I SA/Gl 581/25 - Wyrok

Data orzeczenia	2026-02-19	
Data wpływu	2025-05-09	
Sąd	Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach	
Sędziowie	Anna Rotter /przewodniczący/
Bożena Pindel
Piotr Pyszny /sprawozdawca/	
Symbol z opisem	6115 Podatki od nieruchomości, w tym podatek rolny, podatek leśny oraz łączne zobowiązanie pieniężne	
Hasła tematyczne	Podatek od nieruchomości	
Skarżony organ	Samorządowe Kolegium Odwoławcze	
Treść wyniku	Uchylono zaskarżoną decyzję	
Powołane przepisy	Dz.U. 2016 nr 0 poz 716;  art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a; Ustawa z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych.	
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Anna Rotter, Sędziowie Sędzia WSA Bożena Pindel, Sędzia WSA Piotr Pyszny (spr.), Protokolant Nikola Bartosik, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 19 lutego 2026 r. sprawy ze skargi P. S.A. w W. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Katowicach z dnia 17 marca 2025 r. nr SKO.FP/41.4/26/2025/477 w przedmiocie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2017 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Katowicach na rzecz strony skarżącej kwotę 37.479 (trzydzieści siedem tysięcy czterysta siedemdziesiąt dziewięć) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.	
Uzasadnienie
Zaskarżoną decyzją z 17 marca 2025 r., nr SKO.FP/41.4/26/2025/477 Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Katowicach (dalej jako SKO, organ) po rozpatrzeniu odwołania P. z siedzibą w W. (dalej jako strona, skarżącą, Spółka) od decyzji Prezydenta Miasta R. (dalej jako Prezydent Miasta, organ I instancji) w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2017 r. w wysokości 3.749.154 zł. z tytułu wyłączenia z opodatkowania wartości urządzeń elektrofiltrów i instalacji odsiarczania spalin, oraz odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2017 r. w wysokości 2.246.115 zł. z tytułu wyłączenia przez Spółkę składników majątkowych stanowiących infrastrukturę kolejową, utrzymało w mocy zaskarżoną decyzję.

Jako podstawę prawną rozstrzygnięcia organ wskazał art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 – dalej jako Ordynacja podatkowa, O.p.) oraz powołane w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji przepisy ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (tekst jedn. Dz. U. z 2016 r., poz. 716 – dalej jako u.p.o.l.)

Stan sprawy przedstawia się następująco:

Do Prezydenta Miasta 13 stycznia 2021 r. wpłynął wniosek Spółki o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2016-2020. Wniosek obejmował:

- zmniejszenie wartości budowli o 223.386,408,60 zł z uwagi na wyłączenie z opodatkowania urządzeń elektrofiltrów oraz instalacji odsiarczania spalin (podatek z tego tytułu to 4.467.728,17 zł),

- zwiększenie wartości budowli o 20.731.526,65 zł, tj. o wartość obiektów liniowych - rurociągów, które w latach wcześniejszych omyłkowo nie zostały zgłoszone do opodatkowania (podatek z tego tytułu wynosi 414.630,53 zł),

- zwiększenie wartości budowli o 17.893.560,17 zł obejmującej obiekty, które w latach wcześniejszych były błędnie zgłaszane jako budynki - dwa zbiorniki wapnia i most skośny nawęglania I i II etap (podatek z tego tytułu wynosi 357.871,20 zł),

- zmniejszenie powierzchni budynków o 2.379,85 m

 z tytułu błędnego zakwalifikowania ww. obiektów, które stanowią budowle (podatek z tego tytułu wynosi 53.927,40 zł),

- zmniejszenie podatku o kwotę 2.246.115,07 zł z tytułu wyłączenia z opodatkowania składników stanowiących infrastrukturę kolejową (grunty, budynki i budowle) w oparciu o zmianę od 1 stycznia 2017 r. treści przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a) ustawy o podatkach i opłatach lokalnych. Biorąc pod uwagę zmiany wartości podstaw opodatkowania wykazane we wniosku, Spółka wskazała na łączną nadpłatę z tego tytułu w kwocie 5.995.268,91 zł.

Organ podatkowy stwierdził nadpłatę w zakresie wyłączenia z podstawy opodatkowania budowli wartości instalacji odsiarczania spalin i elektrofiltrów w wysokości wnioskowanej przez Spółkę 3.749.154 zł. Od powyższej części decyzji pełnomocnik strony nie złożył odwołania.

W odpowiedzi na wezwanie organu, Spółka za pismem z 22 kwietnia 2024 r. dla każdego z 16 środków trwałych, tj. budowli wyłącznych z opodatkowania, przyporządkowano do którego elementu infrastruktury kolejowej przynależą — czy dany ŚT jest elementem bocznicy kolejowej czy toru dojazdowego. Spółka potwierdziła, że w latach 2017-2019 oraz w dniu 1 stycznia 2020 r. była właścicielem wyszczególnionych budowli. Przedłożyła wyciąg z ewidencji środków trwałych obejmujący przedmiotowe budowle, a nadto wskazała numery działek, na których budowle są zlokalizowane. Przedstawiła również Plany schematyczne do Regulaminu Pracy Bocznicy Kolejowej P. Wyjaśniła również, że motowozownia służy do postoju lokomotyw oraz przeprowadzania napraw i konserwacji lokomotywy, a wewnątrz nie znajdują się żadne urządzenia. Złożyła również Deklarację na współużytkowanie bocznicy z przewoźnikiem kolejowym P1. S.A. oraz zaktualizowany w 2019 r. statut sieci kolejowej. Na temat linii kolejowej nr [...] L. - [...] Spółka wyjaśniła, że tor dojazdowy [...] stanowił własność i był zarządzany przez Spółkę do 2020 r. Dołączono regulamin pracy bocznicy kolejowej z 2018 roku potwierdzający, że tor linii kolejowej nr [...] był zarządzany przez Spółkę. Spółka nie posiadała świadectwa bezpieczeństwa w 2017 roku oraz w okresie do 19 listopada 2018 r. w zakresie linii nr [...]. Spółka posiada świadectwo bezpieczeństwa z 19 listopada 2013 r. dotyczące bocznicy kolejowej. 

Dalej na kolejne wezwanie Prezydenta Miasta, Spółka przesłała dokument "Świadectwo nr [...] dopuszczenia do eksploatacji typu budowli przeznaczonej do prowadzenia ruchu kolejowego" wydane 10 października 2006 r. dla toru kolejowego z szyn typu S49. Świadectwo to wydane było w oparciu o Rozporządzenie Ministra Infrastruktury z 30 kwietnia 2004 r. w sprawie świadectw dopuszczenia do eksploatacji typu budowli i urządzeń przeznaczonych do prowadzenia ruchu kolejowego oraz typu pojazdu kolejowego (Dz.U. z 2004 r., poz. 103, nr 1090). Spółka poinformowała, że świadectwo to zgodne jest z budową toru dojazdowego L. - [...], ważne jest bezterminowo w związku z czym nie wymaga aktualizacji. Spółka przedłożyła również umowę bocznicową wraz z aneksami, zawartą z P1. S.A. Poinformowała, że na podstawie umowy bocznicowej oraz deklaracji na współużytkowanie bocznicy były świadczone na jej rzecz usługi podstawiania wagonów na bocznicę kolejową jak również zabierania tych wagonów. Ponadto Spółka przypomniała, że na wcześniejszym etapie postępowania przedłożyła dokumenty, które potwierdzały fakt udostępniania bocznicy kolejowej także innym licencjonowanym przewoźnikom kolejowym. Wraz z pismem z 28 czerwca 2024 r. przedłożyła umowę bocznicową z 30 marca 2001 r. zawartą pomiędzy P2. S.A. — Z., a E. S.A. Z opisu bocznicy w tym dokumencie wynikało, że "łączy się ona ze stacją L. rozjazdem nr [...] z torem stacyjnym nr [...] oraz rozjazdem nr [...] z torem szlakowym nr [...] szlaku L.-[...]. Następnie torem dojazdowym nr [...] i [...] i rozjazdami [...], [...], [...], [...] i torami nr [...] i [...] magistrali będącej w Zarządzie K. S.A. [...] skąd następuje wjazd na punkt zdawczo-odbiorczy bocznicy." Umowa dotyczyła obsługi bocznicy poprzez podstawianie i odbiór wagonów przy użyciu taboru PKP (§ 5 umowy). Za wykonane usługi Spółka była zobowiązana do ponoszenia opłat (§ 8 ust. 1 umowy).

Ponadto, Spółka dołączyła załącznik nr 1 do umowy udostępnienia linii kolejowych z 18 maja 2005 r., z którego wynika, że Zarządca K1. sp. z o.o. udostępnia Przewoźnikowi P1. S.A. szlak [...] ze stacji PKP L. oraz odcinek linii kolejowej [...], odległość do obliczeń 5 km.

Oceniając wniosek przez pryzmat regulacji prawnej SKO wskazało, że zgodnie z art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych zwalnia się od podatku grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która:

a) jest udostępniana przewoźnikom kolejowym lub

b) jest wykorzystywana do przewozu osób, lub

c) tworzy linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1435 mm.

Jak wskazuje się w orzecznictwie, przepis ten w zmienionym brzmieniu odsyła do ustawy o transporcie kolejowym, ale w ściśle wskazanym w tym przepisie zakresie, tj. do przyjęcia znaczenia określenia "grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej" takiego jakie zostało nadane w tej ustawie. W pozostałym zakresie przesłanki należy interpretować literalnie uwzględniając znaczenie językowe.

Nadanie nowego brzmienia przepisom określającym to zwolnienie miało na celu dostosowanie jego treści do pojęć stosowanych w ustawie o transporcie kolejowym, a także docelowo rozszerzyło zakres zwolnienia. Po zmianie, zwolnieniu dodatkowo podlegały budynki oraz grunty stanowiące całe działki ewidencyjne, na których zlokalizowana była infrastruktura kolejowa. W skład infrastruktury kolejowej wchodzą wymienione w załączniku elementy, pod warunkiem, że tworzą część linii kolejowej, bocznicy kolejowej lub innej drogi kolejowej, lub są przeznaczone do zarządzania nimi, obsługi przewozu osób lub rzeczy lub ich utrzymania.

Przesłanki zwolnienia podatkowego określonego w art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach 1 opłatach lokalnych wprost nawiązują do rozwiązań prawnych przyjętych w ustawie o transporcie kolejowym. Ustawa określa m.in. co stanowi infrastrukturę kolejową, zasady korzystania z infrastruktury kolejowej, zarządzania infrastrukturą kolejową i jej utrzymania, zasady prowadzenia ruchu kolejowego i wykonywania przewozów kolejowych oraz warunki techniczne eksploatacji pojazdów kolejowych.

Organ wskazał, że stosownie do art. 4 ust. 1 ww. ustawy przez infrastrukturą kolejową należy rozumieć elementy określone w załączniku nr 1 do tej ustawy. Elementy te wchodzą w skład infrastruktury kolejowej, pod warunkiem że tworzą część linii kolejowej, bocznicy kolejowej lub innej drogi kolejowej, lub są przeznaczone do zarządzania nimi, obsługi przewozu osób lub rzeczy, lub ich utrzymania. Niewątpliwie więc bocznica kolejowa stanowi infrastrukturę kolejową w rozumieniu ustawy o transporcie kolejowym.

Zdaniem SKO, na 1 stycznia 2017 r. ustawa o transporcie kolejowym wprowadziła pojęcie infrastruktury prywatnej, a więc infrastruktury kolejowej wykorzystywanej wyłącznie do realizacji własnych potrzeb jej właściciela lub jej zarządcy, innych niż przewóz osób. Za infrastrukturę prywatną będzie można uznać również taką infrastrukturę, z której korzystają różni przewoźnicy kolejowi, pod warunkiem że wykonują przewóz na rzecz zarządcy infrastruktury lub właściciela. Przykładem infrastruktury prywatnej są m.in. bocznice przedsiębiorstw działających w przemyśle węglowym, energetycznym czy chemicznym.

Art. 3 ust. 3 ww. ustawy określa, których przepisów nie stosuje się w odniesieniu do infrastruktury prywatnej oraz do przedsiębiorców wykonujących na niej przewozy. Wśród tych przepisów jest m.in. rozdział 6 ustawy (art. 29 - 36) dotyczący udostępniania infrastruktury kolejowej i opłat za korzystanie z infrastruktury kolejowej.

W tym stanie prawnym o statusie linii kolejowej czy bocznicy koleinowej przesądza zarządca infrastruktury kolejowej w ramach wykonywania swoich ustawowych obowiązków. O tym czy droga kolejowa jest linią kolejową decyduje zarządca infrastruktury, który nadaje jej ten status i znosi go. Analiza struktury regulujących tę kwestię przepisów wskazuje, że w sytuacji gdy zarządca nie określił elementu zarządzanej przez siebie sieci kolejowej jako nieczynnej lub prywatnej, to wówczas zarządca zobowiązany jest do udostępniania tej infrastruktury kolejowej, zgodnie z przepisami rozdziału 6 ustawy o transporcie kolejowym. Oznacza to, że konsekwencją braku oznaczenia linii kolejowej jako prywatnej lub nieczynnej jest obowiązek udostępnienia tej infrastruktury na podstawie wniosku o przydzielenie zdolności przepustowej na zasadzie minimalnego dostępu. Jak już wcześniej wspomniano, w odniesieniu do infrastruktury prywatnej nie stosuje się wybranych przepisów. Wśród nich jest również rozdział 6 ustawy (art. 29 — 36) dotyczący udostępniania infrastruktury kolejowej i opłat za korzystanie z infrastruktury kolejowej.

SKO wywiodło dalej, że niezależnie od rodzaju infrastruktury, do obowiązków zarządcy należy sporządzenie statutu sieci kolejowej, w którym wskazuje linie kolejowe, bocznice kolejowe oraz inne drogi kolejowe przez niego zarządzane, a także to, które z nich stanowią infrastrukturę udostępnianą, nieczynną lub prywatną. Spółka przedłożyła statuty: z 6 grudnia 2017 r. oraz z 16 października 2019 r. W obydwu tych dokumentach infrastruktura Spółki została określona jako infrastruktura prywatna (linia kolejowa nr [...] L.-[...] oraz bocznica kolejowa [...]). Różnica dotyczy jedynie numeru dokumentu z zakresu bezpieczeństwa dotyczącego bocznicy. Na zarządcach infrastruktury kolejowej niezależnie od ich rodzaju ciążą obowiązki z zakresu bezpieczeństwa transportu kolejowego. Zgodnie z art. 17d ust. 3 ustawy o transporcie kolejowym, warunkiem eksploatacji drogi kolejowej stanowiącej infrastrukturę prywatną oraz posiadającej status bocznicy kolejowej jest posiadanie przez jej zarządcę świadectwa bezpieczeństwa. Takie świadectwa bezpieczeństwa Spółka przedłożyła.

W zakresie wskazań WSA zawartych w wyroku z 11 kwietnia 2023 r., sygn. akt I SA/Gl 1540/22, co do ustalenia rodzaju własności składników majątkowych i tego czy stanowią one infrastrukturę kolejową w myśl przepisów ustawy o transporcie kolejowym organ podatkowy dokonał ustaleń na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego obejmującego wyjaśnienia Spółki oraz liczne dokumenty. Stwierdzono, że wskazane przez Spółkę obiekty budowlane stanowiły jej własność, co potwierdzał przedłożony wyciąg z ewidencji środków trwałych. Budowle, które Spółka wyłączyła z opodatkowania stanowiły elementy infrastruktury kolejowej.

W statucie sieci kolejowej Spółka wskazała, że posiada infrastrukturę - bocznicę kolejową oraz linię kolejową nr [...] stanowiącą dojazd do bocznicy. Każdy środek trwały został przez nią przyporządkowany pod kątem tego czy stanowi on element bocznicy czy toru dojazdowego. Potwierdzał to regulamin pracy bocznicy, w którym znajdował się szczegółowy opis techniczny obiektów. Jeżeli chodzi o budynki, to trzy budynki, w których znajdowały się urządzenia nastawni, stanowiły elementy infrastruktury kolejowej, wymienione w pkt 5 załącznika nr 1 do ustawy o transporcie kolejowym. Oprócz trzech budynków nastawni zwrotnicowej Spółka wyłączyła również budynek motowozowni. Zgodnie z wyjaśnieniami, budynek ten służył do postoju lokomotyw oraz przeprowadzania napraw i konserwacji lokomotyw, a wewnątrz nie znajdowały się żadne urządzenia. Biorąc pod uwagę sposób użytkowania tego budynku, nie można go było uznać za żaden z elementów infrastruktury kolejowej wymienionych w załączniku nr 1.

Odnośnie interpretacji przepisów związanych ze zwolnieniem podatkowym (art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych) organ wskazał, że nowelizację ustawy o transporcie kolejowym (Dz.U. 2016 r. poz. 1923) przeprowadzono w celu dostosowania polskich przepisów do norm unijnych. Szczegółowy opis tych zmian zawierał uzasadnienie do tej ustawy, m.in. ujednolicono definicję infrastruktury z dyrektywą unijną i wprowadzono odesłanie do nowego załącznika nr 1 do ustawy, który wzorem dyrektywy określa składniki infrastruktury kolejowej, wprowadzono pojęcia "infrastruktura prywatna" oraz "infrastruktura nieczynna", a także dodano wyłączenie ze stosowania niektórych przepisów ustawy w odniesieniu do infrastruktury prywatnej (infrastruktury wykorzystywanej wyłącznie do własnych potrzeb). Z uzasadnienia do tej zmiany wynika również, że zmiana art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych została dostosowana do zmiany znaczenia pojęć stosowanych w ustawie o transporcie kolejowym.

Zdaniem SKO, zwolnienie o którym mowa w przepisie art. 7 ust 1 pkt 1 lit a) nie może mieć zastosowania do infrastruktury kolejowej posiadanej przez Spółkę, która jest infrastrukturą prywatną. Nie zachodzi przesłanka udostępnienia infrastruktury kolejowej przewoźnikom kolejowym. Po pierwsze, jak stanowią przepisy prawa i wskazuje się w orzecznictwie, przepisy dotyczące udostępnienia infrastruktury kolejowej, nie mają zastosowania do infrastruktury prywatnej.

Z analizy konstrukcji przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych w brzmieniu mającym zastosowanie w sprawie wynika, że w procesie wykładni pojęcia "jest udostępniana", odmiennie niż to miało miejsce do 31 grudnia 2016 r., nie jest wymagane sięgnięcie do przepisów ustawy o transporcie kolejowym. Przepis ten w brzmieniu zmienionym z dniem 1 stycznia 2017 r. odsyła do ustawy o transporcie kolejowym, ale w ściśle wskazanym w tym przepisie zakresie, tj. do przyjęcia znaczenia określenia "grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej" takiego jakie zostało nadane w tej ustawie. W takiej sytuacji przesłankę dotyczącą udostępniania należy interpretować literalnie, biorąc pod uwagę to że chodzi o faktyczny sposób wykorzystywania infrastruktury kolejowej, uwzględniając przyjęte w języku polskim znaczenie słowa "udostępnia". Udostępnienie to "umożliwienie korzystania z czegoś".

W niniejszej sprawie Spółka ma interes faktyczny w tym, że z posiadanej przez nią infrastruktury korzystają, na jej zlecenie, przewoźnicy kolejowi transportujący do niej produkty niezbędne do bieżącej produkcji. Regulamin pracy bocznicy kolejowej określa jej przeznaczenie do:

- przejmowania przesyłek całopociągowych ładownych niezbędnych do bieżącej produkcji: węgiel kamienny, kamień wapienny, biomasa, mączka wapienna (sorbent), wapno hydratyzowane, mazut, kwas siarkowy, ług sodowy, inne materiały niezbędne do utrzymania bocznicy kolejowej oraz urządzeń elektrowni,

- przyjmowania próżnego taboru pod załadunek: popiołu, żużla, gipsu budowlanego, złomu, itp., - wyprawianie pociągów zestawionych z wagonów próżnych po dokonaniu rozładunku przesyłek wagonowych,

- wyprawiania pociągów po dokonaniu załadunku głównie odpadami powstałymi przy produkcji energii elektrycznej, obsługi punktów za i wyładunkowych na terenie bocznicy.

Regulamin pracy bocznicy szczegółowo określa zakres zadań i sposób pracy w poszczególnych częściach zakładu i obsługę urządzeń, a jego zapisy obowiązują m.in. przewoźników kolejowych dokonujących obsługi bocznicy kolejowej oraz pracowników innych podmiotów gospodarczych utrzymujących bocznicę kolejową.

W ocenie organu, sytuacja ta świadczy o tym, że korzystanie z infrastruktury kolejowej odbywa się na zasadach ściśle określonych przez właściciela i na jego wyłączne potrzeby. Również podmiot zatrudniony przez właściciela do obsługi tej infrastruktury jest ściśle ograniczony poprzez zawartą umowę handlową co zostało wykazane w zgromadzonym materiale dowodowym. "Udostępnianie" jest to możliwość skorzystania z infrastruktury przez inny podmiot niż władający tym obiektem, ale na własny rachunek tego podmiotu (bez ograniczenia restrykcjami umowy biznesowej).

Sporna infrastruktura nie znajduje się na ogólnodostępnej trasie kolejowej, a Spółka sama określiła w statucie jej charakter jako prywatny, potwierdziła tym samym jej przeznaczenie wyłącznie na swoje własne potrzeby gospodarcze. Budowa i umiejscowienie bocznicy kolejowej sprawia, że korzystanie z niej przez przewoźników kolejowych ma znaczenie wyłącznie dla interesu Spółki i może polegać jedynie na wykonywaniu usług na jej rzecz, (zlecony przez Spółkę załadunek czy rozładunek towarów na potrzeby produkcji).

Z uwagi na prywatny charakter bocznicy kolejowej przy elektrowni, przewoźnicy korzystający z linii kolejowej nie mieliby interesu ekonomicznego do wystąpienia o udostępnienie im torów bocznicy bez zawartej umowy na wykonywanie usług na rzecz Spółki. Sama Spółka we wszystkich dokumentach i wyjaśnieniach potwierdziła, że infrastruktura kolejowa nie jest przeznaczona do użytkowania przez podmioty niezwiązane z jej działalnością.

Zgodnie z art. 79 § 2 ustawy Ordynacja podatkowa prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości wpłynął do organu I instancji w 13 stycznia 2021 r., a więc przed upływem terminu przedawnienia. Jak stanowi art. 79 § 3 ustawy Ordynacja podatkowa decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu. Zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1. Ordynacji podatkowej, za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. W myśl z kolei art. 75 § 4a Ordynacji podatkowej w decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość, zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty.

Dlatego też, z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za 2017 rok, rozstrzygnięcie w niniejszej decyzji ograniczało się jedynie do odmowy stwierdzenia nadpłaty we wnioskowanej kwocie, nie orzeka natomiast o wysokości zobowiązania podatkowego w odniesieniu do korekty dokonanej przez podatnika.

W skardze na tą decyzję złożonej do tutejszego Sądu skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego poprzez błędną wykładnię przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. i uznanie przez Kolegium, że Strona Skarżąca nie jest uprawniona do skorzystania ze zwolnienia z opodatkowania dla infrastruktury kolejowej, z uwagi na fakt, iż należąca do Spółki infrastruktura posiada charakter prywatny, jest wykorzystywana do realizacji celów gospodarczych Spółki i na jej zlecenie, a w związku z tym jako taka w ogóle nie może podlegać udostępnieniu, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., podczas gdy przewoźnicy kolejowi w 2017 r. - co jest bezsporne pomiędzy Spółka a organami podatkowymi - faktycznie regularnie realizowali przejazdy w oparciu o infrastrukturę Spółki i co znajduje pełne potwierdzenie w dowodach zgromadzonych w aktach sprawy.

W oparciu o ten zarzut skarżąca domagała się uchylenia decyzji organów obu instancji i zasądzenia na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył co następuje:

Skarga jest zasadna.

Zgodnie z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 143 - dalej jako p.p.s.a.), sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy.

W niniejszej sprawie pierwsza chronologicznie wydana wobec Spółki decyzja SKO z 29 września 2022 r., utrzymująca w mocy decyzję Prezydenta Miasta została uchylona wyrokiem tutejszego Sądu z 11 kwietnia 2023 r., sygn. akt I SA/Gl 1540/22. Spór wówczas koncentrował się zarówno na opodatkowaniu zarówno składników stanowiących infrastrukturę kolejową jak i elektrofiltrów i instalacji odsiarczania spalin. Na obecnym etapie przedmiot sporu koncentruje się na infrastrukturze kolejowej, ponieważ pozostałym zakresie Prezydent Miasta uznał za zasadne żądanie Spółki, co było konsekwencją wydanego w sprawie wyroku tutejszego Sądu. Powołanym wyrokiem Sąd, w zakresie dotyczącym zwolnienia z opodatkowania infrastruktury kolejowej, stwierdził, że przy ponownym rozpatrzeniu sprawy organ dokona wyczerpującej analizy w zakresie tego, które obiekty budowlane wskazane przez skarżącą spełniają wymogi uznania ich za infrastrukturę kolejową, po weryfikacji, czy w rozpatrywanym okresie należały do skarżącej i były udostępniane przewoźnikom kolejowym. Organ i instancji w wyniku przeprowadzonego postępowania dowodowego ustalił, że Spółka posiada infrastrukturę kolejową, która powstała z racji wielkości zakładu produkcyjnego i zasięgu jego działania. W celu utrzymania ciągłości dostaw Spółka zatrudniła wyspecjalizowane w tym zakresie podmioty. W konsekwencji należy przyjąć, że spór między stronami nie dotyczy już kwalifikacji składników do infrastruktury kolejowej, lecz koncentruje się wyłącznie na wykładni prawa materialnego i przesłanek zwolnienia z opodatkowania.

Przechodząc do spornej kwestii należy stwierdzić, że sprowadza się ona do odpowiedzi na pytanie, czy prywatna infrastruktura kolejowa, jaką dysponuje skarżąca, w stanie faktycznym niniejszej sprawy może korzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu nadanym przez art. 2 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2016 r., poz. 1923). Zgodnie z tym przepisem zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.

Organy obu instancji stanęły na stanowisku, że prywatna infrastruktura kolejowa nie może podlegać udostępnieniu. Nawet, jeśli wykorzystuje ją przewoźnik kolejowy, to i tak wykonuje wówczas czynności na rzecz właściciela infrastruktury prywatnej. Organy przyjęły rozumienia udostępnienia jako możliwości skorzystania z infrastruktury przez inny podmiot niż władający tym obiektem, ale na własny rachunek tego podmiotu, bez ograniczenia restrykcjami umowy biznesowej.

Z takim stanowiskiem Sąd się nie zgadza.

W najnowszym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (np. wyrok z 6 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 747/22), które tutejszy Sąd w pełni podziela, przyjmuje się, że art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. odsyła do ustawy o transporcie kolejowym wyłącznie w zakresie zwrotu "infrastruktura kolejowa", nie zaś sposobu rozumienia pozostałych przesłanek zwolnienia. Dla prawidłowego zdekodowania pojęcia "jest udostępnienia przewoźnikom kolejowym" nie ma zatem podstaw do sięgania do przepisów o transporcie kolejowym. W kontekście przesłanki określonej w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w orzecznictwie i w piśmiennictwie jednolicie wskazuje się, że użyty zwrot "jest udostępniana przewoźnikom kolejowym" oznacza faktyczne umożliwienie korzystania z infrastruktury przez przewoźnika kolejowego (por. L. Etel, R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, Podatki i opłaty lokalne. Komentarz, LEX 2020, art. 7), co stanowi istotną zmianę względem stanu prawnego sprzed 1 stycznia 2017 r., w którym obowiązek udostępnienia mógł mieć charakter wyłącznie potencjalny. W takiej sytuacji przesłankę tę należy interpretować literalnie, w oparciu o gramatyczne brzmienie przepisu, uwzględniając przyjęte w języku polskim znaczenie słowa "udostępnia". Udostępnienie zaś to możliwość skorzystania z danego obiektu przez inne podmioty niż władający obiektem (por. wyrok NSA z 25 maja 2022 r., III FSK 610/21).

Z tego względu celem wypełnienia przesłanki, o której mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w badanym roku podatkowym musi wystąpić faktyczne udostępnienie infrastruktury przewoźnikowi kolejowemu.

Po nowelizacji art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. obowiązującej od początku 2017 r., uregulowane tym przepisem zwolnienie dotyczy również tzw. prywatnej infrastruktury kolejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1c u.t.k. (zob. np. wyroki: WSA w Opolu z 19 lutego 2020 r., I SA/Op 533/19, WSA w Poznaniu z 4 października 2018 r., I SA/Po 490/18, WSA w Białymstoku z 6 czerwca 2018 r., I SA/Bk 222/18). Stosownie do art. 4 pkt 1c u.t.k. infrastruktura prywatna jest to infrastruktura kolejowa wykorzystywana wyłącznie do realizacji własnych potrzeb jej właściciela lub jej zarządcy innych niż przewóz osób. Przepis art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. nie wyłącza jednak możliwości zwolnienia infrastruktury kolejowej, będącej infrastrukturą prywatną, jeśli tylko wchodzi w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów ustawy o transporcie kolejowym. Zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. jest zwolnieniem przedmiotowym, w związku z czym własność infrastruktury kolejowej nie stanowi kryterium zwolnienia.

Podkreślić również należy, że w powołanej wyżej ustawie nowelizującej nadano nowe brzmienie m.in. definicjom infrastruktury kolejowej, drogi kolejowej, linii kolejowej oraz bocznicy kolejowej (art. 1 pkt 4 ustawy nowelizującej) oraz art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l (art. 2 ustawy nowelizującej). Istota tych zmian sprowadzała się do zaliczenia bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej oraz uznania użytkownika bocznicy kolejowej za zarządcę tej infrastruktury (por. uzasadnienie projektu ustawy Sejm RP VIII kadencji, druk nr 840). Zmiany te, stosownie do art. 21 pkt 3 ustawy nowelizującej, miały zastosowanie od dnia 1 stycznia 2017 r.

Zauważyć ponadto należy, że w art. 20 tej ustawy jednoznacznie wskazano, że do dnia 31 grudnia 2016 r. użytą w u.p.o.l. definicję infrastruktury kolejowej należy rozumieć zgodnie z art. 4 pkt 1 ustawy, o której mowa w art. 1, w brzmieniu dotychczasowym. Brzmienie tego przepisu przejściowego jednoznacznie potwierdza charakter normatywny wprowadzanych zmian w zakresie zaliczenia bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej z dniem 1 stycznia 2017 r. oraz skutków podatkowych z tym związanych po tym dniu. Zatem, jak wyjaśniono, w okresie wcześniejszym zaprezentowane rozumienie tych przepisów nie pozwalało na zaliczenie bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej objętej zwolnieniem podatkowym na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2017 r. (tak NSA wyroku z 27 kwietnia 2022 r., sygn. akt III FSK 506/21).

Jak już jednak wyżej wskazano, sytuacja uległa zmianie z dniem 1 stycznia 2017 r. Z tego względu rację ma skarżąca podnosząc zarzut naruszenia art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. Podkreślić należy, że udostępnienie to możliwość korzystania z danego obiektu przez inne podmioty niż władający obiektem. A skoro tak, to nie można zgodzić się z organem, że tylko wtedy dojdzie do udostępnienia infrastruktury kolejowej, gdy podmiot, któremu ta infrastruktura zostanie udostępniona skorzysta z niej dla zaspokojenia potrzeb innych podmiotów niż podmiot udostępniający infrastrukturę. Taki wniosek nie wynika z treści omówionych przepisów. W ocenie Sądu nawet jeśli przewoźnik kolejowy wykorzystując infrastrukturę świadczy usługi na rzecz udostępniającego, to i tak spełniona jest przesłanka udostępnienia wynikająca z powołanego przepisu. Bez wykorzystania tej infrastruktury ów przewoźnik nie byłby w stanie wykonać umowy na rzecz skarżącej.

Sąd dostrzega również, że postanowieniem z 2 września 2025 r., sygn. akt III FSK 1020/23 Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 187 § 1 p.p.s.a., przedstawił składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego do rozstrzygnięcia zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, tj.: czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. (tj. Dz. U. z 2017 r., poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017–2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową.

Naczelny Sąd Administracyjny 8 grudnia 2025 r., w sprawie o sygn. akt III FSK 3/25 podjął uchwałę, zgodnie z którą sformułowanie zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz.U. z 2017 r. poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia jedynie tych części gruntu, które zostały zajęte pod budynki i budowle tworzące infrastrukturę kolejową (usytuowane na obszarze kolejowym.

To w związku z koniecznością oczekiwania na rozstrzygnięcie tego zagadnienia skarżąca złożyła wniosek o zawieszenie postępowania w niniejszej sprawie, który to wniosek Sąd uwzględnił. Wobec rozstrzygnięcia tej kwestii, zasadnym było podjęcie zawieszonego postępowania i rozpoznanie wniesionej skargi.

Mając na uwadze powyższe, Sąd uchylił zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a., ponieważ organ dopuścił się błędnej wykładni przepisów prawa materialnego, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. poprzez przyjęcie, że prywatna infrastruktura kolejowa nie może podlegać udostępnieniu.

Ponownie rozpoznając sprawę organ weźmie pod uwagę zaprezentowaną wykładnię przepisów prawa materialnego oraz wskazaną już wyżej uchwałę NSA.

Rozstrzygnięcie o kosztach postępowania znajduje oparcie w art. 200, art. 205 i art. 206 p.p.s.a. Na zasądzoną w punkcie drugim wyroku kwotę składa się uiszczony wpis od skargi oraz wynagrodzenie pełnomocnika obliczone na podstawie § 2 ust. 1 pkt 1 lit. g rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1687).