 r. III FSK 3/22 pytanie prejudycjalne do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej: "1) Czy w świetle art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170 ze zm.), polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym? 2) Czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (tekst jednolity) (Tekst mający znaczenie dla EOG), Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r., jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?" (wszystkie przywołane orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są na stronie: www.orzeczenia.nsa.gov.pl.).

2.10. Postanowieniem z dnia Sąd podjął zawieszone postępowanie z uwagi na rozstrzygnięcie pytania prejudycjalnego wyrokiem Trybunału z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23.

3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje:

3.1. Skarga okazała się zasadna.

3.2. Na wstępie wskazać należy, że zadaniem sądu administracyjnego jest zbadanie prawidłowości zastosowania przez organy administracji przepisów obowiązującego prawa, zarówno prawa materialnego, jak też przepisów postępowania. Uwzględnienie skargi następuje w przypadku stwierdzenia przez sąd naruszenia przepisów prawa materialnego, jeżeli miało ono wpływ na wynik sprawy lub naruszenia przepisów prawa procesowego, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a także dające podstawę do wznowienia postępowania - art. 145 § 1 pkt 1ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r., poz. 935 ze zm., dalej: p.p.s.a.). W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części – art. 151 p.p.s.a. Zgodnie natomiast z art. 134 § 1 p.p.s.a. Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a (który to wyjątek nie ma w niniejszej sprawie zastosowania).

3.3. Przedmiotem sporu jest możliwość zastosowania wobec Skarżącej zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l.

Zdaniem Kolegium powyższe zwolnienie zostało wprowadzone do porządku krajowego bez notyfikacji, a zatem nie może być zastosowane.

Skarżąca nie podziela stanowiska Kolegium, wskazując, iż doszło do spełnienia przesłanek z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. warunkujących zastosowanie zwolnienia od podatku od nieruchomości zgodnie z jej wnioskiem.

3.4. Dokonując kontroli legalności zaskarżonej decyzji Sąd uznał, iż stanowisko Kolegium nie zasługuje na akceptację, albowiem wyrokiem z dnia 29 kwietnia 2025 r. Trybunał Sprawiedliwości w sprawie C‑453/23 mającej za przedmiot wniosek o wydanie, na podstawie art. 267 TFUE, orzeczenia w trybie prejudycjalnym, złożony przez Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 19 kwietnia 2023 r., uznał, iż art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści (orzeczenia TSUE na stronie https://curia.europa.eu.).

W konsekwencji błędne jest stanowisko Kolegium, iż zastosowanie zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. przez Spółkę nie może być zrealizowane, albowiem stwierdzenie nadpłaty w rozpoznawanej sprawie oznaczałoby naruszenie unijnych przepisów o pomocy publicznej, poprzez zastosowanie przepisów realizujących taką pomoc, które nie zostały notyfikowane Komisji Europejskiej.

Skład orzekający podziela wyrażony w wyroku z dnia 30 sierpnia 2025 r. III FSK 3/22 pogląd, zgodnie z którym zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz.Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47), przy czym dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej.

Skoro przedmiotem opodatkowania w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. jest grunt, to z tej perspektywy jego powierzchnia winna wyznaczać zarówno podstawę opodatkowania od nieruchomości, jak i wyłączenie i zwolnienie z tej daniny, w takim zakresie, w jakim ten grunt jest faktycznie związany (zajęty) na prowadzenie preferowanej przez prawodawcę działalności gospodarczej; tylko wówczas, gdy z ustalonego stanu faktycznego jednoznacznie wynika, że wymieniony w nim preferowany podatkowo obiekt budowlany zajmuje grunt obejmujący całą działkę geodezyjną, dopuszczalne jest objęcie takiej działki zakresem zwolnienia z podatku od nieruchomości dla infrastruktury kolejowej, spełniającej kryteria z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l.

Zasadny okazał się zatem podniesiony w skardze zarzut naruszenia art. 108 ust. 3 w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE w zw. z art. 108 ust. 3 TFUE i art. 216 w zw. z art. 6 Konstytucji RP poprzez ich błędną wykładnię i w konsekwencji odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości w wyniku uznania, że brak notyfikacji Komisji Europejskiej domniemanego środka pomocowego jest przesłanką do odmowy stwierdzenia takiej nadpłaty pomimo wystąpienia ustawowych przesłanek zwolnienia podatkowego, podczas gdy niedochowanie obowiązku notyfikacji nie może wpływać na prawa i obowiązki podatnika wynikające z obowiązujących norm prawa krajowego.

W konsekwencji przesądzenie przez Sąd czy w istocie Skarżącej przysługuje prawo do zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. uznać należy za przedwczesne. Sąd, dokonując kontroli legalności zaskarżonej decyzji we wskazanych powyżej granicach, nie może zastępować organu podatkowego w tym zakresie.

3.5. Mając na uwadze powyższe Sąd wyeliminował z obrotu prawnego zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 a) p.p.s.a.

Rozpoznając sprawę ponownie Kolegium dokona oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego oraz zastosuje właściwe w sprawie przepisy prawa materialnego. Celem postępowania odwoławczego będzie ustalenie czy zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. znajdzie w sprawie zastosowanie. Rozpoznając sprawę ponownie Kolegium uwzględni wyrażoną przez Sąd ocenę prawną opartą na wyroku Trybunału w sprawie C-453/23 oraz wyroku NSA w sprawie III FSK 3/22.

O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 § 1 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę 6917 zł składa się wpis w wysokości 1500 zł, opłata od dokumentu pełnomocnictwa w kwocie 17 zł oraz koszty zastępstwa procesowego w kwocie 5400 zł.