Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Ryszard Pęk, Sędzia NSA Artur Mudrecki (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Elżbieta Olechniewicz, po rozpoznaniu w dniu 21 stycznia 2026 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 24 kwietnia 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 445/25 w sprawie ze skargi S. sp. z o.o. z siedzibą w R. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 23 grudnia 2024 r., nr 1401-IOA.4033.173.2024.BJ w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2) zasądza od S. sp. z o.o. z siedzibą w R. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 460 (słownie: czterystu sześćdziesięciu) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

1. Wyrok Sądu I instancji

Wyrokiem z 24 kwietnia 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 445/25 Wojewódzki

Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu skargi S. sp. z o.o. z siedzibą w R. (dalej Strona lub Skarżący) na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: Dyrektor IAS) z 23 grudnia 2024 r. nr 1401-IOA.4033.173.2024.BJ uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Warszawa-Bielany (dalej: Naczelnik US) z dnia 30 września 2024 r. nr 1432-SKP.5000.3.2024.1.

2. Relacja ze stanu sprawy

2.1. W dniu 24 października 2023 r. do Naczelnika US wpłynęła złożona przez Stronę deklaracja dla podatku od towarów i usług VAT-7 za wrzesień 2023 r. z wykazaną do zwrotu nadwyżką podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym w wysokości 365.541,00 zł na rachunek bankowy w terminie 60 dni. Termin zwrotu podatku pierwotnie przypadał na 27 grudnia 2023 r.

Naczelnik US postanowieniem z 4 grudnia 2023 r. przedłużył termin dokonania zwrotu podatku VAT za wrzesień 2023 r. do 28 czerwca 2024 r. Strona wniosła zażalenie na to postanowienie. Dyrektor IAS postanowieniem z 16 lutego 2024 r. utrzymał w mocy ww. postanowienie Naczelnika US. Po rozpoznaniu wniesionej przez Stronę skargi, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 21 listopada 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 890/24 uchylił zaskarżone postanowienie. Od powyższego wyroku Dyrektor IAS wniósł skargę kasacyjną. Wyrokiem z dnia 10 września 2025 r., sygn. akt I FSK 437/25 Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zaskarżony wyrok i oddalił skargę.

W dniu 12 stycznia 2024 r. Naczelnik US wszczął wobec Strony kontrolę podatkową w zakresie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od lipca 2020 r. do września 2023 r. Następnie Naczelnik US postanowieniem z 12 czerwca 2024 r. przedłużył termin dokonania zwrotu podatku VAT za wrzesień 2023 r. do dnia 31 grudnia 2024 r. Strona złożyła zażalenie na to postanowienie. Dyrektor IAS utrzymał w mocy to postanowienie.

Postanowieniem z 26 września 2024 r. organ włączył do akt sprawy decyzję

nr 1432-SPV-2.4103.25.2023.ID. Zgodnie z ustaleniami ww. decyzji nie zostały spełnione warunki do obniżenia podatku należnego wykazanego w kwocie

z przeniesienia z poprzedniego okresu, tj. czerwca 2020 r.

W dniu 30 września 2024 r. przesłano Stronie protokół kontroli podatkowej

w zakresie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od lipca 2020 r. do września 2023 r.

Naczelnik US postanowieniem z 30 września 2024 r. przedłużył termin dokonania zwrotu podatku VAT za wrzesień 2023 r. do dnia 31 marca 2025 r.

W zażaleniu na powyższe postanowienie Strona wniosła o jego uchylenie w całości i niezwłoczne dokonanie zwrotu podatku VAT.

2.2. Postanowieniem z dnia 23 grudnia 2024 r. Dyrektor IAS utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika US z 30 września 2024 r. Wskazał, że skarżone postanowienie jest trzecim postanowieniem przedłużającym termin zwrotu podatku VAT za sporny okres i na tym etapie Naczelnik US niewątpliwie wskazał na okoliczności, które legły u podstaw konieczności dalszej weryfikacji zwrotu. Zwrócił uwagę, że wobec Strony prowadzone są przez organ podatkowy postępowania podatkowe za okres od IV kwartału 2017 r. do czerwca 2020 r., zakończenie których będzie miało wpływ na wysokość kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy.

Dyrektor IAS wskazał, że w związku z koniecznością dalszej weryfikacji rozliczeń za wrzesień 2023 r. Naczelnik US skarżonym postanowieniem przedłużył termin zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2023 r. w wysokości 365.541,00 zł do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia Strony w zakresie zasadności zwrotu w ramach kontroli podatkowej, tj. do 31 marca 2025 r.

W ocenie Dyrektora IAS, dotychczasowe ustalenia prowadzą do konkluzji, że w okresie objętym kontrolą podatkową Strona nie prowadziła działalności gospodarczej polegającej na realizacji projektu unijnego polegającego na budowie linii pilotażowej. Działania Strony miały charakter pozorny, nakierowany wyłącznie na osiągnięcie korzyści podatkowej oraz otrzymanie dofinansowania z Narodowego Centrum Badań i Rozwoju. Z podejmowanych działań jednoznacznie wynika, że realizowany projekt nie był nakierowany na osiągnięcie przychodu w przyszłości. Miał na celu stworzenie jedynie pozorów zamiaru prowadzenia działalności w celu osiągnięcia korzyści podatkowej. W związku z powyższym nie przysługuje Spółce prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur VAT dot. realizacji projektu "...." wystawionych przez podmioty G. sp. z o.o. oraz F. S.A. W wyniku dokonanych ustaleń za miesiące od kwietnia do czerwca 2020 r. organ podatkowy I instancji zakwestionował prawo Strony do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z faktur związanych także z projektem badawczym. Przy czym we wrześniu 2023 r. Strona dokonywała transakcji także z ww. podmiotami.

Zdaniem Dyrektora IAS, konieczność przeprowadzenia dodatkowej weryfikacji zadeklarowanego zwrotu z uwagi na wątpliwości co do jego zasadności może wynikać z okoliczności, które swoje źródło mają w poprzednich okresach rozliczeniowych (ustaleniach poczynionych w poprzednich okresach rozliczeniowych). Negatywna dla Strony weryfikacja prawidłowości rozliczeń podatkowych w podatku od towarów i usług za poprzednie okresy rozliczeniowe może zatem uzasadniać przedłużenie terminu zwrotu za okres objętym badanym postanowieniem. Dodatkowo fakt, że kwota jednorazowego zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jest wysoka (wynosi ponad 365 tysięcy zł) uzasadnia ostrożność organu i celowość starannego zbadania podstaw zwrotu, jeszcze przed jego dokonaniem.

W ocenie Organu odwoławczego art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U.2022.931) dalej U.p.t.u. nie można wykładać, w taki sposób, który uniemożliwiałby spełnienie celu tego przepisu - umożliwienie organowi tymczasowego wstrzymania się ze zwrotem podatku, do momentu zakończenia weryfikacji zasadności tego zwrotu w przypadku zaistnienia dostatecznych wątpliwości w tym zakresie. Z tych względów istniała uzasadniona konieczność przeprowadzania dalszej weryfikacji zwrotu podatku.

3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu I instancji.

3.1. W ocenie Sądu I instancji skarga zasługiwała na uwzględnienie.

3.2. Przedmiotowa Skarga została rozpoznana w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym.

3.3. Przedmiotem oceny Sądu w rozpoznanej sprawie jest postanowienie Dyrektora IAS z dnia 23 grudnia 2024 r. utrzymujące w mocy postanowienie Naczelnika US z dnia 30 września 2024 r. przedłużające Skarżącej termin zwrotu podatku VAT wrzesień 2023 r. w kwocie 365.431,00 zł do dnia 31 marca 2025 r.

Postanowienie przedłużające termin do dokonania zwrotu podatku od towarów i usług może zostać wydane, gdy:

1) termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął;

2) weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w ramach jednego z postępowań wskazanych w przepisie (tj. w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej, postępowania podatkowego);

3) stwierdzenie przez organ, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach.

Jednym z warunków zgodnego z prawem przedłużenia terminu zwrotu VAT jest zachowanie ciągłości przedłużeń.

Terminy ustanowione w art. 87 ust. 2 i ust. 6 ustawy o VAT są terminami prawa materialnego. Po ich upływie organ podatkowy traci uprawnienie do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Tak samo rzecz wygląda w przypadku dalszego przedłużania terminu zwrotu VAT, tj. terminu, który został już wcześniej co najmniej raz przedłużony. Kolejne takie działanie musi także nastąpić zanim termin upłynie, a więc do dnia określonego przez organ podatkowy jako nowa, późniejsza data graniczna przedłużonego uprzednio terminu. Organ podatkowy musi zatem zachować ciągłość biegu terminu materialnoprawnego. W praktyce oznacza to, że po upływie terminu wskazanego w art. 87 ust. 2 i 6 ustawy o VAT nie może powstać ani na moment stan, w którym podatnik zwrotu nie otrzymuje, a w obrocie prawnym nie funkcjonuje postanowienie odsuwające w czasie ten zwrot. Innymi słowy, jeśli organ chce skutecznie zwrot wstrzymywać, musi wydać (oraz doręczyć) stosowne postanowienie przed upływem terminu a następnie kolejne postanowienia każdorazowo przed upływem terminu wskazanego w akcie poprzednim.

Przedłużenie terminu zwrotu w kolejnych następujących po sobie postanowieniach prowadzi ponadto do sytuacji, że każdy kolejny akt jest wydawany na podstawie aktów go poprzedzających. Można przedłużać termin zwrotu w dacie po upływie terminu, o którym mowa w art. 87 ust. 2 i 6 U.p.t.u. tylko z tego względu, że w obrocie prawnym funkcjonują już postanowienia wcześniejsze, które swymi rozstrzygnięciami takie działanie mu umożliwiają. To sprawia, że jeśli organ podatkowy nie przedłuży skutecznie terminu zwrotu VAT przed upływem terminu, o którym mowa w art. 87 ust. 2 i 6 U.p.t.u. lub którekolwiek postanowienie poprzedzające dany akt upadnie (np. zostanie uchylone przez sąd administracyjny), to automatycznie odpada podstawa faktyczna i prawna dokonania dalszego przedłużenia zwrotu.

Sąd I instancji podzielił pogląd, że aby wywołać jakiekolwiek skutki, konieczne jest wprowadzenie postanowienia przedłużającego termin zwrotu różnicy podatku do obrotu prawnego, a w konsekwencji – co rozumie się samo przez się – postanowienie takie w obrocie musi pozostawać.

W konsekwencji, w ramach oceny postanowienia przedłużającego po raz kolejny termin zwrotu (tak jak w rozpoznawanej sprawie), konieczne jest dokonanie ustaleń co do skuteczności uprzednio dokonanych przedłużeń terminu zwrotu w celu ustalenia, czy nie doszło do przerwania ciągłości przedłużeń. Tego rodzaju ustalenie faktyczne jest istotne z punktu widzenia wspomnianej zasady, że przedłużenie terminu zwrotu może nastąpić, jeśli tenże termin jeszcze nie upłynął.

3.3. Postanowienie Naczelnika US z dnia 30 września 2024 r. jest trzecim postanowieniem przedłużającym Skarżącej termin zwrotu podatku VAT za wrzesień 2023 r. Postanowienie to poprzedzone było dwoma postanowieniami Naczelnika US, tj.: z 4 grudnia 2023 r. i z 12 czerwca 2024 r. Wyrokiem z dnia 21 listopada 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 890/24, WSA w Warszawie uchylił zaskarżone postanowienie Dyrektora IAS z dnia 16 lutego 2024 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r. i poprzedzające je, wskazane powyżej, postanowienie Naczelnika US z dnia 4 grudnia 2023 r. Wyrok ten jest nieprawomocny.

Następnie wyrokiem z dnia 19 grudnia 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2218/24, WSA w Warszawie uchylił zaskarżone postanowienie Dyrektora IAS z dnia 13 sierpnia 2024 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r. i poprzedzające je, wskazane powyżej, postanowienie Naczelnika US z dnia 12 czerwca 2024 r.

Wskazany wyrok został następnie uchylony wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 10 września 2025 r. sygn. akt I FSK 613/25. Sprawa została przekazana do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie.

Sąd I instancji był obowiązany do uwzględnienia skutku wynikającego

z powołanych wyżej wyroków z 21 listopada 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 890/24 oraz z 19 grudnia 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2218/24. Orzeczenia te dotyczyły bowiem postanowień, które wydano wobec Skarżącego za ten sam okres rozliczeniowy

i poprzedzały one postanowienie Naczelnika US wydane w rozpoznanej sprawie, czyli rozstrzygnięcie Naczelnika US z dnia 30 września 2024 r. Fakt wydania wskazanych wyżej wyroków WSA, determinuje kolejne rozstrzygnięcia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2023 r., w istocie bowiem oznacza, że postanowienie Naczelnika US skarżone w sprawie z dnia 30 września 2024 r. musi być uznane za wydane i doręczone po wygaśnięciu terminu zwrotu podatku VAT za wrzesień 2023 r., a tym samym nie wywołało skutku w postaci przedłużenia tego terminu.

Organ podatkowy obowiązany będzie uwzględnić, że termin zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r. nie został skutecznie przedłużony.

Mając powyższe na uwadze, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, (dalej P.p.s.a.), uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika US z dnia 30 września 2024 r.

4. Skarga kasacyjna

4.1. W datowanej na dzień 10 czerwca 2025 r. skardze kasacyjnej Dyrektor IAS, zaskarżając powyższy wyrok w całości, wniósł o jego uchylenie w całości

i przekazanie sprawy Sądowi I instancji do ponownego rozpoznania. Nadto wnoszący skargę kasacyjną wniósł o zasądzenie od Skarżącego na swą rzecz zwrotu kosztów postępowania.

4.2. Dyrektor IAS zarzucił zaskarżonemu wyrokowi:

1. naruszenie przepisów prawa materialnego- art. 87 ust. 6 w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2023 r. poz. 1570 z późn. zm.) poprzez ich niewłaściwe zastosowanie polegające na wadliwym przyjęciu przez Sąd I instancji, że przedłużenie terminu zwrotu nie mogło nastąpić, gdyż według stanu na dzień wydawania skarżonego wyroku doszło do przerwania ciągłości przedłużeń, w sytuacji gdy prawidłowość pierwotnego przedłużenia zwrotu nie została zanegowana prawomocnym wyrokiem sądu administracyjnego.

2. naruszenie przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy:

(a) art. 133 § 1, art. 134 § 1, art. 141 § 4, w zw. z art. 153 i art. 170 P.p.s.a., poprzez nierozpoznanie istoty sprawy i ograniczenie zawartych w uzasadnieniu wyroku rozważań, do kwestii hipotetycznego związania wyrokami z 21 listopada 2024 r. sygn. akt III SA/Wa 890/24 oraz z 19 grudnia 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2218/24, pomimo że istotą rozpoznawanej sprawy było ustalenie, czy wystąpiły przesłanki do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług wykazanej przez Stronę w deklaracji podatkowej za wrzesień 2023 r.;

(b) naruszenie art. 153 w zw. z art. 170 P.p.s.a. poprzez niezasadne uznanie przez Sąd, że jest związany w niniejszej sprawie nieprawomocnymi wyrokami z 21 listopada 2024 r. sygn. akt III SA/Wa 890/24 oraz z 19 grudnia 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2218/24, wobec czego jest obowiązany do uwzględnienia stanowiska w nich zaprezentowanego, w sytuacji gdy Sąd pierwszej instancji nie będąc związanym ww. nieprawomocnymi wyrokami, powinien dokonać weryfikacji skarżonego postanowienia we własnym zakresie;

(c) naruszenie art. 145 § 1 pkt. 1 lit. a) oraz art. 135 P.p.s.a., w zw. z art. 87 ust. 6 w zw. z art. 87 ust. 2 U.p.t.u. polegające na uchyleniu postanowienia organu II instancji oraz poprzedzającego go postanowienia organu I instancji, bez weryfikacji stanowiska organów podatkowych w zakresie zaistnienia przesłanek uzasadniających przedłużenie terminu zwrotu VAT na podstawie art. 87 ust. 6 w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, lecz jedynie w oparciu o treść nieprawomocnych wyroków z 21 listopada 2024 r. sygn. akt III SA/Wa 890/24 oraz z 19 grudnia 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2218/24.

4.3.Strona skarżącą nie wniosła odpowiedzi na skargę kasacyjną

5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

5.1. Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie.

5.2. W myśl art. 183 § 1 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej (podstaw kasacyjnych), chyba że zachodzą przesłanki nieważności postępowania sądowego wymienione w § 2 powołanego artykułu. Tego rodzaju przesłanek w niniejszej sprawie z urzędu nie odnotowano. Podobnie w trybie tym nie ujawniono podstaw do odrzucenia skargi ani do umorzenia postępowania przed Sądem pierwszej instancji, które obligowałyby Naczelny Sąd Administracyjny do wydania postanowienia przewidzianego w art. 189 P.p.s.a. (vide: uchwała NSA z dnia 8 grudnia 2009 r., sygn. akt II GPS 5/09).

5.3. Przedmiotem sporu na obecnym etapie postępowania jest kwestia zasadności uchylenia przez Sąd pierwszej instancji postanowień organów obu instancji z powodu przerwania ciągłości przedłużeń terminu zwrotu VAT na poprzednim etapie postępowania w tym przedmiocie. Odnosząc się do zagadnienia przerwania ciągłości przedłużeń terminów zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, akcentowanego w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, zgodzić się należy z Sądem pierwszej instancji, że jednym z warunków zgodnego z prawem przedłużenia terminu zwrotu VAT jest zachowanie ciągłości przedłużeń. Warte przypomnienia jest, że w tej kwestii wypowiedział się Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku składu 7 sędziów z dnia 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 255/17, stwierdzając, że termin do zwrotu różnicy podatku może być przedłużony, ale tylko wówczas, gdy przed jego upływem podatnikowi doręczono postanowienie naczelnika urzędu skarbowego o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających. Upływ terminu określonego w art. 87 ust. 2 i ust. 6 U.p.t.u. wywołuje skutek materialnoprawny w postaci nabycia przez podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej. Materialnoprawny charakter terminów określonych w art. 87 ust. 2 w związku z ust. 6 ustawy U.p.t.u. oznacza także, że po ich upływie organ podatkowy traci uprawnienie do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Skuteczne przedłużenie terminu możliwe jest jedynie przed jego upływem. Próba przedłużenia terminu po jego upływie jest nieskuteczna. Nie ma możliwości przedłużenia terminu, który upłynął. Jeśli bowiem termin już upłynął, to nie ma czego przedłużać (vide wyroki NSA: z 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 255/17; z 7 czerwca 2019 r., sygn. akt I FSK 557/19; z 19 czerwca 2019 r., sygn. akt I FSK 689/19). Zatem jeżeli podatnikowi nie doręczono postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku przed upływem terminu przewidzianego w art. 87 ust. 2 lub w ust. 6 U.p.t.u., to tym samym ma on uprawnione przekonanie, że zwrot różnicy podatku nastąpi w terminie 60 dni (ust. 2) lub 25 dni (ust. 6) od dnia złożenia rozliczenia, lub w terminie wskazanym w ostatnio wydanym postanowieniu przedłużającym termin zwrotu. Przerwanie ciągłości w przedłużaniu terminu zwrotu nadwyżki podatku powoduje, że jakiekolwiek dalsze czynności procesowe, w szczególności wydanie kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu tego zwrotu, nie mogą być prawnie skuteczne. Innymi słowy, skoro wcześniejsze postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT zostało wydane lub doręczone po terminie zwrotu podatku, to kolejne postanowienia nie mogą skutecznie przedłużać terminu zwrotu podatku za ten sam okres (vide wyroki NSA: z 30 lipca 2020 r., sygn. akt I FSK 318/20; z 18 listopada 2021 r., sygn. akt I FSK 1791/18). Oznacza to, że w sytuacji, gdy którekolwiek z wcześniejszych postanowień zostanie skutecznie wyeliminowane z obrotu prawnego, dochodzi do przerwania ciągłości kolejnych przedłużeń. Tym samym termin materialnoprawny do zwrotu nadwyżki w podatku od towarów i usług ulega zakończeniu (vide: wyrok NSA z dnia 25 lutego 2021 r. sygn. akt I FSK 699/20).

5.4. Wychodząc z tego słusznego założenia Sąd pierwszej instancji stwierdził, że w niniejszej sprawie miała miejsce właśnie taka sytuacja, tj. na skutek uchylenia przez WSA wyrokami z 21 listopada 2024 r. sygn. akt III SA/Wa 890/24 oraz

z 19 grudnia 2024 r. sygn. akt III SA/Wa 2218/24.

Tymczasem poddane kontroli instancyjnej ww. wyroki WSA z 21 listopada 2024 r. oraz 19 grudnia 2024 r. zostały uchylone przez Naczelny Sąd Administracyjny. Wyrokiem z dnia 10 września 2025 r. wydanym w sprawie o sygn. akt I FSK 437/25 uchylono wyrok wydany w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 890/24. Podobno wyrokiem z dnia 10 września 2025 r. wydanym w sprawie o sygn. akt I FSK 613/25 uchylono wyrok wydany w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 2218/24.

To oznacza, że jedyna przyczyna uchylenia postanowienia Dyrektora IAS

z 23 grudnia 2024 r. nr 1401-IOA.4033.173.2024.BJ oraz poprzedzającego je postanowienia Naczelnika US z dnia 30 września 2024 r. nr 1432-SKP.5000.3.2024.1. wydanych w tej sprawie, odpadła.

W tych okolicznościach należy zgodzić się z autorem skargi kasacyjnej,

że w niniejszej sprawie doszło do naruszenia art. 145 § 1 pkt. 1 lit a) oraz art. 135 P.p.s.a., w zw. z art. 87 ust. 2 U.p.t.u. polegające na uchyleniu postanowienia organu drugiej instancji oraz poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji, bez weryfikacji stanowiska organów podatkowych w zakresie zaistnienia przesłanek uzasadniających przedłużenie terminu zwrotu VAT na podstawie art. 87 ust. 2 U.p.t.u.

5.5. W związku z powyższym Naczelny Sąd Administracyjny, podzielając zarzuty podniesione w skardze kasacyjnej, na podstawie art. 185 § 1 P.p.s.a., uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie. Ponownie rozpoznając sprawę, Sąd pierwszej instancji dokona kontroli sądowej wydanych w niniejszej sprawie postanowień organów podatkowych pod kątem wykazania zaistnienia przesłanek do przedłużenia terminu wnioskowanego przez Stronę zwrotu VAT w kontekście treści art. 87 ust. 2 U.p.t.u.

O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 2 w zw. z art. 205 § 2 P.p.s.a.

s.del. WSA E. Olechniewicz s. NSA R. Pęk s. NSA A. Mudrecki