I SA/Lu 598/25 - Wyrok

Data orzeczenia	2026-02-18	
Data wpływu	2025-11-25	
Sąd	Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie	
Sędziowie	Andrzej Niezgoda /sprawozdawca/
Jakub Polanowski
Marcin Małek /przewodniczący/	
Symbol z opisem	6113 Podatek dochodowy od osób prawnych	
Hasła tematyczne	Podatkowe postępowanie	
Skarżony organ	Dyrektor Izby Administracji Skarbowej	
Treść wyniku	Uchylono zaskarżoną decyzję	
Powołane przepisy	Dz.U. 2025 nr 0 poz 111; art. 122; art. 187 § 1; art. 191; art. 229; art. 233 § 2; Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j.)	
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Marcin Małek Sędziowie Sędzia WSA Andrzej Niezgoda (sprawozdawca) Asesor sądowy Jakub Polanowski Protokolant Sekretarz sądowy Agnieszka Komajda po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 lutego 2026 r. sprawy ze skargi Y. ([...]) spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 2 października 2025 r., znak: 0601-IOD-3.4100.31.2025.16 w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty zryczałtowanego podatku dochodowego od osób prawnych I. uchyla zaskarżoną decyzję; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz Y. ([...]) spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w W. kwotę 997 (dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.	
Uzasadnienie
Decyzją z dnia 2 października 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Lublinie, dalej: "Dyrektor Izby Administracji Skarbowej", "organ odwoławczy", po rozpoznaniu odwołania Y. sp. z o.o. w W., dalej: "spółka", "płatnik, "skarżąca", od decyzji Naczelnika Lubelskiego Urzędu Skarbowego w Lublinie, dalej: "Naczelnik Urzędu Skarbowego", "organ pierwszej instancji", z dnia 26 lutego 202 r. odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w zakresie odsetek za zwłokę w wysokości 108.117,20 zł od zaległości podatkowych w zryczałtowanym podatku dochodowym od osób prawnych od wypłaconych w marcu 2024 r. na rzecz Y. I w N. , dalej: "podatnik", należności, o których mowa w art. 22 ust. 1 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2023 r. poz. 2805 ze zm.), dalej: "u.p.d.o.p.", na podstawie art. 233 § 2 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.), dalej: "o.p.", uchylił decyzję organu pierwszej instancji w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.

Jak wynika z uzasadnienia zaskarżonej decyzji oraz akt sprawy, wnioskiem z 31 października 2024 r. spółka wystąpiła, na podstawie art. 75 § 1 w zw. z art. 75 § 2, art. 72 § 1 pkt 2, art. 73 § 1 pkt 2 oraz art. 72 § 2 pkt 1 o.p., o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w zryczałtowanym podatku dochodowym od osób prawnych w łącznej wysokości 469.126 zł, powstałym z tytułu wypłaty dywidendy oraz o zwrot zapłaconych odsetek za zwłokę w wysokości 124.145 zł. We wniosku spółka wskazała, że dotyczy on kwoty podatku pobranej od wartości dywidendy (ubruttowionej) do kwoty 2.469.136 zł i jest związany z tym, że spełnione są wszystkie przesłanki do zastosowania zwolnienia z opodatkowania w odniesieniu do dywidendy wypłaconej na rzecz podatnika. Podstawę do wypłaty dywidendy stanowiła uchwała Zgromadzenia Wspólników z 25 marca 2024 r. o przeznaczeniu zysku za rok obrotowy wraz z niepodzielonymi zyskami z lat ubiegłych w wysokości 15.491.265 zł na wypłatę dywidendy jedynemu udziałowcowi, tj. podatnikowi. Wypłata została dokonana w tym samym dniu, tj. 25 marca 2024 r.

Organ pierwszej instancji wskazaną wyżej decyzją odmówił stwierdzenia nadpłaty w zakresie odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych w zryczałtowanym podatku dochodowym w kwocie108.117,20 zł od wypłaconych na rzecz podatnika w marcu 2024 r. należności, o których mowa w art. 22 ust. 1 u.p.d.o.p. Odrębną decyzją wydaną tego samego dnia organ pierwszej instancji stwierdził zaś nadpłatę w zryczałtowanym podatku dochodowym od osób prawnych w wysokości 469.136 zł wraz z odsetkami od nieterminowej wpłaty podatku w wysokości 16.027,74 zł.

Organ pierwszej instancji zaznaczył, że spółka będąca płatnikiem wpłaciła podatek od całej kwoty dywidendy wraz z odsetkami, co oznacza, że poniosła ciężar ekonomiczny podatku i była uprawniona do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Na wniosek spółki z 26 kwietnia 2024 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego odrębną decyzją z dnia 26 lutego 2025 r. dokonał zatem zwrotu zryczałtowanego podatku dochodowego od osób prawnych w wysokości 3.164.618 zł w trybie art. 28b ust. 10 u.p.d.o.p., uznając, że spełnione zostały warunki do zastosowania zwolnienia podatkowego wynikające z treści art. 22 ust. 4 i 6 raz art. 22b u.p.d.o.p. Z kolei w decyzji wydanej także 26 lutego 2025 r. odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w zakresie odsetek, uchylonej przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, organ pierwszej instancji podał, że nadpłata dywidendy nastąpiła 25 marca 2024 r., zatem termin do zapłaty zryczałtowanego podatku upłynął 8 kwietnia 2024 r. Spółka, nie złożyła skutecznie oświadczenia, ani nie dysponowała opinią uprawniającą do zastosowania preferencji. Wpłaciła zaś podatek wraz z odsetkami dopiero 3 lipca 2024 r. W takiej sytuacji, ponieważ wypłata dotyczyła kwoty przekraczającej 2.000.000 zł, z dniem 25 marca 2024 r. powstało zobowiązanie podatkowe w zryczałtowanym podatku, a po 8 kwietnia 2024 r. podatek stał się zaległością podatkową.

Zdaniem Naczelnika Urzędu Skarbowego brak jest przepisu regulującego zwrot odsetek od nieterminowo wpłacanego zryczałtowanego podatku, zwracanego na podstawie art. 28b u.p.d.o.p. Nadpłata nie jest zwrotem podatku i odwrotnie. Nadpłata powstaje bowiem, gdy podatek został zapłacony nienależnie lub w wysokości wyższej niż należna. Natomiast cechą zwrotu podatku jest pierwotna należna zapłata podatku, następnie zwracanego zgodnie z mechanizmem pay end refund. Nie ma więc podstaw do analogicznego stosowania art. 72 § 2 pkt 1 o.p. Stanowisko takie uzasadnia również treść art. 28b ust. 16 u.p.d.o.p., który nie odsyła do odpowiedniego stosowania wskazanego artykułu Ordynacji podatkowej.

W odwołaniu od tej ostatniej decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego spółka zarzuciła naruszenie: (1) art. 75 § 1 w zw. z art. 75 § 2, art. 72 § 1 pkt 2, art. 73 § 1 pkt 2, art. 72 § 2 pkt 1, art. 51 § 1 i § 3, art. 4, art. 5 oraz art. 6 o.p. poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty odsetek za zwłokę, skalkulowanych i zapłaconych przez stronę od wypłaconej dywidendy na rzecz spółki niderlandzkiej (od tej części należności, która przekroczyła 2 mln zł), w sytuacji gdy w momencie wypłaty dywidendy miało zastosowanie zwolnienie podatkowe określone w art. 22 ust. 4 u.p.d.o.p. i w związku z tym obowiązek podatkowy w zryczałtowanym podatku nie przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, a tym samym po stronie spółki jako płatnika nie powstała zaległość podatkowa i w konsekwencji odsetki za zwłokę uiszczone zostały przez nią nienależnie, (2) art. 28b ust. 1 w zw. z art. 22 ust. 4 u.p.d.o.p. i art. 5 dyrektywy Rady 2011/96/UE z 30 listopada 2011 r. w sprawie wspólnego systemu opodatkowania mającego zastosowanie w przypadku spółek dominujących i spółek zależnych różnych państw członkowskich, dalej także "dyrektywa PS", poprzez błędną wykładnię i niezasadne przyjęcie, że zastosowanie mechanizmu zwrotu zryczałtowanego podatku określonego w rozdziale 6a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (mechanizm pay and refund) w kontekście wypłat dywidendy (w części przekraczającej 2 mln zł należności), powoduje, że zwolnienie podatkowe określone w art. 22 ust. 4 u.p.d.o.p. i art. 5 dyrektywy PS należy stosować następczo, tj. od momentu wydania decyzji przez organ, podczas gdy w rzeczywistości to zwolnienie aktualizuje się już na moment dokonania danej czynności, czyli w niniejszej sprawie wypłaty dywidendy, a w ramach mechanizmu pay and refund następuje wyłącznie weryfikacja, czy przesłanki do zastosowania tego zwolnienia zostały spełnione na moment wypłaty dywidendy (ex tunc), (3) art. 26 ust. 2e w zw. z art. 26 ust. 1 u.p.d.o.p. i art. 32 Konstytucji RP poprzez nieuzasadnione nierówne traktowanie podmiotów prawa podatkowego w zakresie możliwości odzyskania zapłaconych odsetek za zwłokę związanych z uiszczeniem zryczałtowanego podatku na rzecz Naczelnika od wypłaty dywidendy, co do której zastosowanie znalazło zwolnienie określone w art. 22 ust. 4 u.p.d.o.p. i art. 5 dyrektywy PS, polegające na odmowie zwrotu opisanych odsetek w części przypadającej na wypłatę dywidendy przekraczającą 2 mln zł, podczas gdy zarówno stan faktyczny oraz stan prawny dotyczący przesłanek zastosowania zwolnienia podatkowego w tym zakresie były takie same dla obu wypłat dywidendy, tj. w części do 2 mln zł oraz w części przekraczającej 2 mln zł, (4) art. 75 § 1 w zw. z art. 75 § 2, art. 72 § 1 pkt 2, art. 73 § 1 pkt 2, art. 72 § 2 pkt 1, art. 51 § 1 i § 3, art. 4, art. 5 oraz art. 6 o.p., art. 22 ust. 4 u.p.d.o.p., art. 5 dyrektywy PS oraz art. 5 ust. 1 i 4 Traktatu o Unii Europejskiej, dalej także "TUE", poprzez dokonanie wykładni art. 75 § 1 w zw. z art. 75 § 2, art. 72 § 1 pkt 2, art. 73 § 1 pkt 2, art. 72 § 2 pkt 1, art. 51 § 1 i § 3, art. 4, art. 5, art. 6 o.p. oraz art. 22 ust. 4 u.p.d.o.p. z pominięciem zasady proporcjonalności wynikającej z art. 5 ust. 1 i 4 TUE, co doprowadziło do nałożenia na spółkę nieuzasadnionych obciążeń w postaci konieczności zapłaty odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej w znaczącej wysokości, w sytuacji gdy zgodnie z art. 5 dyrektywy PS do wypłaty dywidendy przez spółkę na rzecz podatnika miało zastosowanie zwolnienie określone w art. 22 ust. 4 u.p.d.o.p. i art. 5 dyrektywy PS, a także ewentualne zawinienie po stronie spółki, tj. błędne złożenie przez nią oświadczenia o posiadaniu dokumentów uprawniających do zastosowania preferencyjnych zasad opodatkowania do wypłaty dywidendy na formularzu WH-OSC, było minimalne i nie powodowało w żaden sposób uszczuplenia należności podatkowych po stronie Skarbu Państwa.

Rozpoznając odwołanie Dyrektor Izby Administracji Skarbowej stwierdził, że konieczne jest uchylenie decyzji organu pierwszej instancji w całości i przekazanie sprawy temu organowi do ponownego rozpatrzenia. Uzasadniając decyzję organ odwoławczy podkreślił, że art. 28b u.p.d.o.p. odnosi się jedynie do zwrotu podatku, a nie reguluje kwestii zwrotu odsetek od nieterminowo uiszczonego podatku, która powinna być oceniana przez pryzmat przepisów Ordynacji podatkowej dotyczących nadpłaty. Organ odwoławczy wskazał, że w sprawie bezsporne są zarówno powstanie obowiązku i zobowiązania z tytułu zryczałtowanego podatku, zaległości podatkowej z tego tytułu, jak i zrealizowany przez spółkę obowiązek zapłaty odsetek za zwłokę. Również ich wysokość jest poza sporem. Natomiast – jak podkreślił organ odwoławczy – należy rozstrzygnąć czy dokonanie na rzecz spółki zwrotu zryczałtowanego podatku z zastosowaniem mechanizmu pay and refund w trybie art. 28b ust. 10 u.p.d.o.p., uzasadniało uwzględnienie jej wniosku o zwrot odsetek za zwłokę uiszczonych razem z zapłatą tego podatku.

Kierując się tym założeniem Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wskazał, że biorąc pod uwagę możliwość zastosowania art. 72-80 o.p., organ pierwszej instancji powinien rozstrzygnąć, czy kwota zapłaconych odsetek stała się nienależna, tj. czy stanowi nadpłatę w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej. W związku z tym, zdaniem Dyrektora, ponownie rozpatrując sprawę, za punkt wyjścia organ pierwszej instancji powinien przyjąć rozważania dotyczące pojęcia "zaległość podatkowa" i będące jego konsekwencją pojęcie "odsetki" od tej zaległości podatkowej. Akcesoryjny charakter odsetek od zaległości podatkowej sprawia, że organ podatkowy nie może rozstrzygnąć żądania zwrotu odsetek bez uprzedniego odniesienia się do kwestii, czy istniała należność główna – zaległość podatkowa, od której zostały naliczone odsetki.

Organ odwoławczy przyjął, że przeprowadzenie postępowania dowodowego we wskazanym wyżej zakresie w postępowaniu odwoławczym stanowiłoby naruszenie zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego uregulowanej w art. 127 o.p. Dlatego ponownie rozpatrując sprawę, organ pierwszej instancji rozpoznać winien merytorycznie wniosek spółki przy zastosowaniu art. 72-80 o.p., zgromadzić kompletny materiał dowodowy i dokonać jego oceny w świetle argumentów przedstawionych przez nią we wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz w świetle aktualnego orzecznictwa sądów administracyjnych.

W skardze do Sądu skarżąca zarzuciła organowi odwoławczemu naruszenie przepisów postępowania, mające istotny wpływ na wynik postępowania:

1) art. 233 § 2 w zw. z art. 127 o.p. poprzez ich niewłaściwe zastosowanie polegające na uznaniu, że dla zachowania zasady dwuinstancyjności postępowania konieczne jest wydanie decyzji kasacyjnej, mimo że organ pierwszej instancji zgromadził kompletny materiał dowodowy, a rozstrzygnięcie sprawy wymagało wyłącznie dokonania oceny prawnej, bez potrzeby prowadzenia dodatkowego postępowania dowodowego; w konsekwencji czego organ naruszył zasadę szybkości i ekonomiki postępowania, o której mowa w art. 125 § 1 i § 2 o.p., podejmując rozstrzygnięcie kasacyjne, mimo że sam mógł i powinien był niezwłocznie wydać decyzję merytoryczną w sprawie;

2) art. 233 § 2 w zw. z art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 o.p. poprzez wydanie decyzji kasacyjnej w wyniku uznania za konieczne zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego w sprawie przez organ pierwszej instancji, bez wskazania w treści decyzji okoliczności faktycznych lub czynności dowodowych, które miałyby zostać przeprowadzone przez Naczelnika Urzędu Skarbowego, tym bardziej, że sprawa dotyczy wyłącznie kwestii materialnoprawnej i nie wymaga prowadzenia dodatkowego postępowania dowodowego – co doprowadziło do wydania decyzji z uzasadnieniem niespełniającym wymogów określonych w art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 o.p., a także do nieuzasadnionego zastosowania art. 233 § 2 o.p.;

3) art. 121 § 1, art. 122 i art. 124 w zw. z art. 210 § 4 o.p. poprzez uznanie w uzasadnieniu decyzji za "bezsporne" powstania zobowiązania podatkowego w zryczałtowanym podatku, mimo że kwestia ta ma zasadnicze znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy co do jej istoty, podczas gdy jest to błędne ujęcie okoliczności sprawy oraz wprowadza do uzasadnienia decyzji kasacyjnej elementy oceny merytorycznej sprawy, które wykraczają poza zakres i cel takiej decyzji, a w konsekwencji narusza zasady zaufania, prawdy obiektywnej i przekonywania oraz obowiązek prawidłowego uzasadnienia decyzji.

W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie, podtrzymując argumentację podniesioną w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji. Dodatkowo podkreślił on, że przepisy art. 72-80 o.p. nie stanowiły materialnoprawnej podstawy rozstrzygnięcia decyzji organu pierwszej instancji, a zatem wydanie decyzji merytorycznej przez organ odwoławczy prowadziłoby w niniejszej sprawie do naruszenia przedmiotowej tożsamości sprawy, a tym samym do złamania zasady dwuinstancyjności.

W ocenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie skarga jest zasadna.

Punktem wyjścia dla oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji jest treść art. 233 § 2 o.p., który określa w jakich okolicznościach jest możliwe wydanie decyzji kasatoryjnej. Stanowi on, że organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje zaś okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy.

Przepis ten przewiduje możliwość wydania przez organ rozpatrujący sprawę w drugiej instancji decyzji niezawierającej rozstrzygnięcia merytorycznego, uchylającej rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji i przekazującej sprawę do ponownego rozpoznania przez ten organ jedynie w ściśle określonych tym przepisem przypadkach. To rozstrzygnięcie ma charakter wyjątkowy, gdyż jak wynika z art. 125, art. 127, art. 229 i art. 233 § 1 o.p. zasadą jest rozpoznanie sprawy merytorycznie przez dwie instancje. Zastosowanie art. 233 § 2 o.p. uzależnione jest wyłącznie od konieczności przeprowadzenia w sprawie postępowania dowodowego w całości bądź w znacznej części, przy równoczesnym wskazaniu okoliczności faktycznych, które mają być zbadane przy ponownym rozpoznaniu sprawy. Wobec takiego charakteru omawianego przepisu, nie jest dopuszczalna jego wykładnia rozszerzająca. Decyzję kasatoryjną, o jakiej mowa w tym przepisie, organ odwoławczy może więc wydać tylko w sytuacji, w której organ pierwszej instancji w ogóle nie przeprowadził postępowania wyjaśniającego lub przeprowadzone postępowanie nie jest wystarczające do prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy oraz – co istotne – jednocześnie brak jest podstaw do zastosowania art. 229 o.p., który pozwala w postępowaniu odwoławczym prowadzić dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję. W razie stwierdzenia przez organ odwoławczy podstaw do zastosowania art. 233 § 2 o.p., musi on wykazać to w uzasadnieniu swojej decyzji. Sąd administracyjny oceniając legalność takiej decyzji bada spełnienie przesłanek opisanych w tym przepisie, przy założeniu, że zasadą jest merytoryczne rozstrzygnięcie sprawy w postępowaniu odwoławczym.

Dla oceny prawidłowości zaskarżonej decyzji mieć należy na względzie podstawowe zasady odnoszące się do prowadzenia postępowania dowodowego. Zgodnie z ujętą w art. 122 o.p. zasadą prawdy obiektywnej, organy podatkowe mają obowiązek podjęcie wszelkich czynności niezbędnych do dokładnego wyjaśnienia sprawy. Jej rozwinięciem są obowiązki organów co do zebrania i rozpatrzenia wszelkich dowodów koniecznych do wyjaśnienia sprawy (art. 187 § 1 o.p.) oraz oceny na podstawie całego zebranego materiału, czy dana okoliczność została udowodniona (art. 191 o.p.). Konieczne jest więc zebranie całości istotnego dla sprawy materiału dowodowego oraz jego wnikliwe rozpatrzenie przez organy podatkowe. Obowiązki te ciążą również na organie odwoławczym, którego zadaniem jest ponowne rozpatrzenie i rozstrzygnięcie sprawy, w której wydano decyzję w pierwszej instancji. Przy tym, jak wynika z art. 229 o.p., organ odwoławczy może przeprowadzić, na żądanie strony lub z urzędu, dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję.

Sąd podziela utrwalone w orzecznictwie sądowym stanowisko, zgodnie z którym organ odwoławczy nie może orzekać w zakresie innym niż uczynił to przed nim organ pierwszej instancji. W szczególności zmiana podstawy materialnoprawnej rozstrzygnięcia przez organ odwoławczy, jak również orzeczenie w kwestii, która nie była rozpoznawana w postępowaniu pierwszej instancji, narusza przedmiotową tożsamość sprawy, a w konsekwencji zasadę dwuinstancyjności (zob. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z: 13 maja 2009 r., sygn. akt II FSK 139/08; 16 marca 2017 r., sygn. akt I GSK 302/15 oraz 3 listopada 2021 r., sygn. akt I FSK 855/19). Jak wyjaśnił Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 30 czerwca 2020 r., sygn. akt II FSK 794/20, zgodnie z art. 127 i art. 233 § 2 o.p. istota dwuinstancyjnego postępowania polega na tym, że organ odwoławczy zobowiązany jest do rozpoznania sprawy w postępowaniu odwoławczym co do istoty, gdy na etapie postępowania pierwszej instancji doszło do dokonania niezbędnych ustaleń dotyczących stanu faktycznego sprawy i nie zachodzi potrzeba uzupełnienia postępowania dowodowego w trybie art. 229 o.p. Dwukrotność rozstrzygnięcia oznacza konieczność pokrywania się postępowań w obydwu instancjach; organ odwoławczy nie może zastępować w czynnościach postępowania organu pierwszej instancji. Jeśli organ odwoławczy będzie w swoim rozstrzygnięciu powoływał się na okoliczności i ustalenia, które nie miały oparcia w ujawnionych dowodach przed pierwszą instancją, wykracza już poza zakres swoich uprawnień. Gdy organ odwoławczy w zasadniczy sposób zmienia ustalenia organu pierwszej instancji utrzymując przy tym decyzję w mocy, dochodzi do naruszenia zasady dwuinstancyjności, a przy tym naruszone zostaje prawo podatnika do obrony jego praw. Gdy organ odwoławczy w swojej decyzji powołał się na okoliczności, które nie zostały ujawnione przez organ pierwszej instancji, w szczególności zgromadził całkiem nowe dowody, które nie były znane organowi pierwszej instancji, wówczas takie rozstrzygnięcie wykracza poza ramy dokonania swobodnej oceny całego materiału dowodowego w sprawie i pozbawiając podatnika rozstrzygnięcia przez instancję odwoławczą narusza zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego.

Wskazać przy tym trzeba, że ta ostatnia zasada ta ma także charakter zasady konstytucyjnej, określonej w art. 78 Konstytucji RP, gwarantującej stronie postępowania uprawnienie do zaskarżenia decyzji i nakłada obowiązek weryfikacji decyzji nieostatecznych w administracyjnym toku instancji, tj. konieczność powtórnego rozpatrzenia i rozstrzygnięcia sprawy załatwionej w formie decyzji nieostatecznej. Naruszenie zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego godzi w konsekwencji nie tylko w określoną koncepcję organizacyjną funkcjonowania aparatu państwowego, ale także w sferę praw obywatelskich. Naruszenie takie powoduje szczególnie poważne konsekwencje w sferze praworządności (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 2 lutego 2023 r., sygn. akt II FSK 1399/20).

Zdaniem Sądu, w rozpoznawanej sprawie nie zostały spełnione warunki wydania decyzji kasatoryjnej, wynikają ce z treści art. 233 § 2 o.p.

Trzeba zwrócić uwagę na to, że – co było zdeterminowane wnioskiem samej skarżącej, ale – jak analizuje się treść decyzji organu pierwszej instancji i co także wynika z uzasadnienia zaskarżonej decyzji - organ pierwszej instancji analizował wniosek skarżącej, tj. zasadność zwrotu albo odmowy zwrotu odsetek z punktu widzenia przepisów Ordynacji podatkowej. Jedynie organ ten, co należy podkreślić, dokonał oceny prawnej w sposób negatywny możliwości dokonania zwrotu albo odmowy zwrotu odsetek w oparciu o przepisy art. 72-80 o.p. Zatem w tym zakresie organ pierwszej instancji odniósł się w swojej decyzji do omawianej kwestii.

W tym miejscu odnieść należy się szerzej do pojęcia sprawy administracyjnej. W piśmiennictwie wymienia się rozmaite koncepcje i definicje tego pojęcia. Jedna z nich, która jest przywoływana niejednokrotnie w orzecznictwie sądowym oraz pojawia się w opracowaniach komentatorskich do ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, akcentuje, że na sprawę administracyjną w znaczeniu materialnym składają się elementy podmiotowe i przedmiotowe, które przy ustalaniu tożsamości sprawy należy badać. Tożsamość elementów podmiotowych to tożsamość podmiotu będącego adresatem praw lub obowiązków, a tożsamość przedmiotowa to tożsamość treści tych praw i obowiązków oraz ich podstawy prawnej i faktycznej. Te elementy wyznaczają granice sprawy administracyjnej. Wobec tego, przy ustalaniu tożsamości sprawy należy te oba elementy brać pod uwagę. W niniejszej sprawie spełnienie elementu podmiotowego nie budzi żadnych wątpliwości, gdyż w decyzjach organów obu instancji chodzi o tego samego adresata praw i obowiązków wynikających z tych rozstrzygnięć, tj. skarżącą spółkę. Natomiast oceny wymaga spełnienie warunku elementu przedmiotowego, czyli istnienie tożsamości treści praw i obowiązków oraz ich podstawy prawnej i podstawy faktycznej.

Mając na względzie powyższe stanowisko, w rozstrzyganej sprawie można by się zastanawiać, czy zachodzi tożsamość podstawy prawnej, gdyż kwestia tożsamości podstawy faktycznej – w ocenie Sądu – nie nasuwa jakichkolwiek wątpliwości. Zresztą nawet organ odwoławczy – gdy analizuje się uzasadnienie zaskarżonej decyzji – nie wskazuje żadnych okoliczności faktycznych, które trzeba by ustalać w toku ponownego rozpatrzenia sprawy przez organ pierwszej instancji. Odnosząc się zatem do problemu tożsamości podstawy prawnej wskazać należy, że gdy z tego punktu widzenia analizować na rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji i organu odwoławczego, to także w tym zakresie nie sposób dopatrzeć się braku tożsamości sprawy administracyjnej rozstrzyganej w pierwszej i w drugiej instancji.

Zasadne jest podkreślenie, że również w decyzji organu pierwszej instancji pojawia się powyższe zagadnienie. Organ ten prowadzi bowiem rozważania, czy stosować wspomniane przepisy Ordynacji podatkowej regulujące zwrot i stwierdzenie nadpłaty, czy też w sprawie nie ma do tego podstaw. Orzeczenie organu podatkowego pierwszej instancji zawiera więc bezsprzecznie określoną ocenę prawną w tym zakresie. Z zaskarżonej decyzji wynika zaś, że organ odwoławczy – prawdopodobnie mając na względzie aktualne orzecznictwo sądów administracyjnych, którego jednak wprost nie indywidualizuje w uzasadnieniu – nie podziela tego stanowiska organu pierwszej instancji co do braku możliwości rozpoznania wniosku spółki przy zastosowaniu przepisów art. 72-80 o.p. To jednak stanowisko organu odwoławczego odnosi się do kwestii ściśle merytorycznej, która – co należy jeszcze raz podkreślić – była analizowana w decyzji pierwszej instancji, aczkolwiek w odmienny sposób aniżeli uczyniono to w decyzji odwoławczej. W każdym razie Sąd, dokonując kontroli legalności zaskarżonej decyzji kasatoryjnej, obowiązany jest zatrzymać się na tym poziomie rozważań, zważywszy na charakter kontrolowanej decyzji organu odwoławczego. Sąd uznaje zatem, że w analizowanej sprawie nie można dostrzec braku tożsamości przedmiotowej rozpoznawanej przez organy podatkowe obu instancji sprawy administracyjnej, a tym samym nie można zasadnie przyjąć, że wydanie decyzji przez organ odwoławczy rozstrzygającej tę sprawę co do jej istoty naruszałoby zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego unormowaną w art. 127 o.p. To oznacza, że w sprawie nie było podstaw do wydania decyzji kasatoryjnej, o jakiej mowa w art. 233 § 2 o.p.

Podkreślić końcowo należy, że zaskarżona decyzja, jako wydana na podstawie art. 233 § 2 o.p., ma charakter co do zasady wyłącznie formalny, nie odnosi się do istoty sprawy i nie przesądza o jej wyniku, lecz ogranicza się jedynie do wyeliminowania z obrotu prawnego wadliwej decyzji organu pierwszej instancji oraz przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia temu organowi. Organ odwoławczy nie był zatem upoważniony do dokonywania wiążącej organ pierwszej instancji merytorycznej oceny okoliczności faktycznych sprawy, co trafnie dostrzegła strona skarżąca.

W związku z tym Sąd uznał, że organ odwoławczy nie wykazał, aby zostały spełnione przesłanki z art. 233 § 2 o.p, dlatego na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143), dalej: "p.p.s.a.", orzekł o uchyleniu zaskarżonej decyzji.

Ponownie rozpoznając sprawę, organ zobowiązany będzie uwzględnić stanowisko Sądu wyrażone w niniejszym orzeczeniu, zgodnie bowiem z art. 153 p.p.s.a., ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. O ile zatem nie ujawnią się w sprawie nowe okoliczności, które wskazywałaby na konieczność przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, organ odwoławczy nie odstąpi od merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy, gdyż art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) o.p. daje temu organowi możliwość rozstrzygnięcia sprawy co do jej istoty.

O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200, art. 205 § 2 oraz § 4 p.p.s.a., zasądzając na rzecz skarżącej kwotę 997 zł, obejmującą uiszczony wpis od skargi w wysokości 500 zł, wynagrodzenie pełnomocnika strony będącego doradcą podatkowym, zgodnie z § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r., poz. 1687 ze zm.) w wysokości 480 zł oraz opłatę skarbową od pełnomocnictwa w kwocie 17 zł.