Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek, Sędzia NSA Marek Kołaczek (spr.), Sędzia WSA del. Dominik Mączyński, , po rozpoznaniu w dniu 18 lutego 2026 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 12 marca 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 2581/24 w sprawie ze skargi K. sp. z o.o. z siedzibą w B. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 18 września 2024 r., nr 1401-IOA.4033.145.2024.MU w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r. oddala skargę kasacyjną.

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.

1.1. Zaskarżonym wyrokiem z 12 marca 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 2581/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej: Sąd pierwszej instancji) po rozpoznaniu skargi K. Sp. z o.o. z siedzibą w B. (dalej: Spółka, Skarżąca) na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: DIAS, Organ drugiej instancji) z 18 września 2024 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r., uchylił zaskarżone postanowienie i zasądził od DIAS na rzecz Skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.

1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawił następujący stan faktyczny sprawy.

Postanowieniem z 8 lipca 2024 r. Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie (dalej: NUS, Organ pierwszej instancji) przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2019 r. do 30 grudnia 2024 r. W uzasadnieniu wskazał, że deklaracją z 25 października 2019 r. Skarżąca wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy podatnika w terminie 60 dni w wysokości 27.547 zł. Termin zwrotu wynikający z ww. deklaracji przypadał na dzień 23 grudnia 2019 r. Termin był kilkukrotnie przedłużany.

Postanowieniem z 18 września 2024 r. Organ drugiej instancji utrzymał w mocy ww. postanowienie NUS. W uzasadnieniu wskazał, że weryfikacja rozliczenia Spółki odbywała się w ramach kontroli celno-skarbowej wszczętej w listopadzie 2019 r. i zakończonej 30 grudnia 2021 r., poprzez doręczenie Skarżącej wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r. Wobec tego, że Spółka nie złożyła korekty deklaracji VAT-7 za wrzesień 2019 r. i nie uwzględniła ustaleń zawartych w wyniku kontroli, Naczelnik Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach postanowieniem z 22 lutego 2022 r. przekształcił kontrolę celno-skarbową w postępowanie podatkowe dotyczące m. in. rozliczenia Skarżącej za wrzesień 2019 r. DIAS stwierdził, że w kontrolowanym postanowieniu wskazano, iż wątpliwości w zakresie zasadności zwrotu dotyczą działalności Spółki w strukturze podmiotów powiązanych, których liderem jest Ś. S.A. (dalej: Ś.). Działalność Spółki charakteryzowały bardzo duże wartości zwrotów bezpośrednich, wielomilionowe wartości zakupów i sprzedaży oraz comiesięczne dokonywanie nabyć usług niematerialnych o tej samej wartości od podmiotów z grupy. DIAS podkreślił również, że w dniu 8 sierpnia 2024 r. została wydana decyzja wymiarowa dotycząca rozliczeń Spółki za wrzesień 2019 r. Z decyzji tej wynika, że doszło do nadużycia prawa w ramach transakcji dotyczących kolejno – nabycia przez Spółkę kotłów parowych, dostawy kotłów przez Spółkę na rzecz E. Sp. z o.o., nabycia kotów parowych przez Spółkę na zasadzie leasingu od wymienionego podmiotu, świadczeniu przez Spółkę usług dzierżawy kotłów parowych na rzecz C. Sp. z o.o. Wskazał przy tym, że z informacji pozyskanych od Naczelnik Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach wynika, że w powyższej decyzji nie kwestionuje on natomiast transakcji z Ś. Zdaniem DIAS, powyższe okoliczności potwierdzały, że zaszły przesłanki do zastosowania art. 87 ust. 2 zd. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm., dalej: u.p.t.u.).

1.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zaskarżonym wyrokiem uchylił postanowienie DIAS.

Zdaniem Sądu pierwszej instancji, NUS w postanowieniu z 8 lipca 2024 r. nie oddał zupełnie przebiegu weryfikacji rozliczenia Spółki za wrzesień 2019 r., choć dysponował chociażby wynikiem kontroli z 22 grudnia 2021 r.

W ocenie Sądu pierwszej instancji doszło do naruszenia przepisów art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w powiązaniu z uchybieniem przepisom postępowania, poprzez nieprawidłowe zastosowanie przez organ podatkowy, przejawiające się wstrzymaniem (na dalszy okres) zwrotu podatku VAT w pełnej kwocie, pomimo braku wykazania w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania tej instytucji co do całej zadeklarowanej kwoty zwrotu. Uchybienie to natomiast jest też wynikiem naruszeń przepisów postępowania, których dopuścił się organ podatkowy na etapie oceny zgromadzonego materiału dowodowego.

2. Skarga kasacyjna.

2.1. Od powyższego wyroku skargę kasacyjną wywiódł Organ drugiej instancji.

2.1.1. Na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo

o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm., dalej: p.p.s.a.), zarzucił naruszenie przepisów postępowania, tj.:

1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. w zw. art. 127, art. 124., art. 210 § 4 w zw. z art. 219 art. 187 i art. 191, a także art. 217 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm., dalej: o.p.) w zw. z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w zw. z art. 274b § 1 o.p., poprzez uchylenie przedmiotowego postanowienia, wskutek błędnego uznania przez Sąd, że dokonując przedłużenia terminu zwrotu organy podatkowe nie oddały zupełnie przebiegu weryfikacji rozliczenia Spółki za wrzesień 2019 r., choć dysponowały chociażby wynikiem kontroli z 22 grudnia 2021 r. pomijając ustalenia w nim zawarte, w sytuacji gdy organy dokonując ustalenia stanu faktycznego wzięły pod uwagę wynik kontroli z 22 grudnia 2021 r. ale również inny materiał dowodowy, a wszechstronna jego ocena prowadziła do wniosku, że zasadnym jest przedłużenie zwrotu podatku VAT za wrzesień 2019 r. w całej zadeklarowanej kwocie;

2) art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a., poprzez jego niezastosowanie w sprawie, będące skutkiem dokonania przez Sąd błędnej kontroli legalności zaskarżonego postanowienia przejawiającej się w wadliwym uznaniu, że zaskarżone postanowienie zostało wydane z naruszeniem art. 87 ust. 2 u.p.t.u. przez przedłużenie terminu zwrotu VAT bez podania dostatecznej racji oraz z naruszeniem art. 127 o.p. oraz art. 124 o.p. oraz art. 210 § 4 w zw. z art. 219 o.p., art. 187 i art. 191, a także art. 217 § 2 o.p. przez niewykazanie w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania instytucji przedłużenia terminu zwrotu VAT co do całej zadeklarowanej kwoty zwrotu, podczas gdy dokonanie prawidłowej kontroli legalności zaskarżonej decyzji wykluczało możliwość zastosowania dyspozycji art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. Powyższe okoliczności powinny w efekcie stanowić dla Sądu podstawę do oddalenia skargi.

2.1.2. Na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a., zarzucił naruszenie prawa materialnego, tj.:

1) odmowę zastosowania art. 87 ust. 2 u.p.t.u., będącą skutkiem błędnej wykładni ww. przepisu, mimo że samo powzięcie przez organ uzasadnionych wątpliwości co do zasadności (wiarygodności) rozliczeń podatkowych, zasadności zwrotu, daje podstawę do przedłużenia terminu zwrotu, natomiast przepis art. 87 ust. 2 u.p.t.u. nie nakłada na organ podatkowy obowiązku wykazywania nieprawidłowości zadeklarowanego zwrotu, lecz wystarczające jest stwierdzenie, że istnieją uzasadnione wątpliwości co do zasadności zwrotu w określonej przez podatnika wysokości, tym bardziej, że ustawodawca dokonał rozdzielenia kompetencji organu podatkowego właściwego w zakresie przedłużenia terminu zwrotu od organu prowadzącego weryfikację zasadności zwrotu w jednym z przewidzianych w art. 87 ust. 2 u.p.t.u. trybie;

2) błędną wykładnie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. polegającą na niewłaściwym zastosowaniu ww. przepisu z uwagi na uznanie, że organ podatkowy niewłaściwie wstrzymał (na dalszy okres) zwrot podatku VAT w pełnej wysokości, pomimo braku wykazania w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania tej instytucji co do całej zadeklarowanej kwoty zwrotu, w sytuacji gdy organ podatkowy wykazał wszystkie przesłanki do przedłużenia zwrotu podatku VAT za wrzesień 2019 r.

2.2. W konsekwencji w skardze kasacyjnej wniesiono o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi Spółki, ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu, a także o zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

3.1. Skarga kasacyjna jest niezasadna.

3.2. Zgodnie z art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej (podstaw kasacyjnych), chyba że zachodzą przesłanki nieważności postępowania sądowego, wymienione w § 2 powołanego artykułu. Takiego rodzaju przesłanek w niniejszej sprawie z urzędu nie odnotowano. Podobnie w trybie tym nie ujawniono podstaw do odrzucenia skargi ani umorzenia postępowania przed sądem pierwszej instancji, które obligowałyby Naczelny Sąd Administracyjny do wydania postanowienia przewidzianego w art. 189 p.p.s.a.

3.3. Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest zgodność z prawem przedłużenia terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek Spółki za wrzesień 2019 r.

3.4. Sąd pierwszej instancji, uchylając zaskarżone postanowienie, stwierdził, że NUS w postanowieniu z 8 lipca 2024 r. nie oddał zupełnie przebiegu weryfikacji rozliczenia strony za wrzesień 2019 r., choć dysponował chociażby wynikiem kontroli z 22 grudnia 2021 r. Sąd dodał, że w wyniku kontroli wskazano, że kwota do zwrotu na rachunek bankowy Spółki powinna wynosić 13.747 zł (str. 19 wyniku kontroli), a nie jak wnioskowała Skarżąca w przedłożonej deklaracji VAT-7 za ten okres w wysokości 27.547 zł. Z prostego zestawienia kwoty zwrotu wykazanego w deklaracji i kwoty uznanej za prawidłową w wyniku kontroli za wrzesień 2019 r. wynika, że NUS winien zmienić zakres wstrzymania zwrotu i ograniczyć go do kwoty rzeczywiście spornej, a nie wstrzymywać go w całości. Również DIAS rozpatrując zażalenia Skarżącej, pominął ustalenia zawarte w wyniku kontroli, które mają istotne znaczenie rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie. Z zaprezentowaną oceną nie zgadza się Organ drugiej instancji.

3.5. Zgodnie z art. 87 ust. 1 u.p.t.u. w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2 u.p.t.u., jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Jednocześnie, na podstawie art. 87 ust. 2 u.p.t.u., zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

3.6. Wykładnia art. 87 ust. 2 u.p.t.u. prowadzi do wniosku, że takie postanowienie może zostać wydane, gdy spełnione są łącznie trzy przesłanki. Po pierwsze, termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął. Po drugie, weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego. Po trzecie, stwierdzenie przez organ, że "zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania" opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach. Jednocześnie, biorąc pod uwagę treść ww. regulacji prawnych, nie powinno ulegać wątpliwości, że dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku stanowi odstępstwo od zasady zwrotu w terminie określonym ustawowo i nie może być odczytywane jako prewencyjne upoważnienie do opóźnienia realizacji praw podatnika. Organy podatkowe, stosując art. 87 ust. 2 u.p.t.u., powinny w szczególności wykazać, co wzbudziło ich wątpliwości i wytłumaczyć, dlaczego uznały, że istnieje potrzeba dalszej weryfikacji (tak m.in. w wyrokach NSA: z 29 stycznia 2019 r., sygn. akt I FSK 2268/18 i z 12 grudnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1840/18). W orzecznictwie akcentuje się, że przedłużenie terminu zwrotu podatku powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione. Jedynie uzasadnienie spełniające ww. wymagania odpowiada wymogom procesowym określonym w Ordynacji podatkowej i tylko takie uzasadnienie może uchronić organ przed zarzutem nadużywania konstrukcji przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 20 marca 2019 r. w sprawie o sygn. akt I FSK 97/19, mimo iż art. 87 ust. 2 u.p.t.u. daje możliwość prolongowania zwrotu podatku, to rozwiązanie takie stanowi istotną ingerencję w prawo do zwrotu nadwyżki VAT, a więc w prawo będące fundamentalnym czynnikiem gwarantującym realizację podstawowych cech konstrukcyjnych tego podatku, to jest zasady neutralności i proporcjonalności (zob. przykładowo: wyrok ETS z 25 października 2001 r., C-78/00 Komisja v. Republika Włoska; wyrok TSUE z 18 października 2012 r., C-525/11 M. v. V.). Korzystanie z możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku, jako odstępstwo od zasady zwrotu w terminie określonym ustawowo, powinno być zatem zastrzeżone dla sytuacji wyjątkowych, w których prawo podatnika musi ustąpić potrzebie ochrony interesów budżetowych państwa. Ten szczególny charakter analizowanej instytucji, niewątpliwie dolegliwej dla podatnika, pociąga za sobą określone obowiązki po stronie organu podatkowego. W konsekwencji odroczenie zwrotu VAT powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione, tak by nie było wątpliwości, że w danej sprawie rzeczywiście istnieje konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu różnicy podatku zgodnie z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. Prawidłowe uzasadnienie rozstrzygnięcia powinno umożliwiać stronie zapoznanie się z motywami, którymi kierował się organ oraz kontrolę prawidłowości rozstrzygnięcia przez sąd. Jednocześnie organ musi przedstawiać argumenty przemawiające za tym, że na moment wydawania postanowienia ma podstawy do tego, by twierdzić, że rozliczenia podatnika za dany okres mogą okazać się nieprawidłowe. Postanowienie powinno dotyczyć jedynie kwoty rzeczywiście spornej, a nie wstrzymywać zwrot w całości.

3.7. Uzasadnienie ma szczególnie istotne znaczenie dla ustalenia, czy organ podatkowy nie przekroczył granic wskazanych w ww. przepisie. Tym samym, w postanowieniu przedłużającym termin zwrotu VAT organ powinien wskazać na powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie i przedstawić istniejące w tym przedmiocie wątpliwości oraz wskazać, dlaczego uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Podatnik w tym zakresie powinien otrzymać jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu VAT. Tak więc przesłanki do wydania postanowienia w omawianym trybie nie stanowi sam fakt wykazania przez podatnika nadwyżki do zwrotu, ale muszą istnieć istotne wątpliwości co do zasadności zwrotu, obiektywne przesłanki wskazujące na konieczność przeprowadzenia w określonej sprawie postępowania weryfikacyjnego.

3.8. Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, że uzasadnienie postanowienia DIAS z 18 września 2024 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r. nie spełnia wyżej wskazanych wymogów. Należy wskazać, że DIAS, powołując się na to, że Organ pierwszej instancji w dacie wydania postanowienia nie dysponował materiałem niezbędnym do zweryfikowania rozliczenia podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r. zaniedbał odniesienia się do realiów sprawy na moment wydawania własnego postanowienia.

Sąd pierwszej instancji zasadnie wskazał, że Organ drugiej instancji, rozpatrując zażalenie Skarżącej, pominął ustalenia zawarte w wyniku kontroli z dnia 22 grudnia 2021 r., które miały istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia.

3.9. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, nie jest skuteczna argumentacja DIAS opierająca się na fakcie wydania w dniu 8 sierpnia 2024 r. przez Naczelnika Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach decyzji wymiarowej dotyczącej rozliczeń Spółki za wrzesień 2019 r., z której wynika, że we wskazanym okresie rozliczeniowym doszło do nadużyć prawa w ramach zawieranych przez Spółkę transakcji dotyczących kotłów parowych.

Jak wskazano w skardze kasacyjnej, w decyzji tej określono Spółce:

a) kwotę różnicy podatku od towarów i usług, o której mowa w art. 87 ust. 1 u.p.t.u., stanowiącą nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2019 r. w wysokości 1.420.369 zł, w tym kwota do zwrotu na rachunek wskazany przez podatnika w wysokości 27.547 zł, kwota do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 1.392.822 zł;

b) kwotę podatku do zapłaty, o którym mowa w art. 108 u.p.t.u., wynikającą z wystawionych faktur VAT za wrzesień 2019 r. w wysokości 21.044 zł.

Kwota nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2019 r. do zwrotu na rachunek bankowy została zatem określona w takiej wysokości, jak wskazana przez Skarżącą w złożonej deklaracji VAT-7, tj. 27.547 zł. Okoliczność, że kwota ta została następnie w całości zaliczona na poczet zaległości podatkowych Skarżącej za inny okres rozliczeniowy, nie ma znaczenia dla oceny prawidłowości rozstrzygnięcia w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu podatku, będącego przedmiotem kontroli w niniejszej sprawie.

3.10. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego nie ma zatem uzasadnienia dla wstrzymania zwrotu podatku VAT w pełnej kwocie, pomimo braku wykazania w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania tej instytucji, co do całej kwoty zadeklarowanej kwoty zwrotu. W rezultacie nie zasługują na uwzględnienie podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty.

3.11. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 p.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną.

Dominik Mączyński Małgorzata Niezgódka-Medek Marek Kołaczek

sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA