Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Małgorzata Anna Dziemianowicz (spr.), Sędziowie sędzia WSA Marcin Kojło, sędzia WSA Justyna Siemieniako, Protokolant starszy sekretarz sądowy Renata Kryńska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 1 kwietnia 2026 r. sprawy ze skargi B. Sp. z o.o. w S. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku z dnia 2 grudnia 2025 r. nr 2001-IOV.1.4103.45.2025 w przedmiocie umorzenia jako bezprzedmiotowego postępowania o zwrot kwoty podatku VAT wraz z odsetkami oddala skargę.

Decyzją z 11 września 2025 r., nr 2071-SPP.4103.3.2025, Naczelnik Podlaskiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku umorzył Jako bezprzedmiotowe postpowanie wszczęte na wniosek B. Sp. z o.o. w S. (dalej jako: "Spółka") z 3 lipca 2025 r. o zwrot kwoty podatku VAT w wysokości [...] zł wraz z należnymi odsetkami. W uzasadnieniu decyzji organ ten wskazał m.in., że Spółka nie posiadała legitymacji procesowej do wystąpienia z wnioskiem o zwrot podatku VAT (naliczonego w fakturach VAT nr [...] oraz nr [...]), w odniesieniu do którego podatnikiem byt inny podmiot, tj. wystawca faktur Z. R.

Po rozpoznania odwołania Spółki Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku decyzją z 2 grudnia 2025 r., nr 2001-IOV-1.4103.45.2025, utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję.

W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazał, że w dniach 31 grudnia 2018 r. i 2 stycznia 2019 r. firma "T." Z. R. wystawiła na rzecz Spółki dwie faktury VAT: nr [...] (na kwotę brutto [...] zł, w tym podatek VAT: [...] zł) oraz nr [...] (na kwotę brutto [...] zł, w tym podatek VAT [...] zł) tytułem sprzedaży nieruchomości (przy ul. [...] w S.) oraz maszyn i urządzeń do produkcji okien drewnianych. Kwoty podatku VAT wynikające z ww. faktur zostały przez Z. R. uiszczone na konto Urzędu Skarbowego w Augustowie.

Decyzjami z 26 listopada 2019 r., nr 2012-SPV.4103.74.2019.11 oraz nr 2012-SPV.4103.75.2019.11, Naczelnik Urzędu Skarbowego w Suwałkach zakwestionował prawo Spółki do odliczenia podatku VAT w łącznej kwocie [...] zł, wynikającego z ww. faktur nr [...] oraz nr [...]. W uzasadnieniu decyzji organ ten wskazał, że ww. faktury dokumentowany de facto transakcję zbycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa, do której nie stosuje się przepisów ustawy o podatku od towarów i usług. Rozstrzygnięcia Naczelnika Urzędu Skarbowego w Suwałkach zostały podtrzymane w mocy przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku. Słuszność zajętego przez organy podatkowe stanowiska potwierdził także Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku, w wyrokach z 2 września 2020 r., I SA/Bk 401/20 i I SA/Bk 402/20, oraz Naczelny Sąd Administracyjny, w wyrokach z 11 lipca 2024 r., I FSK 1604/20 i I FSK 1605/20.

Z. R. nie zwrócił Spółce niezasadnie odliczonego podatku VAT.

Pismem z 5 grudnia 2024 r. Spółka wezwała Z. R. do sporządzenia korekt wystawionych dokumentów oraz zwrotu kwoty nienależnie pobranego podatku VAT, jednakże bezskutecznie.

Mając na uwadze powyższe, Spółka zdecydowała się skierować sprawę do postępowania pojednawczego. Postanowieniem z 8 stycznia2025 r., [...], Sąd Rejonowy w Suwałkach V Wydział Gospodarczy odrzucił wniosek Spółki o zawezwanie do próby ugodowej, stwierdzając, że ww. wniosek dotyczy sprawy administracyjnej, a nie cywilnej.

W dniu 3 lipca 2025 r. Spółka złożyła do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Augustowie cyt.: "Wezwanie do zwrotu kwoty podatku VAT w wysokości [...] zł, naliczonego w fakturach dokumentujących dostawę towarów nr [...] oraz nr [...] wystawionych przez przedsiębiorstwo "T. " Z. R. NIP [...] w A. - wraz należnymi odsetkami".

W piśmie z 27 sierpnia 2025 r. (stanowiącym odpowiedz na wezwanie Naczelnika Podlaskiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku z 25 sierpnia 2025 r.) Spółka wyjaśniła, że przedmiotem wniosku jest cyt.: "nadpłata w rozumieniu Ordynacji podatkowej ale podmiot który poniósł jej faktyczny koszt nie może wystąpić na podstawie obowiązujących przepisów Ordynacji podatkowej o jej stwierdzenie i zwrot".

W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku, Naczelnik Podlaskiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku zasadnie umorzył - na podstawie art. 208 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r. poz. 111, dalej jako: "o.p.") postępowanie wszczęte na wniosek Spółki jako bezprzedmiotowe. Podatnikiem zobowiązanym do zapłaty podatku VAT z tytułu dostaw towarów i usług jest sprzedawca (w przedmiotowej sprawie jest nim Z.R.). Spółkę i jej kontrahenta łączył wyłącznie stosunek cywilnoprawny wynikający z umowy kupna-sprzedaży. Konieczność zapłaty podatku VAT wykazanego na fakturach wynikała z umowy łączącej obie strony. Uiszczenie podatku kontrahentowi w ramach ceny sprzedaży nie stanowiło zapłaty podatku w rozumieniu Ordynacji podatkowej.

Skoro Spółka nie posiadała legitymacji procesowej do wystąpienia z wnioskiem o zwrot podatku VAT, w odniesieniu do którego podatnikiem byt inny podmiot, to postepowanie wszczęte na wniosek tej Spółki należało umorzyć jako bezprzedmiotowe.

Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem, Spółka reprezentowana przez pełnomocnika wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku. Zaskarżając decyzję, zarzuciła:

1. naruszenie prawa procesowego:

- art. 133 § 1 o.p.,

- art. 165a § 1 o.p.,

- art. 180 § 1 o.p.,

- art. 208 § 1 o.p.;

2. naruszenie prawa materialnego:

- art. 7 § 2 o.p.,

- art. 72 § 1 pkt 1 o.p.,

- art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775, dalej jako: "u.p.t.u").

W oparciu o powyższe zarzuty Spółka wniosła o: uchylenie skarżonej decyzji i skierowanie sprawy do ponownego rozpatrzenia.

Jednocześnie skarżąca poddała pod rozwagę WSA w Białymstoku potrzebę zadania pytania prejudycjalnego do Trybunału Sprawiedliwości UE. Zdaniem Spółki pytanie mogłoby dotyczyć rozstrzygnięcia przez Trybunał: czy sprawa ta ma charakter administracyjny czy cywilny oraz czy podmiot ubiegający się o zwrot (nabywca towaru) posiada legitymację procesową do wniesienia takiego żądania.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku zważył, co następuje:

Skarga jest niezasadna i nie zasługuje na uwzględnienie.

Stan faktyczny sprawy jest niesporny. Ustalony został w oparciu o zgormadzone dokumenty i dowody przedłożone przez stronę skarżącą. Nie stanowi podstawy zarzutów skargowych.

Istotą sporu jest ocena, czy w realiach niniejszej sprawy zasadne było umorzenie jako bezprzedmiotowego postępowania wszczętego na wniosek strony z 3 lipca 2025 r. o zwrot kwoty podatku VAT w wysokości [...] zł wraz z należnymi odsetkami.

W ocenie Skarżącej - nadpłata podatku VAT winna zostać zwrócona skarżącej wobec odmowy zwrotu niezasadnie naliczonego podatku VAT przez Z. R.

W ocenie organu – kwota [...] zł nie stanowi nadpłaty podatku VAT wobec pozostawania w obiegu faktur VAT dokumentujących naliczenie podatku w tej wysokości, a nadto skarżąca nie posiada legitymacji procesowej do wystąpienia z wnioskiem o zwrot podatku VAT.

W tak zarysowanym sporze Sąd rację przyznał organowi uznając za prawidłowo zinterpretowany i zastosowany przepis art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej, który zakłada, że postępowanie które jest bezprzedmiotowe podlega umorzeniu.

Godzi się w tym miejscu wskazać na przepisy, które będą miały zastosowanie w niniejszej sprawie i w pierwszej kolejności przywołać art. 75§ 1 i 2 Ordynacji podatkowej, który stanowi, że podatnik kwestionujący zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku. W świetle art. 72 § 1 Ordynacji podatkowej nadpłata podatku występuje wówczas, gdy podatek zostanie nadpłacony lub nienależnie zapłacony przez podatnika bądź zostanie pobrany przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej. Uprawnienie do złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku przysługuje podatnikom, płatnikom, inkasentom oraz osobom, które były wspólnikami spółki cywilnej w momencie rozwiązania spółki w zakresie zobowiązań spółki. Płatnik lub inkasent jest uprawniony do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jeśli wpłacony podatek nie został pobrany od podatnika. Definicję podatnika zawiera art. 7§1 Ordynacji podatkowej stanowiąc, że jest nim osoba fizyczna, osoba prawna lub jednostka organizacyjna nie mająca osobowości prawnej, podlegająca na mocy ustaw podatkowych obowiązkowi podatkowemu. Paragraf 2 powołanego przepisu stanowi ponadto, że podatnikami mogą być inne osoby, o ile ustawy podatkowe tak ustanowią.

Odnosząc powyżej przytoczone przepisy do ustalonego w sprawie stanu faktycznego Sąd stwierdza, że podatnikiem podatku VAT wymienionego na spornych fakturach jest Z. R. jako sprzedawca, a nie B. Spółka z o.o. jako kupujący. Strony bowiem łączył stosunek cywilnoprawny wynikający z zawartej umowy kupna – sprzedaży, a zapłata (w ramach ceny nabycia) podatku VAT nie stanowiła zapłaty podatku w rozumieniu Ordynacji podatkowej. B. spółka z o.o. nie dokonała uiszczenia podatku VAT na rzecz Skarbu Państwa, uczynił to Z. R. i to on w świetle przepisów jest uprawniony do domagania się zwrotu nadpłaconego podatku. Wskazane wyżej przepisy Ordynacji podatkowej wykluczają bowiem uznanie podmiotu, który zapłacił w cenie nabycia towaru podatek VAT swojemu sprzedawcy za podmiot uprawniony do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty.

Wskazać w tym miejscu należy, że zgodnie z treścią art. 108 ustawy o VAT w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty (ust. 1). Przepis ust. 1 stosuje się odpowiednio, w przypadku gdy podatnik wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku wyższą od kwoty podatku należnego (ust. 2).

Na gruncie przytoczonych wyżej rozwiązań prawnych przyjętych w ustawie o podatku od towarów i usług wskazać należy, że art. 108 ustawy o VAT jest zgodny z art. 203 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE. L. z 2006 r., poz. 347.1, dalej powoływanej jako: "dyrektywa 112") (poprzednio art. 21(1)(d) VI Dyrektywy), który stanowi, iż do zapłaty podatku zobowiązana jest każda osoba, która wykaże ten podatek na fakturze. Analiza orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości dotycząca wskazywanego przepisu prowadzi do konkluzji, że jego celem jest zapewnienie dokładnego poboru podatku i uniknięcie oszustwa (zob. pkt 20 wyroku z dnia 17 września 1997 r. w sprawie C-141/96 Finanzamt Osnabruck-Land przeciwko Bernhard Langhorst (Niemcy). "Przepis ten ma na celu wyeliminowanie ryzyka uszczuplenia dochodów podatkowych w związku z niepoprawnymi lub fikcyjnymi fakturami" (zob. pkt 41 wyroku z dnia 15 października 2002 r. w sprawie C-427/98 Komisja Europejska Przeciwko Republice Federalnej Niemiec).

Z orzecznictwa TSUE interpretującego przepisy szóstej dyrektywy Rady 77/388/EWG z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw państw członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku (Dz. Urz. L 145, s. 1) oraz dyrektywy 112 wynika, że "jeśli wystawca faktury we właściwym czasie w pełni wyeliminował zagrożenie utraty wpływów podatkowych, to zasada neutralności podatku VAT wymaga, by niesłusznie zafakturowany podatek VAT mógł podlegać korekcie, niezależnie od dobrej wiary wystawcy faktury" (zob. wyrok w sprawie C-566/07 Stadeco pkt 37; w sprawie C - 454/98 Schmeink & Cofreth i Strobel pkt 58; w sprawie C-78/02 Karageorgou i in. pkt 50).

Z powyższego wynika, że obowiązek zapłaty błędnie wykazanego na fakturze podatku VAT nie powstanie, jeżeli wystawca faktury w pełni wyeliminował zagrożenie utraty wpływów podatkowych poprzez dokonanie korekty niesłusznie zafakturowanego podatku VAT. Ze stanu faktycznego niniejszej sprawy wynika jednoznacznie, iż wystawca faktury nie dokonał jej korekty pomimo wezwania, a naliczony na fakturach podatek VAT odprowadził do organu podatkowego.

Skoro w sprawie nie została wystawiona faktura korygująca przez Z.R. wykazany w spornych fakturach podatek VAT jest podatkiem należnym, który na mocy art. 18 i w związku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT został przez tegoż pobrany i wpłacony do urzędu skarbowego, to mając na uwadze treść art. 108 ustawy o VAT nie można tym samym uznać, że powstała nadpłata.

Zdaniem Sądu istniały zatem podstawy do stwierdzenia, że w związku z wystawieniem przez Z.R. faktur powstał obowiązek zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Chybiony okazał się w związku z tym zarzut skargi, że podatek VAT w kwocie [...] zł został zapłacony nienależnie i jako taki stanowi nadpłatę w rozumieniu art. 72 § 1 Ordynacji podatkowej.

W konsekwencji postępowanie przeprowadzone przez organ, które w żadnym razie nie nosi znamion dowolności i odpowiada standardom wyznaczonym przez ustawę Ordynacja podatkowa, pozwoliło prawidłowo zastosować regulacje dotyczące materialnego prawa podatkowego. Nie zawiera ono żadnych luk, które mogłyby mieć jakiekolwiek znaczenie dla wyniku sprawy. Odmienne stanowisko skarżącego zostało wywiedzione wyłącznie z jego subiektywnego przekonania o obowiązującym stanie prawnym i pomija rzeczywistą treść unormowań materialnoprawnych, które organ prawidłowo zinterpretował i następnie zastosował w odniesieniu do trafnie zrekonstruowanego stanu faktycznego. Wywód prawny organu uzasadnia ocenę, że podejmując kontrolowane rozstrzygnięcie wziął pod uwagę obowiązujący stan prawny krajowy i unijny oraz jego wykładnię przyjmowaną w orzecznictwie krajowym i TSUE. Odniósł się także do przywołanych w skardze orzeczeń uznając ich nieprzydatność dla ustalonego stanu faktycznego z uwagi na odmienny stan faktyczny lub istniejący problem prawny.

Reasumując, podatek wynikający z faktur VAT nie jest podatkiem nienależnym. Obowiązek zapłaty tego podatku wynika z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Kwota tego podatku pobrana i wpłacona przez dostawcę/sprzedającego nie stanowi nadpłaty w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 2 o.p., dopóki w obrocie pozostaje ww. faktura. Jednakże podkreślić należy, że Skarżący będzie miał prawo do otrzymania zwrotu nienależnie zapłaconego podatku, pod warunkiem, że dostawca/ sprzedający dokona korekty niesłusznie zafakturowanego podatku.

Ustalenia organu w zakresie braku istnienia nadpłaty, które sąd podziela w całej rozciągłości, nakazują odnieść się do kwestii legitymacji skarżącej w ubieganiu się o zwrot tejże. Sąd nie dopatrzył się naruszenia art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej oraz art. 133§ 1 Ordynacji podatkowej, który określa definicję strony w postępowaniu podatkowym(jest nią podatnik, płatnik, inkasent lub ich następca prawny). Skarżąca spółka wystąpiła z żądaniem zwrotu kwoty podatku VAT w trybie przewidzianym przez przepisy Ordynacji podatkowej dla nadpłat (k. 28 akt administracyjnych). Ustawodawca jednoznacznie ograniczył krąg podmiotów, którym uprawnienie to przysługuje: podatnikom, płatnikom, inkasentom lub osobom, które były wspólnikami spółki cywilnej w momencie rozwiązania spółki w zakresie zobowiązań spółki. Skarżąca spółka nie mieści się w żadnej z powyższych kategorii podmiotów uprawnionych do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w VAT i jego zwrotu, a to skutkuje bezprzedmiotowością wszczętego postępowania. Trafnie organ ocenił – a Sąd tą ocenę traktuje jak własną – że brak jest przedmiotu sprawy, w której organ władny byłby wydać decyzję załatwiającą sprawę co do istoty. Z akt postępowania przed organem podatkowym wynika, że po złożeniu wniosku skarżąca była wzywana do sprecyzowana wniosku, a także zasygnalizowano stronie kwestie prawidłowego określenia organu zobowiązanego do ewentualnego zwrotu kwoty podatku. Te czynności niewątpliwie uniemożliwiały podjęcie decyzji o odmowie wszczęcia postępowania jak sugeruje to pełnomocnik skarżącej. Pamiętać ponadto trzeba, iż skarżąca jest podmiotem gospodarczym prowadzącym działalność gospodarczą i w zakresie podejmowanych czynności wystawia faktury VAT( art. 15 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług). Przyjąć zatem należy, że te okoliczności wymagające wyjaśnienia na wstępie, skutkowały wszczęciem postępowania zamiast odmową wszczęcia wskutek braku przymiotu strony. Niekwestionowany fakt, że skarżąca jest podatnikiem w zakresie prowadzonej przez siebie działalności gospodarczej nie powoduje automatycznie przyjęcia, że w przypadku nabycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa skarżąca nie miała obowiązku zapłaty podatku od tej transakcji i w tym sensie nie była ona podatnikiem o którym mowa w art. 7§ 2 Ordynacji podatkowej.

Niezależnie od powyższych konstatacji Sąd zauważa, że art. 165 a § 1 Ordynacji podatkowej nie stanowił podstawy rozstrzygnięcia organów podatkowych, co skutkuje przyjęciem zarzutu jego naruszenia za bezzasadny.

Zarzut naruszenia art. 180 Ordynacji podatkowej polegający na nie sprawdzeniu przez organ, czy przedawniło się prawo do korekty faktur przez wystawcę faktur tj. Z.R. Sąd uznaje za chybiony. Podziela w tym zakresie stanowisko organów obu instancji, że poza istotą postępowania bowiem było, czy żądania skarżącej zwrotu kwoty VAT jest przedawnione na gruncie prawa cywilnego, czy też nie i czy upłynął termin na gruncie prawa podatkowego do korekty faktury VAT. Kwestia ta mogłaby być badana wyłącznie w procedurze wywołanej złożoną przez Z.R. korektą.

Po analizie wniosku o skierowanie pytania prejudycjalnego do TSUE Sąd wniosek oddalił. Wniosek dotyczył rozstrzygnięcia, czy sprawa ta ma charakter administracyjny czy cywilny, a nadto czy podmiot ubiegający się o zwrot ( nabywca towaru) posiada legitymację procesową do wniesienia takiego żądania. Oddalając wniosek o pytanie prejudycjalne sąd uznał je za nieistotne dla rozstrzygnięcia, zbędne.

Z tych wszystkich względów omówionych wyżej niezasadna skarga podlegała oddaleniu na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2019 r., poz. 2325).