Naczelny Sąd Administracyjny w toku łącznego rozpoznawania spraw o sygn. akt I FSK od 151 do 153/07 ze skarg kasacyjnych D. K., J. K. oraz D. K. i J. K. s. c. E. na decyzje Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 19 czerwca 2006 r., o wskazanych w sentencji numerach, którymi stwierdzono nieważność decyzji tego organu z dnia 30 listopada 2005 r. w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2003 r., określających tym podmiotom podatek od towarów i usług za niektóre miesiące 2000 r., stwierdził istotne naruszenia prawa, do których doszło w postępowaniach zakończonych wymienionymi wyżej decyzjami z dnia 30 listopada 2005 r. , a które zostały przedstawione w załączonych do postanowienia wyrokach z dnia 24 stycznia 2008 r.
Te postępowania nadzorcze zostały wszczęte na wniosek stron z czerwca 2005 i dotyczyły wymienionych wyżej decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2003 r., co do których Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzjami z dnia 31 stycznia 2005 r. odmówił stwierdzenia nieważności i na które w marcu 2005 r. zostały złożone skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.
W sytuacji gdy toczyło się postępowanie sądowe organ nadzorczy początkowo uznał, że sprawy nie mogą być załatwione w terminie ze względu na oczekiwanie na rozstrzygnięcie Sądu administracyjnego pierwszej instancji, o czym poinformował strony stosownymi postanowieniami z września 2005 r. Jednakże po wydaniu wyroków przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie dnia 28 września 2005 r., oddalających skargi na wymienione wyżej decyzje Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 31 stycznia 2005 r., odmawiające stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2003 r., Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, nie czekając na uprawomocnienie się wyroków, które nastąpiło dnia 15 grudnia 2005 r., decyzjami z dnia 30 listopada 2005 r. stwierdził nieważność wymienionych wyżej decyzji organu kontroli skarbowej pierwszej instancji. Podkreślenia wymaga okoliczność, że stanowisko zajęte przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej w korzystnych dla stron orzeczeniach z dnia 30 listopada 2005 r., co do istnienia w decyzjach wydanych w postępowaniu zwykłym wady wymienionej w art. 247 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej, odbiegało od poglądu zawartego w wydanych przez Wojewódzki Sąd Administracyjny wyrokach, których uzasadnienie było organowi znane już od dnia 28 września 2005 r. z uwagi na udział jego pełnomocnika na rozprawie.
W związku z przedstawionym wyżej rażąco naruszającym prawo prowadzeniem postępowań nadzorczych przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej i zakończeniem ich bezpośrednio przed uprawomocnieniem się niekorzystnych dla stron skarżących wyroków, w sposób odmienny od stanowiska Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie zawartego w tych wyrokach, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 155 § 1 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, informuje Ministra Finansów o potrzebie wyjaśnienia przyczyny takiego działania podległych mu pracowników.
W rezultacie bowiem doszło nie tylko do zlekceważenia stanowiska sądu administracyjnego, które za zgodne z prawem uznawało wcześniejsze działania Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, odmawiające stronom stwierdzenia nieważności decyzji wydanych przez organ kontroli skarbowej pierwszej instancji, ale przede wszystkim naruszenia powagi rzeczy osądzonej poprzez wydanie decyzji w sprawach, które zostały wcześniej rozstrzygnięte innymi prawidłowymi decyzjami ostatecznymi. Usunięcie negatywnych skutków prawnych wywołanych decyzjami Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 30 listopada 2005 r. wymagało uruchomienia kolejnych postępowań nadzorczych, a także dwustopniowej kontroli sądów administracyjnych. Działania te byłyby zbędne gdyby organ nadzoru nie zakończył swoich postępowań uwzględniając żądania stron, mimo że te żądania, w świetle wyroków Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 28 września 2005 r., czekających na uprawomocnienie, znanych mu i potwierdzających prawidłowość jego wcześniejszych orzeczeń, były bezzasadne.
Naczelny Sąd Administracyjny informuje również, że stosownie do art. 155 § 2 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi organ, który otrzymał postanowienie wydane na podstawie § 1 tego przepisu, obowiązany jest je rozpatrzyć i powiadomić w terminie trzydziestu dni sąd o zajętym stanowisku.
