I SA/Gl 941/25 - Wyrok

Data orzeczenia	2026-02-11	
Data wpływu	2025-07-30	
Sąd	Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach	
Sędziowie	Anna Rotter
Anna Tyszkiewicz-Ziętek /przewodniczący sprawozdawca/
Katarzyna Stuła-Marcela	
Symbol z opisem	6110 Podatek od towarów i usług	
Hasła tematyczne	Podatek od towarów i usług	
Skarżony organ	Dyrektor Izby Administracji Skarbowej	
Treść wyniku	Oddalono skargę	
Powołane przepisy	Dz.U. 2025 nr 0 poz 111;  art. 165 a; Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j.)	
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Anna Tyszkiewicz-Ziętek (spr.), Sędziowie Sędzia WSA Anna Rotter, Sędzia WSA Katarzyna Stuła-Marcela, , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 11 lutego 2026 r. sprawy ze skargi C. sp. z o.o. w G. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z dnia 30 maja 2025 r. nr 2401-IOV2.4103.52.2024 2401-25-139695 w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za listopad 2013 r. oddala skargę.	
Uzasadnienie
Przedmiotem skargi jest postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z 30 maja 2025 r. nr 2401-IOV2.4103.52.2024 UNP: 2401-25-139695 uchylające, wydane wobec C sp. z o.o. w G., postanowienie Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego w B. z 29 sierpnia 2024 r. nr [...] o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. w wysokości 323.748,00 wraz z należnymi odsetkami i przekazujące sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.

W podstawie prawnej tego rozstrzygnięcia wskazano art. 13 § 1 pkt 2 lit. a i art. 233 § 2 w związku z art. 239 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 111) oraz pozostałe przepisy powołane w uzasadnieniu.

Powyższe rozstrzygnięcie zapadło w następującym stanie faktycznym i prawnym.

W wyniku ponownie prowadzonego postępowania podatkowego Naczelnik [...] [...] Urzędu Skarbowego w B. (dalej: Naczelnik) 14 stycznia 2021 r. wydał wobec C Sp. z o.o. (dalej: spółka, skarżąca) decyzję nr [...], w której określił:

- za listopad 2013 r. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 7.259,00 zł, w miejsce zadeklarowanej przez stronę kwoty do zwrotu w wysokości 331.007,00 zł, tj. niższej o 323.748,00 zł;

- za grudzień 2013 r. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 2.350,00 zł, w miejsce zadeklarowanej kwoty do zwrotu w wysokości 255.718.00 zł, tj. niższej o 323.748,00 zł;

- za styczeń 2014 r. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 268,00 zł, w miejsce zadeklarowanej kwoty 239.560,00 zł, tj. niższej o kwotę 239.292,00 zł.

Kwoty zwrotu za listopad i grudzień 2013 r. zostały objęte postanowieniami z 11 lutego 2014 r. i z 21 marca 2014 r. o przedłużeniu terminu zwrotu podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia spółki.

Decyzją z 7 lipca 2022 r. nr 2401-IOV3.4130.279.2021.MMS Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Katowicach (dalej: Dyrektor) utrzymał w mocy ww. decyzję Naczelnika.

Wojewódzki Sąd Administracyjny wyrokiem z 27 lipca 2023 r., sygn. akt i SA/GI 1142/22 uchylił decyzję organu pierwszej i drugiej instancji i umorzył postępowanie podatkowe w części dotyczącej rozliczenia za listopad 2013 r. oraz oddalił skargę w pozostałym zakresie.

2 października 2023 r. podatnik złożył skargę kasacyjną od ww. wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach w części dotyczącej podatku od towarów i usług za grudzień 2013 r. i styczeń 2014 r.

13 grudnia 2023 r. spółka złożyła do Naczelnika pismo dotyczące zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. w wysokości 323.748,00 zł wraz z należnymi, obliczonymi na dzień zwrotu, odsetkami na rachunek bankowy.

Postanowieniem z 12 stycznia 2024 r. Naczelnik odmówił wszczęcia postępowania w tej sprawie, wskazując iż uprawomocnienie niezaskarżonej przez spółkę do NSA części orzeczenia WSA w Gliwicach nastąpi dopiero z chwilą wydania orzeczenia przez NSA w tej sprawie, a nie w momencie upływu terminu do złożenia skargi kasacyjnej. W związku z powyższym ww. organ stwierdził, że wnioskowana przez spółkę nadwyżka podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za listopad 2013 r. wraz z należnymi odsetkami nie mogła być zwrócona do czasu uprawomocnienia się wyroku WSA w Gliwicach.

Postanowieniem z 27 marca 2024 r. Dyrektor utrzymał w mocy ww. postanowienie organu I instancji.

Wyrokiem z 19 lutego 2024 r., sygn. akt I FSK 2139/23 NSA umorzył postępowanie kasacyjne z uwagi na wycofanie przez podatnika skargi kasacyjnej, skutkiem czego 19 lutego 2024 r. uprawomocnił się wyrok WSA w Gliwicach z 27 lipca 2023 r., sygn. akt I SA/GI 1142/22.

W piśmie z 29 lipca 2024 r. spółka zwróciła się do Naczelnika o udzielenie informacji, kiedy zostanie zrealizowany przelew na rachunek bankowy strony dotyczący nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za listopad 2013 r.

Pismem z 1 sierpnia 2024 r. Naczelnik wezwał spółkę do uzupełnienia braków formalnych tego pisma, tj. m.in. o przesłanie doprecyzowania i wskazania podstawy prawnej żądania zainicjowanego ww. pismem z 29 lipca 2024 r.

Pismem z 14 sierpnia 2024 r. podatnik złożył wyjaśnienia, stwierdzając, że:

- na podstawie wskazanych w piśmie przepisów Naczelnik zobowiązany jest do zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2023 r. w wysokości 323.748 zł wraz z należnymi odsetkami,

- powyższy zwrot wynika z wyroku WSA w Gliwicach z 27 lipca 2023 r., sygn. akt I SA/G 1142/22, którym to wyrokiem - na podstawie art. 170 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - Naczelnik jest związany,

- zwrot jest czynnością techniczną i powinien zostać dokonany po uprawomocnieniu się ww. wyroku uchylającego decyzje organów obu instancji w zakresie rozliczenia podatku VAT za listopad 2013 r.

W konsekwencji spółka oczekuje na zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i prosi o informację, kiedy ten zwrot będzie miał miejsce.

Powyższe pismo Naczelnik uznał za żądanie wszczęcia postępowania podatkowego.

Postanowieniem z 29 sierpnia 2024 r. nr [...] Naczelnik odmówił spółce wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. w wysokości 323.748,00 zł wraz z należnymi odsetkami.

Uzasadniając swoje stanowisko organ pierwszej instancji wskazał, iż 60- dniowy termin zwrotu różnicy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym z deklaracji VAT-7 za listopad 2013 r. upłynął 17 lutego 2014 r. i nie został zachowany, w związku z czym za ten okres rozliczeniowy powstała nadpłata, której prawo do zwrotu wygasło z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin jej zwrotu, tj. 31 grudnia 2014 r. Zdaniem organu pierwszej instancji zobowiązanie podatkowe wynikające ze zwrotu nadpłaty za listopad 2013 r. przedawniło się 31 grudnia 2019 r.

Naczelnik zaznaczył jednocześnie, iż do 31 grudnia 2019 r. podatnik nie złożył wniosku o stwierdzenie nadpłaty, zwrot nadpłaty lub zaliczenie jej na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, który mógłby przerwać bieg terminu do zwrotu nadpłaty za listopad 2013 r.

Ww. organ uznał więc złożony przez spółkę wniosek z 29 lipca 2024 r. (uzupełniony pismem z 14 sierpnia 2024 r.) za bezskuteczny w związku z wygaśnięciem prawa do zwrotu nadpłaty i odmówił wszczęcia postępowania w tej sprawie, z uwagi na przedawnienie zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za listopad 2013 r.

W zażaleniu na to postanowienie pełnomocnik spółki zarzucił naruszenie art. 87 ust. 1, 2 i 7 oraz art. 99 ust. 12 u.p.t.u., a także art. 70 § 1 i 6 pkt 2, art. 76 b § 1, art. 80 § 1 i § 3, art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 123 § 1, art. 124, art. 210 § 1 pkt 6, art. 165 § 1 i 3, art. 165a § 1 O.p., a także naruszenie przez Naczelnika art. 139 § 1 i 2 O.p. poprzez odmowę dokonania na rzecz spółki należnego zwrotu podatku od towarów i usług za listopad 2013 r. wraz z odsetkami.

Wobec powyższego wniósł o uchylenie zaskarżonego postanowienia i nakazanie Naczelnikowi niezwłocznego dokonania na rzecz spółki zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. w kwocie 323.748,00 zł wraz z odsetkami.

W uzasadnieniu podniósł, że spółka nie żądała wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, gdyż zwrot jest czynnością techniczną, a nie prawną. Wskazał, że całkowicie błędne jest stanowisko organu co do przedawnienia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Naczelnik winien więc niezwłocznie dokonać tego zwrotu wraz z należnymi odsetkami, bez wydawania decyzji lub postanowienia.

Pełnomocnik zaznaczył również, że w toku postępowania podatkowego i sądowoadministracyjnego spółka składała pisma do organów podatkowych, w których podtrzymywała żądanie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. w kwocie wykazanej w deklaracji. Takie pismo, w myśl art. 80 § 3 O.p. należało traktować jako pismo przerywające bieg terminu przedawnienia zwrotu nadwyżki podatku za listopad 2013 r. Zdaniem pełnomocnika, za pisma przerywające bieg terminu przedawnienia prawa do zwrotu podatku od towarów i usług należy uznać chociażby odwołania i skargi składane przez spółkę do organów podatkowych, w których kwestionowała ona rozstrzygnięcia organów podatkowych w zakresie podatku od towarów i usług za 2013 r. i tym samym domagała się zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji za listopad 2013 r. Pełnomocnik wskazał, że art. 80 § 1 O.p. w ogóle nie powinien mieć zastosowania w tej sprawie. Jak zaznaczył w okresie od 2014 r. (wszczęcie postępowania podatkowego) do 2024 r. (uprawomocnienie się wyroku WSA w Gliwicach) trwały postępowania - podatkowe i sądowe, więc spółka nie mogła złożyć odrębnego wniosku o zwrot podatku od towarów i usług za listopad 2013 r.

Zdaniem autora zażalenia przyjęcie wykładni zaprezentowanej przez Naczelnika skutkowałoby bezprzedmiotowością postępowania prowadzonego od stycznia 2020 r. przed organami podatkowymi, a później przed sądami administracyjnymi, gdyż bez względu na to jaki w sprawie zapadłby wyrok, spółka nie miałaby żadnych szans na zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.

W ocenie pełnomocnika należy uznać, iż termin określony w art. 80 § 1 O.p. w ogóle nie biegł w czasie, w którym toczyły się postępowania dotyczące podatku od towarów i usług za listopad 2013 r. W przeciwnym razie należy przyjąć, że był on przerywany każdym pismem dotyczącym postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług za listopad 2013 r., które spółka składała.

Dyrektor uwzględnił zażalenie i postanowieniem z 30 maja 2025 r. nr 2401-IOV2.4103.52.2024, uchylił postanowienie Naczelnika z 29 sierpnia 2024 r. nr [...] i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.

W uzasadnieniu tego rozstrzygnięcia na wstępie przywołał art. 87 ust. 1, 2 i 7 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2023 r., poz. 1570 ze zm., dalej: u.p.t.u.) oraz art. 77 § 1 pkt 3 i § 4 O.p.

Dalej zauważył, iż w rezultacie wydania przez WSA w Gliwicach wyroku z 27 lipca 2023 r. sygn. akt I SA/GI 1142/22, a więc uchylenia decyzji organu pierwszej i drugiej instancji oraz umorzenia postępowania za listopad 2013 r., czyli zniesienia skutków prawnych związanych z tym postępowaniem "nastąpił powrót" do deklaracji podatkowej złożonej przez spółkę zarówno w zakresie wykazanej w nich kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, jak również terminu jej zwrotu.

Jednocześnie stwierdził, iż wszelkie ewentualne powstałe w związku z wydaniem decyzji przez organ pierwszej i drugiej instancji, a następnie ww. orzeczenia sądu administracyjnego nadpłaty podlegają zwrotowi w terminach wskazanych w art. 77 O.p. (por. wyrok NSA z 15 grudnia 2020 r. sygn. akt II FSK 1582/20). Wynikająca z deklaracji kwota nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. nie wymaga złożenia odrębnego wniosku o dokonanie tej wypłaty, gdyż jak wynika z treści art. 87 ust. 2 u.p.t.u. zakończenie procedury weryfikacji zwrotu skutkuje wydaniem decyzji lub dokonaniem zwrotu wraz z oprocentowaniem. Z treści art. 87 ust. 7 u.p.t.u. wynika, że niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach, o których mowa w ust. 2 zdanie pierwsze i ust. 5a, różnicę podatku traktuje się jako nadpłatę podatku.

W przedstawionym stanie faktycznym, organ nie rozważył prawa spółki do uzyskania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikającego z deklaracji przywróconej z uwagi na zakończenie procesu weryfikacji zwrotu (postępowania podatkowe prowadzone przed organem pierwszej i drugiej instancji oraz sądem administracyjnym), odmawiając wszczęcia postępowania zainicjowanego wnioskiem strony.

Zdaniem Dyrektora podatnik nie złożył wniosku, który miałby wszczynać procedurę podatkową, gdyż - jak wynika z treści pisma strony - korespondencja kierowana do organu podatkowego była prośba o informację, kiedy dokonany zostanie zwrot wynikający z deklaracji VAT-7 za listopad 2013 r. Z treści pism znajdujących się w aktach sprawy nie wynika wola spółki co do wszczęcia postępowania, gdyż dokonanie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym uznane zostało za czynność materialno - techniczną.

Mając na uwadze wskazane wyżej przepisy prawa oraz ustalony stan faktyczny sprawy Dyrektor stwierdził, że organ pierwszej instancji nie dokonał weryfikacji sprawy z uwzględnieniem norm wskazanych w przepisach dotyczących zwrotu nadpłaty wynikającej z przywróconych deklaracji podatkowych.

O ile bowiem sama czynność fizycznego zwrotu nadpłaconego podatku w przypadkach określonych w art. 77 O.p. oraz zwrot różnicy podatku w rozumieniu przepisów u.p.t.u. następuje z urzędu i stanowi czynność materialno-techniczną, to jednak jej dokonanie powinno być zawsze poprzedzone analizą i ustaleniem, że zachodzą ku temu niezbędne przesłanki prawne. W uzasadnieniu organ obowiązany jest przy tym wyraźnie i prawidłowo wskazać, jakie są przesłanki i podstawy wydania ewentualnego rozstrzygnięcia przez organ podatkowy.

Dyrektor nadmienił, że w myśl art. 233 § 2 O.p. organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy badać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy. Zaznaczył, że przepis ten pozostaje w ścisłym związku z obowiązkami organu odwoławczego wynikającymi z O.p. i stanowi realizację wyrażonej w art. 127 O.p. zasady dwuinstancyjności postępowania.

W skardze na powyższe postanowienie, wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach, pełnomocnik skarżącej zarzucił naruszenie:

- art. 239, art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p. w związku z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. oraz art. 77 ust. 4 O.p. - poprzez to, że pomimo potwierdzenia w zaskarżonym postanowieniu, że w oparciu o art. 87 ust. 2 u.p.t.u. oraz art. 77 § 4 O.p. spółce przysługuje zwrot nadwyżki podatki naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. Dyrektor nie uchylił tego postanowienia i nie orzekł co do istoty sprawy na podstawie art. 239 i 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p.

- naruszenie art. 239 w związku z art. 233 § 2 O.p. poprzez uchylenie postanowienia organu pierwszej instancji i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia pomimo, że nie było podstaw do przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia, gdyż w rozpatrywanej sprawie nie zachodzi potrzeba przeprowadzenia postępowania dowodowego, jak również spółka nie wnosiła o przeprowadzenia jakichkolwiek dowodów, a ponadto Dyrektor nie wskazał, jakich dowodów brakuje i jakie okoliczności faktyczne organ pierwszej instancji powinien zbadać.

Wobec tak sformułowanych zarzutów wniesiono o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji oraz orzeczenie o uprawnieniu spółki do otrzymania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r., rozpoznanie sprawy na rozprawie oraz zwrot kosztów postępowania.

Uzasadniając zarzuty skargi podniesiono, że kwestionowane rozstrzygnięcie jest wewnętrznie sprzeczne, gdyż z jednej strony Dyrektor wskazał wprost, że po wyroku uchylającym decyzję Naczelnik powinien niezwłocznie zwrócić kwotę podatku wraz z oprocentowaniem - wskazując przy tym, że przesłanki prawne takiego rozstrzygnięcia wynikają z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. i art. 77 O.p. Z drugiej strony Dyrektor wskazał na konieczność przeprowadzenia analizy i ustalenia, czy zachodzą przesłanki prawne do zwrotu - pomimo, że w zaskarżonym postanowieniu sam podał przesłanki prawne do dokonania zwrotu powołując się na art. 87 ust. 2 ww. ustawy i art. 77 O.p.

Zdaniem skarżącej Dyrektor powinien na podstawie art. 239 i art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p. uchylić zaskarżone postanowienie i rozstrzygnąć co do istoty sprawę, orzekając o zwrocie nadwyżki VAT za listopad 2013 r. na rachunek spółki i nakazując Urzędowi Skarbowemu ten zwrot z odsetkami.

Tymczasem Dyrektor wskazał, na rzekomą potrzebę przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego. Naruszył tym samym art. 233 § 2 O.p., który w przypadku uchylenia postanowienia do ponownego rozstrzygnięcia nakazuje organowi drugiej instancji wskazanie okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy.

Skarżąca stwierdziła, że jak przyjmuje się w orzecznictwie i doktrynie, art. 233 § 2 O.p. jest wyjątkiem i organ odwoławczy powinien stosować ten przepis tylko jeśli nie ma możliwości merytorycznego rozstrzygnięcia ze względu na brak materiału dowodowego, którego sam uzupełnić nie może. Taka przesłanka w niniejszej sprawie nie zaistniała, gdyż postępowanie dotyczy czynności technicznej polegającej na zwrocie przez organ pierwszej instancji podatku VAT wynikającego z deklaracji za listopad 2013 r. W konsekwencji nie mógł wskazać i nie wskazał okoliczności faktycznych, które winien zbadać Naczelnik. W konsekwencji organy nie wykonały wyroku WSA w Gliwicach z 27 lipca 2023 r.

W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy podtrzymał w całości dotychczasową argumentację i wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył co następuje.

Skarga nie jest zasadna.

Kontrolę tą rozpocząć należy od wskazania, że zgodnie z art. 119 pkt 3 p.p.s.a. sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę, co do istoty oraz postanowienie wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie.

W nawiązaniu do wniosku strony skarżącej o rozpoznanie sprawy na rozprawie wyjaśnić trzeba, że nie jest naruszeniem art. 119 pkt 3 p.p.s.a. skierowanie sprawy do rozpoznania na posiedzeniu niejawnym w sytuacji, gdy strona uważa, że sprawę należy rozpoznać na rozprawie. Rozpoznanie sprawy przez sąd administracyjny na posiedzeniu niejawnym we wskazanych w art. 119 pkt 3 p.p.s.a. okolicznościach nie jest uzależnione od woli skarżącego. Nawet więc złożenie przez skarżącego wniosku o rozpoznanie takiej sprawy na posiedzeniu jawnym nie pozbawia sądu ustawowego uprawnienia do rozpoznania sprawy na posiedzeniu niejawnym (por. wyrok NSA z dnia 7 listopada 2023 r., sygn. akt II OSK 387/21, wszystkie przywoływane orzeczenia sądów administracyjnych dostępne w internetowej bazie orzeczeń NSA na stronie: http://orzeczenia.nsa.gov.pl).

Kontroli Sądu – na podstawie art. 3 § 1 i § 2 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 935 podlegało postanowienie z 30 maja 2025 r. uchylające postanowienie organu I instancji z 29 sierpnia 2024 r. o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. wraz z należnymi odsetkami i przekazujące sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.

W deklaracji VAT za listopad 2013 r. spółka wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 323.748,00 zł, która to kwota - zgodnie z art. 87 ust. 1 i 2 u.p.t.u. powinna zostać zwrócona na rachunek spółki w terminie 60 dni.

14 stycznia 2021 r. wydał decyzję, w której określił za listopad 2013 r. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 7.259,00 zł, w miejsce zadeklarowanej przez stronę kwoty do zwrotu w wysokości 331.007,00 zł, tj. niższej o 323.748,00 zł.

Decyzja ta została utrzymana w mocy decyzją Dyrektora z 7 lipca 2022 r. nr 2401-IOV3.4130.279.2021.MMS.

WSA w Gliwicach wyrokiem z 27 lipca 2023 r., sygn. akt i SA/GI 1142/22 uchylił decyzje organu pierwszej i drugiej instancji i umorzył postępowanie podatkowe w części dotyczącej rozliczenia za listopad 2013 r. oraz oddalił skargę w pozostałym zakresie. Wyrok ten uprawomocnił się 19 lutego 2024 r.

W piśmie z 29 lipca 2024 r. skarżąca zapytała Naczelnika kiedy zostanie zrealizowany przelew na rachunek bankowy dotyczący nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za listopad 2013 r.

Na wezwanie organu do uzupełnienia tego pisma skarżąca wskazała, że Naczelnik zobowiązany jest do zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2023 r. w wysokości 323.748 zł wraz z należnymi odsetkami. Zwrot ten wynika z wyroku WSA w Gliwicach z 27 lipca 2023 r., sygn. akt I SA/Gl 1142/22, którym organ jest związany i powinien nastąpić w ramach czynności technicznej wykonanej po uprawomocnieniu się wspomnianego orzeczenia.

Uznanie, że pismo strony z 29 lipca 2024 r., uzupełnione na wezwanie organu, stanowi żądanie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2013 r. w wysokości 323.748,00 zł wraz z należnymi odsetkami było zatem bezpodstawne.

W zaskarżonym postanowieniu Dyrektor badał legalność odmowy wszczęcia postępowania we wskazanym wyżej zakresie, a więc zastosowania art. 165 a O.p.

Zgodnie z art. 165 § 1 O.p. postępowanie wszczyna się z urzędu lub na żądanie strony. Jednakże zgłoszenie przez stronę żądania wszczęcia postępowania nie oznacza bezwzględnej konieczności jego przeprowadzenia. Organy podatkowe mogą zatem podejmować tylko takie działania, w takich formach i w takim zakresie, w jakim zostały upoważnione przez ustawodawcę. Sposób postępowania organu podatkowego w sytuacji żądania od niego wszczęcia postępowania w zakresie nie mieszczącym się w kompetencji organu został uregulowany w art. 165a § 1 O.p. Zgodnie z treścią tego przepisu, gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania.

Nie ulega zatem wątpliwości, że zastosowanie art. 165 a § 1 O.p. aktualizuje się wobec wniesionego przez podatnika żądania, którego – jak wykazano wyżej – w niniejszej sprawie nie wniesiono. Tym samym konieczne stało się wyeliminowanie z obrotu prawnego postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania. Jednocześnie organ odwoławczy zasadnie stwierdził, że na skutek odmowy wszczęcia postępowania (którego strona nie zamierzała zainicjować) organ pierwszej instancji zaniechał weryfikacji sprawy z uwzględnieniem norm wskazanych w przepisach dotyczących zwrotu nadpłaty wynikającej z przywróconych deklaracji podatkowych. Słusznie wskazał także, że sama czynność fizycznego zwrotu nadpłaconego podatku w przypadkach określonych w art. 77 O.p. oraz zwrot różnicy podatku w rozumieniu przepisów u.p.t.u. następuje z urzędu i stanowi czynność materialno-techniczną, poprzedzoną analizą i ustaleniem, że zachodzą ku temu niezbędne przesłanki.

W nawiązaniu do argumentacji skargi wskazać należy, że decyzja wydana w trybie 233 § 2 O.p. (stosowanego odpowiednio do zażaleń na mocy art. 239 O.p.) ze swej istoty nie może zawierać waloru rozstrzygnięcia merytorycznego. W obszarze podstaw i uzasadnień możliwości stosowania art. 233 § 2 O.p. nie mieści się wyrażanie poglądów prawnych w przedmiocie prawa materialnego, których uwzględnienie przesądziłoby o określonym sposobie merytorycznego załatwienia sprawy. Dla zachowania zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego organ odwoławczy uchylając decyzję w całości i przekazując sprawę organowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania, ma obowiązek powstrzymać się od jakichkolwiek wiążących wypowiedzi w zakresie prawidłowości rozstrzygnięcia (por. wyrok WSA w Poznaniu z 23 października 2025 r., sygn. akt I SA/Po 254/25 dostępny na stronie: http://orzeczenia.nsa.gov.pl). Zasadnie więc Dyrektor poprzestał na stwierdzeniu, że na skutek odmowy wszczęcia postępowania Naczelnik nie rozważył prawa spółki do uzyskania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikającego z deklaracji przywróconej z uwagi na zakończenie procesu weryfikacji zwrotu (postępowania podatkowe prowadzone przed organem pierwszej i drugiej instancji oraz sądem administracyjnym).

Mając na uwadze powyższe Sąd, działając na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę, której zarzuty okazały się bezpodstawne.