I SA/Go 406/25 - Wyrok

Data orzeczenia	2026-02-19	
Data wpływu	2025-12-08	
Sąd	Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wlkp.	
Sędziowie	Alina Rzepecka
Dariusz Skupień /sprawozdawca/
Jacek Niedzielski /przewodniczący/	
Symbol z opisem	6110 Podatek od towarów i usług	
Hasła tematyczne	Podatek od towarów i usług	
Skarżony organ	Dyrektor Izby Administracji Skarbowej	
Treść wyniku	Uchylono zaskarżoną decyzję	
Powołane przepisy	Dz.U. 2025 nr 0 poz 111; art. 86 ust. 2-2h oraz 112 b; Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j.)
Dz.U. 2026 nr 0 poz 143; art. 145 par. 1 pkt 1 lit a i c; Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi	
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Jacek Niedzielski Sędziowie Sędzia WSA Alina Rzepecka Sędzia WSA Dariusz Skupień (sprawozdawca) Protokolant: sekretarz sądowy Katarzyna Grycuk po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 5 lutego 2026 r. sprawy ze skargi Związku [...] na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia [...] r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego 2020 r. do sierpnia 2021 r. 1. Uchyla zaskarżoną decyzję w całości. 2. Zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 52 931,00 (pięćdziesiąt dwa tysiące dziewięćset trzydzieści jeden) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.	
Uzasadnienie
Związek Międzygminny zorganizowany pod nazwą "C." (zwany dalej jako:strona, skarżąca), wniósł skargę na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] (zwany dalej jako: DIAS, organ odwoławczy, organ II instancji) z dnia [...] października 2025 r., nr [...], wydaną w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego 2020r. do sierpnia 2021r.

Organy ustaliły następujący stan faktyczny.

Naczelnik Urzędu Skarbowego w [...] (dalej: organ I instancji, Naczelnik US), przeprowadził wobec skarżącego kontrole podatkowe. Zakresem kontroli była prawidłowość rozliczenia podatku od towarów i usług oraz sporządzenia deklaracji VAT-7 wraz z zadeklarowaną kwotą z przeniesienia oraz terminowość regulowania zobowiązań w podatku od towarów i usług za okres od lutego 2020 r. do sierpnia 2021 r. Przeprowadzone czynności wykazały, że skarżąca, zawyżyła nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, co miało istotny wpływ na prawidłowe rozliczenie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe w związku z nieopodatkowaniem usług świadczonych na rzecz członków Związku. Skarżąca nie zgodziła się z ustaleniami dokonanymi w trakcie kontroli podatkowych, dlatego organ I instancji wszczął wobec skarżącego postępowania podatkowe w zakresie prawidłowości rozliczenia podatku o towarów i usług za okres od 02/2020 do 08/2021.

Organ I instancji ustalił, że skarżąca jest czynnym i zarejestrowanym podatnikiem, przedmiotem wykonywanej działalności gospodarczej jest działalność pozostałych organizacji członkowskich gdzie indziej niesklasyfikowana, działa

na podstawie Statutu C.. Zgodnie z przepisami § 5 Statutu, Związek jest osobą prawną wykonującą zadania publiczne w imieniu własnym i na własną odpowiedzialność. Zadaniem Związku, zgodnie z § 6 Statutu jest gospodarowanie odpadami komunalnymi na terenach gmin uczestników Związku, i w tym celu Związek: 1) eksploatuje Zakład [...] w [...]oraz zapewnia budowę, utrzymanie i eksploatację własnych lub wspólnie z innymi gminami regionalnych instalacji do przetwarzania odpadów komunalnych; 2) zagospodarowuje odpady komunalne odebrane od właścicieli nieruchomości, na których zamieszkują mieszkańcy gmin - uczestników Związku oraz zagospodarowuje odebrane odpady komunalne od właścicieli nieruchomości położonych w gminach uczestników Związku, na których nie zamieszkują mieszkańcy gmin uczestników Związku, a na których powstają odpady komunalne, po podjęciu uchwały, o której mowa w art. 6c ust.2 ustawy o utrzymaniu czystości i porządku w gminach. Związek podejmuje uchwały w sprawie wysokości i terminów wpłat składki członkowskiej oraz w zakresie zasad, wysokości i terminów dopłat. Związek zawiera umowy z podmiotami wyłonionymi w drodze postępowań przetargowych, o których mowa w art. 6d ust.1 ustawy o utrzymaniu czystości i porządku w gminach, prowadzonych przez gminy uczestników Związku w zakresie gospodarowania odpadami komunalnymi. Pozostałe zadania Związku dotyczą m.in. prowadzenia działań edukacyjnych w zakresie prawidłowego gospodarowania odpadami, wspieranie uczestników związku w realizacji obowiązków sprawozdawczych, zapewnienie osiągnięcia odpowiedniego poziomu recyklingu. Gminy będące uczestnikami Związku zostały wskazane w § 2 statutu Związku. Zgodnie z § 6 ust. 2 ww. statutu w celu realizacji zadań Związek może tworzyć jednostki organizacyjne, zawierać umowy z innymi podmiotami, poodejmować współpracę ze spółkami komunalnymi, organizacjami gospodarczymi, jednostkami samorządu terytorialnego. Zgodnie z § 15 pkt 4 Statutu Związku Gmin dochodami Związku są m.in.: - stałe roczne składki członkowskie uczestników Związku, - miesięczne składki członkowskie, które zostały wprowadzone Obwieszczeniem Wojewody [...] z [...] lutego 2020 r. w sprawie zmiany statutu C..

Roczne składki członkowskie uzależnione są od liczby mieszańców poszczególnych uczestników Związku. Liczbę mieszkańców ustala się według stanu na dzień 30 czerwca roku poprzedzającego rok obrotowy określonego na podstawie danych statystycznych Głównego Urzędu Statystycznego z roku poprzedniego. Proponowana wysokość składek i terminy płatności rat składek na rok następny określana jest, za wyjątkiem pierwszego roku działalności Związku, corocznie

do 15 października każdego roku przez Zarząd i jest zatwierdzana w drodze uchwały przez Zgromadzenie. Zwłoka w płatności którejkolwiek z rat powoduje naliczenie odsetek ustawowych od dnia wymagalności każdej raty do dnia zapłaty oraz stanowi podstawę do wszczęcia przez Związek działań zmierzających do wyegzekwowania należności zgodnie zobowiązującymi przepisami prawa.Miesięczne składki członkowskie stanowią iloczyn liczby ton odpadów komunalnych zagospodarowanych przez Związek pochodzących od poszczególnych uczestników Związku i ceny dla poszczególnych frakcji odpadów. Wysokość stawki miesięcznej dla każdego z uczestników Związku ustala się odrębnie do 10 dnia każdego miesiąca za miesiąc poprzedni według cen określonych w drodze uchwały przez Zarząd Związku. Zwłoka w płatności którejkolwiek ze składek miesięcznych powoduje naliczenie odsetek ustawowych od dnia wymagalności każdej składki miesięcznej do dnia zapłaty oraz stanowi podstawę do wszczęcia przez Związek działań zmierzających do wyegzekwowania należności zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa. Przepisy § 16 Statutu stanowią, że nadwyżki budżetowe osiągnięte przez Związek przeznaczone są na jego działalność statutową, a jeżeli dochody własne Związku nie wystarczają na pokrycie wydatków związanych z działalnością Związku, strata pokrywana jest przez uczestników Związku według proporcji stawek określonych przy wyliczaniu składki na dany rok na zasadach określonych w uregulowaniach statutu. Zarówno w toku przeprowadzonych kontroli podatkowych jak i postępowań podatkowych organ podatkowy I instancji ustalił, iż oprócz dostawy towarów oraz świadczenia usług opodatkowanych podatkiem od towarów i usług dla każdej z Gmin, będącej uczestnikami Związku, skarżąca wystawiała noty księgowe, obciążające Gminy płatnościami za zagospodarowanie odpadów. Noty te, nie podlegały opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Organ I instancji w pierwotnie prowadzonych postępowaniach ustalił, iż zagospodarowanie odpadów Gmin, o których mowa w notach księgowych jest usługą świadczoną przez skarżącego na rzecz Gmin. Usługa ta spełniała w ocenie organu cechy wskazane w art. 8 ustawy o podatku od towarów i usług. Wobec tego organ I instancji uznał wówczas, iż Gmina otrzymywała konkretne świadczenie ze strony skarżącej, tj. zagospodarowanie odpadami komunalnymi, za którą uiszczała konkretne wynagrodzenie. Składka członkowska, zdaniem organu I instancji nie była sama w sobie świadczeniem z tytułu przynależności do Związku i nie była uiszczana na ogólne potrzeby jego funkcjonowania (tzn. nie była opłatą za możliwość bycia członkiem Związku), ale dotyczyła bezpośredniej odpłatności za zagospodarowanie odpadów gmin, a więc podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Składka ta w ocenie organu I instancji jest skonkretyzowana, zindywidualizowana i odpowiada konkretnym czynnościom, tj. zadaniom Związku. Biorąc pod uwagę powyższe, decyzjami z dnia [...] grudnia, [...] grudnia 2022 r. oraz [...] lutego 2023r.organ I instancji określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy oraz kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego - za miesięczne okresy od lutego 2020 do sierpnia 2021.

Decyzje zostały zaskarżone, we wniesionych odwołaniach m. in. podniesiono, że miesięczna składka członkowska, płacona przez każdą gminę była traktowana przez Związek, jako wpłata na koszty związane z organizacją i utrzymaniem Związku oraz na realizację zadań statutowych związanych z organizacją zagospodarowania odpadów. Organowi I instancji zarzucono, iż Związek działał w relacji z gminami członkowskimi w charakterze podmiotu publicznego i dlatego zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług uznaje się go za podatnika organów władzy publicznej oraz urzędów obsługujących te organy w zakresie realizowanych zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa dla realizacji których zostały one powołane, z wyłączeniem czynności wykonywanych na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych. DIAS decyzjami z [...] września 2023 r. uchylił decyzje organu I instancji w całości i przekazał sprawy do ponownego rozpatrzenia przez ten organ wskazując,

że rozstrzygnięcie spraw wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części. Przekazując sprawy, organ odwoławczy uznał

iż główna kwestia sporna w sprawie zasadniczo dotyczy, czy prawidłowo organ

I instancji uznał, że miesięczne składki członkowskie stanowią wynagrodzenie

za usługę zagospodarowanie odpadów komunalnych i podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Organ odwoławczy zobowiązał organ I instancji m.in. do uzupełnienia materiału dowodowego o: 1. dokumenty dotyczące gospodarki odpadami tj. "Kompleksowego Programu Gospodarki Odpadami". 2. wyjaśnienia przebiegu procesu dotyczącego zagospodarowania odpadów na terenach gmin wchodzących w skład Związku począwszy od właścicieli nieruchomości poszczególnych gmin a w szczególności: - komu składane są "deklaracje śmieciowe" w poszczególnych Gminach - komu uiszczana jest odpłatność na terenie poszczególnych Gmin za zagospodarowanie odpadów, - wyjaśnienia, w jaki sposób

i na jakiej zasadzie odpady transportowane są do Zakładu [...] w [...] oraz kto je transportuje. 3. "Kompleksowy Regionalny Program Gospodarki Odpadami", uchwały stanowiące o przyjęciu do realizacji przez poszczególnych członków Związku ww. programu gospodarki odpadami, jak również udzielenia informacji w zakresie płatności składek rocznych. 4. wyjaśnienia, na jakie cele przeznaczana jest miesięczna składka członkowska tj. czy obejmuje ona również realizację zadań związanych z organizacją i utrzymaniem Związku oraz realizację zadań statutowych związanych z organizacją zagospodarowania odpadami. 5. wyjaśnienia, czy C. świadczył usługi dla podmiotów zewnętrznych w innych cenach i na innych zasadach niż dla gmin członkowskich, i czy w takich transakcjach działał jako podatnik VAT w ramach działalności gospodarczej, do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. 6. wyjaśnienia, czy C. jako osoba prawna, dokonywała czynności zwolnionych, o których mowa w art. 43 ustawy o VAT oraz niepodlegających opodatkowaniem podatkiem o towarów i usług. Jeżeli tak to jakich czynności to dotyczyło oraz wysokości sprzedaży usług i towarów z podziałem na sprzedaż zwolnioną i sprzedaż nie podlegającą opodatkowaniu. 7. wyjaśnienia dot. Z [...] (baza [...] oraz baza [...]), które są wskazane w wystawionych notach księgowych za zagospodarowanie odpadów, tj. czy są to osobne zakłady, do kogo należą, jaką pełnią funkcję i zadania. W wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy, organ I instancji połączył sprawy w jedno postępowanie podatkowe, które zostało poprowadzone pod nr [...]. W ponownie prowadzonym postępowaniu podatkowym na wezwanie organu I instancji skarżąca przesłała pismem z [...] grudnia 2023 r. wyjaśnienia i dokumenty:

1) kopię "Kompleksowego Regionalnego Programu Gospodarki Odpadami C. " wraz z informacją, iż "Zgodnie z informacjami przekazanymi przez Stronę, zapisy tego dokumentu nie są w pełni aktualne. Przykładowo, wbrew początkowym zamierzeniom Związek nie zajmuje się np. transportem odpadów

z terenu gmin członkowskich".

2) wyjaśnienia, iż deklaracje o wysokości opłaty za gospodarowanie odpadami komunalnymi, tzn. "deklaracje śmieciowe" mieszkańcy składają w gminie, w której zamieszkują, również opłaty wnoszone są na rachunek bankowy w danej gminie, natomiast transport odbywa się przez firmy wyłonione w przetargu zorganizowanym przez gminę. Ponadto wskazano, iż do Związku zostało przekazane zadanie własne

w postaci "zagospodarowania odpadów komunalnych". Gminy organizując u siebie przetarg na odpady komunalne nie mogą ogłosić przetargu na odbiór

i zagospodarowanie odpadów (wówczas firma transportująca odpady mogłaby wybrać instalację komunalną do której dostarczyłaby odpady), a są zobligowani do ogłoszenia przetargu jedynie na odbiór odpadów ze wskazaniem, gdzie te odpady muszą trafić, czyli do ZUOK w [...] bądź na bazę przeładunkową w [...] lub [...].

3) kopie uchwało przyjęciu Kompleksowego Regionalnego Programu Gospodarki Odpadami C. . Ponadto pismo to zawiera informacje, iż składka roczna jest uchwalona w ramach funkcjonowania Kompleksowego Regionalnego Programu Gospodarki Odpadami C. .

4) wyjaśnienia, iż składka miesięczna pokrywa również realizację zadań związanych

z organizacją i utrzymaniem Związku, jak również realizację zadań statutowych, w tym m. in. zagospodarowanie odpadów.

5) wyjaśnienia, iż poza zadaniami wobec gmin członkowskich wynikającymi ze statutu Związku, C. świadczy usługi dla podmiotów zewnętrznych w innych cenach, zgodnie z cennikiem przyjęcia odpadów. W tym zakresie działa jako podatnik VAT w ramach działalności gospodarczej, do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. Również wobec gmin członkowskich na podstawie umów cywilnoprawnych Związek wykonuje czynności opodatkowane, dotyczące prowadzenia PSZOK.

6) wyjaśnienia, iż C. jako osoba prawna nie dokonywał czynności zwolnionych o których mowa w art. 43 ustawy o VAT. Czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług dotyczyły czynności wobec gmin członkowskich realizowanych na podstawie statutu Związku.

7) wyjaśnienia, iż baza przeładunkowa w [...] i w [...]e są bazami dzierżawionymi, których właścicielem jest odpowiednio Baza w [...] — Gmina [...] i Baza w [...] — MZK [...]. Są one elementem logistycznym służącym do przeładunku odpadów zwożonych z terenu gmin członkowskich a następnie transportem stopnia, tj. zestawem kontenerowym należącym do C., przewożone z bazy przeładunkowej do ZUOK w [...]. Bazy przeładunkowe pozwalają zmniejszyć odległość od gminy do miejsca dostarczenia odpadów, tym gminom członkowskim, które są najdalej oddalone od ZUOK w [...].

Organ I instancji ponownie analizując materiał dowodowy w sprawie przychylił się do stanowiska skarżącej, że czynności o, których mowa w notach księgowych,

nie stanowią czynności opodatkowanych w rozumieniu art. 5 ust. 1 w zw. z art.8 ust. 1 ustawy o VAT. Zatem składka członkowska winna być traktowana jako świadczenie uiszczane z tytułu przynależności do Związku, zaś jej kwota dotyczy wielu składowych i nie dotyczy wynagrodzenia za świadczoną pracę jak wskazano w pierwotnie prowadzonym postępowaniu podatkowym. Jak słusznie wskazał skarżący, właściwym sposobem dokumentowania czynności Związku jest wystawianie na rzecz Gmin not obciążeniowych, które przewidziane zostały w obowiązującym systemie prawnym do czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Organ I Instancji ustalił, że na podstawie przedłożonych dla podatku od towarów i usług deklaracji VAT-7 (JPK_VAT) za badane okresy 2020 i 2021 r. Skarżący dokonywał sprzedaży opodatkowanej w łącznej wysokości za 2020 rok - 7 544 513 zł

oraz za 2021 rok -7 182 589 zł. Organ I instancji uznał, Iż poza wykonywaniem zadań o charakterze publicznym (zadania niepodlegające opodatkowaniu VAT) skarżąca dokonywała również sprzedaży towarów i usług opodatkowanych stawką 8% i 23%, które podlegają opodatkowaniu na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1.1 ustawy o VAT. Specyfika działalności skarżącej wskazuje, iż Zakład nie jest podmiotem zrównanym z komercyjnymi przedsiębiorcami. Powyższe wynika chociażby z racji uprzywilejowania jednostek wykonujących zadania o charakterze publicznym poprzez treść art. 15 ust. 6 ustawy o VAT i nieuznawania ich za podatnika w określonych okolicznościach, tj. w przypadku działania w charakterze organu władzy publicznej, którego przymiotu komercyjny przedsiębiorca nie posiada i którego działalność, co dozasady,jest opodatkowana w całości. Zdaniem organu I instancji z tego względu, rozpatrując w zakresie podatku VAT kwestie uprawnień i obowiązków podmiotów takich, jak jednostki samorządu terytorialnego/gminy a w przedmiotowej sprawie Związek, należy mieć na względzie okoliczność, że podmioty te - co do zasady - w odniesieniu do niektórych czynności występują Jako podmioty wykonujące zadania własne (do których zostały powołane, np. do realizacji zadań publicznych) i nie są uznawane za podatników stosownie do ww. art. 15 ust. 6 ustawy o VAT. Jednakże mogą również równocześnie prowadzić działalność podlegającą opodatkowaniu. Co ma miejsce jak ustalił organ I instancji w przedmiotowej sprawie, Związek wykonuje zarówno zadania publiczne jak i prowadzi działalność opodatkowaną podatkiem VAT. Ustawodawca nie precyzuje, w jakim zakresie i w jaki sposób towary i usługi muszą być wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, aby pozwoliło to podatnikowi na odliczenie podatku naliczonego. Związek ten może być zatem bezpośredni lub pośredni. Aby można było wskazać, że określone zakupy mają pośredni związek z działalnością, istnieć musi związek przyczynowo - skutkowy pomiędzy dokonanymi zakupami towarów i usług a powstaniem obrotu. O pośrednim związku dokonanych zakupów z działalnością podatnika można mówić wówczas, gdy zakup towarów i usług przyczynia się pośrednio do uzyskania obrotu przez podatnika poprzez wpływ na ogólne funkcjonowanie przedsiębiorstwa jako całości. Rozdzielenie działalności gospodarczej Związku od realizowania zadań własnych ma kluczowe znaczenie dla poprawnego rozliczenia VAT. Zgodnie z przepisami ustawy o VAT można odliczyć tylko od zakupów związanych z opodatkowaną działalnością gospodarczą - art. 86 ust. 1. Natomiast

z przepisu art. 86 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług wynika, że w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku,

o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości

do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, zwanym dalej "sposobem określenia proporcji". Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności

i dokonywanych przez niego nabyć. Zdaniem organu I instancji, przyznanie Związkowi pełnego prawa do odliczenia VAT z ww. wydatków jawi się jako nieuprawniona korzyść w świetle systemu VAT albowiem nabycia związane są zarówno z czynnościami opodatkowanymi podatkiem VAT, jak i czynnościami wykonywanymi w ramach zadań publicznych.

Dalej organ I instancji stwierdził, że gdy podatnik wykonuje czynności pozostające poza działalnością gospodarczą, w tym przypadku zadania publiczne

i opodatkowane podatkiem od towarów i usług, jest zobligowany do ustalenia prewspółczynnika do odliczenia VAT - art. 86 ust. 2a-2h, art. 90 c ustawy o VAT. Organ I instancji uznał, że posiada niezbędne dane dla zakończonych lat podatkowych do prawidłowego wyliczenia kwoty przysługującego odliczenia podatku naliczonego uwzględnił bowiem dane m.in. ze sprawozdań RB-27S i RB28S za lata 2020 i 2021 bez konieczności dokonywania korekty, o której mowa w art. 90 c ust. 1 ww. ustawy. W przedmiotowej sprawie przy wyliczeniu prewspółczynnika organ I instancji zastosował przepis art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT, który jego zdaniem jest dla skarżącej najbardziej reprezentatywny i odpowiada specyfice działalności wykonywanej przez Związek. Organ I instancji dokonał kalkulacji prewspółczynnika

z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT na podstawie Rozporządzenia Ministra finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników: Roczny obrót z działalności gospodarczej w 2020 r. (deklaracje VAT-7) 7 544 513. Dochody urzędu 2020 r. 40 540 270,22 prewspółczynnik 2020 r. 18,61%, po zaokrągleniu 19%.Roczny obrót z działalności gospodarczej w 2021 r. (deklaracje VAT-7) 7 182 589,dochody urzędu 2021 r. 71114 745,68 prewspółczynnik 2021 r. 10,10% po zaokrągleniu 11%. Ponadto organ pierwszej instancji stwierdził zasadność zastosowania sankcji wobec Skarżącego zgodnie z art. 112b ustawy o VAT, opierając się na ustaleniach dokonanych wtoku czynności kontrolnych oraz poczynionych wtoku postępowania podatkowego, potwierdzających jednoznacznie spełnienie warunków dotyczących jej nałożenia. Mając na względzie przedstawiony stan faktyczny, organ

I instancji ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości 18% kwoty różnicy podatku naliczonego do zwrotu na rachunek bankowy biorąc pod uwagę przesłanki określone w przepisach art. 112b ust. 2b ustawy o VAT. Tak wyliczony prewspółczynnik wyniósł za 2020 rok 19% i za 2021 rok 11%.

Z uwagi, iż czynności o których mowa w notach księgowych nie stanowią czynności opodatkowanych w rozumieniu art. 5 ust 1 w zw. z art. 8 ust 1 ustawy o VAT tylko zgodnie z wyjaśnieniem skarżącej czynności wobec gmin realizowanych na podstawie statusu to czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, a więc w momencie dokonywania nabyć w ocenie organu skarżąca miała wiedzę, iż świadczy usługi opodatkowane i nieopodatkowane podatkiem VAT, czego konsekwencją powinno być prawidłowe odliczenie podatku naliczonego wynikające z przepisów art. 86 ust. 1 ustawy o VAT. Organ podkreślił, że zamiar wykorzystania zakupów do działalności opodatkowanej daje prawo do odliczenia podatku VAT, nawet przy działalności mieszanej, ale aby móc skorzystać z pełnego odliczenia należy wykazać, że dany zakup dotyczy wyłącznie działalności opodatkowanej, czego skarżąca nie wykazała. Natomiast jeżeli wydatki służą obu sferom to wtedy prawidłowym działaniem jest ustalenie prewspółczynnika (art. 86 ust 2a-2h ustawy o VAT), jak ma to miejsce w tej sprawie. Organ odwoławczy podkreślił, że w niniejszej sprawie pomimo wezwań organu skarżąca nie dokonała zaszeregowania dokonanych nabyć, nie wskazując czy i które wydatki rzeczywiście służyły działalności opodatkowanej a które mieszanej, nie wykazała również wyłącznego związku dokonanych nabyć z wykonywaną działalnością opodatkowaną, nie wskazał też na wybraną metodę prewspółczynnika. Dalej organ odwoławczy podkreślił, że przy wyliczeniu prewspółczynnika organ I instancji prawidłowo zastosował przepisy art. 86 ust. 2a i 2c pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług. A dane do jego wyliczenia pochodziły ze złożonych przez skarżącą dokumentów, które stanowią materiał dowody w sprawie.

Skarżąca wniosła skargę zarzucając zaskarżonej naruszenie: 1) art. 120 w zw. z art. 121 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (dalej: O.p.) poprzez naruszenie zasady legalizmu, polegające na oparciu skarżonej decyzji

o swobodne przypuszczenia organu pierwszej instancji, nieznajdujące odzwierciedlenia w zgromadzonym materiale dowodowym, jak też poprzez bezpodstawne wykreowanie obrazu podatnika jako podmiotu działającego niezgodnie z prawem, podczas gdy wszelkie czynności skarżącej przeprowadzone zostały w badanym okresie z uwzględnieniem obowiązków wynikających z przepisów prawa;

2) art. 121 § 1 w zw. z art 2a O.p. w zw. z art. 10 ust 2 i art. 11 ust 1 ustawy z dnia

6 marca 2018 r. - Prawo przedsiębiorców, objawiające się rozstrzygnięciem przedmiotowej sprawy na niekorzyść podatnika, pomimo wystąpienia w niniejszej sprawie niejednoznacznych okoliczności i wątpliwości natury prawnej oraz faktycznej;

3) art. 121 O.p. i art. 2 Konstytucji RP poprzez naruszenie zasady zaufania polegające na wydaniu skarżonej decyzji, kwestionującej prawo do odliczenia podatnika pomimo tego, że podatnik działa na rynku wiele lat istosowane przez niego odliczenie podatku naliczonego nigdy nie było podważane, w szczególności w toku podejmowanych wobec podatnika przez właściwy urząd skarbowy czynności sprawdzających związanych z deklarowaniem przez Związek zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym;

4) art. 122 w zw. z art. 187 § 1 i art. 180 oraz art 191 O.p. poprzez brak dążenia do ustalenia prawdy materialnej i zastąpienie wyjaśnień podatnika niepopartymi stosownym materiałem dowodowym przypuszczeniami organu, w szczególności w zakresie twierdzenia, że Związek nie dokonywał nabyć towarów posiadających związek z prowadzoną działalnością gospodarczą, bez jakiejkolwiek weryfikacji związku dokonanych zakupów z prowadzoną przez Związek działalnością gospodarczą oraz bez ustalenia zamiaru, jaki towarzyszył podatnikowi przy dokonywaniu spornych nabyć;

5) art. 130 § 1 pkt 6 O.p. poprzez podpisanie skarżonej decyzji przez E. L.

- Zastępcę Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...], podczas gdy osoba ta podlegała wyłączeniu od udziału w postępowaniu z uwagi na fakt, że brała udział w rozpoznawaniu sprawy przez Naczelnika US;

6) art. 193 § 1 O.p. poprzez nieuprawnione uznanie ksiąg podatkowych Strony

za nierzetelne w sytuacji, gdy brak było w niniejszej sprawie podstaw do przyjęcia,

że Związek nie mógł odliczyć pełnej wysokości podatku naliczonego wykazanego

na otrzymanych fakturach zakupowych;

7) art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z § 4 w zw. z art. 124 O.p. poprzez brak prawidłowego uzasadnienia faktycznego oraz prawnego skarżonej decyzji, jak też poprzez naruszenie zasady przekonywania, ze względu na brak przedstawienia przez Organ rzetelnych podstaw podjętego rozstrzygnięcia w zakresie twierdzenia, iż Związek nie miał podstaw do odliczenia podatku naliczonego w pełnej wysokości, co nie znajduje podstaw w świetle zgromadzonego w toku postępowania podatkowego materiału dowodowego, w tym wyjaśnień podatnika oraz dokumentów źródłowych w postaci faktur VAT;

8) art. 15 ust. 1 w zw. z ust. 2, art. 86 ust. 1 w zw. z ust. 2, ust. 2a i ust. 2c oraz art. 90 oraz art. 90c ust. 1 w zw. z art. 91 ust. 1 ustawy o VAT zw. z art. 167 i 168 lit. a i art. 178 lit a Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej poprzez wadliwe przyjęcie,

że Związek nie miał prawa do pełnego odliczenia podatku naliczonego wykazanego na otrzymanych fakturach zakupowych z uwagi na jednoczesne wykonywanie działalności niepodlegającej opodatkowaniu VAT i działalności gospodarczej podlegającej temu podatkowi, pomimo istnienia po stronie Związku zamiaru wykorzystania nabytych towarów do wykonywania czynności opodatkowanych;

9) art. 86 ust 2a oraz ust 2c pkt 3 ustawy o VAT w zw. z art. 90c ust.1 ustawy o VAT

z uwagi na bezpodstawne i wadliwe wyliczenie prewspółczynnika do odliczenia VAT poprzez porównanie dochodów wykonanych Związku, wykazanych w sprawozdaniach budżetowych RB-27S i RB-28S z rocznym obrotem z działalności gospodarczej, co doprowadziło do nieracjonalnego przyjęcia, że Związek mógł odliczyć podatek w oparciu o prewspółczynnik wynoszący 19% za 2020 r. i 11% za 2021 r., podczas gdy dokonanym nabyciom towarów towarzyszył zamiar ich wykorzystania w ramach prowadzonej działalności w pełnym zakresie, zaś późniejsze okoliczności, w tym odstępstwo od zamierzonego celu, pozostają dla możliwości pełnego odliczenia podatku naliczonego irrelewantne;

10) art 112b ust. 1 pkt 1 lit. b ustawy o VAT poprzez ustalenie kwoty dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, w przypadku braku naruszenia przez Związek wskazanych przez Organ przepisów ustawy o VAT

i ustalenie 18% wysokości tego zobowiązania, która nie znajduje uzasadnienia

w kontekście ewentualnego nieprawidłowego odliczenia przez podatnika podatku naliczonego, co skutkowało w konsekwencji naruszeniem zasady proporcjonalności wynikającej z art. 5 Traktatu o Unii Europejskiej. W uzasadnieniu między innymi podnosząc, że w pierwszym postępowaniu organ I instancji określił podatnikowi nadwyżki podatku naliczonego nad należnym

do przeniesienia na następne okresy rozliczeniowe oraz kwoty dodatkowego zobowiązania podatkowego. W ocenie Naczelnika US, Związek zaniżył w badanym okresie wysokość sprzedaży towarów i usług opodatkowanych stawką 7% albo 8%,

z uwagi na nieopodatkowanie składek członkowskich uiszczanych w zamian

za rzekome świadczenie usług polegających na zagospodarowaniu odpadów komunalnych w wysokości stanowiącej iloczyn liczby ton odpadów komunalnych zagospodarowanych przez Związek, pochodzących od poszczególnych uczestników Związku (gmin) i ceny poszczególnych frakcji odpadów. Na skutek wniesionych odwołań DlAS, decyzjami z dnia [...] września 2023 r. uchylił zaskarżone decyzje.

DlAS uznał, że główna kwestia sporna w sprawie zasadniczo dotyczy, czy Naczelnik US prawidłowo uznał, że miesięczne składki członkowskie stanowią wynagrodzenie za usługę zagospodarowanie odpadów komunalnych i podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Jednocześnie organ odwoławczy zobowiązał Naczelnika US do uzupełnienia materiału dowodowego we wskazanym zakresie, wówczas organ odwoławczy nie zidentyfikował przy tym po stronie Związku nieprawidłowości w dokonaniu odliczenia podatku naliczonego. Naczelnik US powinien był tym samym wypełnić zalecenia oraz wytyczne Organu odwoławczego

i co znamienne był stanowiskiem DlAS w toku ponownego prowadzenia sprawy związany. Naczelnik US wydał w dniu [...] grudnia 2024 r. decyzję ponownie stwierdzającą nieprawidłowość w rozliczeniu przez Związek podatku od towarów i usług i określił Podatnikowi; - kwotę podatku podlegającą wpłacie do urzędu skarbowego za okresy od lutego 2020 do sierpnia 2021r.oraz ustalił za wymienione powyżej miesiące na podstawie art. 112b ust. 1 pkt 1 lit. b ustawy o VAT dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług. Przyznał w skarżonej decyzji rację, że Związek nie działał w odniesieniu do czynności wykonywanych na rzecz gmin członkowskich w charakterze podatnika VAT, a przez to, że prawidłowe było dokumentowanie tych czynności za pomocą not księgowych. Naczelnik US stwierdził niemniej, że okoliczność ta uzasadniała przyjęcie, iż Związek dokonał w okresie od lutego 2020 r. do sierpnia 2021 r. bezpodstawnego odliczenia podatku naliczonego z otrzymanych faktur zakupowych. W oparciu o nielogiczne i niemiarodajne wartości, Organ pierwszej instancji przyjął, że Związek powinien był stosować do odliczenia VAT prewspółczynnik wynoszący 19% za 2020 r. i 11% za 2021 r. Organ nie dokonał jednak przy ustalaniu tej kwestii jakiejkolwiek analizy w zakresie istnienia po stronie Związku (jako nabywcy) zamiaru wykorzystania nabytych towarów do wykonywania czynności opodatkowanych. Naczelnik US pominął przez to, że okoliczność, iż Związek występował w relacji z gminami członkowskimi w charakterze organu władzy publicznej nie ma dla wysokości odliczenia podatku naliczonego żadnego znaczenia. W konsekwencji bezpodstawnego wskazania przez Organ, iż Związek nie miał podstaw do pełnego odliczenia podatku naliczonego wykazanego na fakturach zakupowych. Organ niezasadnie ustalił Związkowi dodatkowe zobowiązanie podatkowe na podstawie art 112b ustawy o VAT. W tym kontekście za dalece nieproporcjonalne uznać należy przyjęcie przez Organ, że w odniesieniu do Związku zastosowanie tego przepisu w ogóle może mieć miejsce, a ponadto, że ustalona wysokość sankcji -18% - jest proporcjonalną "karą" za ewentualne nieprawidłowości przy wyliczeniu wysokości kwot podatku do odliczenia. Rozpoznając odwołanie od omówionej decyzji DIAS w skarżonej decyzji uchylił decyzję organu pierwszej instancji w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za czerwiec 2021 rok

w wysokości 14.462 zł stanowiącą 18% kwoty 80.346 zł tj. kwoty różnicy podatku

do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe, zamiast wykazania kwoty zobowiązania podatkowego podlegającej wpłacie do urzędu skarbowego i w tym zakresie orzekł w ten sposób, że ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za czerwiec 2021 rok w wysokości 7.724 zł stanowiące 18% kwoty 42.912 zł tj. kwoty różnicy podatku do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe, zamiast wykazania kwoty zobowiązania podatkowego podlegającej wpłacie do urzędu skarbowego, a w pozostałym zakresie utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji.

W skarżonej decyzji DlAS zasadniczo podtrzymał stanowisko wyrażone przez Naczelnika US w decyzji I instancji i je zaakceptował. W pierwszej kolejności skarżąca podniosła, że DlAS dopuścił się naruszenia art. 130 § 1 pkt 6 O.p. Podniósł, że skarżoną decyzję podpisała E. L. - Zastępca DIAS w [...]. Tymczasem zgodnie z informacjami zawartymi na stronie internetowej Urzędu Skarbowego w [...]E. L. z dniem [...] listopada 2019 r. została powołana na stanowisko Naczelnika Urzędu Skarbowego w[...]. Natomiast z danych dostępnych na stronie od [...] sierpnia 2022 r. wynika, że E. L. jest ujawniona jako zajmująca stanowisko Zastępca DIAS w [...], co ma istotne znaczenie z uwagi na fakt, że wszczęcie kontroli podatkowych w sprawie Związku nastąpiło na podstawie upoważnień z dnia [...].01.2022 r. Jednocześnie E. L. brała udział w spotkaniach z przedstawicielami Związku, która po wszczęciu kontroli podatkowych miały miejsce w siedzibie Naczelnika US w związku ze sprawą podatnika. Tym samym E. L. nie tylko pełniła funkcję Naczelnika Urzędu Skarbowego w [...]w momencie wszczęcia kontroli podatkowych, brała udział ale przede wszystkim brała udział w spotkaniach dotyczących sprawy podatnika. Pokazuje to, że E. L. brała udział w załatwianiu niniejszej sprawy w organie I instancji. Okoliczności te wzbudzają uzasadnione wątpliwości co do obiektywizmu E. L. w przedmiotowej sprawie, w związku z czym powinna ona podlegać wyłączeniu od udziału w postępowaniu odwoławczym, a pomimo tego skarżona decyzja została podpisana przez E. L.. W dalszej kolejności wskazano, że Związek jest niezależnym i odrębnym od gmin podmiotem, i wykonywane przez niego czynności stanowiły realizację zadań powierzonych przez gminy, a co za tym idzie Związek działał wtym zakresie jako podmiot prawa publicznego, który na podstawie art. 15 ust. 6 ustawy o VAT nie może być uznawany za podatnika VAT, co prawidłowo zostało w ponownie prowadzonym postępowaniu podatkowym stwierdzone przez Naczelnika US. Nie zmienia to jednak faktu, iż Związek może w świetle Statutu prowadzić także opodatkowaną działalność gospodarczą, przez co nie powinno budzić zastrzeżeń organów podatkowych, iż w relacjach z innymi podmiotami niż gminy, C.wystawiał nie noty księgowe, lecz faktury VAT oraz dokonywał pełnego odliczenia podatku naliczonego. W tym zakresie Związek nie działał w charakterze podmiotu publicznego, lecz jako przedsiębiorca, a przez to nie występował w charakterze, o którym mowa w art. 15 ust. 6 ustawy o VAT. Podatnik stosował przy tym wynikającą z art. 86 ust. 1 i ust. 2 ustawy o VAT zasadę neutralności tego podatku i był uprawniony do dokonania zgodnego z prawem obniżenia kwot podatku należnego o kwoty podatku naliczonego. Dalej Skarżąca wskazała, że przepisy ustawy o VAT realizują podstawową zasadę konstrukcyjną podatku VAT, tj. zasadę neutralności. W następstwie zastosowania tych przepisów podatek VAT nie powinien obciążać tych podatników uczestniczących w obrocie towarami i usługami, którzy nie są ich ostatecznymi odbiorcami, albowiem ciężarem opodatkowania powinien być obciążony ostateczny beneficjent, czyli konsument jako odbiorca towaru lub usługi na ostatnim etapie obrotu gospodarczego. Bez znaczenia dla odliczenia podatku naliczonego pozostaje przy tym źródło finansowania wydatków. Rolą prawa do odliczenia podatku jest bowiem uwolnienie podatnika prowadzącego działalność gospodarczą od finansowego ciężaru podatku. Liczy się zatem jedynie obiektywny fakt przeznaczenia towarów i usług obciążonych podatkiem do działalności opodatkowanej. Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest zatem związek zakupów z wykonanymi czynnościami opodatkowanymi tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego. Związek taki, o charakterze pośrednim występuje w sprawie podatnika, a dla samej możliwości odliczenia przez podatnika podatku naliczonego w pełnej wysokości istotne znaczenie posiada zamiar przeznaczenia nabywanych towarów do opodatkowanej działalności gospodarczej, którego Naczelnik US w ogóle nie zweryfikował. Zdaniem skarżącej kluczowe jest, czy w momencie nabycia towarów podatnik miał zamiar ich wykorzystania do działalności gospodarczej opodatkowanej VAT. Z kolei późniejsze wykorzystanie tych towarów w działalności niepodlegającej opodatkowaniu lub zmiana ich przeznaczenia nie wpływają na pierwotne prawo do odliczenia. W związku z tym Naczelnik US pominął w niniejszej sprawie fakt, że ze znajdującej się w aktach sprawy dokumentacji oraz wyjaśnień podatnika jasno wynika zamiar wykorzystania nabytych towarów do działalności opodatkowanej Związku, a przez to odliczenie podatku naliczonego w pełnej wysokości było działaniem prawidłowym. Podkreślił, że organ podatkowy chcąc zakwestionować przysługiwanie prawa do odliczenia podatku naliczonego w całości i zamiast tego określić zakres przysługującego prawa z wykorzystaniem tzw. prewspółczynnika, nie może zastosować prewspółczynnika do całego podatku naliczonego bez uprzedniego ustalenia zakresu wykorzystywania nabytych przez podatnika towarów i usług. Organy podatkowe powinny bowiem najpierw ustalić, czy możliwe jest przypisanie nabytych przez podatnika towarów i usług w całości do działalności gospodarczej i dopiero, gdy nie jest to możliwe tzn. towary i usługi wykorzystywane są zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza tj. w działalności mieszanej, powinien do podatku naliczonego wynikającego z nabycia tych towarów i usług zastosować prewspółczynnik. Skarżąca podniosła, że organy obu instancji pominęły całkowicie tę kwestię

i nie dokonały niezbędnych ustaleń w zakresie możliwości przyporządkowania nabytych przez podatnika towarów i usług w całości do działalności gospodarczej. Nieprawdziwe w ocenie podatnika jest stwierdzenie, iż: "W tej sprawie pomimo wezwań organu I instancji nie dokonali Państwo zaszeregowania dokonanych nabyć, nie wskazując czy i które wydatki rzeczywiście służyły działalności opodatkowanej

a które mieszanej, nie wykazali Państwo wyłącznego związku dokonanych nabyć

z wykonywaną działalnością opodatkowaną, nie wskazali też Państwo na wybraną metodę prewspółczynnika.". Skarżący zaakcentował, że o ile Naczelnik US wzywał Związek do wyjaśnień w zakresie wskazania wysokości prewspółczynnika, udokumentowanie sposobu jego wyliczenia i wskazanie powodów zastosowania danej metody (wezwania z dnia [...] stycznia 2024 r. i z dnia [...] maja 2024 r.), to żadne ze skierowanych do skarżącej pism nie zawierało wezwania do przyporządkowania dokonanych przez niego nabyć do związanych w całości z działalnością gospodarczą i związanych z działalnością mieszaną. W kontekście bezpodstawnej odmowy odliczenia przez podatnika podatku naliczonego w pełnej wysokości, podkreślenia wymaga, że Organ pominął zamiar jaki towarzyszył podatnikowi przy nabywaniu towarów udokumentowanych znajdującymi się w aktach sprawy fakturami. Zdaniem skarżącej organy podatkowe powinny były dokonać weryfikacji,

z jakimi nabyciami mamy w niniejszej sprawie do czynienia, w jaki sposób nabyte towary były w rzeczywistości wykorzystane, a nie bezrefleksyjnie przyjmować,

że skoro przez podatnika prowadzona jest zarówno działalność niepodlegająca opodatkowaniu VAT, jak też działalność podlegająca temu podatkowi, to bezwzględnie odliczenie pełnej wysokości podatku naliczonego było niemożliwe i nieprawidłowe. Związek podkreśla, że wszelkie ponoszone przez C. wydatki mają związek z prowadzoną działalnością, gdyż wszystkie czynności sprowadzają się do wysegregowania z przyjętych odpadów jak największej ilości surowców wtórnych do sprzedaży. Skoro bowiem Związek, jako czynnypodatnikVAT, zobowiązany jest uiszczać podatek należny z tytułu odpłatnej sprzedaży surowców wtórnych, powinien on mieć jednocześnie prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków warunkujących możliwość świadczenia tej sprzedaży. Skarżąca krytycznie odniosła się także do samego wyliczenia przez Naczelnika US prewspółczynnika dla odliczenia VAT i zaakceptowania tego przez DlAS, albowiem jej zdaniem w badanej sprawy, jego stosowanie w ogóle nie znajduje w odniesieniu do jej sytuacji podstaw. Podniosła, że przyjęta przez organy podatkowe metodologia jawi się jako niezrozumiała, albowiem do porównania wzięte zostały wykazane przez skarżącą w sprawozdaniach budżetowych wartości dochodu wykonanego oraz roczny obrót z działalności gospodarczej. Uzyskany prewspółczynnik w wysokości 19% za 2020 r. i 11% za 2021 r. nie odpowiada przy tym w żadnej mierze rzeczywistemu stanowi faktycznemu, albowiem Organ nie wykazał, by w rzeczywistości nabyte towary były wykorzystywane przez podatnika do działalności opodatkowanej wyłącznie w odpowiednio 19% i 11%. Przyjęcie jako podstawy wyliczenia prewspółczynnika wysokości dochodu wydatkowanego i obrotu z działalności gospodarczej zniekształcił rzeczywisty stan faktyczny, a jego "ustalenie" przez Organ nie wypełnia kryteriów z art. 122 O.p. Zarzucając organowi naruszenie regulacji z art.112 b ust.1 lit. b) ustawy o VAT skarżąca, także podkreśliła, że stosowanie przez nią pełnego odliczenia podatku naliczonego nie było wcześniej kwestionowane. Skarżąca funkcjonuje wiele lati zagadnienie to było badane przez właściwy miejscowo organ podatkowy w toku czynności sprawdzających w związku z deklarowanym przez nią zwrotem nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Organ odwoławczy w udzielonej odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowa argumentację.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył co następuje:

Skarga jest uzasadniona, chociaż nie wszystkie zarzuty okazały się zasadne. W pierwszej kolejności należało rozpoznać najdalej idący zarzut dotyczący naruszenia przez organ odwoławczy regulacji za art. art. 130 § 1 pkt 6O.p. Zgodnie z tą regulacją funkcjonariusz Służby Celno-Skarbowej, zwany dalej "funkcjonariuszem", pracownik urzędu gminy (miasta), starostwa, urzędu marszałkowskiego, izby administracji skarbowej, Krajowej Informacji Skarbowej, urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw finansów publicznych oraz członek samorządowego kolegium odwoławczego podlegają wyłączeniu od udziału

w postępowaniu w sprawach dotyczących zobowiązań podatkowych oraz innych spraw normowanych przepisami prawa podatkowego, w których-brali udział

w wydaniu zaskarżonej decyzji. Podkreślić należy, że istotne jest użycie przez ustawodawcę sformułowania

"brania udziału w wydanej decyzji", chodzi zatem o wyłączenie takiego pracownika organu, który bierze udział w podejmowaniu istotnych czynności procesowych( patrz NSA w wyroku z dnia 29 listopada 2019r. sygn. akt II FSK 1382/19). Opisana powyżej regulacja przewiduje wyłączenie pracownika organu jedynie wówczas, gdy uczestniczył on w wydaniu przez organ I instancji zaskarżonej decyzji lub brał udział w podejmowaniu istotnych czynności procesowych dotyczących rozstrzygnięcia na wcześniejszym etapie postępowania, co mogłoby rodzić ryzyko naruszenia bezstronności. Przepis ten nie obejmuje natomiast sytuacji, gdy pracownik brał udział w czynnościach o charakterze ogólnym lub organizacyjnym. Skarżąca poza podniesieniem tego zarzutu nie wskazała, na istotne czynności procesowe podjęte przez E. L. w postępowaniu prowadzonym przed organem

I instancji. Organ odwoławczy w udzielonej odpowiedzi podkreślił, że E. L. nie brała udziału w procesie wydania decyzji przez organ I instancji. Wszczęcie postępowania podatkowego, zakończonego decyzją Naczelnika Urzędu Skarbowego w [...] z [...].12.2024 r., nastąpiło postanowieniami organu I instancji z [...].10.2022 r. i [...].12.2022 r., czyli w dacie kiedy E. L. pełniła już funkcję Zastępcy Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w ..

Przy rozpoznaniu także tej sprawy, należy pamiętać, że to na organach podatkowych ciąży obowiązek zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego oraz wyjaśnienia rzeczywistej treści stosunków faktycznych

i prawnych zaistniałych w prowadzonym postępowaniu. Uprawnień organów podatkowych do załatwiania spraw podatkowych nie można przy tym interpretować

w ten sposób, że w razie wątpliwości faktycznych i prawnych należy je rozstrzygać na niekorzyść strony, co bez wątpienia miało miejsce w niniejszej sprawie. W rozpoznawanej sprawie wskazać należy, że w przypadku skarżącej, może wystąpić zaszeregowanie określonych nabyć, które są bezpośrednio lub pośrednio związane z prowadzoną przez niego działalnością opodatkowaną, (co do których będzie miała zastosowanie regulacja z art. 86 ust.1ustawy o VAT)

w takim przypadku skarżąca winna, na wezwanie organu dokonać alokacji tych wydatków. Zdaniem Sądu rozpoznającego skargę skoro Skarżąca jako czynny podatnik VAT, zobowiązana jest uiszczać podatek należny z tytułu odpłatnej sprzedaży surowców wtórnych, to powinna jednocześnie mieć prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych bezpośrednio lub pośrednio z ich sprzedażą. Zgodnie z art 86 ust. 2a ustawy o VAT, podatnicy mogą stosować prewspółczynnik, jeśli zakupione towary i usługi są wykorzystywane do działalności opodatkowanej i niepodlegającej opodatkowaniu. Ustawodawca nie narzuca jednak jednej konkretnej metody obliczenia prewspółczynnika - ma on być ustalany w sposób najbardziej odpowiadający specyfice działalności podatnika, uwzględniając rzeczywiste wykorzystanie nabytych towarów i usług. Jednocześnie w sprawie będzie miała, w przypadku nabyć co do których nie jest możliwe dokonanie powyżej wskazanej tzw. bezpośredniej alokacji, zastosowanie regulacja z art. 86 ust.2a i następne ustawy o VAT. Podkreślić należy, że organ I instancji w wezwaniach z dnia [...] stycznia 2024r. oraz [...] maja 2024r. (k.265- 267, k. 270-271, tom IX akt adm.)jednoznacznie wnosił o "wyjaśnienie jaki prewspółczynnik oraz proporcję skarżąca ustaliła do odliczenia podatku naliczonego w związku z ww. czynnościami" nie wzywał natomiast skarżącej do dokonania w jakimkolwiek zakresie przedstawienia tzw. bezpośredniej alokacji.Takie działanie organu I instancji następnie zaakceptowane przez organ odwoławczy spowodowało, że zastosowana przez Naczelnika US metoda wykluczająca możliwość, co do części nabyć zastosowania tzw. bezpośredniej alokacji doprowadziła do zniekształcenia wyniku prewspółczynnika. W niniejszej sprawie organy dokonując określenia skarżącej dodatkowego zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 112b ust. 1 oraz art. 112b ust.2b ustawy o VAT, ustaliły dodatkowe zobowiązanie dla skarżącej w wysokości 18% kwoty różnicy podatku naliczonego do zwrotu. Stosownie z art. 112b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, w razie stwierdzenia, że podatnik w złożonej deklaracji podatkowej wykazał:

a) kwotę zobowiązania podatkowego niższą od kwoty należnej, b) kwotę zwrotu różnicy podatku lub kwotę zwrotu podatku naliczonego wyższą od kwoty należnej,

c) kwotę różnicy podatku do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe wyższą od kwoty należnej, d) kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub kwotę różnicy podatku do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe, zamiast wykazania kwoty zobowiązania podatkowego podlegającej wpłacie do urzędu skarbowego - naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego określa odpowiednio wysokość tych kwot w prawidłowej wysokości oraz ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Zgodniezaś z art. 112b ust. 2 ww. ustawy, jeżeli po zakończeniu kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej w przypadkach, o których mowa w: ust. 1 pkt 1, podatnik złożył korektę deklaracji uwzględniającą stwierdzone nieprawidłowości i najpóźniej w dniu złożenia tej korekty deklaracji wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego lub zwrócił nienależną kwotę zwrotu; ust. 1 pkt 2, podatnik złożył deklarację podatkową i najpóźniej w dniu złożenia tej deklaracji wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego - wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego wynosi do 20% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Zgodnie z art. 112b ust. 2b ustawy o VAT, ustalając dodatkowe zobowiązanie podatkowe, o którym mowa w ust. 1-2a, naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego bierze pod uwagę:1) okoliczności powstania nieprawidłowości;2) rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstanie nieprawidłowości;3) rodzaj, stopień i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku;4) kwotę stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwotę zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwotę zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe;5) działania podjęte przez podatnika

po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości. Dla wykładni i zastosowania wskazanych przepisów istotne znaczenie mają rozważania wyroku TSUE z 15 kwietnia 2021 r., w sprawie C-935/19, Grupa Warzywna, w którym stwierdzono, że zgodnie z art. 273 Dyrektywy 112 państwa członkowskie są upoważnione do przyjęcia przepisów w celu zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobiegania oszustwom podatkowym. W szczególności w braku przepisów prawa Unii w tej kwestii państwa członkowskie mają kompetencję do dokonania wyboru sankcji, które uznają za odpowiednie, w przypadku nieprzestrzegania warunków przewidzianych w przepisach Unii w celu skorzystania

z prawa do odliczenia VAT. Państwa członkowskie są jednak zobowiązane wykonywać swe kompetencje z poszanowaniem prawa Unii i jego ogólnych zasad, a zatem z poszanowaniem zasady proporcjonalności (pkt 26). Sankcje takie nie mogą zatem wykraczać poza to, co jest niezbędne do osiągnięcia celów obejmujących zapewnienie prawidłowego poboru podatku i zapobieganie oszustwom podatkowym. Dla dokonania oceny czy sankcja jest zgodna z zasadą proporcjonalności, należy uwzględnić w szczególności charakter i wagę naruszenia, którego ukaraniu służy ta sankcja oraz sposób ustalania jej kwoty. W wyniku nowelizacji ustawy o podatku od towarów i usług 6 czerwca 2023 r. weszły w życie zmienione przepisy dotyczące zasad ustalania dodatkowego zobowiązania podatkowego. W obecnym brzmieniu przepisów uwzględniono postulaty wyartykułowane przez TSUE w wyroku C-935/19, kluczowym dla zasad ustalania sankcji VAT, a które zostały zawarte w przytoczonym już wyżej art. 112b ust. 2b ustawy o VAT. Należy podzielić stanowisko organów, że każdorazowe określenie wysokości sankcji ma charakter uznania administracyjnego, jednak to nie oznacza, że organ stosując tą regulacje, może robić to w sposób dowolny. Ustawowopoprzez wskazanie badania określonych okoliczności faktycznych, został ograniczony katalogiem dyrektyw wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego wskazanych w regulacji – art. 112b ust. 2b ustawy o VAT.Istnienie tych okoliczności faktycznych podlega ustaleniu i ocenie na podstawie art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1 i art. 191 O.p.

Organy podatkowe zobowiązane są do ustalenia wszystkich faktów i okoliczności, które są niezbędne dla załatwienia sprawy (art. 122 O.p.). Powinny zebrać wszystkie dostępne dowody i rozpatrzeć je w sposób wyczerpujący, niezależnie od tego,

czy potwierdzają one tezy organu czy twierdzenia podatnika (art. 187 § 1 w zw. z art. 121 § 1 O.p.). Następnie powinny je ocenić zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów (art. 191 O.p.). Oznacza to, że powinny poddać ocenie wszystkie prawidłowo zebrane dowody, każdy z nich z osobna, a także we wzajemnym ich związku, kierując się doświadczeniem życiowym, zasadami wiedzy i własnym przekonaniem. Przenosząc powyższe rozważania na realia faktyczne niniejszej sprawy dostrzec należy, że organy przy ustalaniu wysokości dodatkowego zobowiązania podatkowego nie wzięły pod uwagę, co zostało podniesione w skardze a nie zostało zakwestionowane w udzielonej przez organ odwoławczy odpowiedzi na skargę, że skarżąca wcześniej dokonywała pełnego odliczenia podatku naliczonego,

co pomimo przeprowadzania wcześniej w tym zakresie czynności sprawdzających przez właściwy dla skarżącej organ podatkowy nie było kwestionowane. Zatem skarżąca mogła zdaniem Sądu działać w uzasadnionych przekonaniu, że dokonuje prawidłowych rozliczeń. Ponadto należy zwrócić uwagę, że w pierwszych postępowaniach zakończonych decyzjami, uchylonymi następnie przez organ odwoławczy decyzjami z [...] września 2023r., nie zakwestionowano prawidłowości rozliczenia dokonywanego na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, co także wskazuje na stopień skomplikowania rozpoznawanej sprawy. Przy ponownym rozpoznaniu sprawy dokonując "miarkowania wysokości sankcji" organ będzie zobowiązany uwzględnić powyższe uwagi sądu i rozważyć, czy dodatkowe zobowiązanie podatkowe ustalone w wysokości 18% jest adekwatne do charakteru oraz wagi uchybienia i nie narusza zasady proporcjonalności. Organ odwoławczy ponownie rozpoznając sprawę, uwzględni wyżej wskazane poglądy Sądu odnoszące się do konieczności uzupełnienia stanu faktyczne a następnie ponownie zastosuje regulacje z art.86 ust.1 i art.86 ust.2a-2h oraz 112b ustawy o VAT. Mając powyższe na uwadze, na podstawie art. 145 §1 pkt 1 lit. a) i c) P.p.s.a. należało zaskarżoną decyzję uchylić. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 §2 i § 2 ust. 1 pkt 8w zw.§14 ust.1 pkt 1 lit. a) z rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015r., w sprawie opłat za czynności radcy prawnego. Na te koszty składają się wpis od skargi 37.931 zł oraz koszty zastępstwa procesowego w wysokości 15.000 zł, łącznie 52. 931 zł.