Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Danuta Oleś (sprawozdawca), Sędzia NSA Marek Kołaczek, Sędzia NSA Artur Mudrecki, Protokolant Magdalena Kałuska, po rozpoznaniu w dniu 4 grudnia 2025 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z dnia 18 sierpnia 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 451/21 w sprawie ze skargi I. sp. z o.o. z siedzibą w O. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 1 kwietnia 2021 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i sprawę przekazuje Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Olsztynie do ponownego rozpoznania, 2) zasądza od I. sp. z o.o. z siedzibą w O. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie kwotę 6.150 (sześć tysięcy sto pięćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

Skargą kasacyjną objęty jest wyrok z 18 sierpnia 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 451/21, którym Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie uchylił zaskarżoną przez I. sp. z o.o. z siedzibą w O. decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z 1 kwietnia 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. wraz z poprzedzającą ją decyzją organu pierwszej instancji.

I. sp. z o.o. z siedzibą w O. (dalej: "spółka" lub "skarżąca") w korekcie deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7 za grudzień 2014 r. dokonała zmniejszenia wartości dostaw krajowych opodatkowanych VAT według stawki 23% o kwotę 244.000 zł netto i podatku należnego o kwotę 56.120 zł. Spółka wyjaśniła, że korekta wynika z niezgodności deklaracji z otrzymanymi i wystawionymi przez spółkę fakturami. W wyniku prowadzonego postępowania podatkowego, Naczelnik Urzędu Skarbowego w O. stwierdził, że sprzedaż o wartości netto 244.000 zł odpowiada wartości sprzedaży wykazanej na fakturze VAT nr FV 00005/2014 wystawionej przez spółkę 29 grudnia 2014 r. na rzecz I. S.F., dokumentującej sprzedaż prawa do korzystania z licencji S.. W ocenie organu pierwszej instancji, faktura ta nie odzwierciedla rzeczywistego zdarzenia gospodarczego, gdyż I. S.F. nie mógł nabyć prawa do korzystania z licencji na oprogramowanie S., w sytuacji gdy był jego twórcą. Ponadto organ podatkowy wskazał na celowość działania spółki i S.F., które zmierzało do osiągnięcia korzyści podatkowej.

W konsekwencji tych ustaleń Naczelnik Urzędu Skarbowego w O. decyzją z 5 listopada 2020 r. określił spółce podatek do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2020 r. poz. 1051 ze zm., dalej: "ustawy o VAT").

Utrzymując w mocy powyższą decyzję, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie w uzasadnieniu decyzji z 1 kwietnia 2021 r. wskazał, że w sprawie nie nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego. Ocenił, że z uwagi na termin płatności podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. ustalony zgodnie z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT, zobowiązanie podatkowe winno ulec przedawnieniu z 31 grudnia 2020 r., o ile nie nastąpiło przerwanie lub zawieszenie biegu terminu przedawnienia. W ocenie organu odwoławczego, w sprawie na podstawie tytułu wykonawczego, obejmującego zaległość wynikającą ze złożonej 6 grudnia 2016 r. korekty deklaracji VAT-7, zastosowano środki egzekucyjne, które spowodowały przerwanie biegu terminu przedawnienia stosownie do art. 70 § 4 Ordynacji podatkowej. W dniu 28 listopada 2017 r. dokonano pobrania należności w urzędzie oraz 5 grudnia 2017 r. u zobowiązanego. Następnie zawiadomieniem z 26 czerwca 2018 r. dokonano zajęcia wierzytelności z rachunku bankowego. Zawiadomienie o zajęciu Bank otrzymał 26 czerwca 2018 r., natomiast spółce zostało ono doręczone 13 lipca 2018 r. W przypadku więc ostatniego ze środków egzekucyjnych przerwanie biegu terminu przedawnienia nastąpiło 26 czerwca 2018 r.

Następnie organ odwoławczy wskazał, że jedynym członkiem zarządu pełniącym funkcję Prezesa Zarządu spółki jest S.F., który jednocześnie prowadzi indywidualną działalność gospodarczą pod firmą I. S.F.. Organ odwoławczy wskazał, że w wyniku weryfikacji rozliczenia podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. stwierdzono, że w korekcie deklaracji złożonej 7 grudnia 2019 r. dokonano m.in. zmniejszenia wartości dostaw krajowych opodatkowanych według stawki podatku VAT 23% o kwotę 244.000 zł netto i podatku należnego o kwotę 56.120 zł. Uznając wyjaśnienia spółki za niewiarygodne, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wskazał, że w sprawozdaniu finansowym za 2014 r. w pozycji przychody netto ze sprzedaży produktów wykazana została sprzedaż na rzecz jednostek powiązanych w kwocie 244.000 zł. Kwota przychodów wykazanych w sprawozdaniu finansowym była zgodna z sumą wartości sprzedaży zadeklarowanej w pierwotnych deklaracjach VAT-7 za poszczególne miesiące 2014 r. Sprzedaż w kwocie 244.000 zł była również częścią składową sumy przychodów w łącznej wysokości 993.878,02 zł, wykazanych przez spółkę w złożonym w dniu 30 marca 2015 r. zeznaniu podatkowym z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2014 r. oraz korekcie tego zeznania z 5 grudnia 2016 r. Przychody o ww. kwotę skorygowano dopiero 7 grudnia 2019 r., wykazując w korekcie zeznania CIT-8 za 2014 r. przychody w kwocie 749.878,24 zł. W rejestrze nabycia towarów i usług za grudzień 2014 r. I. S.F. pod pozycją 125 zaewidencjonowano fakturę nr FV 00005/2014 z 29 grudnia 2014 r. o wartości netto 244.000 zł, VAT 56.120 zł, brutto 300.120 zł. Przy czym łączna wartość netto nabyć i podatku naliczonego do odliczenia wynikająca z podsumowania rejestru jest zgodna z danymi wykazanymi w złożonej przez S.F. deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r. Ponadto w aktach sprawy znajduje się wyciąg z rachunku bankowego I. S.F., z którego wynika, że 21 stycznia 2015 r. dokonano przelewu środków w kwocie 300.120 zł na rzecz spółki tytułem ww. faktury.

Organ odwoławczy podkreślił, że S.F. przesłuchany w toku kontroli w charakterze świadka zeznał, że nie pamięta, czy w grudniu 2014 r. spółka dokonała sprzedaży na rzecz I. S.F. i czy wystawiła fakturę z tego tytułu. Nie pamiętał, czy I. S.F. zaewidencjonował w rejestrze zakupu za grudzień 2014 r. ww. fakturę i czy dokonał odliczenia podatku naliczonego. Nie potrafił stwierdzić, co było przedmiotem sprzedaży ani udzielić wyjaśnień na temat zapłaty. Nie wiedział, czy faktura znajduje się w dokumentach księgowych, przy czym zobowiązał się do jej dostarczenia w przypadku, gdy stwierdzi, że jest w jej posiadaniu. Ponadto nie pamiętał, czy I. S.F. otrzymał fakturę korygującą. Następnie w piśmie z 28 lipca 2020 r. S.F. podał, że I. S.F. nie zaewidencjonował faktury w rejestrze zakupu za grudzień 2014 r. i nie dokonał odliczenia podatku wynikającego z tej faktury. Wyjaśnił, że nie posiada faktury i nie ma jej w zbiorze dokumentów spółki. Nie ma wiedzy, czego ona dotyczy i czy nastąpiła zapłata. Nie jest też w stanie wskazać, dlaczego nie posiada faktury, zakłada, że nie została dostarczona bądź nie została wystawiona. Powyższe udokumentował rejestrem zakupu VAT za grudzień 2014 r., w którym nie ujęto spornej faktury.

W ocenie organu odwoławczego, z informacji zawartej na stronie internetowej [...] wynika, że S.F. posiadał system S. w swojej ofercie od 2010 r. Zatem twórcą oprogramowania S. był I. S.F., posiadając tym samym prawa autorskie. Tymczasem na podstawie spornej faktury S.F. miał nabyć prawo do korzystania z licencji S. od spółki. Organ podatkowy za nielogiczne uznał nabywanie prawa do korzystania z licencji na oprogramowanie przez podmiot, który sam je stworzył. Ponadto ze zgromadzonego materiału dowodowego wynika, że skarżąca spółka do końca 2014 r. nie posiadała środków trwałych ani wartości niematerialnych i prawnych, nie zatrudniała pracowników i nie dokonywała większych zakupów za wyjątkiem modułów, anten GSM i stacji Meteo od I. S.F., będących następnie przedmiotem odsprzedaży do L. sp. z o.o.

W ocenie organu odwoławczego, w świetle powyższych ustaleń sporna faktura VAT nie dokumentowała transakcji objętych przedmiotowym zakresem ustawy o VAT, w związku z czym organ uznał za prawidłową korektę deklaracji złożoną 7 grudnia 2019 r., w której nie wykazano spornej transakcji i określił kwotę do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.

W skardze skierowanej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie spółka zarzuciła naruszenie art. 121 § 1, art. 122, art. 124, art. 187 § 1, art. 191, art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm., dalej: "Ordynacja podatkowa"), co doprowadziło do naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 108 ust. 1 ustawy o VAT poprzez jego niewłaściwe zastosowanie w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie uznał skargę za zasadną. Uzasadniając rozstrzygnięcie wskazał, że w sprawie należy rozstrzygnąć, czy prowadzone przez organ pierwszej instancji, a następnie przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie postępowanie podatkowe odpowiadało wymogom Ordynacji podatkowej.

Sąd wskazał, iż organy podatkowe uznały, że skarżąca nie mogła dokonać sprzedaży udokumentowanej fakturą VAT z 29 grudnia 2014 r., tj. sprzedaży prawa do korzystania z licencji S. na rzecz I. S.F.. Jednocześnie organy za prawidłową uznały korektę deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r., w której pomniejszono wartość obrotu i podatku należnego o kwoty odpowiadające kwotom wykazanym w ww. fakturze.

W ocenie Sądu, wnioski organów obu instancji nie znajdują dostatecznego umocowania w materiale dowodowym sprawy. Wskazania wymaga, że postępowanie podatkowe zostało wszczęte postanowieniem z 15 września 2020 r. po przeprowadzeniu kontroli podatkowej, w toku której przedmiotem badania było przestrzeganie przepisów prawa w zakresie podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r., II i III kwartał 2015 r. i I kwartał 2016 r. W toku kontroli podatkowej zgromadzono zasadniczą część materiału dowodowego stanowiącego następnie podstawę ustaleń faktycznych wydanych w sprawie decyzji. Przesłuchano w charakterze świadków S.F. oraz J.G., która prowadziła księgi rachunkowe spółki w latach 2017-2020. Ponadto pozyskano wyjaśnienia podmiotów gospodarczych, które dokonywały nabycia pochodzących od spółki systemów telemetrycznych. Podjęto również wielokrotne próby pozyskania od podatnika dokumentów mających znaczenie dla wymiaru podatku VAT za grudzień 2014 r., jak również wystąpiono do biur rachunkowych prowadzących obsługę spółki oraz S.F. o nadesłanie rejestrów sprzedaży i zakupów VAT oraz dokumentów źródłowych zaewidencjonowanych w tych rejestrach.

W oparciu o zgromadzony w toku kontroli podatkowej materiał dowodowy w zakresie podatku należnego za grudzień 2014 r., w ramach którego, pomimo podjętych prób, nie udało się pozyskać spornej faktury, stwierdzono, że transakcja udokumentowana tą fakturą została przeprowadzona pomiędzy podmiotami wskazanymi w treści faktury. Jak wskazano w protokole, spółka wykazała w deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r. podatek należny wynikający z tej faktury, zaś nabywca wykazał ją w rejestrze nabycia i w pierwotnie złożonej deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r. dokonał odliczenia na podstawie tej faktury. W konsekwencji tego ustalenia kontrolujący stwierdzili, że złożona korekta deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r., w której spółka dokonała pomniejszenia podatku należnego o kwotę wykazaną w zaewidencjonowanej pierwotnie fakturze, prowadziłaby do naruszenia zasady neutralności podatku VAT. Dodatkowo podniesiono, że transakcja została przeprowadzona pomiędzy podmiotami powiązanymi (S.F. posiada 90% udziałów w spółce) w wyniku realizacji z góry powziętego przez strony transakcji zamiaru co do zaniżenia podatku należnego VAT przez skarżącą i jednocześnie uniknięcia przez S.F. odpowiedzialności osób trzecich za zobowiązania spółki. Z akt sprawy wynika, że faktura została pozyskana w postaci wydruku wygenerowanego w systemie Taxxo E-fatura 1.5.1 b 14 sierpnia 2020 r. w odpowiedzi na pismo organu z 13 sierpnia 2020 r., a zatem w okresie pomiędzy sporządzeniem protokołu kontroli podatkowej (31 lipca 2020 r.) a datą wydania postanowienia o wszczęciu postępowania podatkowego (15 września 2020 r.).

Zdaniem Sądu, przedstawienie przebiegu kontroli podatkowej i postępowania podatkowego w tak szerokim zakresie było konieczne, albowiem sposób ich prowadzenia wskazuje, że w istocie o kierunku postępowania strona powzięła wiedzę dopiero z treści decyzji organu pierwszej instancji, którą określono kwotę podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Bezsprzecznie w protokole kontroli podatkowej nie dokonano ustaleń w zakresie podstaw do zastosowania powyższego przepisu prawa, zaś przeprowadzone w jej toku dowody nie zmierzały do wykazania, że zaniżenie podstawy opodatkowania i podatku należnego w korekcie deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r. dotyczyło czynności, która w rzeczywistości nie miała miejsca. Wręcz przeciwnie, podjęte w toku kontroli czynności doprowadziły kontrolujących do ustalenia, że transakcja miała miejsce, zaś skarżąca niezasadnie pomniejszyła w korekcie deklaracji VAT-7 podstawę opodatkowania oraz podatek należny z tej transakcji. Dopiero na etapie postępowania podatkowego do akt włączono wydruk wygenerowany przy pomocy systemu Taxxo E-fatura 1.5.1 b, który potwierdzał wystawienie przez spółkę faktury, a także dowody w postaci potwierdzenia przelewu bankowego i wyjaśnień L. z 2 września 2020 r., przy czym w decyzji powołano dowody i okoliczności faktyczne potwierdzające, zdaniem organu, brak faktycznego obrotu.

W niniejszej sprawie uzasadnienia decyzji organów podatkowych skupiły się w znaczącej mierze na wykazaniu istnienia spornej faktury i jej wprowadzenia do obrotu prawnego, a dopiero w dalszej kolejności na kwestii, czy udokumentowana faktura odzwierciedla rzeczywiste zdarzenie gospodarcze. Według Sądu są to odrębne kwestie, gdyż samo wykazanie, że faktura została wystawiona i wprowadzona do obrotu prawnego uzasadnia co najwyżej uwzględnienie jej w rozliczeniu podatku VAT za grudzień 2014 r. Oczywiste jest zaś, że z punktu widzenia podatnika nie bez znaczenia jest, czy przypisany mu podatek do zapłaty będzie wynikał z rozliczenia podatku od towarów i usług na podstawie art. 103 ust. 1 ustawy o VAT, czy też będzie wynikał z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Formułując zatem wnioski o fikcyjnym charakterze czynności udokumentowanej fakturą, organ podatkowy powinien przeprowadzić postępowanie dowodowe potwierdzające dostatecznie zasadność takiego stanowiska.

Organy podatkowe nie dokonały z udziałem strony analizy, co było w istocie przedmiotem sprzedaży według zakwestionowanej faktury VAT. Określony na tej fakturze przedmiot transakcji jako "sprzedaż prawa do korzystania z licencji S." wymagał w pierwszej kolejności szczegółowego ustalenia z udziałem strony, co obejmował ten przedmiot, jak również w jaki sposób spółka mogła nabyć prawo do licencji. Tym samym organy podatkowe nie ustaliły okoliczności dotyczących powstania i sprzedaży prawa do korzystania z licencji S.

W ocenie WSA w Olsztynie nie jest możliwa sytuacja, gdy tylko i wyłącznie z powodu istnienia różnego rodzaju powiązań pomiędzy podmiotami gospodarczymi organ podatkowy miałby możliwość zakwestionowania legalności transakcji zawartych pomiędzy nimi. Przepisy ustawy o VAT w żaden sposób nie zakazują dokonywania transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi.

Za kolejną kwestię, która nie została wyjaśniona Sąd uznał realizację przez nabywcę prawa do odliczenia w oparciu o sporną fakturę, gdyż w toku postępowania strony prezentowały w tej kwestii rozbieżne stanowiska.

Według Sądu, zasadność zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT powinna być oceniana z uwzględnieniem czy wystąpiło ryzyko uszczuplenia należności na rzecz Skarbu Państwa, organy powinny w tej konkretnej sprawie dokonać oceny, czy zaistniała ostatecznie sytuacja rzeczywistego obniżenia wpływów z tytułu podatku od towarów i usług. Zgromadzony w sprawie materiał dowodowy nie pozwala na ustalenie tej kwestii, decyzje nie zawierają ustaleń dotyczących realizacji przez nabywcę prawa do odliczenia w sytuacji korygowania podatku należnego przez wystawcę faktury. Organy ograniczyły się jedynie do wskazania, że nabywca w pierwotnie złożonej deklaracji skorzystał z prawa do odliczenia. W ocenie Sądu, powyższe twierdzenie nie jest wyczerpujące i wobec braku odniesienia się do okoliczności, czy zaistniała ostatecznie sytuacja rzeczywistego obniżenia wpływów z tytułu podatku od towarów i usług, rozstrzygnięcie określające obowiązek zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT nie może zostać zaakceptowane.

Reasumując Sąd uznał, że w sprawie nie przeprowadzono postępowania dowodowego z zachowaniem reguł wynikających z art. 122, art. 187 § 1, art. 188 i art. 191 Ordynacji podatkowej. Na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego nie sposób było przyjąć, że zakwestionowana faktura VAT nie dokumentuje rzeczywistego zdarzenia gospodarczego.

Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wniósł Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie. Wyrok zaskarżył w całości, zarzucając naruszenie przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy, a polegające na naruszeniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) w zw. z art. 133 § 1, art. 135, art. 141 § 4 i art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2019 r., poz. 2325 ze zm., dalej: "p.p.s.a.") oraz w zw. z art. 121 § 1, art. 122, art. 123 § 1 w zw. z art. 127, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 188, art. 191, a także art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z § 4 Ordynacji podatkowej, poprzez:

1. błędne przyjęcie, a w konsekwencji niewłaściwą ocenę, że materiał dowodowy nie pozwalał na ocenę i stwierdzenie, iż wystawiona i wprowadzona do obrotu przez spółkę faktura VAT z 29 grudnia 2014 r., spełnia przesłanki dokumentu, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, bowiem nie dokumentuje rzeczywistego zdarzenia gospodarczego, co w konsekwencji uprawniało organy do wydania rozstrzygnięcia określającego obowiązek zapłaty podatku w oparciu o ten przepis;

2. błędną ocenę, iż wydając zaskarżoną decyzję w ustalonym stanie faktycznym sprawy organy nie dość precyzyjnie oceniły zasadność przesłanek zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, w szczególności w kontekście wystąpienia ryzyka uszczuplenia należności na rzecz Skarbu Państwa;

3. niewłaściwą ocenę, iż wydając uchylone przez Sąd pierwszej instancji decyzje podatkowe - tj. Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z 1 kwietnia 2021 r. oraz Naczelnika Urzędu Skarbowego w O. z 5 listopada 2020 r., organy naruszyły zasadę czynnego udziału stron w postępowaniu podatkowym oraz zasadę dwuinstancyjności postępowania, przez niewskazanie i niewyjaśnienie podatnikowi przed wydaniem rozstrzygnięcia w przedmiotowej sprawie, na jakich podstawach faktycznych zostanie wydane rozstrzygnięcie merytoryczne w sprawie - zwłaszcza w kontekście okoliczności związanych z uzyskaniem faktury VAT z 29 grudnia 2014 r., oraz pozostałych dokumentów związanych z wykazaną w niej transakcją, przez co ograniczyły jej prawo do podjęcia skutecznej obrony i dowodzenia racji w dwuinstancyjnym postępowaniu podatkowym;

4. błędną ocenę, iż uzasadnienia decyzji organów obu instancji, nie spełniają formalnych wymogów zarówno w zakresie przyjętych ustaleń faktycznych, jak i wyjaśnienia podstawy prawnej z przytoczeniem stosowanych przepisów prawa, zwłaszcza w kontekście wykazania zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT;

5. wydanie w zaskarżonym wyroku wiążącej organ nieprawidłowej oceny prawnej oraz błędnych wskazań co do dalszego postępowania organu w związku ze wskazanymi wyżej naruszeniami przepisów prawa procesowego co w konsekwencji spowodowało bezpodstawne zastosowanie środków przewidzianych w p.p.s.a. do usuwania naruszeń prawa w rozstrzygnięciach administracyjnych poprzez uchylenie zaskarżonej decyzji organu odwoławczego, zamiast oddalenia skargi.

Wskazując na powyższe podstawy wniesiono o uchylenie wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, ewentualnie o uchylenie w całości wyroku, rozpatrzenie sprawy i oddalenie skargi. W każdym przypadku o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę kasacyjną spółka wniosła o jej oddalenie i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Skargę kasacyjną organu podatkowego należało uwzględnić, gdyż zaskarżony wyrok narusza prawo w stopniu powodującym konieczność wyeliminowania go z obrotu prawnego.

Sąd pierwszej instancji wskazał, iż w rozpoznawanej sprawie organy podatkowe uznały, że skarżąca spółka nie mogła dokonać udokumentowanej fakturą VAT nr FV 00005/2014 z 29 grudnia 2014 r. sprzedaży prawa do korzystania z licencji S. na rzecz I. S.F., uznając jednocześnie za prawidłową korektę deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r., w której pomniejszono wartość obrotu i podatku należnego o kwoty odpowiadające kwotom wykazanym w ww. fakturze. Przy czym zdaniem Sądu, wnioski organów obu instancji nie znajdują dostatecznego umocowania w materiale dowodowym sprawy.

Zasadniczym powodem uchylenia decyzji organów obu instancji było stwierdzenie przez Sąd pierwszej instancji przeprowadzenia postępowania podatkowego z naruszeniem przepisów Ordynacji podatkowej regulujących zasady i sposób jego prowadzenia.

Dla rozstrzygnięcia niniejszej sprawy nie ma zasadniczego znaczenia podnoszenie przez Sąd pierwszej instancji, iż dowody zgromadzone w toku postępowania podatkowego stanowiły jedynie uzupełnienie materiału, który zasadniczo został zgromadzony w toku kontroli podatkowej. Konsekwencją tego było błędne stwierdzenie tego Sądu, iż "dokonując diametralnej zmiany oceny ustaleń dokonanych w protokole kontroli, organ miał obowiązek wskazać, przed wydaniem rozstrzygnięcia, na jakich podstawach będzie ono oparte. Uchybienie temu obowiązkowi stanowiło o istotnym błędzie proceduralnym na etapie postępowania przed tym organem. Strona nie może być zaskakiwana przez organ nowymi, nieznanymi jej ustaleniami co do prawa i faktów, o których po raz pierwszy uzyskuje informacje z treści decyzji organu podatkowego" (str. 13 uzasadnienia decyzji).

Zdaniem Sądu pierwszej instancji, prowadząc w taki sposób postępowanie podatkowe organy dopuściły się naruszenia art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej (wyrażającego zasadę czynnego udziału strony w postępowaniu podatkowym) oraz art. 127 tej ustawy (statuującego zasady dwuinstancyjności postępowania). Podkreślenia przy tym wymaga, iż skarżąca spółka nie sformułowała w skardze zarzutów w tym zakresie.

Naczelny Sąd Administracyjny nie podziela powyższej oceny Sądu pierwszej instancji. W niniejszej sprawie kierunek prowadzonego przez organy podatkowe postępowania był od początku oczywisty, gdyż zarówno postępowanie kontrolne, jak i postępowanie podatkowe dotyczyły rozliczenia spółki w podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. Jedynie wynik tego postępowania skrystalizował się ostatecznie w treści decyzji organu podatkowego pierwszej instancji, gdyż doprowadziła do niego ocena zebranego w sprawie materiału dowodowego.

Z akt sprawy wynika, iż przeprowadzona w spółce kontrola zakończona została wydaniem protokołu kontroli z 31 lipca 2020 r., do którego pełnomocnik spółki złożył zastrzeżenia (25 sierpnia 2020 r.). W protokole tym wskazywano wprost na stwierdzony przez kontrolujących brak w dokumentach spółki faktury VAT nr FV 00005/2014 z 29 grudnia 2014 r. W odpowiedzi na złożone przez stronę zastrzeżenia organ podatkowy wystosował pismo z 4 września 2020 r., w którym stwierdził, iż pełnomocnik strony zarzuca brak kompletnego materiału dowodowego i przedwczesność wniosków, nie wskazując jednocześnie żadnych nowych okoliczności oraz dowodów czy wniosków dowodowych na ich poparcie. Organ podatkowy wskazał także na bezskuteczność kierowanych do spółki wezwań do przedłożenia dokumentów związanych z transakcją opisaną w spornej fakturze VAT.

W związku z poczynionymi ustaleniami postanowieniem z 15 września 2020 r. (doręczonym w dniu następnym) wszczęto postępowanie podatkowe, a następnie 16 września 2020 r. zawiadomiono stronę o włączeniu w poczet materiału dowodowego wydruku tej faktury wygenerowanego przy pomocy systemu Taxxo E-fatura 1.5.1 b, który potwierdzał fakt wystawienie przez spółkę faktury. Po zawiadomieniu spółki o możliwości zapoznania się z materiałem dowodowym, dokonanym w trybie art. 200 § 1 Ordynacji podatkowej, 27 października 2020 r. pełnomocnik spółki zapoznał się z materiałem dowodowym zgromadzonym w sprawie, nie składając dalszych pism. Zatem już na tym etapie spółka miała świadomość, iż organ podatkowy nie uznaje zasadności złożonej przez nią korekty rozliczenia za grudzień 2014 r. - gdyż jego zdaniem prowadziłoby to do naruszenia zasady neutralności podatku VAT - wskazuje na brak spornej faktury VAT oraz powołując się na art. 193 § 6 Ordynacji podatkowej stwierdza nierzetelność prowadzonych przez spółkę ksiąg podatkowych, ze wskazaniem za jaki okres i w jakiej części księgi te nie zostały uznane za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów.

W takim działaniu organu podatkowego Sąd pierwszej instancji niesłusznie dopatrzył się naruszenia art. 123 § 1 oraz art. 127 Ordynacji podatkowej. Nie jest niczym nadzwyczajnym, iż organ podatkowy przeprowadza postępowanie w kierunku prawidłowości rozliczenia podatku za dany okres rozliczeniowy (w tym złożonych przez stronę deklaracji lub ich korekt), tego czy strona wystawiła fakturę VAT i czy weszła ona do obrotu, aby w wyniku poczynionych ustaleń stwierdzić ostatecznie, iż wystawiona faktura VAT nie odzwierciedla rzeczywistej transakcji i w sprawie znajduje zastosowanie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Taka sytuacja zaistniała w niniejszej sprawie.

W myśl art. 108 ust. 1 ustawy o VAT w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. Obowiązek zapłaty podatku na podstawie cytowanego przepisu dotyczy sytuacji, w których nie doszło do rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, a wystawione zostały faktury VAT. Przepis ten kreuje zatem samoistny obowiązek zapłaty podatku wykazanego w fakturze w sytuacji, gdy treść tej faktury nie koreluje w pełni z rzeczywistym zdarzeniem gospodarczym. Obowiązek zapłaty podatku wykazanego w fakturze, o której mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, nie może być zrealizowany poprzez ujęcie tej faktury w deklaracji VAT-7 oraz podatek ten nie może być częścią rozliczenia podatku w trybie art. 99 i 103 ustawy o VAT (tak NSA w wyroku 25 sierpnia 2025 r., sygn. akt I FSK 1882/21 – dostępny w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie http://orzeczenia.nsa.gov.pl., dalej: "CBOSA").

W niniejszej sprawie organy podatkowe wzywały spółkę do przedłożenia stosownych dokumentów, a wobec jej bierności przeprowadziły własne postępowanie, w tym poprzez przesłuchanie świadków, którzy mogli mieć wiedzę co do spornej transakcji.

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego dokonując oceny sprawy, Sąd pierwszej instancji zbagatelizował istotną okoliczność istnienia powiązań osobowych pomiędzy skarżącą spółką a I. S.F.. Sąd ten uznał, iż "samo w sobie takie ułożenie łańcucha transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi, w którym S.F. w ramach indywidualnej działalności gospodarczej zajmuje się produkcją systemów telemetrycznych, zaś inny (powiązany z nim) podmiot – spółka z o.o. zajmuje się dystrybucją tych systemów do kontrahentów zewnętrznych nie może prowadzić do zanegowania rozliczeń pomiędzy tymi podmiotami. Relacje pomiędzy podmiotami powiązanymi były dość skomplikowane. Złożony charakter relacji biznesowych wynikał z tego, że towary, którymi obracały wskazane podmioty były nietypowe. Złożony charakter dotyczył również tej samej osoby występującej w organie zarządzającym Spółki i jako właściciela indywidualnej działalności gospodarczej. Z całą pewnością zakwestionowane faktury dotyczyły transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi osobowo i kapitałowo" (str. 17-18 uzasadnienia wyroku).

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego nie budzi wątpliwości, iż transakcje pomiędzy podmiotami powiązanymi są prawnie dopuszczalne i występują dość często w praktyce życia gospodarczego. Nie zmienia to jednak faktu – pomijanego przez Sąd pierwszej instancji – iż w przypadku takich transakcji, podmioty powiązane nie są zwolnione z wymaganego prawem ich dokumentowania. Aby uniknąć ewentualnych zarzutów, iż z uwagi na istniejące powiązania (osobowe lub kapitałowe) transakcje nie mają charakteru rynkowego, podmioty zawierające transakcje, powinny też dążyć do szczególnej staranności przejawiającej się m.in. w skrupulatnym gromadzeniu stosownych dokumentów (co w końcowej części uzasadnienia zauważył również Sąd pierwszej instancji – str. 20).

W niniejszej sprawie takiej skrupulatności niewątpliwie zabrakło. Skarżąca spółka nie posiadała i nie przedłożyła organowi podatkowemu stosownego dokumentu źródłowego w postaci faktury VAT nr FV 00005/2014 z 29 grudnia 2014 r. Ponadto transakcja udokumentowana tą fakturą raz była, a raz nie była wykazywana w obrotach spółki, z czym wiązały się kilkukrotne korekty deklaracji VAT-7 za grudzień 2014 r. Również w trakcie kontroli przeprowadzonej w firmie S.F. nie ujawniono istnienia tej faktury. Dopiero organ podatkowy uzyskał wydruk tego dokumentu przy pomocy systemu Taxxo E-fatura 1.5.1 b.

Ujawnione przez organy podatkowe okoliczności niniejszej sprawy powinien był ocenić Sąd pierwszej instancji czego jednak nie uczynił w sposób prawidłowy, skupiając się na naruszeniach, które nie były objęte zarzutami skargi złożonej przez spółkę.

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnione w tym zakresie były zarzuty skargi kasacyjnej.

W zaskarżonym wyroku Sąd pierwszej instancji wskazał, iż zna z notorii sądowej wyrok WSA w Olsztynie z 17 czerwca 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 264/21 (publ. CBOSA), w którym uchylona została decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z 11 stycznia 2021 r., wydana wobec S.F. w przedmiocie określenia oraz zabezpieczenia na majątku podatnika przybliżonej kwoty zobowiązań w podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. Natomiast Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu jest wiadome z urzędu, iż wskazany wyrok został uchylony wyrokiem NSA z 23 kwietnia 2025 r., sygn. akt I FSK 2361/21 i obecnie wskazana sprawa została już prawomocnie zakończona poprzez wydanie przez WSA w Olsztynie wyroku z 20 sierpnia 2025 r., sygn. akt I SA/Ol 294/25 (oba wyroki dostępne w CBOSA), w którym oddalono skargę S.F. na wskazaną powyżej decyzję zabezpieczającą.

Końcowo wskazać także należy na wyrok NSA z 23 kwietnia 2025 r., sygn. akt I FSK 1458/22, którym oddalona została skarga kasacyjna S.F. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z 28 kwietnia 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 128/22 (oba wyroki publ. w CBOSA). Sprawa dotyczyła decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z 19 lipca 2021 r. wydanej w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. W przywołanym wyroku zakończony został spór pomiędzy S.F. a organami podatkowymi w kwestii rozliczenia grudnia 2014 r., w tym kwestionowania prawa do odliczenia podatku naliczonego z uwagi na brak dokumentów źródłowych (m.in. faktury VAT nr FV 00005/2014 z 29 grudnia 2014 r. wystawionej przez spółkę I. na rzecz I. S.F.). Wynik tego postępowania jednoznacznie należy odnieść do wątpliwości Sądu pierwszej instancji, co do braku danych czy doszło do realizacji przez nabywcę (S.F.) prawa do odliczenia podatku naliczonego w oparciu o sporną fakturę VAT.

Ponownie rozpoznając sprawę Sąd pierwszej instancji winien przeprowadzić merytoryczną ocenę sprawy, z uwzględnieniem zarzutów stawianych w skardze, w tym czy prawidłowo zebrany materiał dowodowy upoważniał organy podatkowe do stwierdzenia, iż w sprawie zastosowanie znalazł art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Co oczywiste, ocena ta powinna uwzględniać wynik prawomocnie zakończonego postępowania w zakresie rozliczenia podatku od towarów i usług u S.F.

Wobec uznania zasadności skargi kasacyjnej wniesionej przez organ podatkowy, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok w całości i sprawę przekazał do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Olsztynie. Orzeczenie o kosztach postępowania kasacyjnego wydano na podstawie art. 203 pkt 2 w związku z art. 205 § 2 i art. 209 p.p.s.a.

|Sędzia NSA |Sędzia NSA |Sędzia NSA |

|Artur Mudrecki |Danuta Oleś (spr.) |Marek Kołaczek |