Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Jolanta Strumiłło (sprawozdawca) Sędziowie sędzia WSA Andrzej Brzuzy sędzia WSA Przemysław Krzykowski Protokolant specjalista Monika Rząp po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 lutego 2026 r. sprawy ze skargi M. L. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 22 października 2025 r., nr 2801-IOV-1.4103.38.2025 w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres listopad 2014r. - październik 2015r. I. Uchyla zaskarżoną decyzję, II. Zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie na rzecz skarżącej M. L. kwotę 24.863,00 (dwadzieścia cztery tysiące osiemset sześćdziesiąt trzy) zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Zaskarżoną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (dalej jako WSA) w Olsztynie decyzją z 22 października 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie (dalej jako Dyrektor IAS, Dyrektor, DIAS) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie (dalej jako NWMUCS) z 28 lipca 2025 r. określającą M. L. (dalej jako skarżąca, podatniczka, strona) zobowiązania podatkowe w podatku od towarów i usług za czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, wrzesień i październik 2014 r. oraz nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za listopad 2014 r. w tym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za grudzień 2014 r. oraz styczeń, marzec, kwiecień 2015 r., a ponadto nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za luty i maj 2015 r.

Rozpoznana sprawa była już przedmiotem orzekania. Pierwotna decyzja Dyrektora IAS z 30 grudnia 2020 r. utrzymująca w mocy decyzję organu pierwszej instancji została uchylona przez WSA w Olsztynie wyrokiem z 28 lipca 2021 r., I SA/OI 247/21. Następnie Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 17 grudnia 2021 r., I FSK 2128/21, uchylił wyrok WSA w Olsztynie w całości i odrzucił skargę. W ocenie NSA decyzja organu odwoławczego wydana w formie elektronicznej nie została podpisana zgodnie z wymogami określonymi w art. 210 § 1 pkt 8 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 ze zm.), a zatem nie było podstaw do rozpoznania przez WSA skargi wniesionej wobec projektu decyzji.

Ponadto NSA wyrokiem z 5 kwietnia 2025 r., I FSK 37/23, uchylił wyrok WSA w Olsztynie z 6 października 2022 r., I SA/Ol 398/22, i uchylił kolejną decyzję Dyrektora z 30 czerwca 2022 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od września 2014 r. do października 2015 r. Po otrzymaniu akt sprawy Dyrektor IAS decyzją z 3 stycznia 2025 r. uchylił w całości decyzję NWMUCS z 29 czerwca 2018 r. w części dotyczącej:

a) określenia zobowiązania podatkowego za wrzesień i październik 2014 r. i umorzył postępowanie w tym zakresie;

b) określenia zobowiązania podatkowego za czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień i październik 2015 r. oraz w części określenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w tym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za listopad i grudzień 2014 r., styczeń, marzec, kwiecień 2015 r. i do zwrotu na rachunek bankowy podatnika za luty i maj 2015 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia (karty nr 60-67, tom III akt odwoławczych).

Następnie NWMUCS wydał przywołaną na wstępie decyzję z 28 lipca 2025 r. Organ pierwszej instancji zakwestionował kwalifikację podatkowoprawną nabycia przez w prowadzonej przez stronę działalności gospodarczej pod firmą P. M. L. oleju napędowego od K. Sp.j., W. Sp. z o.o. oraz E. Sp. z o.o. Organ podał, że w łańcuchu dostaw paliw, które były następnie przedmiotem zakupu przez firmę skarżącą ze wskazanych na podstawie listów przewozowych CMR podmiotów, mających dokonywać wewnątrzwspólnotowych nabyć paliw dokonywanych w procedurze zawieszenia poboru akcyzy, faktycznie tych nabyć nie dokonywały. W konsekwencji NWMUCS powołał art. 5 ust. 1 pkt 4 i art. 9 ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r. nr 177 poz. 1054 ze zm.; dalej jako u.p.t.u.) i uznał, że strona winna rozpoznać transakcje udokumentowane fakturami zakupu, na których jako dostawców wskazano podmioty K. Sp.j., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o., jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów (WNT).

Po rozpatrzeniu odwołania od tej decyzji Dyrektor IAS wydał decyzję z 22 października 2025 r. zaskarżoną obecnie do Sądu. Dyrektor w pierwszej kolejności wywiódł, że wbrew zarzutom odwołania nie doszło do naruszenia art. 145 § 2 w związku z art. 138c § 1, art. 144 § 1a, art. 144a § 2 i art. 212 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.; dalej jako O.p.), oraz w związku z art. 35b-35e ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej. Uznał za prawidłowe doręczenie decyzji NWMUCS na adres do doręczeń elektronicznych (ADE). Zgoda na doręczenie korespondencji na konto w e-US została na dzień wydania tej decyzji przez pełnomocnika wycofana (k. 518, t. III akt organu). Zatem organ pierwszej instancji zobowiązany był doręczyć korespondencję na adres do doręczeń elektronicznych. Natomiast na dzień wydania decyzji przez Dyrektora IAS z 3 stycznia 2025 r. pełnomocnik posiadał aktywną zgodę na doręczanie pism na konto e-US (k. 55a, t. III akt odwoławczych).

Nie nastąpiło ponadto przedawnienie spornych zobowiązań podatkowych. W rozpatrywanej sprawie wystąpiła przesłanka z art. 70 § 6 pkt 1 O.p., tj. wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe, bieg terminu przedawnienia, który co do zasady upływał z dniem 31 grudnia 2020 r., uległ zawieszeniu od 17 października 2019 r. i trwał do 4.09.2024 r. (prawomocne postanowienie Sądu Okręgowego w [...] z 4 września 2024 r., [...] utrzymujące w mocy postanowienie Prokuratora Prokuratury Okręgowej w [...] z 23 czerwca 2023 r., sygn. [...] o umorzeniu śledztwa w sprawie M. L. i G. L. – k. 18-24 t. III akt odwoławczych). Zatem prawo do określenia zobowiązań w podatku od towarów i usług za te miesiące przedawnia się z dniem 21 listopada 2025 r. (licząc od dnia zawieszenia: 17 października 2019 r. do terminu przedawnienia zobowiązań za te miesiące, tj. do dnia 31 grudnia 2020 r. – zostało 442 dni), co zostało szczegółowo przedstawione na str. 9-11 decyzji NWMUCS z 28 lipca 2025 r.

Organ odwoławczy odnotował, że NSA w wyroku z 5 kwietnia 2024 r., I FSK 37/23, wypowiedział się w kwestii przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją. NSA nie podzielił zarzutu pełnomocnika skarżącej, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało na celu wyłącznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. DIAS powołał orzecznictwo sądów administracyjnych i stwierdził, że umorzenie postępowania karnoskarbowego pozostawało bez wpływu na zawieszenie biegu terminu przedawnienia.

Następnie organ odwoławczy wskazał, że meritum sprawy sprowadza się do rozpoznania transakcji nabycia oleju napędowego w ramach transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów i pozbawienia prawa do odliczenia podatku naliczonego z "pustych" faktur zakupu oleju napędowego. W tym zakresie stwierdził, że nabywane natomiast przez firmę skarżącej paliwa na podstawie faktur, na których jako wystawców wskazano podmioty K. Sp.J., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o. były przewożone od dostawców unijnych w procedurze zawieszenia poboru akcyzy do zarejestrowanych odbiorców dokonujących ich odbioru i rozliczenia podatku akcyzowego i opłaty paliwowej, które po odbiorze paliwa dokonywały wpłat podatku akcyzowego na rachunek bankowy właściwej izby celnej. Odbiory paliw były potwierdzane na listach przewozowych CMR przez wyżej wymienionych zarejestrowanych odbiorców. Dodatkowo do tych listów był załączane "Raporty odbioru/raporty wywozu". Do części tych listów przewozowych były załączane również dowody płatności akcyzy i opłaty paliwowej dokonywane przez tych odbiorców.

Opisano schemat "transakcji łańcuchowych" także w ujęciu graficznym, tj. firm występujących w opisanych transakcjach, w których olej napędowy przemieszczany był z Litwy, Łotwy do firmy skarżącej jako ostatecznego odbiorcy w Polsce. Zgodnie z ustaleniami pierwszy podmiot będący w łańcuchu dostaw "papierowych" miał być zobligowany do rozpoznania wewnątrzwspólnotowego nabycia towaru, co uwolniłby stronę z obowiązku rozpoznania WNT. Pierwszy podmiot w łańcuchu dostaw nie wykazał WNT ani też nie zapłacił podatku należnego z tytułu pierwszej krajowej dostawy. Oznacza to, że na terytorium kraju (Polski) trafił towar, od którego nie został przez nikogo rozliczony podatek VAT z WNT i pierwszej sprzedaży w kraju, a pomimo tego strona taki podatek odliczyła z faktur "papierowych" (puste faktury – niepotwierdzające rzeczywistych transakcji). Takie rozliczenie strony spowodowało naruszenie zasady wielofazowości, ściśle związanej z zasadą powszechności, opartej na mechanizmie "opodatkowanie – odliczenie" (naliczony – odliczony) jak również naruszenie zasady niezakłócania konkurencji, która sprzeciwia się odmiennemu traktowaniu towarów lub usług podobnych, które są wobec siebie konkurencyjne.

Dyrektor IAS odnosząc się do zaleceń NSA z wyroku z 5 kwietnia 2024 r., I FSK 37/23, w kwestii oceny dobrej wiary strony oraz oceny jej świadomości udziału w oszukańczym procederze wskazał, że G. L. (mąż strony i jej pełnomocnik) jak i pracownik firmy skarżącej – P. P. w swoich zeznaniach wskazali, że nie przywiązywali uwagi jakie firmy widniały na dokumentach związanych z tymi transakcjami. G. L. wskazał, że wiedział, że podmioty K. Sp.j., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o. były kolejnymi podmiotami uczestniczącymi w łańcuchu dostaw. DIAS opisał zeznania G. L. i P. P. i podał, że organizowanie dostaw paliwa do własnej firmy z Litwy/Łotwy, koordynowanie transportu i zapewnienie kierowców wyklucza niewiedzę o nierzetelności rzekomych kontrahentów. Strona nie może więc skutecznie zasłaniać się nieświadomym uczestnictwem w "oszukańczym procederze" mającym na celu oszustwo podatkowe, co zostanie wykazane w dalszej części niniejszej decyzji.

Jak podał organ "osoby odpowiedzialne w firmie P. (G. L. i P. P.) za kwestie związane z zakupem paliwa i organizacją transportu, w ogóle nie interesowały się swoimi dostawcami, jak również podmiotami, które brały udział w takich transakcjach. W opinii organu odwoławczego strona nie musiała obawiać się ryzyka nierzetelności dostawców, bowiem sama organizowała dostawy paliwa bezpośrednio od sprzedawców zagranicznych do własnej bazy, zapewniała własnych kierowców i transport, co powodowało, że jakiekolwiek sprawdzanie kooperantów było zbyteczne. W tym stanie rzeczy za całkowicie nietrafny Dyrektor uznał szeroki wywód pełnomocnika w zakresie stawianego stronie "rzekomo" przez organy podatkowe zarzutu dotyczącego nienależytej staranności w doborze kontrahentów (s. 28 zaskarżonej decyzji).

Dyrektor odnotował, że skarżąca w odwołaniu podała, że nie kwestionuje ustaleń w zakresie "wykrytej afery związanej z działalnością braci S., jednak nie może się zgodzić na obciążenie jej skutkami oszustwa podatkowego, o którym nie miała pojęcia" i nie była w stanie się dowiedzieć. DIAS przyjął, że całokształt zgromadzonego materiału dowodowego, pozwala na przyjęcie tezy, że strona wiedziała, że bierze udział w "oszukańczym procederze". Paliwo było przecież ładowne na terytorium Łotwy i Litwy do środków transportu skarżącej i przewożone przez jej kierowców do bazy w A. Stworzenie tak rozbudowanego łańcucha rzekomych dostaw miało więc na celu nie tylko utrudnienie w dojściu przez organy kontroli do rzeczywistego przebiegu transakcji, ale również miały na celu "uwolnienie" strony od obowiązku rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a w konsekwencji doprowadziło do uszczerbku wpływów do budżetu państwa.

Dyrektor podał, że wbrew twierdzeniom pełnomocnika w rozpatrywanej sprawie nie mogą być uwzględnione tezy przywołanych orzeczeń TSUE z 7 lipca 2022 r. w sprawie C-696/20 oraz wyroku NSA z 20 grudnia 2022 r., I FSK 1787/17. Stan faktyczny który był przedmiotem rozstrzygania jest bowiem odmienny od stanu faktycznego rozpatrywanej sprawy. Mianowicie w sprawach zawisłych przed TSUE i NSA Spółka uczestniczyła w transakcjach łańcuchowych dotyczących tych samych towarów, zawartych przez co najmniej trzy podmioty gospodarcze. Towary zostały przetransportowane bezpośrednio od pierwszego podmiotu w łańcuchu dostaw, mającego siedzibę w jednym państwie członkowskim, do ostatniego podmiotu w tym łańcuchu, mającego siedzibę w innym państwie członkowskim. Spółka pełniła rolę pośrednika pomiędzy dostawcą a odbiorcą. Tymczasem w niniejszej sprawie, transakcja miała miejsce pomiędzy dostawcą (z Litwy lub Łotwy) a stroną (ostateczny odbiorca w Polsce).

W konsekwencji dostawy (z Litwy i Łotwy) spełniają wszystkie przesłanki związane z dostawą wewnątrzwspólnotową i powinny być opodatkowane na Litwie i Łotwie jako wewnątrzwspólnotową dostawa towaru (WDT). Strona natomiast jako ostateczny odbiorca na terytorium kraju, powinna zakwalifikować te transakcje jako wewnątrzwspólnotowe nabycie (WNT) w kraju (art. 9 ust. 1).

Jak podał organ odwoławczy, skoro NSA w wyrokach z 5 kwietnia 2024 r. przesądził, że nie mają tu zastosowania przepisy art. 7 ust. 8 w związku z art. 22 ust. 2 i ust. 3 u.p.t.u. (został zerwany jedynie fakturowy obrót towarem, nie został natomiast zerwany rzeczywisty obrót towarem i jego konsekwencje prawne), to transakcje te należy rozpoznać jako transakcje wewnątrzwspólnotowego nabycia towaru, co zostało w sposób szczegółowy opisane w niniejszej decyzji. "W konsekwencji dostawy (z Litwy i Łotwy) spełniają wszystkie przesłanki związane z dostawą wewnątrzwspólnotową i powinny być opodatkowane na Litwie i Łotwie jako wewnątrzwspólnotowa dostawa towaru (WDT). Strona natomiast jako ostateczny odbiorca na terytorium kraju, powinna zakwalifikować te transakcje jako wewnątrzwspólnotowe nabycie (WNT) w kraju (art. 9 ust. 1). Następstwem powyższego, strona została obciążona podatkiem należnym z tego tytułu, który stał się jednocześnie podatkiem naliczonym podlegającym odliczeniu (jednokrotność opodatkowania i prawo do odliczenia). Zatem w zaistniałej sytuacji wbrew twierdzeniom pełnomocnika nie została naruszona zasada proporcjonalności i neutralności podatkowej (s. 30 zaskarżonej decyzji).

W odniesieniu do zarzutu pominięcia dowodów znanych organowi z urzędu (postanowień prokuratora z 23 czerwca 2023 r. oraz Sądu Karnego z 4 września 2024r.) DIAS podniósł, że wobec treści art. 11 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi i art. 194 § 1 i § 3 O.p. jest związany jedynie ustaleniami wydanego w postępowaniu karnym prawomocnego wyroku skazującego co do popełnienia przestępstwa, i że odpowiedzialność karna opiera się na zasadzie winy i jest konsekwencją dopuszczenia się czynu zabronionego, a postępowanie podatkowe nie operuje pojęciem winy, lecz odwołuje się do obiektywnego naruszenia prawa. Powołał orzecznictwo sądów administracyjnych wskazując, że uniewinniający wyrok sądu karnego nie jest wiążący dla sądu administracyjnego w tym sensie, że sąd administracyjny może zaakceptować ustalenia organu administracji odmienne od tych, które legły u podstaw wydania przez sąd karny wyroku uniewinniającego.

Dyrektor zacytował wyrok NSA z 21.06.2017 r., I FSK 1964/15, który omówił należytą staranność podatnika podatku od towarów i usług w relacjach handlowych (dobrą wiarę). Organ stwierdził, że nie sposób przyjąć, aby podatnik odliczający podatek z takiej faktury, nie był świadomy swojego oszukańczego działania, skoro wystawieniu tego rodzaju faktury nie towarzyszy w ogóle żadna dostawa towaru lub świadczenie usług przez podmiot ją wystawiający (obrót istnieje tylko na fakturze)." (s. 33 zaskarżonej decyzji).

Jak stwierdził organ, w 2014-2015 na etapie rozliczeń celnych wielokrotnie następowała zmiana klienta na przewożone paliwo, poprzez jego rzekomy zakup przez stronę. Nieprawdopodobne jest by takie transakcje z powodu np. rezygnacji pierwotnego klienta powtarzały się wielokrotnie.

Reasumując, zdaniem DIAS w dostawach z Litwy i Łotwy występowały firmy, które brały udział w oszustwie podatkowym polegającym na stworzeniu sztucznego łańcucha dostaw towarów których w rzeczywistości nie doszło. Wieloetapowość dostaw miała przeszkodzić wykryciu rzeczywistego przebiegu transakcji oraz rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a w konsekwencji doprowadzić do nieuiszczenia do budżetu państwa podatku należnego z tytułu sprzedaży pierwszym krajowym nabywcom i do bezprawnego odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych przez K. Sp.j., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o. Okoliczności te dowodzą, że strona świadomie wykorzystała nierzetelne faktury VAT wystawione przez te spółki, aby odliczyć podatek VAT naliczony (niezapłacony przez wystawców faktur) (s. 33-34 zaskarżonej decyzji).

Wskazane okoliczności oraz powtarzalność sekwencji zdarzeń potwierdzają w ocenie Dyrektora, że strona była świadomym uczestnikiem "oszukańczego procederu" polegającego między innymi na odliczeniu podatku naliczonego z faktur "papierowych" niepotwierdzających rzeczywistych transakcji zawartych przez wystawców faktur. DIAS uznał przy tym, że decyzja z 31 lipca 2015 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od lutego do grudnia 2013 r. nie dotyczyła okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia rozpoznawanej sprawy. Odmiennie niż w niniejszej sprawie firma skarżącej nie organizowała transportu. Ponadto w kwestii faktur wystawionych przez F. wynika, że spółka ta została objęta śledztwem prowadzonym przez Prokuraturę Okręgową w [...] i przedstawiono między innymi prezesowi zarządu zarzut działania w zorganizowanej grupie przestępczej, wprowadzającej paliwa nieznanego pochodzenia do obrotu oraz wystawiania faktur sprzedaży, które nie odzwierciedlały rzeczywistych transakcji sprzedaży paliwa. Zatem ustalenia decyzji z 31 lipca 2015 r. dotyczyły dostaw w obrocie krajowym, wykonywanych przez obcego przewoźnika, a więc odmiennego od stanu faktycznego przedmiotowej sprawy. Niezakwestionowanie pozostałych dostaw nie może być traktowane jak akceptacja działań strony, organ bowiem weryfikował jedynie transakcje z bezpośrednimi kontrahentami, a nie analizował sprawy w zakresie wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów.

Zatem to zebrany materiał i jego ocena w całokształcie zgromadzonych dowodów determinował wnioski co do stanu faktycznego, odmiennego od stanu faktycznego przedmiotowej sprawy, i nie można zgodzić się z twierdzeniami strony, jakoby brak zakwestionowania przez organ kontroli udziału strony w określonych schematach (łańcuchach dostaw) utwierdzał ją w przekonaniu do stwierdzenia, że działa poprawnie.

DIAS powołał się na zeznania P. P. z 11.01.2017 r. (k. 1084-1086, t. V), męża skarżącej z 14 grudnia 2016 r. i 1.08.2017 r. (k. 1067-1070, t. V), kierowców firmy P. i uznał, że z zeznań świadków oraz dokumentacji przedłożonej przez firmę P. dotyczącej usług transportowych wynika, że "paliwa mające być przedmiotem zakupów przez firmę P. od firm K. Sp.j., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o., były przewożone przez kierowców P. na całej trasie, tj. od podmiotów dokonujących wysyłki paliw aż do bazy w A. Natomiast kosztami tych transportów obciążane były firmy T. Sp.j. (od listopada 2014 r. do kwietnia 2015 r.), O. Limited od maja 2015 r. – dotyczy K. Sp.j., V. s.r.o. za transport do B., a za transport do A. M. s.r.o. – dotyczy W. Sp. z o.o., K.1 s.r.o. za transport do B., a za transport do A. F.1 s.r.o. – dotyczy E. Sp. z o.o.

Dyrektor doszedł do przekonania, że paliwem będącym przedmiotem zakupu na podstawie faktur, na których wskazano jako dostawców podmioty: K. Sp.j., W. Sp. z o.o., E. Sp. z o.o., firma P. dysponowała już na terytorium państwa wysyłki paliw – od momentu zlania paliwa do cystern, aż do miejsca zakończenia przewozu w A. W zaistniałej sytuacji udowodniono, że firma P. weszła w fizyczne posiadanie paliwa będącego przedmiotem zakupu już na terytorium państwa wysyłki, w momencie załadunku paliwa na cysterny, którymi je przewoziła. W dostawach z Litwy i Łotwy występowały firmy, które brały udział w oszustwie podatkowy polegającym na stworzeniu sztucznego łańcucha dostaw towarów których w rzeczywistości nie doszło. Wieloetapowość dostaw miała przeszkodzić wykryciu rzeczywistego przebiegu transakcji oraz rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a w konsekwencji doprowadzić do nierozliczenia podatku z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Okoliczności te dowodzą, że strona wiedziała o nierzetelności transakcji i świadomie wykorzystała nierzetelne faktury VAT wystawione przez te spółki, aby odliczyć VAT naliczony z tych faktur pomimo tego, że do budżetu państwa nie został zapłacony podatek należny z pierwszej krajowej dostawy. Przy czym powtarzalność takiej sekwencji zdarzeń potwierdza świadomość strony. Faktury posłużyły bowiem skarżącej do obniżenia podatku należnego o wynikający z tych faktur podatek naliczony.

Dyrektor uznał, że NWMUCS w decyzji z 28 lipca 2025 r. zasadnie przyjął do rozliczenia w podatku od towarów i usług podatek należny z tytułu WNT stosownie do art. 5 ust. 1 pkt 4 u.p.t.u., a także podatek naliczony w wysokości podatku należnego z tytułu WNT (art. 86 ust. 10 u.p.t.u.) i pozbawił stronę prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących dostawy krajowe [art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u.]. Stronie nie przysługiwało bowiem prawo do odliczenia od podatku należnego kwot podatku naliczonego wynikającego z zakwestionowanych faktur wystawionych przez K. Sp.j., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o., dokumentujących dostawy krajowe (art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) – bo był to wyłącznie obrót "fakturowy/papierowy" ("puste" faktury), a nie rzeczywisty.

Pozostałe zarzuty odwołania Dyrektor IAS uznał za nieuzasadnione.

Strona, reprezentowana przez doradcę podatkowego, zaskarżyła do tut. Sądu powyższą decyzję Dyrektora IAS z 22 października 2025 r. Wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej i poprzedzającej ją decyzji oraz zasądzenie od organu na rzecz skarżącej kosztów postępowania według norm przepisanych. Zarzuciła naruszenie:

1. art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez rozpatrzenie odwołania i wydanie ostatecznej decyzji w sprawie decyzji NWMUCS z 28 lipca 2025 r. obarczonej istotną wadą prawną, wskutek braku wejścia do obrotu prawnego poprzedzającej ją decyzji ostatecznej wydanej przez Dyrektora IAS z 3 stycznia 2025 r., którą doręczono wadliwie na prywatne konto pełnomocnika na portalu e-urząd skarbowy z naruszeniem art. 145 § 2 O.p. w związku z art. 35b-35e ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej,

2. art. 145 § 2 O.p. w związku z art. 138c § 1, art. 144 § 1a, art. 144a § 2 i art. 212 O.p. oraz w związku z art. 7 ust. 1 i art. 32 ust. 1 i 2 ustawy z 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych (Dz. U. z 2024 r., poz. 1045), dalej jako u.d.e., poprzez doręczenie zaskarżonej decyzji na jeden z trzech posiadanych przez pełnomocnika adresów na portalu e-doręczenia, wpisanych do urzędowej bazy adresów elektronicznych, o której mowa w art. 25-37 u.d.e., zamiast na adres elektroniczny do doręczeń wskazany przez pełnomocnika na urzędowym druku pełnomocnictwa PPS-1,

3. art. 121 § 1, art. 122 § 1 i 2, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 188, art. 191, 199a § 3 i art. 210 § 4 O.p., a także przepisów art. 194 § 1 O.p., poprzez:

a) wadliwą ocenę stanu faktycznego, niezgodną ze stanem rzeczywistym,

b) pominięcie przedłożonych przez skarżącą dowodów oraz odmowę uwzględnienia zgłoszonych wniosków dowodowych,

c) wadliwe wnioskowanie niepoparte dowodami materialnymi i pominięcie dowodów znanych organowi z urzędu w postaci uzasadnień prawomocnego postanowienia Prokuratury Okręgowej w [...] z 23 czerwca 2023 r., sygn. [...] oraz uzasadnienia prawomocnego postanowienia Sądu Okręgowego w [...] z 4 września 2024 r., [...],

d) naruszenie zasady budzenia zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.), zasady prawdy materialnej (art. 122 § 1 O.p.) oraz zasady rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego na korzyść strony (art. 122 § 2 O.p.) poprzez dowolną ocenę materiału dowodowego, brak uwzględnienia zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań na gruncie decyzji wydanej za 2013 r. oraz naginanie okoliczności faktycznych do z góry przyjętej tezy o udziale skarżącej w zorganizowanej grupie przestępczej, wbrew ustaleniom Prokuratury i Sądu Karnego,

e) brak zastosowania się organu odwoławczego do zaleceń NSA wyrażonych w wyroku z 5 kwietnia 2024 r., I FSK 37/23, co spowodowało naruszenie przepisów art. 170 i 153 w zw. z art. 193 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi,

f) brak przekonującego uzasadnienia w zakresie oceny dowodów i brak przeprowadzenia dowodów wnioskowanych przez stronę postępowania,

g) brak wystąpienia do sądu powszechnego o ustalenie istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego pomiędzy skarżącą, a podmiotami zlecającymi jej usługi transportowe, co było obowiązkiem organów obu instancji wobec bezpodstawnego stwierdzenia, że to skarżąca była "organizatorem transportu" (dotyczy: umów z T.1 Sp. z o.o. z 10 lutego 2014 r., jak też z 12 maja 2014 r. wraz z aneksem z 8 stycznia 2015 r., oraz umowy z 9 września 2014 r., umowy z V. S.R.O. z Czech z 1 grudnia 2014 r., umowy z O. LTD z [...] z 16 kwietnia 2015 r., umowy z U. z Litwy z 1 marca 2014 r.),

4. art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. poprzez nieuwzględnienie przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją,

5. art. 86 ust. 1, art. 86 ust. 10b pkt 2 lit. a) (poprzez brak zastosowania), art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) i art. 22 ust. 1 pkt 1 u.p.t.u. (poprzez wadliwe zastosowanie) oraz art. 25 ust. 1 (poprzez brak zastosowania) w związku z art. 5 ust. 1 pkt 4 i art. 9 ust. 1 u.p.t.u.

Skarżąca w treści skargi odniosła się m.in. do prawidłowości ustalonego stanu faktycznego. Wskazała, że organy obu instancji zastosowały w sprawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. powołując się na fikcyjność dostaw paliwa i zarzucając skarżącej posłużenie się fakturami, które nie odzwierciedlają faktycznie wykonanych czynności (dostaw paliwa). Jednak umarzając śledztwo po drobiazgowo przeprowadzonym postępowaniu Prokuratura Okręgowa w [...] odrzuciła w całości zarzuty organu powiązane z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u., oraz potwierdziła, że stan faktyczny rozpatrywanej sprawy nie pozwalał na ich postawienie. Omawiana kwestia stała się podstawą do formułowania dalszej argumentacji zacytowanej w dalszej części uzasadnienia niniejszego wyroku.

Odpowiadając na skargę organ odwoławczy wniósł o oddalenie skargi i podtrzymał stanowisko dotychczas prezentowane w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

Istota sporu sprowadza się do tego, czy organ odwoławczy, a wcześniej organ pierwszej instancji miały prawo w oparciu o dostrzeżone nieprawidłowości do podjęcia wobec skarżącej rozstrzygnięcia w zakresie podatku od towarów i usług za okres od listopada 2014 r. do października 2015 r.

Uwzględniając zapadły w niniejszej sprawie wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 kwietnia 2025 r., I FSK 37/23, Sąd ma na uwadze, że zgodnie z art. 153 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143), dalej jako "p.p.s.a.", ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.

NSA w uzasadnieniu wyroku podał, że ustalony przez organ stan faktyczny nie daje podstaw do zastosowania powołanych przez organ przepisów prawa materialnego (art. 5 ust. 1 pkt 4, art. 88 ust. 3a pkt 2 u.p.t.u.). Uwaga ta, zwłaszcza w kontekście stwierdzonych przez organ nieprawidłowości wśród podmiotów stanowiących ogniwa łańcucha transakcji, nie oznacza wykluczenia możliwości zastosowania w sprawie innych przepisów u.p.t.u. pozwalających na zakwestionowanie prawa do odliczenia podatku naliczonego. Dokonując ponownej oceny możliwości zastosowania określonych przepisów u.p.t.u. do poczynionych w sprawie ustaleń faktycznych, organ nie może jednak pominąć w szczególności dorobku orzeczniczego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w zakresie konieczności badania zachowania przez podatnika należytej staranności. Na żadnym etapie postępowania organy nie zakwestionowały bowiem istnienia towaru stwierdzonego w fakturach posiadanych przez skarżącą. Dodatkowo, mając na uwadze obowiązek respektowania zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań jednostki, wyrażonej w polskim porządku prawnym jako zasada budzenia zaufania do organów podatkowych w art. 121 § 1 O.p., na którą powoływała się skarżąca, organ został zobligowany do wyjaśnienia zmiany kwalifikacji prawnopodatkowej czynności, które stanowiły utrwaloną praktykę postępowania skarżącej, która nie została zakwestionowana we wcześniejszych decyzjach organu. Okoliczność ta ma szczególnie istotne znaczenie zwłaszcza w kontekście badania przez organ, czy skarżąca pozostawała w dobrej wierze w zakresie realizowanych transakcji.

Odnosząc się w pierwszej kolejności do najdalej idącego zarzutu z pkt 1 skargi, tj. naruszenie art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez rozpatrzenie odwołania i wydanie ostatecznej decyzji w sprawie decyzji obarczonej istotną wadą prawną, czyli w sprawie decyzji NWMUCS z 28 lipca 2025 r., a to wskutek braku wejścia do obrotu prawnego poprzedzającej ją decyzji ostatecznej wydanej przez DIAS w dniu 3 stycznia 2025 r., którą doręczono wadliwie na prywatne konto pełnomocnika na portalu e-US z naruszeniem art. 145 § 2 O.p. w zw. z art. 35b-35e ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2023 r. poz. 615 ze zm.; dalej jako ustawa o KAS), to w ocenie Sądu nie zasługiwał on na uwzględnienie.

Wskazać na wstępie należy (odwołując się do postanowienia NSA z 8 października 2025 r., II FSK 895/25), że wyrażona w art. 35e ust. 4 ustawy o KAS reguła, zgodnie z którą organy podatkowe doręczają pisma w e-US na konto użytkownika po udzieleniu przez niego zgody, ma charakter generalny (ogólny). Jeżeli użytkownik wyraził zgodę na komunikację za pośrednictwem tego kanału, wówczas wszystkie pisma doręcza się w ten sposób, dopóki aktualna pozostaje zgoda na ten kanał komunikacji elektronicznej. Przy czym nie ma też znaczenia czy pismo poprzez e-US doręczane jest osobie fizycznej w jego własnej sprawie czy też pełnomocnikowi. Jednocześnie NSA zauważył, że pełnomocnik szczególny wyrażając zgodę na doręczanie pism na konto osoby fizycznej w e-US, wyraża taką zgodę we własnym imieniu jako osoba fizyczna, a zakres tej zgody obejmuje nie tylko prywatną, ale i zawodową (jako fachowego pełnomocnika) sferę kontaktów z organami KAS (też wyrok NSA z 30 maja 2025 r., I FZ 41/25). Nie ma bowiem przeciwskazań, aby pełnomocnik działał w imieniu swego mocodawcy z poziomu swojego konta osoby fizycznej jako użytkownik konta w e-US, czego dotyczy zapis z art. 35e ust. 1 ustawy o KAS. Jednocześnie sąd ten zauważył, że istotna jest także regulacja wynikająca z art. 146 § 1 O.p. dotyczącego obowiązku zawiadomienia organu podatkowego o zmianie adresu. Zgodnie z tym przepisem w toku postępowania strona oraz jej przedstawiciel lub pełnomocnik mają obowiązek zawiadomić organ podatkowy o zmianie adresu, pod którym dokonuje się doręczeń. Przepis ten nie przewiduje formy w jakiej zawiadomienie takie ma zostać dokonane. Na znaczenie tej regulacji dla doręczeń profesjonalnemu pełnomocnikowi zwrócono uwagę w postanowieniu NSA z 20 listopada 2024 r., I FZ 251/24. Wskazano w nim, że jeżeli pełnomocnik w toku postępowania ma obowiązek aktualizować adres, pod którym dokonuje się doręczeń, wyrażenie zgody przez pełnomocnika na doręczanie korespondencji za pośrednictwem platformy e-US oznacza dokonanie takiej aktualizacji adresu do doręczeń w stosunku do wskazanego poprzednio w pełnomocnictwie. Jak podkreślił też NSA, istotna jest zatem chronologia zdarzeń w danej sprawie, czyli moment, w którym pełnomocnik wyraża zgodę na doręczanie mu pism od organów podatkowych na konkretny kanał.

Uwzględniając dotychczasowe rozważania oraz akta sprawy przedłożone do kontroli Sądu wskazać należy, że kanałem komunikacyjnym, który obowiązywał (bo na taki wyraził zgodę pełnomocnik i zgoda ta nie została wycofana) w dacie wydania przez DIAS decyzji z 3 stycznia 2025 r. i jej doręczenia 16 stycznia 2025 r. – był kanał komunikacji elektronicznej e-US (był on bowiem otwarty w tych datach powodując aktualizację kanału wynikającego z pełnomocnictwa PPS-1 – k. 55a, t. III akt odwoławczych). Wbrew zatem twierdzeniu skarżącej organ nie miał obowiązku kierowania przedmiotowej decyzji (jak chciałaby tego strona) na adres elektroniczny do doręczeń wskazany przez pełnomocnika na urzędowym druku pełnomocnictwa PPS-1. Dlatego też przedmiotowy zarzut należało uznać za pozbawiony podstaw.

Sąd nie uwzględnił również zarzutu naruszenia naruszenie art. 145 § 2 O.p. w zw. z art. 138c § 1, art. 144 § 1a, art. 144a § 2 i art. 212 O.p. oraz w zw. z art. 7 ust. 1 i art. 32 ust. 1 i 2 u.d.e., poprzez doręczenie zaskarżonej decyzji na jedno z trzech posiadanych przez pełnomocnika adresów na portalu e-doręczenia, wpisanych do urzędowej bazy adresów elektronicznych, o której mowa w art. 25-37 u.d.e., zamiast na adres elektroniczny do doręczeń wskazany przez pełnomocnika na urzędowym druku pełnomocnictwa PPS-1.

Zgodnie z art. 145 § 2 O.p., jeżeli ustanowiono pełnomocnika, pisma doręcza się pełnomocnikowi pod adresem wskazanym w pełnomocnictwie.

Według art. 144 § 1a O.p., organ podatkowy doręcza pisma na adres do doręczeń elektronicznych, chyba że doręczenie następuje na konto w systemie teleinformatycznym organu podatkowego albo w siedzibie organu podatkowego. Jednak w stosunku do profesjonalnych pełnomocników znajduje zastosowanie przepis szczególny, tj. art. 144 § 5 O.p., zgodnie z którym doręczanie pism pełnomocnikowi będącemu adwokatem, radcą prawnym lub doradcą podatkowym oraz organom administracji publicznej następuje za pomocą środków komunikacji elektronicznej albo w siedzibie organu podatkowego.

Stosownie do art. 146 § 1 O.p. w toku postępowania strona oraz jej przedstawiciel lub pełnomocnik mają obowiązek zawiadomić organ podatkowy o zmianie adresu, pod którym dokonuje się doręczeń.

W myśl art. 138e § 1 O.p. pełnomocnictwo szczególne upoważnia do działania we wskazanej sprawie podatkowej lub innej wskazanej sprawie należącej do właściwości organu podatkowego.

Jednocześnie z art. 138c § 1 O.p. wynika, że pełnomocnictwo wskazuje dane identyfikujące mocodawcę, w tym jego identyfikator podatkowy, dane identyfikujące pełnomocnika, w tym jego identyfikator podatkowy, a w przypadku nierezydenta - numer i serię paszportu lub innego dokumentu potwierdzającego tożsamość, lub inny numer identyfikacyjny, o ile nie posiada identyfikatora podatkowego, adres tego pełnomocnika do doręczeń w kraju, chyba że wskazuje adres do doręczeń elektronicznych, na który organy podatkowe mają doręczać pisma. Adwokat, radca prawny lub doradca podatkowy wskazuje adres do doręczeń elektronicznych.

Z przywołanych regulacji wynika (Sąd posłuży się argumentacją znaną obu stronom postępowania z wyroku tut. Sądu z 28 stycznia 2026 r., I SA/Ol 539/25), że pełnomocnik profesjonalny ma obowiązek wskazać w treści pełnomocnictwa adres do doręczeń elektronicznych i jest to adres do doręczeń pełnomocnikowi, o którym stanowi art. 145 § 2 O.p. in fine. Ponadto od 1 stycznia 2025 r. zostały wdrożone tzw. e-Doręczenia, które zmieniają w sposób istotny sposób doręczania pism przez podmioty publiczne, w tym organy administracji skarbowej. Zgodnie bowiem z art. 4 ust. 1 u.d.e. podmiot publiczny doręcza korespondencję wymagającą uzyskania potwierdzenia jej nadania lub odbioru z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego na adres do doręczeń elektronicznych wpisany do bazy adresów elektronicznych. Nadto w słowniczku zawartym w art. 2 pkt 1 u.d.e. wskazano, że adres do doręczeń elektronicznych oznacza adres elektroniczny, o którym mowa w art. 2 pkt 1 ustawy z 18 lipca 2002 r. o świadczeniu usług drogą elektroniczną (Dz. U. z 2024 r. poz. 1513), podmiotu korzystającego z publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub publicznej usługi hybrydowej albo z kwalifikowanej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego, umożliwiający jednoznaczną identyfikację nadawcy lub adresata danych przesyłanych w ramach tych usług. Stosownie zaś do art. 166 pkt 5 u.d.e. z dniem 1 stycznia 2025 r. wszedł w życie art. 9 ust. 1 pkt 1-6 i 8 tej ustawy. Z przepisu art. 9 ust. 1 pkt 3 przedmiotowej regulacji wynika, że do posiadania adresu do doręczeń elektronicznych wpisanego do bazy adresów elektronicznych, powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego albo kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego jest obowiązany doradca podatkowy wykonujący zawód. Jak przy tym wynika z art. 7 ust. 1 i ust. 2 u.d.e., wpis adresu do doręczeń elektronicznych do bazy adresów elektronicznych jest równoznaczny z żądaniem doręczania korespondencji przez podmioty publiczne na ten adres. Podmiot występujący o: 1) utworzenie adresu do doręczeń elektronicznych powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub 2) wpis adresu do doręczeń elektronicznych powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego albo z kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego do bazy adresów elektronicznych – jest informowany o skutkach prawnych wpisu adresu do doręczeń elektronicznych do bazy adresów elektronicznych, w tym o prawach i obowiązkach z niego wynikających, a w przypadku wystąpienia o utworzenie adresu do doręczeń elektronicznych powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego - także o zasadach zarządzania skrzynką doręczeń oraz o prawach i obowiązkach posiadacza skrzynki doręczeń.

W ocenie Sądu zatem, z art. 7 ust. 1 u.d.e. wynika, że dokonanie wpisu adresu do doręczeń elektronicznych danego podmiotu do bazy adresów elektronicznych (co miało miejsce w tej sprawie i strona tego nie kwestionuje) oznacza, że podmiot ten żąda doręczania mu korespondencji od wszystkich podmiotów publicznych na adres wpisany do tej bazy. Z przepisu tego wynika jednocześnie, że samo wystąpienie o utworzenie adresu do doręczeń elektronicznych powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub o wpis adresu do doręczeń elektronicznych powiązanego z publiczną albo kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego do bazy adresów elektronicznych nie powoduje jeszcze konsekwencji prawnych. Opisany w przepisie art. 7 ust. 1 u.d.e. skutek prawny materializuje się bowiem dopiero od dnia dokonania tego wpisu do bazy adresów elektronicznych, co stanowi czynność materialno-techniczną (zgodnie z art. 33 ust. 1) i jest wyraźnie oznaczane poprzez wskazanie daty [art. 26 pkt 1 lit. h), pkt 2 lit. i) oraz pkt 3 lit. j) u.d.e.]. W świetle przepisów ustawy o doręczeniach elektronicznych nie można cofnąć, zawiesić albo zrezygnować z żądania doręczania korespondencji przez podmioty publiczne na adres do doręczeń elektronicznych wpisany do bazy adresów elektronicznych – niezależnie od tego, czy miałoby to miejsce w odniesieniu do jednej konkretnej korespondencji (pisma, sprawy), czy też do wszystkich. Złożenie do podmiotu publicznego pisma zawierającego takie żądanie pozostaje prawnie bezskuteczne w kontekście art. 4 ust. 1 u.d.e. (zob.: B. Kwiatek, A. Skóra, Doręczenia elektroniczne. Komentarz 2023).

Wskazać przy tym należy, że z art. 147 ust. 3 u.d.e. wynika, że doręczenie korespondencji nadanej przez podmiot publiczny posiadający elektroniczną skrzynkę podawczą w e-PUAP do osoby fizycznej lub podmiotu niebędącego podmiotem publicznym, o których mowa w ust. 2, nieposiadających adresu do doręczeń elektronicznych, jeżeli: (1) korespondencja ta stanowi odpowiedź na podanie albo wniosek złożone w ramach usługi udostępnionej w e-PUAP, albo (2) ta osoba fizyczna lub ten podmiot wystąpiły do organu administracji publicznej o doręczenie korespondencji na konto w e-PUAP – jest równoważne w skutkach prawnych z doręczeniem przy wykorzystaniu publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego do dnia 31 grudnia 2025 r. Z powołanego przepisu przejściowego wynika, że dotyczy on wyłącznie osoby fizycznej lub podmiotu niebędącego podmiotem publicznym, będących użytkownikami konta w e-PUAP i nieposiadających adresu do doręczeń elektronicznych. Skoro zaś w świetle art. 9 ust. 1 pkt 3 u.d.e. do posiadania adresu do doręczeń elektronicznych wpisanego do bazy adresów elektronicznych, powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego albo kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego jest obowiązany od 1 stycznia 2025 r. doradca podatkowy wykonujący zawód, to nie znajduje do niego zastosowania powołany wyżej przepis art. 147 ust. 3 wspomnianej ustawy.

Z powyższego wynika zatem, jak zasadnie ocenił organ odwoławczy, że jeżeli doradca podatkowy posiada adres do doręczeń elektronicznych, to doręczenie pism następuje na ten właśnie adres, nie zaś na konto e-PUAP, nawet jeżeli to konto zostało wskazane w treści pełnomocnictwa szczególnego. Wskazania wymaga, że pełnomocnictwa szczególnego doradcy podatkowemu strona udzieliła 8 grudnia 2017 r., tj. przed wejściem w życie analizowanych regulacji, które w istotny sposób zmieniają zasady doręczeń pism. Wskazanie w pełnomocnictwie szczególnym udzielonym w 2017 r. adresu e-PUAP doradcy podatkowego nie rozstrzyga o pierwszeństwie doręczeń, w sytuacji wejścia w życie od 1 stycznia 2025 r. przepisu art. 9 ust. 1 pkt 3 u.d.e. oraz wynikających z art. 7 ust. 1 i ust. 2 u.d.e. skutków wpisu adresu do doręczeń elektronicznych doradcy podatkowego do bazy adresów elektronicznych, które sprowadzają się do żądania doręczania korespondencji przez podmioty publiczne na ten adres.

Zdaniem Sądu, powyższego wniosku nie przekreśla również przepis art. 145 § 2 O.p., który w ocenie strony skarżącej ma charakter specjalny w stosunku do wskazanych wyżej zasad doręczenia pism na adres do doręczeń elektronicznych i wyłącza ich zastosowanie w sytuacji, kiedy pełnomocnik będący doradcą podatkowym wskazał w treści pełnomocnictwa konto e-PUAP jako adres do doręczeń. W tym zakresie uwzględnienia wymaga, że przepis art. 145 § 2 O.p. w chwili jego wejścia w życie odnosił się wyłącznie do doręczeń pism w formie papierowej. Stąd też w treści przepisu ustawodawca posłużył się zwrotem "pod adresem", a nie "na adres" jak ma to miejsce w przypadku doręczeń elektronicznych. Należy także zauważyć, że stosownie do cytowanego już wyżej art. 146 § 1 O.p. w toku postępowania strona oraz jej przedstawiciel lub pełnomocnik mają obowiązek zawiadomić organ podatkowy o zmianie adresu, pod którym dokonuje się doręczeń. Przepis ten nie przewiduje formy w jakiej zawiadomienie takie ma zostać dokonane. Jeżeli zaś pełnomocnik w toku postępowania ma obowiązek aktualizować adres, pod którym dokonuje się doręczeń, to uznać należy, że żądanie przez pełnomocnika doręczanie korespondencji przez podmioty publiczne na adres do doręczeń elektronicznych wpisany do bazy adresów elektronicznych (art. 7 ust. 1 u.d.e.), oznacza dokonanie takiej aktualizacji adresu do doręczeń w stosunku do wskazanego poprzednio w pełnomocnictwie. Istotna jest zatem zawsze chronologia zdarzeń w rozpatrywanej sprawie (zob. postanowienia NSA z 20 listopada 2024 r., I FZ 251/24; z 8 października 2025 r., II FSK 895/25).

W ocenie Sądu bez znaczenia pozostaje też argumentacja skargi dotycząca istnienia trzech różnych adresów elektronicznych profesjonalnego pełnomocnika: jako osoby fizycznej, jako osoby prowadzącej działalność gospodarczą oraz jako osoby wykonującej zawód zaufania publicznego. Co do zasady bowiem, zgodnie z art. 32 ust. 1 u.d.e. do bazy adresów elektronicznych wpisuje się jeden adres do doręczeń elektronicznych dla jednego podmiotu. Niemniej, zgodnie z art. 32 ust. 2 wspomnianej ustawy, w przypadku osoby fizycznej będącej przedsiębiorcą wpisanym do Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej oraz adwokata, radcy prawnego, doradcy podatkowego, doradcy restrukturyzacyjnego, notariusza, rzecznika patentowego oraz komornika sądowego do bazy adresów elektronicznych wpisuje się adres do doręczeń elektronicznych na potrzeby prowadzenia działalności gospodarczej, wykonywania zawodu albo wykonywania czynności służbowych, niezależnie od adresu do doręczeń elektronicznych tej osoby wpisanego do bazy adresów elektronicznych, niezwiązanego z prowadzeniem działalności gospodarczej, wykonywaniem zawodu albo wykonywaniem czynności służbowych. Przepisy ustawy dopuszczają zatem korzystanie przez jeden podmiot z kilku adresów do doręczeń elektronicznych, przy czym – wbrew twierdzeniom skargi – trudno mówić tu o braku ustanowienia przez ustawodawcę hierarchii doręczeń w sytuacji posiadania przez jeden podmiot kilku adresów do doręczeń elektronicznych, skoro ustawodawca w art. 32 ust. 2 u.d.e. rozróżnia adres do doręczeń elektronicznych na potrzeby prowadzenia działalności gospodarczej, wykonywania zawodu albo wykonywania czynności służbowych, od adresu do doręczeń elektronicznych tej osoby wpisanego do bazy adresów elektronicznych, niezwiązanego z prowadzeniem działalności gospodarczej, wykonywaniem zawodu albo wykonywaniem czynności służbowych. W okolicznościach niniejszej sprawy nie ulega wątpliwości, że doręczenie zaskarżonej decyzji zostało dokonane na adres do doręczeń elektronicznych na potrzeby wykonywania zawodu zaufania publicznego, tj. [...]. Niesporne było przy tym to, że pełnomocnik strony nie wyraził zgody na doręczanie pism poprzez kanał komunikacji elektronicznej e-US, wobec czego organy podatkowe nie były uprawnione do doręczania pism na adres e-US. Przy czym w zakresie doręczania pism pełnomocnikom profesjonalnym znaczenie mają art. 144 § 1a oraz § 5 O.p. Przepis art. 144 § 1a tej ustawy przewiduje, że pisma organu podatkowego doręczane są w pierwszej kolejności na e-US lub PUESC/konta w systemie teleinformatycznym organu podatkowego albo w siedzibie tego organu. Doręczenie na adres do doręczeń elektronicznych następuje natomiast w sytuacji, w której nie jest możliwe doręczenie na wskazane wyżej sposoby.

Uwzględniając dotychczasowe rozważania Sąd podzielił stanowisko organu odwoławczego, że skoro pełnomocnik strony skarżącej będący doradcą podatkowym ma zgłoszony adres do doręczeń elektronicznych w Bazie Adresów Elektronicznych, to tym samym prawidłowo ją skierowano na ten adres, nie zaś na konto e-PUAP wskazane w pełnomocnictwie szczególnym z 2017 r. (PPS-1). Tym samym doręczenie zaskarżonej decyzji na adres do doręczeń elektronicznych nastąpiło w sposób przewidziany w powołanych wyżej przepisach zarówno Ordynacji podatkowej jak i ustawy o doręczeniach elektronicznych. Należy też podnieść, że jakkolwiek w aktualnym porządku prawnym istnieje równolegle kilka alternatywnych systemów służących do komunikacji elektronicznej z podmiotami publicznymi tj.: e-PUAP, e-US, a także e-Doręczenia, co rodzi w konkretnych stanach faktycznych poważne kontrowersje (np. postanowienie NSA z 27 października 2025 r., II FSK 1230/25), to jednak kontrowersje te nie dotyczą zasad doręczenia pism przez podmiot publiczny profesjonalnym pełnomocnikom po 1 stycznia 2025 r.

W związku z powyższym zarówna decyzja organu pierwszej instancji z 28 lipca 2025 r. jak i zaskarżona decyzja, wbrew twierdzeniom strony weszły do obrotu prawnego. W realiach bowiem przedmiotowej sprawy, mając na uwadze chronologię zdarzeń, która w tych kwestiach jest istotna, co potwierdza przywołane wcześniej orzecznictwo NSA, wskazać należy, że pełnomocnik strony do akt sprawy złożył pełnomocnictwo z 8 grudnia 2017 r. ze wskazanym adresem elektronicznym na portalu e-PUAP (k. 3134, t. XII), a następnie w trybie art. 35e ustawy o KAS aktywował kanał komunikacyjny e-US (dokonując zatem aktualizacji kanału do doręczeń), który był aktywny na dzień wydania przez DIAS decyzji z 3 stycznia 2025 r. (co znajduje potwierdzenie w aktach sprawy – k. 55a, t. III akt odwoławczych). Istniała bowiem aktywna zgoda pełnomocnika strony na doręczanie pism na konto e-US. Zatem adres do doręczeń elektronicznych (ADE) pełnomocnika został prawidłowo użyty przy doręczeniu zaskarżonej decyzji. Zgoda na doręczenie korespondencji na konto w e-US została bowiem na dzień wydania tej decyzji wycofana (k. 210, t. I akt NWMUCS po ponownym rozpatrzeniu i k. 518, t. III). Słusznie w tej sytuacji przyjęto, że zgodnie z art. 146 § 1 O.p. organ podatkowy został zawiadomiony o zmianie adresu, pod którym dokonuje się doręczeń. Tym samym niezasadne jest twierdzenie strony, że zarówno decyzja z 3 stycznia 2025 r., jak i decyzje organów obu instancji z 28 lipca 2025 r. i 22 października 2025 r. nie weszły do obiegu prawnego.

Sąd nie znalazł również podstaw do uwzględnienia zarzutu (pkt 4 skargi) naruszenia przepisów prawa materialnego w postaci art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. poprzez nieuwzględnienie przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją. Wskazać bowiem należy, że na wcześniejszym etapie kwestia ta została już przesądzona. W wydanym z udziałem tych samych stron postępowania sądowego co w niniejszej sprawie wyroku tut. Sądu z 6 października 2022 r., I SA/Ol 399/22 nie podzielono bowiem argumentów skarżącej ukierunkowanych na wykazanie, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało na celu wyłącznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Wskazując przy tym, że zebrane w sprawie dowody potwierdzają, że postępowanie karne skarbowe realizowało własne cele, a wyspecyfikowane przez organ czynności, jakie podjęto w ramach postępowania karnego skarbowego od daty jego wszczęcia, pozwalały na przyjęcie, że proceduralna czynność wszczęcia postępowania karnego skarbowego nie została wykorzystana tylko w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Świadczyła o tym także aktywność organu w toku postępowania przygotowawczego, jak również dynamiczny przebieg tego postępowania. Tym samym również uznał, że nie doszło do przedawnienia spornych zobowiązań. W przeciwnym razie w ogóle nie badałby kwestii instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Co istotne jednak, NSA wyrokiem z 5 kwietnia 2024 r., I FSK 37/23, mimo podnoszonego w skardze kasacyjnej zarzutu naruszenia art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p., sąd kasacyjny nie podważył przedmiotowej kwestii stwierdzając, że sąd pierwszej instancji prawidłowo ocenił, że na skutek wszczęcia postępowania karnego skarbowego doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zakresem zaskarżonej decyzji, a tym samym, że nie doszło do naruszenia art. 70 § 1 O.p.

Jeśli natomiast chodzi o przyczyny uchylenia zaskarżonej decyzji, to w ocenie Sądu za uzasadniony należało uznać zarzut naruszenia przepisów wymienionych w pkt 3 lit. a) i przede wszystkim lit. c) skargi, mogący potencjalnie rzutować też na pozostałe zarzuty skargi [pkt 3 lit. b) i d) i pkt 5 skargi, tj. wadliwego wnioskowania, z uwagi na pominięcie dowodów znanych organowi z urzędu w postaci uzasadnień prawomocnego postanowienia Prokuratura Prokuratury Okręgowej w [...] z 23 czerwca 2023 r., [...] o umorzeniu śledztwa i prawomocnego postanowienia Sądu Okręgowego w [...] z 4 września 2024 r., [...], mocą którego utrzymał w mocy rozstrzygnięcie Prokuratora z 23 czerwca 2023 r. Zauważyć bowiem należy, że organ odwoławczy w ogóle nie odniósł się w kontekście przyjętego rozstrzygnięcia i zgromadzonego w nim materiału dowodowego do przedmiotowych dokumentów. W ocenie Sądu było to o tyle zasadne, że zawarte w nich treści stoją w opozycji do ustalonego w sprawie stanu faktycznego (jak słusznie zauważyła strona). Przykładowo organ twierdzi w zaskarżonej decyzji, że:

- "(...) należy wskazać, iż osoby odpowiedzialne w firmie P. (G. L. i P. P.) za kwestie związane z zakupem paliwa i organizacją transportu, w ogóle nie interesowały się swoimi dostawcami, jak również podmiotami, które brały udział w takich transakcjach. W opinii organu odwoławczego, Strona nie musiała obawiać się ryzyka nierzetelności dostawców, bowiem sama organizowała dostawy paliwa bezpośrednio od sprzedawców zagranicznych do własnej bazy, zapewniała własnych kierowców i transport, co powodowało, że jakiekolwiek sprawdzanie kooperantów było zbyteczne. W tym stanie rzeczy całkowicie nietrafny jest szeroki wywód Pełnomocnika w zakresie stawianego Stronie "rzekomo" przez organy podatkowe zarzutu dotyczącego nienależytej staranności w doborze kontrahentów." (s. 28 zaskarżonej decyzji),

- "Stworzenie tak rozbudowanego łańcucha rzekomych dostaw miało więc na celu nie tylko utrudnienie w dojściu przez organy kontroli do rzeczywistego przebiegu transakcji, ale również miało na celu "uwolnienie" Strony od obowiązku rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a w konsekwencji doprowadziło do uszczerbku wpływów do budżetu państwa." (s. 29 zaskarżonej decyzji),

- "Organizowanie dostaw paliwa do własnej firmy z Litwy/Łotwy, koordynowanie transportu i zapewnienie kierowców wyklucza niewiedzę nt. nierzetelności rzekomych kontrahentów. W tym stanie rzeczy, Strona nie może więc skutecznie zasłaniać się nieświadomym uczestnictwem w "oszukańczym procederze" mającym na celu oszustwo podatkowe (...)." (s. 28 zaskarżonej decyzji),

- "Tymczasem w niniejszej sprawie, transakcja miała miejsce pomiędzy dostawcą (z Litwy lub Łotwy) a Stroną (ostateczny odbiorca w Polsce).", czy też: "W konsekwencji dostawy (z Litwy i Łotwy) spełniają wszystkie przesłanki związane z dostawą wewnątrzwspólnotową i powinny być opodatkowane na Litwie i Łotwie jako wewnątrzwspólnotową dostawa towaru (WDT). Strona natomiast jako ostateczny odbiorca na terytorium kraju, powinna zakwalifikować te transakcje jako wewnątrzwspólnotowe nabycie (WNT) w kraju (art. 9 ust. 1)." (s. 30 zaskarżonej decyzji),

- "Nie sposób bowiem przyjąć, aby podatnik odliczający podatek z takiej faktury, nie był świadomy swojego oszukańczego działania, skoro wystawieniu tego rodzaju faktury nie towarzyszy w ogóle żadna dostawa towaru lub świadczenie usług przez podmiot ją wystawiający (obrót istnieje tylko na fakturze)." (s. 33 zaskarżonej decyzji),

- "Reasumując, zdaniem tut. organu w dostawach z Litwy i Łotwy występowały firmy, które brały udział w oszustwie podatkowym polegającym na stworzeniu sztucznego łańcucha dostaw towarów których w rzeczywistości nie doszło. Wieloetapowość dostaw miała przeszkodzić wykryciu rzeczywistego przebiegu transakcji oraz rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a w konsekwencji doprowadzić do nieuiszczenia do budżetu państwa podatku należnego z tytułu sprzedaży pierwszym krajowym nabywcom i jak już wcześniej wskazano do bezprawnego odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych przez K. Sp.j., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o. Okoliczności te dowodzą, że Strona świadomie wykorzystała nierzetelne faktury VAT wystawione przez te spółki, aby odliczyć podatek VAT naliczony (niezapłacony przez wystawców faktur). Strona bowiem od samego początku wiedziała, że towar nie pochodzi od dostawców wykazanych na fakturach zakupu wystawionych przez K. Sp.j., W. Sp. z o.o. i E. Sp. z o.o. Strona doskonale wiedziała, że fizyczne weszła w posiadanie paliwa będącego przedmiotem zakupu, już na terytorium państwa wysyłki tj. Litwie lub Łotwie, w momencie załadunku paliwa na cysterny, którymi je przewoziła." (s. 33-34 zaskarżonej decyzji).

Tymczasem z treści postanowienia Prokuratora o umorzeniu śledztwa (w zakresie ustalonego stanu faktycznego) oraz postanowienia Sądu Karnego akceptującego to rozstrzygnięcie wynika, że:

- "G. L. zawarł z przedstawicielami K. Sp.j. (...), W. Sp. z o.o. (...), E. Sp. z o.o. umowy dot. sprzedaży przez te podmioty oleju napędowego dla firmy "P." (...). Przed zawarciem tych umów P. P1. i księgowa w/w podmiotu weryfikowały wiarygodność tych podmiotów gospodarczych sprawdzając min. czy podmioty te faktycznie posiadają koncesje na handel paliwami ciekłymi i wpłaciły gwarancję związaną z zapłatą opłaty paliwowej i akcyzy za importowane paliwo. Sprawdzano również czy podmioty te nie zalegają z zapłatą podatków na rzecz Skarbu Państwa." (s. 16-17 postanowienia Prokuratora),

- "Po wwiezieniu tego paliwa do składu celnego, głównie w B. G. L. kontaktował się telefonicznie z właścicielem tego paliwa i ustalał on możliwość i warunki przewiezienia oleju napędowego cysterną samochodową do Przedsiębiorstwa "P.". Z momentem wyrażenia zgody przez firmę będącą faktycznym dysponentem paliwa na zakup i przewiezienie oleju napędowego do przedmiotowej firmy z A., Przedsiębiorstwo "P." (...) stawało się bezspornie właścicielem tegoż paliwa." – (s. 17 postanowienia Prokuratora),

- "Godzi się nadmienić, że bezspornie "P." stawał się dopiero właścicielem przewożonego oleju, po uiszczeniu przez pośrednika działającego na zlecenie faktycznego właściciela oleju napędowego, na terenie agencji celnej z reguły w A. opłaty paliwowej i akcyzy oraz po wyrażeniu zgody na przewiezienie danego transportu paliwa na bazę w A. To faktyczny właściciel paliwa zamawiał paliwo, które miało być przewiezione do różnych odbiorców kilkoma cysternami samochodowymi, to on decydował komu sprzedać to paliwo na uzgodnionych warunkach cenowych. Przedsiębiorstwo "P." nie zamawiało przedmiotowego oleju napędowego i nie mogło bez zgody faktycznego właściciela tego paliwa przewieść go do swojej bazy paliwowej." (s. 22 postanowienia Prokuratora),

- "(...) nie można jednoznacznie stwierdzić, że w chwili zatankowania przedmiotowego paliwa do cystern należących do "P." (...) G. L. miał świadomość, że nie zostanie odprowadzony do Skarbu Państwa należny podatek VAT. Poza tym w/w zlecał P. P1. zakup przedmiotowego paliwa przewożonego cysterną kierowaną przez kierowcę zatrudnionego w "P." (...) dopiero po dotarciu tej cysterny na teren Polski, do agencji celnej głównie w B. Do tego czasu nie było wiadomo, że dana cysterna pojedzie z olejem napędowym na bazę "P." (...), czy też pojedzie ona do innego odbiorcy. Należy nadmienić, że księgowa firmy "P.", A. P. i G. L. weryfikowali rzetelność firm, które sprzedawały paliwo dla w/w podmiotu poprzez sprawdzenie czy te podmioty są czynnymi podatnikami VAT, czy posiadają koncesję na obrót paliwami ciekłymi i czy wpłaciły kaucję gwarancję dot. podmiotów dokonujących obrotu paliwami." (s. 22-23 postanowienia Prokuratora),

- "Nie można również podzielić stanowiska, jakoby P. P. nie sprawdzała wiarygodności dostawców paliw. W swoich zeznaniach (k. 962-965v) ww. wskazała bowiem, że wiarygodność dostawców paliw dla przedsiębiorstwa P. weryfikowała, sprawdzając, czy podmioty te posiadają kaucję gwarancyjną oraz czy NIP danej firmy jest aktywny. Fakt sprawdzania kontrahentów potwierdziła również w swoich zeznaniach pracownica przedsiębiorstwa P. K. K. (k. 951-952), która wskazała, że zajmująca się księgowością firmy W. L. sprawdzała, czy kontrahent jest czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług." (s. 8 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),

- "Jednocześnie w ocenie Sądu nie jest tak, że przeprowadzenie wskazanych dowodów mogłoby doprowadzić do ustalenia innego stanu faktycznego w sprawie, a w szczególności przyjęcia prezentowanej przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w [...] tezy, że M. i G. L. zobowiązani byli do rozliczenia wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a przy tym nie byli uprawnieni do otrzymania zwrotu podatku naliczonego z otrzymanych faktur." (s. 9 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),

- "W ocenie Sądu trafnie również w zaskarżonym postanowieniu przyjęto, że w oparciu o zgromadzony materiał dowodowy nie można przypisać wyżej wymienionym dopuszczenia się przestępstw skarbowych polegających na posłużeniu się 114 nierzetelnymi fakturami VAT, opiewającymi na łączną kwotę 11.11570.753,55 zł, nieodzwierciedlającymi rzeczywistych zdarzeń gospodarczych oraz wprowadzeniu w błąd Naczelnika Urzędu Skarbowego poprzez poświadczenie nieprawdy co do okoliczności mających znaczenie prawne w zakresie wysokości podatku VAT naliczonego i należnego w złożonych deklaracjach dla podatku od towarów i usług." (s. 10 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),

- "Nie można również przesądzić, aby w chwili zatankowania paliwa do cystern należących do przedsiębiorstwa P. G. L. miał świadomość, że nie zostanie odprowadzony do Skarbu Państwa podatek VAT z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towaru. Nawet jednak gdyby tak było, to i tak brak byłoby podstaw, aby obciążać go obowiązkiem uiszczenia tej należności publicznoprawnej. Zwrócić bowiem należy uwagę, że przedsiębiorstwo P. nie zamawiało przedmiotowego oleju napędowego i nie mogło bez zgody faktycznego właściciela nim dysponować. Właścicielem paliwa stawało się dopiero po jego nabyciu, co następowało po jego przywiezieniu go do Polski i uiszczeniu przez pośrednika, działającego na zlecenie faktycznego właściciela, na terenie agencji celnej opłaty i akcyzy. O powyższym świadczy choćby fakt, że kierowcy przewożący paliwo nie wiedzieli w momencie załadunku, gdzie ono trafi. Z ich zeznań wynika, że sporządzali oni dwa listy przewozowa CMR: pierwszy, potwierdzający przewóz paliwa z miejsca załadunku na Litwie bądź Łotwie do składu celnego, i drugi – ze składu celnego do miejsca przeznaczenia danej partii paliwa. Do chwili odprawy celnej nie było zatem wiadomo, czy towar trafi do bazy firmy P., czy do innego miejsca wskazanego przez jego nabywcę." (s. 11 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),

- "Zdaniem Sądu słusznie prowadzący postępowanie przygotowawcze ustalił, że w działaniach podejrzanych, szczególnie G. L., który jako pełnomocnik M. L., faktycznie zajmował się prowadzeniem spraw przedsiębiorstwa P., trudno dopatrzyć się umyślnego popełnienia przestępstwa (...) Zwrócić należy uwagę, że jak to już wcześniej podkreślono, kontrahenci, z którymi zawierano umowy na zakup paliwa, byli sprawdzani przez pracowników firmy P.. Weryfikowano bowiem, czy posiadają oni kaucję gwarancyjną, czy NIP danej firmy jest aktywny oraz czy kontrahent jest czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Nie można zatem przyjąć, aby podejrzani wiedzieli, że wystawianie przez kontrahentów faktury VAT były nierzetelne." (s. 10-11 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.).

Uwzględniając powyższe, w szczególności rozbieżności w stanie faktycznym i jego ocenie, dokonane przez administrację podatkową i Prokuratora oraz Sąd karny, organ odwoławczy winien ocenić, czy dokumenty te miały czy też nie, istotne znaczenia dla sprawy, i czy w związku z tym miały one czy też nie, wpływ na prawidłowość przyjętego rozstrzygnięcia. Zgadzając się co do zasady z argumentacją DIAS, że mając na uwadze treść art. 11 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi organ jest związany jedynie ustaleniami wydanego w postępowaniu karnym prawomocnego wyroku skazującego co do popełnienia przestępstwa, i że odpowiedzialność karna opiera się na zasadzie winy i jest konsekwencją dopuszczenia się czynu zabronionego, a postępowanie podatkowe nie operuje pojęciem winy, lecz odwołuje się do obiektywnego naruszenia prawa – to jednak w tym przypadku nie chodzi o kwestie winy, ale właśnie (jak słusznie podniosła skarżąca) prawidłowość ustalonego stanu faktycznego. Ponadto, jak zauważył NSA w wyroku z 14 grudnia 2022 r., I FSK 314/21 (też wyrok WSA w Olsztynie z 8 listopada 2023 r., I SA/Ol 125/23) brak związania sądu administracyjnego, a pośrednio także organów podatkowych, ustaleniami wyroku uniewinniającego czy postanowienia o umorzeniu śledztwa (jak w tej sprawie, gdzie nadto Sąd karny to rozstrzygnięcie zaakceptował) nie oznacza a priori, że odmienne niż przyjęte w takim rozstrzygnięciu ustalenia faktyczne organów podatkowych są prawidłowe. Takie rozstrzygnięcie może zatem dostarczyć informacji istotnych z punktu widzenia oceny prawidłowości dokonanej przez organ podatkowy kwalifikacji okoliczności istotnych dla sprawy, w tym stanu faktycznego. A priori nie można zatem ich odrzucać, bez dokonania ich szczegółowej analizy w kontekście i w porównaniu z pozostałym materiałem dowodowym zgromadzonym w sprawie. Szczególnie, że jak podnosi strona w skardze, w przedmiotowej sprawie mamy do czynienia z odmiennymi ustaleniami faktycznymi tych samych kwestii w dwóch różnych postępowaniach: podatkowym i karnym skarbowym. Ponadto, zarówno Prokurator, jak i Sąd Karny wykluczył, w przeciwieństwie do organów podatkowych, naruszenie kluczowego dla sprawy art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. Na podstawie tego przepisu nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego wystawione faktury w przypadku gdy stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności.

Powyższe uzasadniało zatem, zdaniem Sądu, szczegółowe rozpatrzenie tych dowodów (w kontekście ustalonego w sprawie stanu faktycznego) z uwagi na to, że mogą one dostarczyć informacji istotnych z punktu widzenia prawidłowości przyjętego rozstrzygnięcia w sprawie. Zasadne jest też pytanie, jeśli przedmiotowe rozstrzygnięcia Prokuratora i Sądu Karnego nie miały znaczenia dla rozstrzygnięcia przedmiotowej sprawy, to dlaczego organ podatkowy wniósł od postanowienia Prokuratora o umorzeniu śledztwa zażalenie do Sądu Karnego. Zauważyć też należy, że w kontekście przedawnienia organ odwoławczy (i przyjętego w tym zakresie stanowiska i dla jego poparcia) odwołuje się do przedmiotowego postanowienia Prokuratora, z uwagi na to, że 4 września 2024 r. Sąd Okręgowy w [...] nie uwzględnił zażalenia organu podatkowego i utrzymał w mocy to postanowienie, uznając je tym samym za ważne.

W tym kontekście należy też pamiętać, że stan faktyczny w sprawie winien być prawidłowo ustalony, a organ winien rozpatrzyć we wzajemnych relacjach cały zgromadzony w sprawie materiał dowodowy. Jest to szczególnie istotne, jeśli występują tak znaczące rozbieżności w ocenie i to właśnie stanu faktycznego przez organy podatkowe oraz Sąd Karny i Prokuratora. Dlatego też, jak słusznie zauważył NSA w przywołanym już wyroku z 14 grudnia 2022 r., I FSK 314/21, i co wymaga raz jeszcze podkreślenia, nie można a priori wykluczyć (nie wziąć pod uwagę) tego typu dokumentów jak postanowienie Prokuratora o umorzeniu śledztwa i postanowienie Sądu Karnego je akceptujące, które co istotne odnoszą się również do kwestii stricte podatkowych. Ponadto z art. 187 § 1 O.p. w zw. z art. 122 O.p. (gdzie ujęta została zasada prawdy obiektywnej) jasno wynika, że organ podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały materiał dowodowy (co zdaniem Sądu w tym zakresie nie miało miejsca). Regulacja ta stanowi zatem podstawę do wskazania dwóch zakresów obowiązków, tj. po pierwsze obowiązku zebrania materiału dowodowego, a po drugie jego wyczerpującego rozpatrzenia (por. wyrok NSA z 12 września 2025 r., III FSK 1227/24). Ponadto, na gruncie omawianego przepisu zarówno niezebranie kompletnego materiału dowodowego, jak i nierozważnie (co zdaniem Sądu miało miejsce w tej sprawie) wszystkich dowodów we wzajemnych relacjach, narusza komentowany przepis w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Ponadto nienależyte wyjaśnienie stanu faktycznego nie może być podstawą ustaleń negatywnych dla strony (por. wyrok WSA w Gdańsku z 4 listopada 2025 r., I SA/Gd 705/25).

W zakresie prawidłowości ustalonego w sprawie stanu faktycznego słuszne stają się również wątpliwości strony zawarte w skardze, m.in. (pisownia oryginalna):

- "NUCS wskazał wyraźnie na zastosowanie przepisu art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a VATU oraz na fikcyjność dostaw paliwa, zarzucając Skarżącej posłużenie się fakturami, które nie odzwierciedlają faktycznie wykonanych czynności (dostaw paliwa). Jest to zarzut postawiony także w zaskarżonej decyzji, zatem do ustalenia prawidłowego stanu faktycznego należy sięgnąć do ustaleń Prokuratury Okręgowej w [...], która stwierdziła kategorycznie, że "bezspornie przedmiotowe dostawy oleju napędowego faktycznie miały miejsce" (str. 20 postanowienia Prokuratury Okręgowej w [...]), co samo w sobie przeczy ustaleniom DIAS zaprezentowanym w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji. Umarzając śledztwo po drobiazgowo przeprowadzonym postępowaniu Prokuratura Okręgowa w [...] odrzuciła w całości zarzuty organu powiązane z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a VATU, oraz potwierdziła, że stan faktyczny rozpatrywanej sprawy nie pozwalał na ich postawienie." (s. 21 skargi),

-"(...) Skarżąca nie mogła spodziewać się aż tak rażącej rozbieżności miedzy ustaleniami faktycznymi prokuratury i organu odwoławczego, więc pełna odpowiedzialność za wykazanie, że przeprowadzone przez prokuraturę dowody są niewiarygodne, spoczywała na organie odwoławczym, który będąc związany zasadą prawdy materialnej i zasadą zupełności materiału dowodowego (art. 122 i 187 § 1 O.p.) miał bezwzględny obowiązek pozyskać i włączyć do akt te protokoły zeznań świadków w myśl zasady swobodnej oceny dowodów (art. 191 O.p.) oraz wykazać, udowodnić, że ewentualnie są one niewiarygodne w trybie art. 194 § 3 O.p. wobec mocy wiążącej treści dokumentu urzędowego." (s. 27 skargi),

- "(...) nie można było w stosunku do faktur wystawionych przez dysponentów paliwa już na terenie Polski, formułować zarzutu stwierdzenia na fakturach "czynności, które nie zostały dokonane", a więc stosować przepisów art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a VATU, skoro w wyniku tychże czynności Skarżąca stawała się właścicielem paliwa - już na terenie Polski, co potwierdziły bezspornie zarówno Prokuratura Okręgowa, jak i Sąd Okręgowy w [...]." (s. 34 skargi),

- "Całkowicie niewiarygodną byłaby sytuacja, w której po wprowadzeniu do systemu celnego danych podmiotów uiszczających podatek akcyzowy i opłatę paliwową organy celne oraz podatkowe "przeoczyłyby" okoliczność braku wykazania WNT przez te same podmioty. Tym bardziej, że przecież w dacie zawierania transakcji podmioty te figurowały nie tylko w rejestrach czynnych podatników VAT i VAT-UE, ale także w rejestrze podmiotów, które opłaciły kaucje gwarancyjną." (s. 43 skargi),

- "Przyjmując, że Skarżąca nabyła paliwo nie od firm K. i I., ale bezpośrednio od podmiotów z Litwy i Łotwy organ nie wyjaśnia dlaczego służby celne przyjęły zapłatę akcyzy i opłaty paliwowej od firm niebędących właścicielami paliwa, oraz dlaczego przyjęto jako poprawne rozliczenia dostaw WDT w informacjach podsumowujących przez podmioty z Litwy i Łotwy, ale na rzecz innych podmiotów, a nie na rzecz Skarżącej? Dlaczego też nie zwrócono pobranych opłat tym podmiotom i nie zażądano zapłaty akcyzy i opłaty paliwowej od Skarżącej?" (s. 48-49 skargi),

- "(...) Skarżąca posiadała wyłącznie koncesję na obrót paliwem na terenie Polski, więc nie mogła nabywać paliwa poza Polską pod rygorem sankcji karnych, (...)." (s. 52-53 skargi),

- "Działając w oparciu o art. 180 § 1 O.p. Skarżąca w dniu 11 czerwca 2025 r. złożyła wniosek o włączenie do akt sprawy oraz uwzględnienie dowodów w postaci skanów dokumentów księgowych z roku 2013. Wbrew stanowisku organu odwoławczego, wyrażonym na str. 29 zaskarżonej decyzji, przedłożone dokumenty dowodzą, że Skarżąca miała prawo oczekiwać, że skoro ten sam schemat dostaw został zaakceptowany w toku kontroli za rok 2013, to takie dostawy mają charakter dostaw krajowych oraz, że przedłożone dokumenty dowodzą zachowania dobrej wiary i należytej staranności. (...) Co więcej, to właśnie osoby kontrolujące działalność gospodarczą Strony za rok 2013 wskazywały na poprawność tychże schematów dostaw, gdzie Strona nabywała paliwo po opłaceniu granicznego podatku VAT, akcyzy i opłaty paliwowej przez właściciela paliwa. Wówczas nic wskazywano na okoliczność dostaw łańcuchowych, ani na konieczność rozpoznania przez Stronę wewnątrzwspólnotowego nabycia paliwa, czego dowodzi treść obu wydanych za rok 2013 decyzji podatkowych." (s. 58 skargi),

- "Skarżąca nie miała wiedzy o żadnym nadużyciu prawa dokonywanym przez dostawców paliwa, a organ nic udowodnił, że Skarżąca była świadomym uczestnikiem jakiegoś nieuczciwego procederu. W żadnym dokumencie zawartym w aktach sprawy nie ma na to najmniejszego dowodu. Nadmienić również należy, że Skarżąca nie miała najmniejszego celu, aby doprowadzić do ujemnych skutków dla Skarbu Państwa w zakresie rozliczeń podatku VAT, gdyż była ostatnim podmiotem nabywającym paliwa. Zdaniem Skarżącej w sytuacji, w której zakupiony towar został sprzedany na rzecz innych odbiorców z wykazanym VAT należnym trudno jest uznać, że ci ostateczni odbiorcy również są podmiotami zamieszanymi w fikcyjny obrót paliwami." (s. 71 skargi),

- "W uzasadnieniu postanowienia o przedstawieniu zarzutów z dnia 2 grudnia 2019 r., sygn. akt [...], Prokuratury Rejonowej w [...] wskazano naruszenie m.in. art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) VATU (w aktach sprawy). Nie postawiono jednak zarzutu nabywania paliwa przez Skarżącą bezpośrednio od podmiotów z Litwy i Łotwy, bez posiadania stosownej koncesji OPZ oraz bez wpisu do rejestru podmiotów przywożących paliwo z zagranicy, prowadzonego przez Prezesa URE." (s. 93 skargi),

- "Prokuratura Okręgowa w [...] prawomocnym postanowieniem z dnia 23 czerwca 2023 r., sygn. akt [...], oraz Sąd Okręgowy w [...] prawomocnym postanowieniem z dnia 4 września 2024 r., sygn. akt [...], uznały, że zarzut naruszenia właśnie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a VATU jest całkowicie bezzasadny." (s. 93 skargi),

- "Zakwestionowane dostawy paliwa zostały prawidłowo wykazane jako dostawy wewnątrzwspólnotowe przez dostawców paliwa - czynnych podatników VAT mających siedziby i stale miejsca prowadzenia działalności na terenie Polski, więc nie można było przypisywać Skarżącej obowiązku ponownego wykazywania WNT od tych samych dostaw." (s. 99 skargi).

Zauważyć również należy (w kontekście podstaw uchylenia przedmiotowej decyzji), że organ odnosząc się do kwestii utrwalonej praktyki działania skarżącej w latach 2013-2015 (a mające swoje źródło we wcześniejszych rozstrzygnięciach organów podatkowych, które nie kwestionowały przyjętej w niniejszej sprawie ścieżki postępowania, tj. w 2013 r. – jak twierdzi strona) zrobił to w sposób lakoniczny i ogólnikowy (s. 25-26 i 29-30 zaskarżonej decyzji), bez szczegółowego uwzględnienia kontekstu na jaki wskazał NSA w wyroku z 5 kwietnia 2024 r., I FSK 37/23. Mając na uwadze obowiązek respektowania zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań jednostki, wyrażonej w polskim porządku prawnym jako zasada budzenia zaufania do organów podatkowych w art. 121 §1 O.p., na którą powoływała się skarżąca, NSA zalecił, aby organ wyjaśni zmianę kwalifikacji prawnopodatkowej czynności, które stanowiły utrwaloną praktykę postępowania skarżącej, która nie została zakwestionowana we wcześniejszych decyzjach organu. Okoliczność ta ma szczególnie istotne znaczenie zwłaszcza w kontekście badania przez organ, czy skarżąca pozostawała w dobrej wierze w zakresie realizowanych transakcji. Tym bardziej, że strona wskazała w skardze, że działając w oparciu o art. 180 §1 O.p. w dniu 11 czerwca 2025 r. złożyła wniosek o włączenie do akt sprawy oraz uwzględnienie dowodów w postaci skanów dokumentów księgowych z 2013 r. Dodała też, że wbrew stanowisku organu odwoławczego, wyrażonym na stronie 29 zaskarżonej decyzji, przedłożone dokumenty dowodzą, że miała ona prawo oczekiwać, że skoro ten sam schemat dostaw został zaakceptowany w toku kontroli za 2013 r., to takie dostawy mają charakter dostaw krajowych oraz, że przedłożone dokumenty dowodzą zachowania dobrej wiary i należytej staranności. Wskazując też, że osoby kontrolujące działalność gospodarczą strony za 2013 r. wskazywały na poprawność tychże schematów dostaw, gdzie nabywano paliwo po opłaceniu granicznego podatku VAT, akcyzy i opłaty paliwowej przez właściciela paliwa. Wówczas nie wskazywano na okoliczność dostaw łańcuchowych, ani na konieczność rozpoznania przez skarżącą wewnątrzwspólnotowego nabycia paliwa, czego dowodzi treść obu wydanych za 2013 r. decyzji podatkowych (s. 58 skargi). Jak podniosła również strona omawiane zalecenie NSA zostało sformułowane 5 kwietnia 2024 r., na rok przed przedłożeniem przez skarżącą w dniu 11 czerwca 2025 r. przedmiotowych dokumentów, więc obowiązek spełnienia zalecenia nie był w najmniejszy sposób powiązany z przedłożonymi dokumentami (s. 60 skargi).

Uwzględniając dotychczasowe rozważania, w ocenie Sądu za zasadne należało uznać również zarzuty koncentrujące się na naruszeniu przepisów postępowania, tj. art. 121 § 1, art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 188, art. 191 i art. 210 § 4 O.p. Dotyczy to również naruszenia art. 194 § 1 O.p. (pkt 3 lit. a, c, d i f skargi) w kontekście, w jakim dotyczy on dokumentów, które nie zostały we właściwy sposób (dla ich rangi, ale przede wszystkim warstwy merytorycznej i odniesienia do stanu faktycznego sprawy w sposób odmienny do organów podatkowych) rozpatrzone przez organy podatkowe (jak np. postanowienia Prokuratora o umorzeniu śledztwa czy też akceptującego je rozstrzygnięcia Sądu Karnego), a które potencjalnie mogły mieć wpływ na prawidłowość ustalonego stanu faktycznego w sprawie, a tym samym i na prawidłowość przyjętego rozstrzygnięcia, powodując tym samym wadliwą ocenę stanu faktycznego, niezgodną ze stanem rzeczywistym. Rację ma zatem strona, że o ile same sentencje wskazanych prawomocnych orzeczeń Prokuratury i Sądu Karnego nie wpływają na ocenę stanu faktycznego, to już ustalenia czysto faktyczne, wyrażone w tych dokumentach winny wiązać organy podatkowe na zasadzie określonej w tym przepisie, chyba że organy te przeprowadzą dowód przeciwko wiarygodności takiego dokumentu urzędowego (s. 34 skargi). Powyższe powodowało także obowiązek uwzględnienia tych kwestii w uzasadnieniu przyjętego rozstrzygnięcia (co nie miało miejsca), dając wyraz szczegółowemu stanowisku organów podatkowych w tym zakresie, a stronie i sądowi możliwość zapoznania się z argumentacją popierającą to stanowisko.

W ocenie Sądu w tym stanie sprawy przedwczesne jest odnoszenie się do zarzutu podniesionych w skardze naruszenia przepisów prawa materialnego (pkt 5), tj.: art. 86 ust. 1, art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) i art. 22 ust. 1 pkt 1 u.p.t.u. (poprzez wadliwe zastosowanie) oraz art. 25 ust. 1 tego aktu prawnego (poprzez brak zastosowania) w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 4 i art. 9 ust. 1 przedmiotowej ustawy. Dotyczy to również zarzutów wskazanych w punkcie 3 skargi lit. e)-g). Zważywszy w szczególności na to, że materiał dowodowy zgromadzony w sprawie, a mogący mieć potencjalny wpływ na prawidłowość ustalonego stanu faktycznego w sprawie, a tym samym i prawidłowość przyjętego rozstrzygnięcia (jak już zauważono wcześniej) – nie został w sposób właściwy rozpatrzony również w kontekście pozostałych zgromadzonych dowodów. Sąd nie może w tym zakresie zastępować organów podatkowych. Jego rolą jest bowiem wyłącznie kontrola wydanej w sprawie decyzji i argumentacji w niej przyjętej dla poparcia przyjętego stanowiska.

W toku ponownego rozpoznania sprawy organ uwzględni rozważania i ocenę Sądu przedstawioną w niniejszym wyroku. W szczególności rozpatrzy w kontekście i we wzajemnych relacjach z pozostałym materiałem dowodowym zgromadzonym w sprawie (na podstawie którego został ustalony stan faktyczny) postanowienie Prokuratora o umorzeniu śledztwa oraz akceptujące je postanowienie Sądu Karnego. Dotyczy to również rozpatrzenia kwestii utrwalonej praktyki działania skarżącej w 2013 r., która nie była kwestionowana przez organy podatkowe (jak twierdzi strona) ale już z uwzględnieniem zakresu wskazanego w zaleceniach zawartych w wyroku NSA z 5 kwietnia 2024 r., I FSK 37/23.

Mając powyższe na uwadze, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję. O kosztach postępowania Sąd orzekł w pkt II sentencji wyroku na podstawie art. 200, art. 205 § 2 i § 4 oraz art. 209 p.p.s.a.

Przywoływane orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są na stronie internetowej: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.