Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Anna Dumas, Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (spr.), Sędzia del. WSA Alicja Polańska, Protokolant Oktawian Nogaj, po rozpoznaniu w dniu 8 maja 2025 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 6 kwietnia 2022 r. sygn. akt III SA/Wa 2022/21 w sprawie ze skargi "P." sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 30 czerwca 2021 r. nr 1401-IOD-3.4100.9.2020.DS w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie na rzecz P." sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 8100 (słownie: osiem tysięcy sto) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

1.1. Wyrokiem z dnia 6 kwietnia 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 2022/21, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w sprawie ze skargi P. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej: "Skarżąca", "Spółka", "P. PL") uchylił decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 30 czerwca 2021 r. (dalej: "DIAS", "organ") w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. Wyrok ten, jak również pozostałe cytowane w niniejszym uzasadnieniu, dostępny jest na stronie internetowej: https://orzeczenia.nsa.gov.pl/ (dalej: "CBOSA").

1.2. W stanie faktycznym sprawy Skarżąca złożyła w [...] Mazowieckim Urzędzie Skarbowym w W. (dalej: "NUS") zeznanie o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) za rok podatkowy 2015 (CIT-8), w którym wykazała: przychody w kwocie – 46.020.263,00 zł, koszty uzyskania przychodu w kwocie – 41.541.560,00 zł, dochód w kwocie – 4.478.703,00 zł. Spółka złożyła korektę zeznania, w której wykazała: przychody w kwocie – 45.174.268,00 zł, koszty uzyskania przychodu w kwocie – 41.443.156,00 zł, dochód w kwocie – 3.731.112,00 zł. Następnie w dniu 7 kwietnia 2017 r. do organu podatkowego wpłynął wniosek Spółki o rozliczenie nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych, w kwocie 142.043,00 zł wynikającej z korekty zeznania podatkowego (CIT-8) za 2015 r. W uzasadnieniu wskazano, że korekta deklaracji nastąpiła po ukończeniu prac audytorskich i rekalkulacji przychodu zgodnie z metodą "koszt plus", w wyniku których dokonano zmiany wartości marży stosowanej w transakcjach z podmiotami powiązanymi, a przedmiotem tych transakcji było świadczenie usług w zakresie badań klinicznych. Według wyjaśnień, w pierwotnej wersji zeznania (CIT-8) za 2015 r. omyłkowo zastosowano marżę 8,5%, na etapie kalkulacji przychodu podatkowego w oparciu o bazę kosztową. Tymczasem stosowana w grupie marża od 1 stycznia 2015 r. mająca charakter rynkowy wynosiła 6,5%. Dlatego wartość przychodu uległa zmniejszeniu ze względu na zmiany komponentów kalkulacji. Przychody zostały zmniejszone o łączną kwotę 848.343,05 zł, wynikającą z faktur korygujących przychód za 2015 r., wystawionych w 2016 r.

1.3. Decyzją z dnia 6 czerwca 2017 r. NUS odmówił stwierdzenia nadpłaty w kwocie 142.043,00 zł. W uzasadnieniu wskazał, że w przedmiotowej sprawie korekta uzyskanego dochodu nie jest wynikiem błędu rachunkowego ani pomyłki, a stanowi jedynie dostosowanie wysokości marży do poziomu przyjętego w dokumentacji cen transferowych, ustalonej po zakończeniu 2015 r. Stwierdził, że złożona w dniu 19 stycznia 2017 r. korekta zeznania (CIT-8) za 2015 r. nie wywołuje skutków prawnych. W toku kontroli podatkowej NUS ustalił, że podstawowym przedmiotem działalności Skarżącej jest działalność w zakresie zbierania, monitorowania i przetwarzania informacji dotyczących badań klinicznych na rzecz zleceniodawców zagranicznych (z Unii Europejskiej i krajów trzecich). Jedynym udziałowcem Spółki jest P. (UK) Limited (dalej jako: "P. UK"). Koszty poniesione przez Skarżącą w związku ze świadczeniem usług monitorowania badań klinicznych na rzecz usługobiorców (wraz z działaniami w zakresie Strategie Solutions), które stanowiły głównie koszty wynagrodzeń z narzutami i były podstawą do naliczenia narzutu zysku, zgodnie z zastosowaną metodą kalkulacji cen transferowych – wyniosły w 2015 r. - 42.417.152,59 zł. Dodatkowo Spółka poniosła koszty zewnętrzne (zgodnie z umowami zawartymi przez usługobiorców z klientami), przenoszone na klienta bez dodawania narzutu, które w badanym roku wyniosły 18.657.812,73 zł. Po przeanalizowaniu analizy wykonanej przez Izbę Administracji Skarbowej w Łodzi NUS stwierdził, że zastosowany przez Skarżącą narzut zysku w wysokości 6,5% w odniesieniu do świadczonych usług związanych z organizacją badań klinicznych dla podmiotów z grupy P. odbiega od poziomu narzutu jaki jest stosowany przez podmioty niezależne. Dokonując ustalenia wartości rynkowej przedmiotu transakcji, zastosowano metodę przyjętą uprzednio przez P. PL, tj. metodę marży transakcyjnej netto. Uznano, że P. PL w przedstawionej analizie nie dochowała należytej staranności przy doborze podmiotów porównywalnych (niereprezentatywność podmiotów). Analiza obejmowała dane za lata 2013-2015, czyli ten sam okres, który został przyjęty przez P. PL, a także uwzględnia większość kryteriów dotyczących wyboru podmiotów do grupy porównawczej, jakie zostały przyjęte przez P. PL w jej analizie porównawczej. W rezultacie przeprowadzonej przez NUS dalszej analizy przyjęto założenie, że wynagrodzenie P. PL z tytułu świadczenia usług organizacji badań klinicznych należy obliczać na podstawie wszystkich kosztów faktycznie poniesionych w związku ze świadczeniem usług, które powinny zostać powiększone o stały narzut w wysokości 9,35%. Ponadto NUS stwierdził, że nie znajduje żadnych podstaw podejście Spółki polegające na przenoszeniu części kosztów organizacji badań klinicznych na usługobiorców bez narzutu oraz twierdzenie, że ten sposób postępowania ma charakter rynkowy, gdyż wynika bezpośrednio z ustaleń pomiędzy podmiotami niezależnymi. W związku z tym łączna wartość wynagrodzenia należnego P. PL za świadczone usługi badań klinicznych od członków grupy P. w 2015 r. została ustalona w kwocie 66.785.474,57 zł. W związku z tymi ustaleniami NUS stwierdził zaniżenie przez Spółkę przychodów podatkowych o łączną kwotę 21.909.995,00 zł, zaniżenie kosztów uzyskania przychodów o łączną kwotę 18.334.844,00 zł z tytułu: nieuwzględnienia kosztów refakturowanych, różnic przejściowych i różnic kursowych. Łączny ustalony przychód podatkowy wyniósł 67.084.262,87 zł, natomiast podatkowe koszty uzyskania przychodów 59.778.000,00 zł. Wobec poczynionych ustaleń decyzją z dnia 14 czerwca 2018 r. NUS określił wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r. w wysokości 1.271.309,00 zł.

1.4. Po rozpatrzeniu odwołania Spółki DIAS decyzją z dnia 22 stycznia 2019 r. uchylił zaskarżoną decyzję NUS z dnia 14 czerwca 2018 r. DIAS stwierdził, że postępowanie dowodowo - wyjaśniające przeprowadzone przez NUS nie czyni zadość ogólnym zasadom postępowania podatkowego. Jednocześnie wskazał, że przyjęty przez Stronę narzut nie był stosowany na wszystkie koszty. Decyzją z dnia 31 lipca 2020 r. NUS określił Spółce wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r., w kwocie 988.017,00 zł. NUS, biorąc pod uwagę dokumenty i wyjaśnienia Spółki przedstawione w toku postępowania podatkowego, uznał zasadność jej argumentów w zakresie niedodawania narzutu do następujących kosztów zewnętrznych: kosztów zakupu leków na potrzeby prowadzenia badań klinicznych (obejmujące również inne refakturowane koszty poniesione podczas badania klinicznego), opłat administracyjnych ponoszonych na rzecz organów publicznych oraz kosztów tłumaczenia uiszczanych w związku z tłumaczeniami protokołów klinicznych, kosztów zakupu usług od podmiotów zewnętrznych ponoszonych przez Spółkę w związku ze świadczeniem usług organizacji badań klinicznych, w tym wynagrodzenia badaczy. Zdaniem NUS przedstawione przez Spółkę wyjaśnienia, dokumenty i analizy w zakresie ww. kosztów, tj. wynagrodzeń badaczy, zakupu leków, opłat administracyjnych dowodzą, że Strona faktycznie w ich przypadku nie kreuje wartości dodanej w zakresie samych badań klinicznych, które przeprowadzane są przez zewnętrznych specjalistów. Tym samym ww. koszty pass-through uznano za koszty poboczne, które nie kreują usługi głównej jaką jest monitoring badań klinicznych będący główną działalnością usługową Spółki. NUS stwierdził, że koszty zakupu usług refakturowanych na rzecz podmiotów powiązanych z grupy nie są ponoszone w celu uzyskania przychodów, w związku z czym nie podlegają regulacji art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j.: Dz. U. z 2014 r., poz. 851 ze zm., zwanej dalej: "u.p.d.o.p."). Jednocześnie uznał, że kosztami będącymi elementem usługi monitorowania badań klinicznych są koszty związane z podróżami służbowymi pracowników w ramach projektów, tj. koszty ponoszone przez pracowników związanych z podróżą do ośrodka badawczego, posiłków, zakwaterowania, dodatków samochodowych, diet, poczty itp. Spółka była zatem obowiązana wykazać te koszty w rozliczeniu CIT jako koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów w rozumieniu art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. W konsekwencji organ ustalił, że prawidłowe rozliczenie podatkowe Spółki z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. przedstawia się następująco: przychody w kwocie – 49.354.402,00 zł, koszty uzyskania przychodu w kwocie – 44.154.312,00 zł, dochód w kwocie – 5.200.090,00 zł, podstawa obliczenia podatku w kwocie – 5.200.090,00 zł, stawka podatku – 19%, należny podatek w kwocie – 988.017,00 zł.

1.5. Decyzją z dnia 30 czerwca 2021 r. DIAS utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. W ocenie organu odwoławczego NUS zasadnie uznał, że zastosowany przez Spółkę narzut zysku w wysokości 6,5% w odniesieniu do usług związanych z organizacją badań klinicznych odbiega od poziomu narzutu jaki jest stosowany przez podmioty niezależne. Wartość rynkowa przedmiotu transakcji, tj. wynagrodzenia z tytułu usług organizacji badań klinicznych zasadnie ustalona została w oparciu o "Analizę dotyczącą P. Sp. z o.o." sporządzoną przez Izbę Administracji Skarbowej w Łodzi. Obejmowała ona dane za lata 2013 - 2015, czyli ten sam okres, który został przyjęty przez Spółkę. Z analizy tej wynika, że marża w odniesieniu do usług związanych z organizacją badań klinicznych świadczonych przez Spółkę powinna wynosić 9,35% - wartość stanowiąca medianę 3-letniej średniej za okres 2013-2015 wskaźnika rentowności, wybranych przez podmiot w dokumencie cen transferowych dla transakcji świadczenia usług w zakresie badań klinicznych za okres od 1 stycznia do 31 grudnia 2015 r. Analiza została sporządzona przez wyspecjalizowane centrum kompetencyjne ds. cen transferowych działające przy Izbie Administracji Skarbowej w Łodzi i uwzględnia tę samą metodologię, jak również większość kryteriów dotyczących wyboru podmiotów do grupy porównawczej, jakie zostały przyjęte przez Spółkę w jej analizie porównawczej. Została ponadto sporządzona z zachowaniem należytej staranności. DIAS za zasadne uznał stanowisko NUS co do obliczania wynagrodzenia Spółki z tytułu świadczenia usług organizacji badań klinicznych na podstawie kosztów poniesionych w związku ze świadczeniem usług, które powinny zostać powiększone o stały narzut w wysokości 9,35%. W związku z powyższym baza kosztowa dla usług organizacji badań klinicznych powinna zostać powiększona o koszty zewnętrzne związane z podróżami służbowymi pracowników w ramach projektów, tj. koszty podróży, zakwaterowania, przejazdów, dodatków samochodowych, diet itp. Spółka obowiązana zatem była wykazać te koszty w rozliczeniu CIT jako koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów w rozumieniu art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p.

2.1. W wyroku uchylającym decyzję DIAS Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uznał, że organy podatkowe w rozpoznawanej sprawie przekroczyły granicę swobodnej oceny dowodów. W ocenie Sądu stanowisko przyjęte przez organy podatkowe nie uwzględniało uwarunkowań rynkowych badań klinicznych. Nie zawierało analizy porównawczej w zakresie analogicznych podmiotów z grupy P. działających w Europie, a także nie wyjaśniało w sposób przekonywujący podstaw zakwestionowania korekty marży. Zdaniem Sądu organy podatkowe nie odniosły się w sposób należyty do dowodów przedłożonych przez Skarżącą, jak i zastrzeżeń zgłaszanych pod adresem urzędowej analizy sporządzonej przez Centrum Kompetencyjne w Łodzi na potrzeby cen transferowych. Z tych powodów Sąd uznał, że decyzja DIAS naruszała przepisy postępowania w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, co doprowadziło do błędnego zastosowania przepisów prawa materialnego dotyczących cen transferowych. Sąd wskazał, że na potrzeby ustalania rynkowego wynagrodzenia otrzymywanego przez Skarżącą od podmiotów powiązanych w 2015 r. zastosowano narzut na koszty operacyjne na poziomie 6,5% Wskazany narzut naliczano na kosztach operacyjnych Spółki, z wyłączeniem kosztów zakupu leków na potrzeby prowadzonych badań klinicznych oraz innych kosztów zewnętrznych ustalanych pomiędzy usługobiorcami Spółki a klientami, dla których realizowano poszczególne projekty, w tym w szczególności z wyłączeniem kosztów podróży służbowych. W uzasadnieniu wyroku podkreślono, że pierwotnie Skarżąca w swoim rozliczeniu wykazywała narzut na realizowane usługi w wysokości 8,5% (według wyjaśnień – omyłkowo). Powodem korekty było przyjęcie błędnej kalkulacji przychodu podatkowego w oparciu o bazę kosztową. Uznano, że stosowana w grupie marża od 1 stycznia 2015 r., mająca charakter rynkowy, wynosiła 6,5%. Taką marżę przyjęto także w innych państwach członkowskich Unii Europejskiej, w których znajdują się spółki wchodzące w skład grupy P. Wartość przychodu uległa wobec tego zmniejszeniu ze względu na zmiany komponentów kalkulacji kosztów. W ocenie Sądu organy podatkowe bezkrytycznie zaakceptowały analizę wykonaną przez Centrum Kompetencyjne ds. cen transferowych przy Izbie Skarbowej w Łodzi, pomijając przy tym obowiązek dokonania oceny wszystkich dowodów w sprawie. W rozpoznawanej sprawie organy podatkowe obu instancji oparły swoje rozstrzygnięcia wyłącznie na swojej analizie, odrzucając jednocześnie wnioski płynące z pozostałych dwóch analiz i nie odnosząc się przy tym zupełnie do treści analizy E. Mimo obowiązku oceny zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, nie skonfrontowały danych wynikających ze swojej opinii z analizami przedstawionymi przez Stronę, całkowicie ignorując zastrzeżenia do urzędowej opinii, które dotyczyły tego, że podmioty zakwalifikowane do próby podmiotów porównywalnych do Skarżącej nie spełniały kryterium niezależności lub kryterium porównywalności funkcjonalnej. W odniesieniu do analizy, na której organy oparły swoje stanowisko, DIAS stwierdził tylko lakonicznie, że została ona wykonana z zachowaniem należytej staranności. Nie podjął przy tym nawet próby ustosunkowania się do poszczególnych zastrzeżeń Spółki, co do wybranej próby porównawczej, czy też przekonania Skarżącej, że poszczególne podmioty uznane przez Spółkę za nieporównywalne, prawidłowo zostały uwzględnione w przedmiotowej analizie. Sąd zwrócił również uwagę, że analogiczna marża, co do której wysokości powstał spór w Polsce została przyjęta przez całą grupę P. Organy podatkowe nie sprawdziły jednak tej okoliczności i nie przeprowadziły analizy wewnątrzgrupowych zasad rozliczania podróży służbowych. Materiał dowodowy nie wskazywał natomiast, aby kwestia sporna była przedmiotem wspólnych konsultacji z innymi organami podatkowymi państw członkowskich. Końcowo Sąd ocenił, że organy podatkowe dopuściły się istotnych uchybień w ocenie materiału dowodowego, naruszając tym samym podstawowe zasady prowadzenia postępowania, w tym: zasadę legalizmu (art. 120 Ordynacji podatkowej) – poprzez wyciąganie wniosków niewynikających z obowiązujących przepisów prawa, zasadę prawdy obiektywnej (art. 122 Ordynacji podatkowej) – z uwagi na niepodjęcie wszystkich działań zmierzających do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy; zasadę zupełności postępowania dowodowego (art. 187 Ordynacji podatkowej) – poprzez nierozpatrzenie całości materiału dowodowego i wybiórczą analizę dowodów w postaci analiz porównywalności, a także w szczególności zasadę swobodnej oceny dowodów wynikającą z art. 191 Ordynacji podatkowej. Sąd stwierdził, że organy podatkowe przekroczyły granicę zasady swobodnej oceny dowodów i dokonały tej oceny w sposób dowolny. W tych okolicznościach uznał odniesienie się do zarzutów materialnoprawnych za przedwczesne.

2.2. W skardze kasacyjnej od powyższego wyroku DIAS zarzucił na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2022 r., poz. 329 ze zm., dalej: "p.p.s.a.") naruszenie przepisów postępowania w sposób mający istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:

1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 133 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 122, art. 187 § 1, oraz art. 191 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm., dalej jako: "O.p.") poprzez dokonanie wadliwej kontroli legalności decyzji, skutkującej jej bezzasadnym uchyleniem na skutek błędnego uznania, że organy podatkowe dopuściły się naruszenia określonej w art. 122 O.p. zasady prawdy obiektywnej, sformułowanej w art. 187 O.p. zasady zupełności postępowania dowodowego, a także określonej w art. 191 O.p. zasady swobodnej oceny dowodów, podczas gdy dokonanie przez Sąd kontroli legalności zaskarżonej decyzji przy prawidłowym zastosowaniu określonej w art. 133 § 1 p.p.s.a. dyrektywy orzekania na podstawie akt sprawy, tj. z uwzględnieniem prawidłowej oceny wszystkich okoliczności stanu faktycznego sprawy, powinno doprowadzić Sąd do przekonania, iż zaskarżona decyzja nie narusza obowiązującego prawa a organy podatkowe nie naruszyły powyższych zasad prowadzenia postępowania dowodowego. Naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy, bowiem doprowadziło Sąd do błędnego przeświadczenia o konieczności uchylenia zaskarżonej decyzji.

2) art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. oraz w zw. z art. 153 p.p.s.a. poprzez wadliwe sporządzenie uzasadnienia zaskarżonego wyroku przejawiające się w: a) wewnętrznej sprzeczności uzasadnienia, w którym Sąd w sposób wzajemnie wykluczający się uznał, że "zaskarżona decyzja naruszała przepisy postępowania w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy co doprowadziło do błędnego zastosowania przepisów prawa materialnego dotyczących cen transferowych" (pkt 19 uzasadnienia) a jednocześnie, zaprzeczając powyższej konkluzji o naruszeniu przez organ przepisów prawa materialnego, argumentował, iż "wobec stwierdzenia naruszeń dotyczących oceny materiału dowodowego odniesienie się do zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego tj. art. 11 ust. 1 i ust. 2 i 3 w związku z § 15 ust. 1 i 2 oraz § 18 rozporządzenia oraz art. 12 ust. 3 u.p.d.o.p. Sąd uznał za przedwczesne" (pkt 28 uzasadnienia), co w istocie uniemożliwia odtworzenie motywów jakie kierowały Sądem a także uniemożliwia dokonanie jednoznacznej rekonstrukcji podstawy wydanego rozstrzygnięcia co tym samym uniemożliwia poddanie zaskarżonego wyroku kontroli kasacyjnej;

b) braku wyjaśnienia podstawy prawnej, tj. stwierdzonego przez Sąd naruszenia przez organy podatkowe określonej w art. 120 O.p. zasady legalizmu, "poprzez wyciąganie wniosków niewynikających z obowiązujących przepisów prawa" (pkt 27 uzasadnienia) - co w zestawieniu z brakiem wskazania przez Sąd, o jakie nieuprawnione wnioski organu chodzi oraz z jakich konkretnie przepisów były one - zdaniem Sądu - wadliwie wywodzone, skutkuje brakiem możliwości prawidłowej realizacji przez organ sformułowanych w pkt 29 uzasadnienia wskazań co do dalszego postępowania ("Organ ponownie rozpatrując sprawę zastosuje się do uwag wskazanych w przedmiotowym uzasadnieniu (...)"), a tym samym prowadzi do potencjalnego naruszenia zasady związania tymi wskazaniami, określonej w art. 153 p.p.s.a.;

c) sformułowaniu wskazań dla organu co do dalszego postępowania przy użyciu nieostrych i subiektywnych pozaustawowych kryteriów takich jak "racjonalne i zgodne z wykładnią gospodarczą uzasadnienie" co w istocie uniemożliwia organowi prawidłową realizację tychże wskazań oraz rodzi uzasadnione ryzyko wydania decyzji naruszającej określoną w art. 153 p.p.s.a. zasadę związania organu wytycznymi sformułowanymi przez Sąd w wyroku uchylającym zaskarżoną decyzję. Sporządzone z wykazanymi powyżej wadliwościami uzasadnienie zaskarżonego wyroku, nie zawiera wszystkich wymaganych prawem elementów, jak i wyklucza możliwość ustalenia motywów orzeczenia, poznania słuszności zaprezentowanego przez Sąd poglądu oraz odtworzenia rozumowania Sądu, co w efekcie postrzegać należy za uchybienia mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

W oparciu o powyższe zarzuty organ wniósł o uchylenie zaskarżonego orzeczenia w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia Sądowi, który wydał zaskarżone rozstrzygnięcie.

2.3. Pismem z dnia 16 sierpnia 2022 r. Skarżąca złożyła odpowiedź na skargę kasacyjną, w której wniosła o jej oddalenie i zasądzenie na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego, a także o rozpoznanie sprawy na rozprawie.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

3.1. Skarga kasacyjna jest bezzasadna.

3.2. Za niezasadne należy uznać zarzuty naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. oraz w zw. z art. 153 p.p.s.a. W pierwszej kolejności należy wskazać, że art. 141 § 4 p.p.s.a. określa elementy, które powinny znaleźć się w uzasadnieniu wyroku. Zgodnie z jego dyspozycją uzasadnienie wyroku powinno zawierać zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji, uzasadnienie powinno ponadto zawierać wskazania, co do dalszego postępowania. W orzecznictwie przyjmuje się, że wadliwość uzasadnienia wyroku może stanowić przedmiot skutecznego zarzutu kasacyjnego, jeżeli nie wiadomo, jaki stan faktyczny sąd pierwszej instancji przyjął jako podstawę wyrokowania, a także w sytuacji, gdy uzasadnienie sporządzone jest w taki sposób, że niemożliwa jest kontrola instancyjna zaskarżonego wyroku. W rozpatrywanej sprawie Sąd meriti nie wskazał przyjętego jako podstawę wyrokowania stanu sprawy. Stało się jednak tak z uwagi na prawidłowe kwestionowanie przez WSA w Warszawie stanu faktycznego sprawy podatkowej. Jednocześnie należy wskazać, że w uzasadnianiu zaskarżonego wyroku dostatecznie wyjaśniono motywy dotyczące naruszenia przez organ podatkowy zasad gromadzenia, rozpatrywania i oceny materiału dowodowego, co miało swoje implikacje dla ustaleń faktycznych związanych z ustaleniami w zakresie wysokości marży (narzutu) na świadczone przez Skarżącą usługi. Wprost w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku wskazano, że ocena stanu faktycznego sprawy została dokonana w oparciu o analizę porównywalności z dnia 22 czerwca 2017 r. przygotowaną przez Centrum Kompetencyjne, co było m.in. przedmiotem stwierdzonych przez Sąd pierwszej instancji naruszeń prawa w zakresie gromadzenia i oceny materiału dowodowego. Tym samym brak wypowiedzi Sądu a quo co do przyjętego stanu sprawy nie mógł zostać uznany za uchybienie art. 141 § 4 p.p.s.a. Ponadto naruszenie tego przepisu może być podstawą uwzględnienia skargi kasacyjnej, gdy wada uzasadnienia nie pozwala na kontrolę instancyjną orzeczenia lub gdy uzasadnienie obejmuje rozstrzygnięcie, którego nie ma w sentencji orzeczenia. Funkcja uzasadnienia wyroku wyraża się bowiem w tym, że jego adresatem, oprócz stron, jest także Naczelny Sąd Administracyjny. Tworzy to więc po stronie wojewódzkiego sądu administracyjnego obowiązek wyjaśnienia motywów podjętego rozstrzygnięcia w taki sposób, który umożliwi przeprowadzenie kontroli instancyjnej zaskarżonego orzeczenia w sytuacji, gdy strona postępowania zażąda poprzez wniesienie skargi kasacyjnej jego kontroli (por. uchwała składu siedmiu sędziów NSA z 15 lutego 2010 r., sygn. akt II FPS 8/09; wyrok NSA z 12 października 2010 r., sygn. akt II OSK 1620/10, publ. CBOSA). Nie można także zgodzić się ze stanowiskiem, że uzasadnienie zaskarżonego wyroku jest wewnętrznie sprzeczne. W pkt 19 wyroku znalazło się stwierdzenie, że zaskarżona decyzja naruszała przepisy postępowania w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy co doprowadziło do błędnego zastosowania przepisów prawa materialnego dotyczących cen transferowych. Wypowiedź ta została dokonana w kontekście dotyczącym naruszeń procedury podatkowej z uwagi na specyfikę postępowań podatkowych dotyczących stosowania przepisów o cenach transferowych. Wskazane w kolejnym punkcie uzasadnienia (oznaczonym nr 20) ramy prawne dotyczące cen transferowych wpływały zatem zdaniem Sądu pierwszej instancji na tok procedowania, gdyż miały znaczenie dla zasad gromadzenia i oceny materiału dowodowego. Stąd prawidłowo w uzasadnieniu zaskarżonego powiązano stwierdzenia o naruszeniu przepisów postępowania z błędnym zastosowaniem prawa materialnego. Jednoznacznie zaś Sąd meriti wypowiedział się w kwestii braku możliwości oceny zarzutów prawa materialnego w pkt 28 uzasadnienia wyroku. Mając na uwadze cały wywód zamieszczony w treści uzasadnienia zaskarżonego wyroku nie może budzić wątpliwości, że Sąd pierwszej instancji stwierdził wyłącznie naruszenie przepisów postępowania, lecz jednocześnie wskazał na specyfikę spraw związanych z cenami transferowymi stosowanymi przez podatników na podstawie wskazanych w uzasadnieniu wyroku przepisów prawa materialnego, co uznać należy za prawidłowe. Nie można także stwierdzić, aby Sąd pierwszej instancji nie wyjaśnił podstawy prawnej rozstrzygnięcia. Porównanie poszczególnych części (punktów) wyroku wskazuje, że Sąd meriti wpierw dokonał opisu wadliwości postępowania podatkowego w zakresie przede wszystkim oparcia decyzji na analizie porównywalności z dnia 22 czerwca 2017 r., przygotowaną przez Centrum Kompetencyjnego ds. Cen Transferowych przy Izbie Skarbowej w Łodzi, a także braku rozpatrzenia tak zastrzeżeń Strony do tej analizy, jak również braku odniesienia się do przedłożonej przez nią nowej analizy. Następnie zaś wyjaśnił, że uchybienia te spowodowały naruszenia konkretnych przepisów procedury podatkowej, które zostały wskazane w pkt 27 uzasadniania. Taką formę wyjaśnienia podstawy prawnej rozstrzygnięcia uznać należy za prawidłową. Ponadto nie budzą wątpliwości wskazania co do dalszego postępowania. Podstawowym zaleceniem jest konieczność odniesienia się przez organ podatkowy do uwag i zastrzeżeń Spółki, a także do zaofiarowanej przez nią dodatkowej analizy porównawczej sporządzonej na jej zlecenie przez firmę E. Z kolei w odniesieniu do wyłączenia z bazy kosztowej kosztów obejmujących te związane z podróżami służbowymi pracowników w ramach projektów (koszty zakwaterowania, przejazdów, dodatków samochodowych, diet), w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku wskazano, że organy podatkowe pominęły dowody przedstawione przez Skarżącą, która opisała sposób wyliczenia bazy kosztowej w tym zakresie, jaki jest stosowany u jej bezpośredniego konkurenta na rynku badań klinicznych. Oznacza to brak odniesienia w decyzjach organów podatkowych również do tej problematyki, istotnej z punktu widzenia stosowania przepisów dotyczących cen transferowych. Tym samym w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełnia wymogi wynikające z art. 141 § 4 p.p.s.a., jak również z art. 153 p.p.s.a. Ponadto, wskazując jako podstawę uchylenia decyzji ostatecznej z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a., powiązano ją ze wskazanymi naruszeniami art. art. 120, art. 122 , art. 187 i art. 191 O.p. Stwierdzone zatem przez Sąd pierwszej instancji naruszenie reguł procesowych w toku postepowania podatkowego można było zakwalifikować jako naruszenie także zasady legalizmu w postępowaniu podatkowym z art. 120 O.p. Nie stanowi zaś naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. merytoryczna wadliwość orzeczenia, tę bowiem należy zwalczać za pomocą zarzutów czy to naruszenia prawa materialnego, czy też zarzutów procesowych (i tak zresztą czyni DIAS), wskazujących na błędną ocenę zgodności z prawem decyzji pod względem zastosowania przepisów postępowania.

3.3. Co do zarzutu naruszenia art. 133 § 1 p.p.s.a. należy wskazać, że stosownie do art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej i z urzędu bierze pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Rozpoznanie sprawy w granicach skargi kasacyjnej oznacza, że Naczelny Sąd Administracyjny związany jest wskazanymi w niej podstawami. Z uwagi na treść powyższej regulacji precyzyjne sformułowanie podstaw kasacyjnych oraz ich uzasadnienie przez stronę składającą ten środek odwoławczy jest kwestią niezwykle istotną, przesądzającą o zakresie kontroli instancyjnej, dokonywanej przez Naczelny Sąd Administracyjny, który nie może uzupełniać, rozszerzać czy precyzować zarzutów kasacyjnych. Należy zauważyć, że skarga kasacyjna jest sformalizowanym środkiem zaskarżenia orzeczeń wojewódzkich sądów administracyjnych. Niezależnie od wymogu sporządzenia jej przez fachowego pełnomocnika, musi ona odpowiadać wymogom określonym w przepisach p.p.s.a., a jednym z elementów skargi kasacyjnej jest wskazanie podstaw kasacyjnych i ich uzasadnienie, co wynika z art. 176 § 1 pkt 2 p.p.s.a. To na autorze skargi kasacyjnej ciąży obowiązek nie tylko wskazania przepisów tego prawa naruszonych przez sąd, ale i także wpływu naruszenia na wynik sprawy, czyli treść zaskarżonego orzeczenia. Stawiając zarzuty naruszenia prawa procesowego na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. autor skargi kasacyjnej powinien nie tylko wskazać, jaki przepis postępowania został naruszony, lecz również uzasadnić ten zarzut, a także wskazać jaki wpływ na wynik sprawy miało to naruszenie. Przez "wpływ", o którym mowa na gruncie przywołanego przepisu, rozumieć należy istnienie związku przyczynowego pomiędzy uchybieniem procesowym stanowiącym przedmiot zarzutu skargi kasacyjnej a zaskarżonym orzeczeniem sądu pierwszej instancji, który to związek przyczynowy nie musi być realny, jednak musi uzasadniać istnienie hipotetycznej możliwości odmiennego wyniku sprawy (por. np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 lipca 2021 r., sygn. akt II GSK 1414/18, publ. CBOSA). Zarzuty kasacyjne nie odpowiadające tym warunkom uniemożliwiają Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu ocenę ich zasadności. Sąd kasacyjny nie może domniemywać intencji strony i samodzielnie uzupełniać, czy też konkretyzować zarzutów kasacyjnych (por. np. wyrok NSA z dnia 16 listopada 2011 r., o sygn. akt II FSK 861/10, publ. CBOSA). Pominięcie określonych zagadnień w skardze kasacyjnej, czy odniesienie się do nich w sposób wybiórczy i ogólnikowy skutkuje niemożnością zakwestionowania przez Naczelny Sąd Administracyjny stanowiska wyrażonego przez wojewódzki sąd administracyjny. Z uwagi na brak uzasadnienia tego zarzutu nie wiadomo, w czym organ upatruje jego naruszenia, a tym samym uniemożliwia to jego merytoryczna ocenę.

3.4. Niezasadny jest także zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 122, art. 187 § 1, oraz art. 191 O.p. W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku WSA w Warszawie przytoczył m.in. ramy prawne rozpatrywanej sprawy dotyczące przepisów prawa materialnego rangi ustawowej i podustawowej w zakresie cen transferowych. Trafnie następnie Sąd a quo skonkludował, że podstawowe znaczenie dla sprawy miało to, czy prowadzone w sprawie postępowanie podatkowe, zwłaszcza zaś postępowanie dowodowe, odpowiadało wymogom Ordynacji podatkowej. W tym też kontekście wskazał na konieczność rzetelnego ustalenia stanu faktycznego sprawy i oparcia rozstrzygnięcia organów podatkowych na zgodnych z prawdą ustaleniach faktycznych, a ponadto na rozkład ciężaru dowodu w postępowaniu podatkowym. Trzeba także wskazać, że w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wielokrotnie już podkreślano, że regulacje dotyczące cen transferowych należy stosować z wyjątkową ostrożnością, zważywszy że wprowadzają one wyłom od zasady ustalania dochodu z uwzględnieniem cen stosowanych między kontrahentami. Z tego powodu odtwarzanie znaczenia norm prawnych zawartych w art. 11 u.p.d.o.p. (który obowiązywał w 2015 r.) musi mieć na względzie, że m.in. analiza porównywalności jest niezbędna po to, aby ustalić, czy rzeczywiście w wyniku powiązań podatnika doszło do erozji podstawy opodatkowania, pozwalającej na określenie dochodu danego podatnika z pominięciem warunków ustalonych z podmiotami powiązanymi (por. np. wyroki NSA: z 20 czerwca 2018 r., sygn. akt II FSK 1665/16; z 14 czerwca 2022 r., sygn. akt II FSK 2655/19; publ. CBOSA). Ponadto wskazano, że sam fakt powiązań gospodarczych, o których mowa w art. 11 u.p.d.o.p. nie może rodzić ujemnych skutków podatkowych dla podmiotów powiązanych. Znaczenie podatkowe ma wykorzystywanie tych powiązań i związków do zmiany poziomu opodatkowania wbrew ustawowemu obowiązkowi. Wykorzystywanie w takim celu pozycji podmiotów powiązanych znajduje sankcję podatkową, którą jest szacunek dochodu. Sankcja ta nie może być jednakże stosowana bez udowodnienia faktu wykorzystywania pozycji podmiotu powiązanego do przesuwania dochodów (zysków) w celu zmniejszenia opodatkowania, a ustalenia w tym zakresie powinny mieć cechy oczywistych, logicznych wniosków wynikających z zebranego materiału dowodowego (por. np. wyroki NSA: z 25 czerwca 2008 r., sygn. akt II FSK 555/07; z 9 grudnia 2021 r. sygn. akt II FSK 2360/20; z 29 czerwca 2022 r., sygn. akt II FSK 3050/19; publ. CBOSA). Słusznie wobec tego Sąd meriti w rozpatrywanej sprawie wskazał, że stanowisko DIAS co do urzędowej analizy Centrum Kompetencyjnego sprowadzone zostało do stwierdzenia o jej przygotowaniu z zachowaniem należytej staranności, a organ nie ustosunkował się w ogóle do poszczególnych, szczegółowych zastrzeżeń Spółki, co do wybranej próby porównawczej, czy też jej przekonania, że poszczególne podmioty uznane przez Skarżącą za nieporównywalne, prawidłowo zostały uwzględnione w analizie Izby Administracji Skarbowej w Łodzi. Całkowicie z drugiej strony została zaś zignorowana analiza sporządzona na zlecenie Spółki przez firmę E., która oparta została na analizie dotyczącej podmiotów działających na polskim rynku. Nie dokonano także konfrontacji danych wynikających z opinii Centrum Kompetencyjnego z analizami przedstawionymi przez Stronę. Tymczasem sformułowane przez Spółkę zarzuty dotyczyły braku spełnienia przez wybrane przez Centrum Kompetencyjne do analizy kryterium niezależności, czy kryterium porównywalności funkcjonalnej, w tym przyjęcia do analizy podmiotu prowadzącego działalność w formie organizacji charytatywnej (non profit). Nie odniesiono się do stanowiska Spółki, która wskazywała z powołaniem się na Wytyczne OECD, że jeżeli podmioty znajdujące w próbie cechuje wysoki poziom porównywalności, co do zasady każdy punkt z przedziału międzykwartylowego spełnia zasadę ceny rynkowej. Tym samym jako naruszające zasadę swobodnej oceny dowodów należy również traktować takie ustalenia faktyczne, znajdujące wprawdzie potwierdzenie w materiale dowodowym, ale niekompletnym, czy nie w pełni rozpatrzonym. Takie działania organu podatkowego świadczą o naruszeniu zasad wynikających z art. 122 O.p. (prawdy obiektywnej w postępowaniu podatkowym) oraz art. 191 O.p. (swobodnej oceny dowodów przez organ podatkowy). Wobec tego zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, WSA w Warszawie przeprowadził w sposób prawidłowy kontrolę zaskarżonej decyzji. Uwzględniając stan prawny i faktyczny wskazał powody uchylenia zaskarżonej decyzji. Przedstawione w tym względzie uzasadnienie jest prawidłowe, a sformułowanych przez Sąd pierwszej instancji zastrzeżeń wyrażonych pod kątem zaskarżonej decyzji i poprzedzającego jej wydanie postępowania skarga kasacyjna skutecznie nie obaliła.

3.5. W tym stanie rzeczy, z powodów podanych powyżej Naczelny Sąd Administracyjny uznał zarzuty skargi kasacyjnej za bezzasadne i na podstawie art. 184 p.p.s.a. orzekł o jej oddaleniu. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 209, art. 204 pkt 2 i art. 205 § 2 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a) i § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j.: Dz. U. z 2018 r., poz. 265 ze zm.).